# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.014 0.808 0.004 0.003 0.012 0.001 0.001 0.007 0.079 0.010 0.019 0.040 2 R 0.002 0.022 0.813 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.012 0.035 0.006 0.049 0.041 3 K 0.007 0.027 0.562 0.007 0.026 0.045 0.004 0.001 0.026 0.044 0.027 0.028 0.196 4 I 0.016 0.029 0.374 0.044 0.060 0.064 0.010 0.002 0.031 0.089 0.075 0.131 0.076 5 D 0.010 0.013 0.393 0.024 0.072 0.056 0.005 0.003 0.030 0.103 0.093 0.071 0.128 6 L 0.014 0.013 0.286 0.022 0.070 0.071 0.005 0.002 0.023 0.182 0.126 0.052 0.134 7 C 0.019 0.025 0.349 0.023 0.038 0.054 0.004 0.002 0.021 0.121 0.087 0.180 0.077 8 L 0.023 0.037 0.322 0.014 0.048 0.074 0.005 0.003 0.025 0.091 0.072 0.042 0.243 9 S 0.027 0.017 0.396 0.034 0.041 0.072 0.005 0.002 0.016 0.108 0.075 0.100 0.107 10 S 0.036 0.020 0.227 0.011 0.072 0.053 0.006 0.001 0.011 0.129 0.130 0.126 0.178 11 E 0.016 0.014 0.114 0.029 0.060 0.034 0.004 0.001 0.007 0.127 0.478 0.047 0.069 12 G 0.015 0.011 0.161 0.051 0.029 0.006 0.003 0.001 0.005 0.205 0.391 0.069 0.052 13 S 0.033 0.006 0.457 0.027 0.012 0.002 0.004 0.001 0.008 0.141 0.068 0.050 0.192 14 E 0.199 0.006 0.183 0.091 0.005 0.001 0.030 0.003 0.020 0.136 0.013 0.167 0.146 15 V 0.467 0.003 0.031 0.007 0.002 0.001 0.072 0.009 0.019 0.009 0.001 0.187 0.194 16 I 0.675 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.127 0.012 0.010 0.001 0.001 0.033 0.123 17 L 0.655 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.112 0.008 0.010 0.001 0.001 0.178 0.028 18 A 0.435 0.002 0.042 0.004 0.001 0.001 0.074 0.006 0.015 0.003 0.001 0.037 0.380 19 T 0.175 0.007 0.251 0.054 0.003 0.001 0.027 0.004 0.029 0.057 0.019 0.239 0.135 20 S 0.018 0.015 0.301 0.018 0.011 0.003 0.003 0.001 0.016 0.344 0.063 0.059 0.148 21 S 0.003 0.010 0.232 0.003 0.073 0.018 0.001 0.001 0.005 0.341 0.268 0.019 0.026 22 D 0.002 0.018 0.210 0.002 0.172 0.028 0.001 0.001 0.002 0.156 0.385 0.012 0.012 23 E 0.001 0.008 0.111 0.002 0.127 0.018 0.001 0.001 0.001 0.123 0.600 0.002 0.008 24 K 0.001 0.015 0.191 0.003 0.058 0.008 0.001 0.001 0.001 0.204 0.507 0.005 0.007 25 H 0.001 0.049 0.484 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.392 0.028 0.015 0.012 26 P 0.001 0.053 0.780 0.002 0.014 0.007 0.001 0.001 0.002 0.080 0.028 0.005 0.029 27 P 0.001 0.023 0.340 0.008 0.345 0.103 0.001 0.001 0.005 0.036 0.108 0.003 0.026 28 E 0.001 0.011 0.103 0.021 0.353 0.160 0.001 0.001 0.011 0.213 0.102 0.017 0.006 29 N 0.002 0.018 0.104 0.005 0.355 0.264 0.003 0.004 0.038 0.052 0.126 0.008 0.022 30 I 0.010 0.083 0.204 0.002 0.086 0.253 0.009 0.050 0.087 0.036 0.087 0.028 0.065 31 I 0.024 0.098 0.169 0.013 0.037 0.121 0.012 0.039 0.051 0.082 0.273 0.039 0.043 32 D 0.004 0.017 0.410 0.008 0.023 0.031 0.002 0.011 0.027 0.262 0.151 0.013 0.041 33 G 0.001 0.026 0.310 0.008 0.016 0.015 0.001 0.001 0.002 0.506 0.094 0.011 0.011 34 N 0.001 0.017 0.677 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.269 0.016 0.003 0.008 35 P 0.001 0.006 0.121 0.003 0.304 0.117 0.001 0.001 0.001 0.091 0.354 0.001 0.003 36 E 0.006 0.013 0.076 0.005 0.280 0.151 0.001 0.001 0.002 0.083 0.364 0.007 0.011 37 T 0.027 0.052 0.084 0.005 0.281 0.203 0.005 0.003 0.010 0.099 0.149 0.027 0.055 38 F 0.100 0.057 0.145 0.017 0.070 0.208 0.010 0.005 0.018 0.053 0.109 0.089 0.119 39 W 0.114 0.051 0.194 0.037 0.053 0.127 0.012 0.006 0.013 0.078 0.126 0.060 0.130 40 T 0.157 0.047 0.133 0.009 0.052 0.076 0.015 0.004 0.014 0.081 0.079 0.131 0.201 41 T 0.079 0.040 0.177 0.018 0.059 0.060 0.007 0.001 0.005 0.105 0.198 0.067 0.184 42 T 0.017 0.025 0.257 0.026 0.036 0.023 0.003 0.001 0.003 0.182 0.326 0.041 0.060 43 G 0.005 0.005 0.227 0.010 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.293 0.384 0.017 0.026 44 M 0.015 0.029 0.241 0.014 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.349 0.226 0.023 0.073 45 F 0.006 0.025 0.358 0.004 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.332 0.072 0.151 0.031 46 P 0.016 0.011 0.421 0.056 0.006 0.002 0.003 0.001 0.003 0.094 0.066 0.005 0.317 47 Q 0.050 0.006 0.085 0.006 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 0.030 0.009 0.782 0.018 48 E 0.110 0.004 0.035 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.007 0.001 0.005 0.817 49 F 0.201 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.734 0.014 50 I 0.435 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.507 51 I 0.607 0.001 0.014 0.022 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.002 0.001 0.240 0.065 52 C 0.568 0.001 0.018 0.012 0.001 0.002 0.044 0.001 0.006 0.006 0.006 0.097 0.238 53 F 0.349 0.003 0.055 0.019 0.003 0.003 0.031 0.001 0.012 0.020 0.023 0.138 0.343 54 H 0.328 0.004 0.082 0.086 0.005 0.004 0.012 0.001 0.005 0.045 0.047 0.169 0.212 55 K 0.161 0.005 0.103 0.012 0.010 0.006 0.009 0.001 0.011 0.099 0.067 0.247 0.269 56 H 0.135 0.010 0.077 0.022 0.010 0.007 0.011 0.001 0.006 0.030 0.033 0.099 0.559 57 V 0.241 0.007 0.121 0.036 0.002 0.003 0.023 0.001 0.004 0.035 0.013 0.295 0.219 58 R 0.190 0.018 0.103 0.006 0.001 0.002 0.027 0.001 0.009 0.016 0.005 0.281 0.341 59 I 0.159 0.005 0.066 0.016 0.018 0.014 0.041 0.002 0.014 0.011 0.015 0.052 0.588 60 E 0.070 0.001 0.020 0.819 0.003 0.002 0.012 0.001 0.003 0.016 0.003 0.034 0.016 61 R 0.488 0.001 0.008 0.017 0.005 0.002 0.120 0.015 0.024 0.010 0.001 0.151 0.157 62 L 0.444 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.195 0.063 0.030 0.002 0.001 0.041 0.211 63 V 0.456 0.002 0.011 0.021 0.001 0.002 0.254 0.039 0.037 0.001 0.001 0.147 0.029 64 I 0.254 0.002 0.095 0.016 0.002 0.002 0.083 0.039 0.033 0.003 0.003 0.038 0.429 65 Q 0.101 0.001 0.128 0.357 0.009 0.003 0.019 0.005 0.018 0.079 0.045 0.153 0.082 66 S 0.048 0.005 0.221 0.067 0.018 0.002 0.006 0.001 0.014 0.263 0.076 0.108 0.173 67 Y 0.028 0.018 0.311 0.015 0.015 0.005 0.006 0.001 0.010 0.224 0.046 0.029 0.292 68 F 0.013 0.031 0.313 0.008 0.004 0.004 0.004 0.001 0.014 0.083 0.016 0.457 0.052 69 V 0.021 0.007 0.237 0.011 0.025 0.009 0.004 0.001 0.006 0.050 0.058 0.012 0.560 70 Q 0.036 0.001 0.114 0.524 0.014 0.003 0.005 0.001 0.003 0.136 0.048 0.100 0.016 71 T 0.177 0.006 0.066 0.004 0.019 0.005 0.021 0.001 0.017 0.035 0.018 0.153 0.476 72 L 0.359 0.005 0.067 0.018 0.002 0.002 0.042 0.002 0.006 0.017 0.007 0.069 0.405 73 K 0.403 0.003 0.032 0.006 0.001 0.001 0.038 0.001 0.004 0.002 0.001 0.458 0.052 74 I 0.258 0.003 0.023 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.005 0.002 0.001 0.033 0.649 75 E 0.241 0.001 0.144 0.125 0.004 0.004 0.020 0.001 0.011 0.019 0.012 0.338 0.080 76 K 0.217 0.011 0.062 0.007 0.007 0.003 0.025 0.001 0.014 0.066 0.041 0.136 0.408 77 S 0.047 0.023 0.265 0.016 0.013 0.003 0.010 0.001 0.009 0.127 0.178 0.141 0.167 78 T 0.008 0.022 0.442 0.023 0.010 0.002 0.003 0.001 0.005 0.224 0.135 0.050 0.075 79 S 0.003 0.012 0.261 0.007 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.299 0.341 0.029 0.028 80 K 0.002 0.008 0.250 0.003 0.035 0.007 0.001 0.001 0.002 0.366 0.298 0.009 0.020 81 E 0.001 0.010 0.236 0.003 0.053 0.013 0.001 0.001 0.001 0.475 0.179 0.017 0.010 82 P 0.004 0.023 0.552 0.012 0.055 0.030 0.002 0.001 0.003 0.088 0.124 0.005 0.102 83 V 0.025 0.037 0.605 0.009 0.017 0.047 0.006 0.001 0.005 0.070 0.029 0.099 0.049 84 D 0.056 0.060 0.408 0.001 0.012 0.140 0.010 0.002 0.012 0.030 0.012 0.087 0.170 85 F 0.018 0.006 0.060 0.002 0.044 0.755 0.005 0.002 0.007 0.012 0.018 0.016 0.055 86 E 0.025 0.001 0.037 0.050 0.041 0.744 0.004 0.002 0.006 0.013 0.030 0.027 0.019 87 Q 0.045 0.003 0.035 0.007 0.056 0.623 0.007 0.002 0.010 0.026 0.040 0.084 0.063 88 W 0.055 0.008 0.044 0.002 0.028 0.611 0.009 0.002 0.013 0.011 0.029 0.038 0.151 89 I 0.056 0.014 0.080 0.031 0.018 0.633 0.008 0.002 0.008 0.018 0.026 0.056 0.050 90 E 0.025 0.007 0.117 0.014 0.038 0.622 0.003 0.001 0.004 0.026 0.050 0.031 0.063 91 K 0.015 0.002 0.068 0.015 0.090 0.467 0.001 0.001 0.002 0.084 0.186 0.032 0.037 92 D 0.016 0.005 0.130 0.005 0.104 0.350 0.002 0.001 0.003 0.063 0.259 0.022 0.041 93 L 0.023 0.029 0.202 0.007 0.068 0.271 0.005 0.002 0.016 0.083 0.125 0.030 0.141 94 V 0.036 0.041 0.228 0.028 0.026 0.112 0.007 0.001 0.017 0.168 0.104 0.117 0.114 95 H 0.010 0.020 0.361 0.029 0.016 0.031 0.002 0.001 0.015 0.271 0.062 0.113 0.070 96 T 0.006 0.008 0.344 0.027 0.031 0.034 0.002 0.001 0.020 0.142 0.281 0.028 0.076 97 E 0.042 0.015 0.208 0.050 0.024 0.016 0.008 0.002 0.025 0.152 0.291 0.044 0.122 98 G 0.113 0.013 0.142 0.004 0.010 0.009 0.016 0.002 0.051 0.097 0.058 0.394 0.089 99 Q 0.093 0.018 0.140 0.006 0.003 0.003 0.026 0.002 0.031 0.021 0.012 0.013 0.632 100 L 0.056 0.012 0.126 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.013 0.003 0.735 0.030 101 Q 0.024 0.022 0.268 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.015 0.003 0.027 0.624 102 N 0.016 0.012 0.373 0.015 0.072 0.211 0.002 0.001 0.004 0.061 0.094 0.069 0.070 103 E 0.009 0.002 0.065 0.018 0.208 0.288 0.001 0.001 0.001 0.093 0.258 0.026 0.031 104 E 0.007 0.005 0.076 0.021 0.314 0.263 0.002 0.001 0.003 0.057 0.169 0.022 0.059 105 I 0.013 0.046 0.151 0.010 0.146 0.365 0.003 0.001 0.005 0.065 0.059 0.054 0.084 106 V 0.015 0.062 0.318 0.033 0.057 0.217 0.003 0.001 0.010 0.071 0.061 0.040 0.111 107 A 0.010 0.027 0.213 0.011 0.089 0.187 0.002 0.001 0.006 0.065 0.248 0.024 0.119 108 H 0.002 0.008 0.129 0.023 0.051 0.058 0.001 0.001 0.001 0.138 0.549 0.020 0.021 109 D 0.002 0.007 0.257 0.017 0.030 0.016 0.001 0.001 0.001 0.256 0.377 0.011 0.026 110 G 0.018 0.009 0.426 0.010 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.210 0.062 0.161 0.085 111 S 0.088 0.025 0.262 0.018 0.010 0.005 0.007 0.001 0.007 0.072 0.027 0.110 0.369 112 A 0.197 0.007 0.088 0.010 0.006 0.008 0.041 0.005 0.025 0.011 0.007 0.146 0.450 113 T 0.457 0.002 0.033 0.153 0.001 0.002 0.109 0.005 0.012 0.018 0.003 0.145 0.060 114 Y 0.592 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.156 0.013 0.022 0.002 0.001 0.063 0.146 115 L 0.692 0.001 0.012 0.028 0.001 0.001 0.102 0.010 0.010 0.002 0.001 0.068 0.074 116 R 0.782 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.096 0.012 0.012 0.003 0.001 0.038 0.042 117 F 0.743 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.109 0.028 0.012 0.001 0.001 0.044 0.053 118 I 0.719 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.122 0.034 0.014 0.001 0.001 0.067 0.027 119 I 0.504 0.004 0.045 0.010 0.001 0.002 0.080 0.030 0.020 0.002 0.001 0.027 0.274 120 V 0.259 0.007 0.126 0.195 0.016 0.013 0.039 0.011 0.028 0.015 0.016 0.163 0.111 121 S 0.054 0.014 0.208 0.031 0.091 0.041 0.008 0.007 0.042 0.144 0.123 0.092 0.145 122 A 0.010 0.018 0.137 0.014 0.172 0.089 0.002 0.002 0.017 0.128 0.330 0.018 0.062 123 F 0.004 0.028 0.250 0.008 0.154 0.067 0.001 0.002 0.013 0.191 0.210 0.039 0.033 124 D 0.003 0.015 0.207 0.015 0.095 0.036 0.001 0.001 0.003 0.148 0.436 0.014 0.027 125 H 0.003 0.014 0.165 0.012 0.053 0.017 0.001 0.001 0.004 0.223 0.474 0.010 0.024 126 F 0.005 0.019 0.373 0.005 0.039 0.012 0.001 0.001 0.004 0.295 0.151 0.054 0.040 127 A 0.011 0.035 0.363 0.012 0.037 0.020 0.003 0.001 0.006 0.204 0.160 0.027 0.121 128 S 0.020 0.032 0.352 0.034 0.041 0.024 0.003 0.001 0.011 0.172 0.083 0.109 0.117 129 V 0.043 0.021 0.291 0.098 0.029 0.021 0.007 0.001 0.008 0.123 0.109 0.032 0.218 130 H 0.094 0.018 0.180 0.016 0.021 0.023 0.017 0.002 0.025 0.090 0.095 0.338 0.083 131 S 0.242 0.010 0.077 0.011 0.006 0.007 0.032 0.004 0.023 0.022 0.020 0.032 0.514 132 V 0.383 0.002 0.047 0.050 0.002 0.002 0.040 0.005 0.020 0.020 0.009 0.378 0.042 133 S 0.445 0.003 0.027 0.007 0.001 0.001 0.063 0.005 0.019 0.011 0.003 0.038 0.376 134 A 0.597 0.001 0.032 0.010 0.001 0.001 0.077 0.007 0.013 0.006 0.003 0.174 0.078 135 E 0.681 0.002 0.016 0.009 0.001 0.001 0.084 0.011 0.014 0.006 0.003 0.076 0.096 136 G 0.564 0.002 0.038 0.012 0.002 0.002 0.100 0.014 0.018 0.008 0.005 0.086 0.151 137 T 0.481 0.005 0.082 0.030 0.002 0.002 0.082 0.009 0.021 0.018 0.012 0.098 0.160 138 V 0.180 0.011 0.260 0.007 0.002 0.002 0.032 0.004 0.035 0.058 0.012 0.243 0.153 139 V 0.054 0.045 0.350 0.009 0.011 0.005 0.013 0.002 0.023 0.051 0.023 0.064 0.352 140 S 0.018 0.023 0.362 0.041 0.059 0.011 0.004 0.001 0.006 0.130 0.180 0.103 0.062 141 N 0.005 0.011 0.304 0.011 0.069 0.009 0.001 0.001 0.002 0.222 0.302 0.017 0.047 142 L 0.001 0.013 0.588 0.003 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.228 0.094 0.014 0.023 143 S 0.001 0.008 0.805 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.133 0.029 0.007 0.007 144 S 0.001 0.004 0.933 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.008 0.001 0.004