# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.005 0.004 0.021 0.099 0.828 2 R 0.192 0.013 0.009 0.058 0.114 0.615 3 K 0.278 0.022 0.017 0.063 0.145 0.476 4 I 0.372 0.029 0.028 0.091 0.138 0.342 5 D 0.336 0.012 0.030 0.086 0.177 0.359 6 L 0.259 0.009 0.047 0.149 0.209 0.326 7 C 0.255 0.018 0.039 0.145 0.205 0.338 8 L 0.306 0.035 0.048 0.132 0.219 0.260 9 S 0.249 0.025 0.056 0.094 0.320 0.256 10 S 0.217 0.013 0.094 0.084 0.478 0.114 11 E 0.168 0.010 0.084 0.059 0.546 0.132 12 G 0.154 0.013 0.035 0.022 0.548 0.230 13 S 0.356 0.008 0.009 0.006 0.292 0.329 14 E 0.792 0.004 0.003 0.003 0.057 0.141 15 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 16 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 18 A 0.925 0.002 0.001 0.003 0.016 0.054 19 T 0.592 0.010 0.004 0.003 0.126 0.265 20 S 0.301 0.020 0.018 0.004 0.280 0.379 21 S 0.104 0.030 0.046 0.006 0.441 0.372 22 D 0.021 0.010 0.060 0.005 0.847 0.057 23 E 0.007 0.004 0.125 0.012 0.798 0.054 24 K 0.006 0.007 0.078 0.029 0.775 0.105 25 H 0.020 0.033 0.016 0.008 0.656 0.267 26 P 0.013 0.029 0.010 0.020 0.178 0.749 27 P 0.005 0.011 0.526 0.244 0.119 0.096 28 E 0.007 0.002 0.676 0.189 0.094 0.031 29 N 0.016 0.005 0.622 0.200 0.129 0.028 30 I 0.045 0.042 0.158 0.226 0.433 0.095 31 I 0.069 0.049 0.046 0.128 0.560 0.148 32 D 0.022 0.012 0.014 0.035 0.736 0.182 33 G 0.019 0.017 0.005 0.008 0.577 0.374 34 N 0.016 0.016 0.002 0.002 0.232 0.731 35 P 0.030 0.011 0.115 0.159 0.480 0.204 36 E 0.053 0.004 0.110 0.241 0.443 0.148 37 T 0.163 0.013 0.084 0.345 0.293 0.103 38 F 0.375 0.015 0.032 0.276 0.157 0.144 39 W 0.460 0.030 0.019 0.249 0.102 0.140 40 T 0.516 0.039 0.018 0.167 0.165 0.094 41 T 0.339 0.026 0.017 0.061 0.428 0.129 42 T 0.078 0.009 0.017 0.025 0.713 0.158 43 G 0.064 0.007 0.013 0.003 0.735 0.179 44 M 0.201 0.026 0.012 0.004 0.460 0.297 45 F 0.281 0.025 0.007 0.002 0.297 0.387 46 P 0.274 0.009 0.010 0.002 0.279 0.428 47 Q 0.683 0.008 0.003 0.001 0.083 0.221 48 E 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 49 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 50 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 51 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 52 C 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 53 F 0.929 0.001 0.001 0.001 0.016 0.053 54 H 0.868 0.002 0.001 0.001 0.061 0.066 55 K 0.798 0.003 0.002 0.002 0.100 0.096 56 H 0.737 0.004 0.004 0.003 0.165 0.088 57 V 0.858 0.007 0.002 0.001 0.067 0.065 58 R 0.881 0.005 0.002 0.001 0.032 0.080 59 I 0.916 0.002 0.007 0.007 0.036 0.033 60 E 0.874 0.001 0.008 0.010 0.045 0.063 61 R 0.950 0.001 0.003 0.010 0.017 0.019 62 L 0.971 0.001 0.001 0.007 0.007 0.013 63 V 0.973 0.001 0.001 0.007 0.005 0.013 64 I 0.940 0.004 0.001 0.007 0.017 0.032 65 Q 0.821 0.005 0.004 0.010 0.077 0.083 66 S 0.409 0.009 0.014 0.007 0.314 0.246 67 Y 0.233 0.023 0.021 0.004 0.422 0.297 68 F 0.205 0.024 0.016 0.002 0.373 0.380 69 V 0.177 0.006 0.079 0.005 0.439 0.294 70 Q 0.298 0.003 0.048 0.004 0.401 0.246 71 T 0.832 0.006 0.018 0.004 0.081 0.058 72 L 0.957 0.003 0.001 0.002 0.013 0.024 73 K 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 74 I 0.980 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 75 E 0.925 0.002 0.001 0.002 0.035 0.035 76 K 0.674 0.008 0.003 0.004 0.151 0.160 77 S 0.194 0.015 0.013 0.005 0.441 0.332 78 T 0.164 0.038 0.008 0.003 0.380 0.407 79 S 0.056 0.010 0.003 0.003 0.306 0.622 80 K 0.051 0.013 0.049 0.033 0.572 0.281 81 E 0.045 0.008 0.032 0.028 0.594 0.294 82 P 0.065 0.014 0.092 0.092 0.473 0.265 83 V 0.124 0.025 0.043 0.165 0.205 0.437 84 D 0.175 0.030 0.028 0.349 0.085 0.331 85 F 0.048 0.003 0.017 0.887 0.015 0.030 86 E 0.086 0.002 0.014 0.845 0.022 0.032 87 Q 0.077 0.001 0.021 0.845 0.035 0.020 88 W 0.140 0.004 0.030 0.723 0.064 0.040 89 I 0.076 0.006 0.021 0.799 0.051 0.047 90 E 0.071 0.004 0.030 0.764 0.074 0.057 91 K 0.043 0.003 0.033 0.718 0.107 0.095 92 D 0.074 0.007 0.050 0.507 0.200 0.163 93 L 0.190 0.022 0.045 0.214 0.303 0.226 94 V 0.258 0.025 0.031 0.196 0.203 0.287 95 H 0.201 0.014 0.036 0.092 0.462 0.194 96 T 0.100 0.010 0.055 0.071 0.547 0.217 97 E 0.094 0.010 0.055 0.063 0.534 0.245 98 G 0.270 0.011 0.036 0.016 0.423 0.244 99 Q 0.603 0.021 0.012 0.021 0.111 0.231 100 L 0.644 0.042 0.008 0.017 0.069 0.219 101 Q 0.465 0.025 0.004 0.016 0.123 0.366 102 N 0.186 0.005 0.009 0.030 0.179 0.591 103 E 0.167 0.004 0.090 0.299 0.246 0.194 104 E 0.214 0.013 0.088 0.331 0.247 0.107 105 I 0.228 0.024 0.073 0.307 0.250 0.118 106 V 0.260 0.023 0.047 0.223 0.271 0.175 107 A 0.219 0.027 0.062 0.196 0.341 0.155 108 H 0.145 0.010 0.063 0.170 0.396 0.216 109 D 0.112 0.011 0.036 0.069 0.408 0.365 110 G 0.143 0.007 0.015 0.009 0.347 0.478 111 S 0.449 0.008 0.007 0.002 0.133 0.402 112 A 0.895 0.007 0.002 0.001 0.022 0.073 113 T 0.956 0.002 0.001 0.001 0.011 0.030 114 Y 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 115 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 116 R 0.962 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 117 F 0.984 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 118 I 0.983 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 119 I 0.971 0.001 0.001 0.019 0.003 0.007 120 V 0.904 0.001 0.001 0.042 0.020 0.032 121 S 0.707 0.005 0.009 0.068 0.095 0.116 122 A 0.155 0.010 0.095 0.140 0.357 0.242 123 F 0.039 0.006 0.286 0.124 0.507 0.037 124 D 0.027 0.003 0.283 0.118 0.534 0.035 125 H 0.011 0.002 0.129 0.238 0.514 0.105 126 F 0.042 0.019 0.019 0.047 0.517 0.355 127 A 0.176 0.031 0.013 0.057 0.212 0.511 128 S 0.372 0.039 0.022 0.062 0.190 0.316 129 V 0.424 0.015 0.072 0.075 0.218 0.196 130 H 0.583 0.006 0.056 0.041 0.141 0.173 131 S 0.668 0.005 0.054 0.032 0.123 0.119 132 V 0.744 0.005 0.020 0.031 0.084 0.116 133 S 0.847 0.004 0.007 0.017 0.045 0.080 134 A 0.922 0.003 0.004 0.009 0.020 0.043 135 E 0.934 0.002 0.003 0.007 0.018 0.037 136 G 0.947 0.002 0.002 0.004 0.012 0.032 137 T 0.889 0.006 0.002 0.004 0.026 0.073 138 V 0.722 0.011 0.004 0.004 0.071 0.189 139 V 0.415 0.025 0.010 0.008 0.211 0.332 140 S 0.157 0.024 0.039 0.010 0.432 0.338 141 N 0.070 0.021 0.050 0.014 0.522 0.322 142 L 0.028 0.018 0.038 0.022 0.424 0.470 143 S 0.022 0.018 0.006 0.013 0.198 0.743 144 S 0.007 0.003 0.001 0.004 0.054 0.930