# TARGET T0211 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.137 0.063 0.030 0.208 0.020 0.033 0.068 0.099 0.120 0.062 2 R 0.095 0.298 0.099 0.022 0.289 0.009 0.016 0.046 0.040 0.050 0.036 3 K 0.207 0.158 0.059 0.013 0.322 0.014 0.035 0.059 0.041 0.044 0.046 4 I 0.184 0.239 0.041 0.014 0.386 0.014 0.011 0.027 0.018 0.022 0.045 5 D 0.206 0.063 0.017 0.015 0.388 0.025 0.057 0.078 0.042 0.035 0.074 6 L 0.211 0.113 0.037 0.016 0.328 0.011 0.013 0.067 0.066 0.082 0.056 7 C 0.154 0.182 0.027 0.008 0.428 0.013 0.025 0.066 0.027 0.031 0.039 8 L 0.177 0.108 0.017 0.013 0.233 0.016 0.021 0.051 0.061 0.169 0.135 9 S 0.100 0.233 0.248 0.067 0.128 0.017 0.022 0.035 0.040 0.060 0.050 10 S 0.037 0.226 0.265 0.072 0.108 0.039 0.026 0.093 0.068 0.050 0.015 11 E 0.008 0.070 0.065 0.090 0.023 0.091 0.295 0.191 0.110 0.051 0.008 12 G 0.025 0.025 0.044 0.039 0.024 0.010 0.012 0.032 0.045 0.595 0.150 13 S 0.067 0.456 0.040 0.003 0.392 0.004 0.008 0.009 0.004 0.009 0.007 14 E 0.263 0.045 0.003 0.002 0.648 0.002 0.005 0.004 0.001 0.004 0.021 15 V 0.199 0.049 0.002 0.002 0.734 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 16 I 0.140 0.041 0.001 0.001 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 17 L 0.284 0.053 0.005 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 18 A 0.353 0.045 0.005 0.002 0.299 0.004 0.010 0.013 0.008 0.048 0.211 19 T 0.099 0.308 0.105 0.040 0.267 0.015 0.017 0.019 0.016 0.071 0.044 20 S 0.122 0.217 0.129 0.042 0.237 0.017 0.012 0.055 0.059 0.059 0.050 21 S 0.041 0.077 0.042 0.036 0.084 0.027 0.073 0.236 0.235 0.120 0.030 22 D 0.063 0.083 0.053 0.034 0.085 0.028 0.060 0.164 0.146 0.230 0.054 23 E 0.025 0.099 0.031 0.024 0.055 0.051 0.123 0.270 0.176 0.120 0.025 24 K 0.044 0.038 0.038 0.053 0.051 0.063 0.100 0.154 0.125 0.280 0.053 25 H 0.046 0.204 0.247 0.093 0.107 0.061 0.050 0.061 0.039 0.063 0.027 26 P 0.119 0.249 0.151 0.022 0.223 0.007 0.013 0.060 0.047 0.048 0.061 27 P 0.066 0.102 0.061 0.018 0.142 0.013 0.017 0.161 0.295 0.097 0.028 28 E 0.040 0.103 0.029 0.010 0.097 0.025 0.094 0.243 0.262 0.079 0.016 29 N 0.153 0.054 0.015 0.005 0.172 0.008 0.031 0.129 0.124 0.240 0.068 30 I 0.111 0.117 0.052 0.022 0.171 0.020 0.044 0.171 0.116 0.115 0.062 31 I 0.085 0.107 0.092 0.097 0.135 0.085 0.070 0.112 0.059 0.101 0.059 32 D 0.031 0.202 0.136 0.094 0.120 0.048 0.092 0.120 0.067 0.075 0.016 33 G 0.026 0.072 0.088 0.088 0.040 0.053 0.073 0.097 0.115 0.299 0.050 34 N 0.072 0.305 0.168 0.017 0.244 0.006 0.014 0.062 0.054 0.035 0.024 35 P 0.054 0.167 0.050 0.011 0.124 0.010 0.022 0.177 0.243 0.103 0.039 36 E 0.039 0.054 0.021 0.008 0.078 0.011 0.108 0.305 0.217 0.136 0.024 37 T 0.105 0.173 0.058 0.015 0.181 0.013 0.041 0.223 0.091 0.065 0.034 38 F 0.111 0.142 0.046 0.019 0.235 0.015 0.029 0.232 0.090 0.040 0.040 39 W 0.148 0.090 0.042 0.021 0.165 0.037 0.056 0.182 0.130 0.071 0.059 40 T 0.097 0.132 0.121 0.051 0.137 0.021 0.041 0.190 0.119 0.050 0.039 41 T 0.057 0.050 0.036 0.034 0.066 0.051 0.139 0.270 0.134 0.132 0.030 42 T 0.030 0.221 0.137 0.101 0.074 0.060 0.094 0.100 0.070 0.093 0.019 43 G 0.045 0.060 0.092 0.209 0.064 0.082 0.032 0.066 0.066 0.206 0.079 44 M 0.102 0.198 0.179 0.058 0.164 0.031 0.052 0.070 0.055 0.053 0.038 45 F 0.097 0.345 0.162 0.019 0.233 0.009 0.027 0.036 0.024 0.025 0.025 46 P 0.139 0.269 0.061 0.012 0.252 0.011 0.022 0.063 0.067 0.057 0.047 47 Q 0.062 0.174 0.080 0.029 0.196 0.046 0.094 0.121 0.077 0.100 0.020 48 E 0.381 0.068 0.012 0.002 0.413 0.002 0.005 0.017 0.007 0.015 0.079 49 F 0.104 0.168 0.013 0.005 0.672 0.005 0.003 0.016 0.003 0.002 0.007 50 I 0.301 0.032 0.003 0.001 0.627 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.021 51 I 0.278 0.096 0.006 0.002 0.557 0.004 0.004 0.013 0.003 0.003 0.033 52 C 0.302 0.100 0.016 0.005 0.430 0.006 0.012 0.031 0.008 0.020 0.070 53 F 0.231 0.156 0.089 0.019 0.338 0.008 0.011 0.035 0.012 0.031 0.071 54 H 0.053 0.204 0.114 0.112 0.152 0.082 0.047 0.115 0.069 0.035 0.017 55 K 0.017 0.036 0.026 0.055 0.035 0.109 0.288 0.252 0.120 0.051 0.010 56 H 0.139 0.044 0.014 0.007 0.134 0.014 0.035 0.070 0.112 0.321 0.110 57 V 0.171 0.233 0.022 0.002 0.514 0.002 0.004 0.009 0.009 0.013 0.020 58 R 0.206 0.176 0.032 0.003 0.496 0.003 0.007 0.009 0.005 0.021 0.042 59 I 0.480 0.026 0.002 0.002 0.358 0.001 0.001 0.013 0.014 0.014 0.089 60 E 0.015 0.057 0.039 0.101 0.059 0.260 0.267 0.152 0.030 0.017 0.003 61 R 0.382 0.047 0.004 0.001 0.483 0.001 0.004 0.013 0.003 0.013 0.050 62 L 0.248 0.127 0.006 0.007 0.571 0.009 0.004 0.010 0.002 0.002 0.015 63 V 0.215 0.076 0.008 0.001 0.642 0.002 0.005 0.011 0.002 0.004 0.034 64 I 0.465 0.038 0.006 0.003 0.338 0.006 0.007 0.021 0.005 0.008 0.103 65 Q 0.124 0.135 0.041 0.091 0.246 0.080 0.092 0.085 0.029 0.048 0.030 66 S 0.306 0.077 0.015 0.005 0.415 0.004 0.014 0.036 0.016 0.022 0.091 67 Y 0.205 0.162 0.036 0.033 0.362 0.022 0.023 0.042 0.026 0.042 0.048 68 F 0.184 0.159 0.034 0.008 0.415 0.015 0.051 0.057 0.018 0.026 0.032 69 V 0.521 0.040 0.005 0.003 0.279 0.007 0.008 0.021 0.011 0.017 0.089 70 Q 0.039 0.189 0.065 0.131 0.198 0.170 0.099 0.056 0.019 0.024 0.008 71 T 0.485 0.031 0.004 0.001 0.348 0.001 0.002 0.007 0.003 0.021 0.097 72 L 0.182 0.237 0.024 0.011 0.487 0.011 0.004 0.006 0.003 0.009 0.027 73 K 0.243 0.174 0.037 0.003 0.489 0.003 0.003 0.005 0.002 0.007 0.035 74 I 0.367 0.133 0.027 0.004 0.391 0.003 0.002 0.009 0.004 0.007 0.053 75 E 0.123 0.279 0.086 0.040 0.354 0.030 0.017 0.029 0.012 0.010 0.021 76 K 0.188 0.158 0.066 0.018 0.305 0.029 0.029 0.070 0.033 0.035 0.069 77 S 0.166 0.132 0.048 0.025 0.231 0.022 0.036 0.102 0.072 0.096 0.072 78 T 0.090 0.142 0.057 0.043 0.128 0.045 0.055 0.152 0.116 0.129 0.042 79 S 0.103 0.228 0.077 0.017 0.258 0.009 0.018 0.125 0.073 0.059 0.034 80 K 0.059 0.042 0.026 0.037 0.055 0.041 0.065 0.235 0.216 0.162 0.063 81 E 0.025 0.355 0.283 0.039 0.106 0.010 0.016 0.096 0.038 0.024 0.009 82 P 0.104 0.112 0.028 0.008 0.132 0.009 0.026 0.294 0.176 0.068 0.042 83 V 0.069 0.179 0.074 0.017 0.174 0.021 0.030 0.275 0.106 0.033 0.023 84 D 0.098 0.128 0.038 0.006 0.138 0.006 0.023 0.345 0.096 0.070 0.051 85 F 0.069 0.045 0.016 0.007 0.079 0.007 0.010 0.496 0.178 0.068 0.024 86 E 0.009 0.023 0.013 0.014 0.019 0.023 0.045 0.660 0.167 0.023 0.004 87 Q 0.029 0.028 0.016 0.008 0.041 0.007 0.032 0.637 0.126 0.061 0.016 88 W 0.040 0.032 0.011 0.009 0.046 0.010 0.032 0.608 0.113 0.081 0.018 89 I 0.038 0.090 0.019 0.006 0.081 0.008 0.025 0.585 0.101 0.036 0.011 90 E 0.055 0.046 0.018 0.010 0.073 0.015 0.026 0.556 0.125 0.054 0.021 91 K 0.037 0.062 0.030 0.030 0.082 0.028 0.051 0.518 0.113 0.032 0.016 92 D 0.078 0.049 0.016 0.010 0.125 0.013 0.037 0.458 0.130 0.054 0.031 93 L 0.104 0.060 0.013 0.006 0.193 0.010 0.032 0.343 0.102 0.099 0.040 94 V 0.091 0.123 0.015 0.013 0.250 0.025 0.051 0.243 0.076 0.085 0.027 95 H 0.173 0.190 0.108 0.032 0.209 0.014 0.017 0.104 0.040 0.063 0.050 96 T 0.096 0.079 0.092 0.050 0.132 0.054 0.061 0.276 0.079 0.051 0.030 97 E 0.046 0.164 0.084 0.136 0.079 0.060 0.076 0.160 0.070 0.090 0.035 98 G 0.034 0.075 0.119 0.170 0.050 0.029 0.013 0.064 0.042 0.299 0.105 99 Q 0.094 0.300 0.093 0.012 0.259 0.012 0.022 0.113 0.041 0.034 0.020 100 L 0.260 0.135 0.039 0.008 0.351 0.008 0.014 0.086 0.027 0.027 0.047 101 Q 0.091 0.142 0.068 0.069 0.189 0.081 0.097 0.147 0.043 0.048 0.025 102 N 0.207 0.124 0.037 0.041 0.236 0.024 0.020 0.092 0.053 0.093 0.075 103 E 0.076 0.150 0.075 0.053 0.167 0.024 0.038 0.122 0.080 0.165 0.050 104 E 0.181 0.211 0.082 0.007 0.391 0.004 0.011 0.029 0.016 0.034 0.034 105 I 0.096 0.391 0.059 0.002 0.431 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.009 106 V 0.214 0.211 0.043 0.004 0.437 0.006 0.009 0.018 0.005 0.008 0.045 107 A 0.113 0.166 0.113 0.084 0.153 0.090 0.061 0.087 0.050 0.042 0.041 108 H 0.044 0.079 0.067 0.144 0.061 0.123 0.130 0.162 0.100 0.063 0.029 109 D 0.042 0.065 0.053 0.101 0.042 0.039 0.020 0.038 0.076 0.442 0.083 110 G 0.058 0.180 0.108 0.090 0.116 0.034 0.032 0.070 0.093 0.167 0.051 111 S 0.087 0.128 0.092 0.039 0.097 0.031 0.054 0.080 0.098 0.216 0.077 112 A 0.228 0.130 0.030 0.012 0.289 0.007 0.007 0.044 0.069 0.091 0.094 113 T 0.068 0.175 0.067 0.027 0.240 0.041 0.102 0.168 0.062 0.036 0.013 114 Y 0.374 0.051 0.009 0.002 0.429 0.002 0.005 0.027 0.012 0.032 0.058 115 L 0.272 0.091 0.006 0.006 0.554 0.006 0.004 0.015 0.003 0.007 0.036 116 R 0.220 0.058 0.008 0.007 0.628 0.009 0.015 0.019 0.002 0.006 0.026 117 F 0.239 0.061 0.004 0.001 0.673 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.011 118 I 0.168 0.087 0.005 0.001 0.712 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.012 119 I 0.472 0.025 0.003 0.001 0.394 0.002 0.004 0.016 0.002 0.004 0.078 120 V 0.144 0.085 0.021 0.034 0.231 0.080 0.151 0.101 0.028 0.063 0.063 121 S 0.149 0.162 0.133 0.110 0.174 0.036 0.028 0.055 0.032 0.052 0.068 122 A 0.049 0.063 0.046 0.068 0.072 0.070 0.061 0.226 0.197 0.113 0.035 123 F 0.051 0.090 0.029 0.043 0.087 0.048 0.130 0.227 0.163 0.104 0.030 124 D 0.074 0.054 0.025 0.037 0.093 0.059 0.125 0.179 0.144 0.165 0.046 125 H 0.100 0.142 0.066 0.030 0.196 0.017 0.030 0.127 0.102 0.139 0.051 126 F 0.282 0.090 0.020 0.010 0.318 0.009 0.018 0.057 0.044 0.061 0.091 127 A 0.145 0.206 0.045 0.023 0.354 0.026 0.039 0.046 0.027 0.048 0.040 128 S 0.194 0.139 0.035 0.009 0.458 0.015 0.035 0.036 0.017 0.030 0.032 129 V 0.485 0.030 0.004 0.005 0.304 0.007 0.008 0.020 0.015 0.023 0.100 130 H 0.100 0.178 0.039 0.059 0.354 0.080 0.056 0.052 0.021 0.031 0.030 131 S 0.329 0.056 0.008 0.001 0.469 0.001 0.005 0.016 0.009 0.030 0.075 132 V 0.232 0.188 0.022 0.012 0.438 0.012 0.009 0.016 0.010 0.019 0.041 133 S 0.186 0.228 0.123 0.019 0.322 0.007 0.009 0.016 0.010 0.024 0.056 134 A 0.140 0.085 0.058 0.046 0.119 0.043 0.032 0.176 0.143 0.094 0.064 135 E 0.019 0.084 0.069 0.149 0.040 0.096 0.159 0.186 0.095 0.085 0.017 136 G 0.064 0.089 0.097 0.093 0.088 0.021 0.014 0.060 0.062 0.301 0.112 137 T 0.126 0.267 0.064 0.010 0.357 0.007 0.016 0.079 0.034 0.020 0.020 138 V 0.190 0.191 0.035 0.006 0.371 0.011 0.023 0.086 0.028 0.026 0.033 139 V 0.279 0.073 0.021 0.018 0.268 0.012 0.015 0.090 0.056 0.069 0.100 140 S 0.045 0.153 0.075 0.073 0.124 0.095 0.104 0.196 0.087 0.032 0.018 141 N 0.146 0.120 0.051 0.011 0.211 0.005 0.013 0.091 0.075 0.164 0.112 142 L 0.125 0.129 0.053 0.024 0.188 0.024 0.034 0.140 0.105 0.114 0.063 143 S 0.055 0.172 0.096 0.048 0.132 0.037 0.065 0.178 0.104 0.081 0.032 144 S 0.066 0.149 0.086 0.033 0.119 0.025 0.050 0.190 0.122 0.121 0.039