# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.201 0.087 0.051 0.086 0.071 0.077 0.099 0.094 0.100 0.079 0.055 2 R 0.208 0.183 0.085 0.151 0.115 0.083 0.077 0.042 0.028 0.018 0.010 3 K 0.230 0.187 0.108 0.180 0.118 0.069 0.052 0.027 0.016 0.009 0.004 4 I 0.094 0.051 0.028 0.079 0.100 0.118 0.169 0.132 0.109 0.077 0.043 5 D 0.144 0.153 0.133 0.210 0.134 0.084 0.065 0.032 0.023 0.014 0.009 6 L 0.052 0.054 0.055 0.106 0.102 0.102 0.156 0.122 0.114 0.084 0.054 7 C 0.141 0.115 0.073 0.132 0.108 0.100 0.122 0.076 0.061 0.044 0.029 8 L 0.062 0.076 0.053 0.112 0.109 0.110 0.142 0.106 0.103 0.077 0.049 9 S 0.066 0.075 0.050 0.129 0.112 0.111 0.139 0.100 0.096 0.069 0.054 10 S 0.209 0.123 0.100 0.159 0.104 0.087 0.080 0.047 0.041 0.028 0.023 11 E 0.220 0.150 0.079 0.157 0.116 0.097 0.090 0.040 0.028 0.016 0.007 12 G 0.250 0.152 0.058 0.129 0.084 0.070 0.073 0.053 0.053 0.044 0.034 13 S 0.067 0.077 0.047 0.123 0.128 0.114 0.127 0.095 0.094 0.072 0.056 14 E 0.069 0.086 0.063 0.188 0.163 0.145 0.153 0.069 0.039 0.018 0.008 15 V 0.009 0.022 0.022 0.101 0.141 0.161 0.211 0.143 0.094 0.060 0.037 16 I 0.003 0.002 0.003 0.009 0.012 0.022 0.083 0.158 0.242 0.264 0.200 17 L 0.011 0.040 0.037 0.211 0.229 0.178 0.145 0.072 0.046 0.022 0.010 18 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.042 0.092 0.221 0.321 0.300 19 T 0.008 0.023 0.015 0.101 0.152 0.146 0.223 0.151 0.105 0.048 0.027 20 S 0.011 0.024 0.011 0.038 0.051 0.072 0.194 0.194 0.199 0.130 0.076 21 S 0.047 0.070 0.035 0.151 0.161 0.136 0.148 0.095 0.069 0.051 0.037 22 D 0.208 0.235 0.072 0.200 0.141 0.067 0.045 0.017 0.009 0.004 0.002 23 E 0.468 0.120 0.049 0.135 0.089 0.057 0.043 0.019 0.011 0.006 0.003 24 K 0.368 0.200 0.064 0.166 0.087 0.048 0.038 0.015 0.009 0.004 0.002 25 H 0.011 0.024 0.009 0.040 0.066 0.117 0.221 0.194 0.156 0.108 0.054 26 P 0.125 0.271 0.060 0.165 0.124 0.087 0.068 0.039 0.029 0.020 0.013 27 P 0.038 0.017 0.009 0.038 0.061 0.090 0.166 0.160 0.174 0.137 0.111 28 E 0.325 0.166 0.090 0.191 0.113 0.052 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 29 N 0.050 0.143 0.075 0.238 0.188 0.133 0.098 0.038 0.022 0.009 0.005 30 I 0.003 0.003 0.002 0.007 0.013 0.023 0.066 0.130 0.205 0.272 0.275 31 I 0.023 0.051 0.040 0.107 0.139 0.153 0.220 0.108 0.077 0.047 0.035 32 D 0.041 0.081 0.091 0.160 0.112 0.099 0.163 0.097 0.082 0.046 0.029 33 G 0.570 0.131 0.048 0.112 0.057 0.036 0.024 0.010 0.005 0.004 0.003 34 N 0.159 0.318 0.063 0.157 0.102 0.072 0.066 0.028 0.018 0.011 0.006 35 P 0.104 0.059 0.020 0.078 0.098 0.106 0.139 0.112 0.125 0.089 0.070 36 E 0.373 0.209 0.067 0.153 0.085 0.054 0.035 0.011 0.006 0.003 0.002 37 T 0.023 0.081 0.073 0.220 0.193 0.151 0.144 0.062 0.033 0.014 0.006 38 F 0.007 0.006 0.004 0.025 0.041 0.075 0.142 0.195 0.203 0.181 0.121 39 W 0.008 0.016 0.012 0.056 0.097 0.130 0.186 0.165 0.151 0.107 0.071 40 T 0.007 0.017 0.026 0.071 0.073 0.088 0.168 0.166 0.169 0.127 0.089 41 T 0.015 0.017 0.012 0.051 0.070 0.094 0.184 0.172 0.162 0.128 0.095 42 T 0.120 0.169 0.058 0.204 0.139 0.096 0.097 0.056 0.034 0.019 0.009 43 G 0.342 0.139 0.044 0.138 0.094 0.072 0.063 0.038 0.030 0.023 0.017 44 M 0.135 0.139 0.058 0.158 0.131 0.109 0.120 0.060 0.044 0.028 0.018 45 F 0.127 0.184 0.071 0.227 0.133 0.098 0.088 0.036 0.021 0.011 0.005 46 P 0.056 0.061 0.028 0.094 0.099 0.099 0.125 0.111 0.140 0.104 0.082 47 Q 0.112 0.072 0.052 0.175 0.140 0.144 0.170 0.076 0.037 0.016 0.007 48 E 0.014 0.055 0.091 0.262 0.245 0.180 0.105 0.029 0.012 0.005 0.002 49 F 0.007 0.005 0.013 0.014 0.011 0.019 0.096 0.179 0.247 0.247 0.162 50 I 0.010 0.041 0.055 0.419 0.297 0.115 0.042 0.014 0.005 0.002 0.001 51 I 0.006 0.014 0.029 0.019 0.018 0.026 0.102 0.144 0.257 0.222 0.164 52 C 0.014 0.046 0.113 0.342 0.247 0.123 0.077 0.023 0.011 0.003 0.001 53 F 0.011 0.017 0.017 0.027 0.036 0.058 0.242 0.209 0.197 0.129 0.057 54 H 0.021 0.069 0.110 0.407 0.236 0.089 0.035 0.017 0.010 0.005 0.002 55 K 0.075 0.079 0.065 0.106 0.120 0.127 0.191 0.116 0.077 0.033 0.011 56 H 0.074 0.118 0.139 0.373 0.167 0.074 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 57 V 0.065 0.084 0.066 0.092 0.093 0.109 0.192 0.124 0.099 0.055 0.021 58 R 0.113 0.208 0.163 0.365 0.109 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 59 I 0.024 0.015 0.023 0.019 0.021 0.027 0.092 0.131 0.250 0.226 0.173 60 E 0.034 0.082 0.183 0.322 0.188 0.104 0.062 0.017 0.006 0.001 0.001 61 R 0.028 0.120 0.106 0.321 0.211 0.124 0.061 0.018 0.007 0.002 0.001 62 L 0.015 0.017 0.051 0.044 0.046 0.054 0.119 0.158 0.214 0.167 0.117 63 V 0.056 0.098 0.119 0.225 0.190 0.115 0.107 0.043 0.029 0.013 0.006 64 I 0.010 0.022 0.033 0.051 0.049 0.050 0.120 0.142 0.200 0.193 0.129 65 Q 0.053 0.151 0.076 0.257 0.199 0.120 0.080 0.034 0.018 0.008 0.004 66 S 0.110 0.085 0.048 0.090 0.091 0.097 0.162 0.117 0.100 0.060 0.039 67 Y 0.115 0.079 0.042 0.131 0.144 0.131 0.141 0.083 0.066 0.044 0.024 68 F 0.083 0.150 0.051 0.240 0.164 0.108 0.107 0.045 0.030 0.015 0.008 69 V 0.027 0.030 0.028 0.096 0.102 0.100 0.132 0.139 0.154 0.116 0.076 70 Q 0.305 0.172 0.086 0.224 0.104 0.058 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 71 T 0.026 0.119 0.077 0.427 0.213 0.099 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.104 0.266 0.313 0.266 73 K 0.010 0.099 0.084 0.494 0.244 0.054 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.041 0.102 0.254 0.321 0.265 75 E 0.027 0.103 0.104 0.435 0.224 0.075 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 76 K 0.062 0.107 0.034 0.131 0.129 0.142 0.219 0.094 0.054 0.022 0.006 77 S 0.094 0.094 0.046 0.168 0.154 0.118 0.118 0.077 0.067 0.041 0.025 78 T 0.232 0.300 0.083 0.153 0.098 0.059 0.043 0.017 0.009 0.005 0.002 79 S 0.500 0.165 0.036 0.092 0.064 0.043 0.045 0.026 0.016 0.009 0.004 80 K 0.470 0.224 0.045 0.117 0.071 0.036 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 81 E 0.338 0.244 0.062 0.139 0.074 0.057 0.044 0.019 0.012 0.007 0.003 82 P 0.132 0.139 0.095 0.236 0.166 0.110 0.069 0.027 0.015 0.007 0.002 83 V 0.105 0.039 0.034 0.045 0.056 0.097 0.206 0.169 0.139 0.076 0.032 84 D 0.069 0.196 0.237 0.305 0.126 0.041 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 85 F 0.051 0.056 0.063 0.085 0.080 0.103 0.181 0.143 0.118 0.083 0.038 86 E 0.082 0.070 0.164 0.238 0.194 0.118 0.083 0.028 0.015 0.006 0.002 87 Q 0.080 0.116 0.403 0.224 0.089 0.043 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 88 W 0.032 0.050 0.126 0.147 0.139 0.157 0.166 0.086 0.051 0.032 0.014 89 I 0.035 0.034 0.104 0.053 0.063 0.090 0.192 0.147 0.133 0.098 0.051 90 E 0.049 0.101 0.249 0.202 0.160 0.095 0.086 0.032 0.016 0.007 0.003 91 K 0.075 0.092 0.290 0.193 0.132 0.089 0.065 0.030 0.019 0.011 0.005 92 D 0.175 0.150 0.176 0.180 0.121 0.076 0.064 0.027 0.017 0.010 0.005 93 L 0.029 0.026 0.051 0.045 0.049 0.076 0.188 0.150 0.168 0.136 0.084 94 V 0.076 0.108 0.109 0.133 0.123 0.105 0.135 0.082 0.062 0.041 0.027 95 H 0.140 0.145 0.136 0.173 0.121 0.094 0.088 0.047 0.031 0.017 0.009 96 T 0.195 0.103 0.087 0.123 0.114 0.103 0.116 0.063 0.045 0.032 0.021 97 E 0.253 0.199 0.082 0.192 0.124 0.063 0.047 0.020 0.011 0.006 0.003 98 G 0.109 0.065 0.030 0.091 0.109 0.133 0.162 0.108 0.092 0.069 0.034 99 Q 0.025 0.071 0.066 0.211 0.183 0.142 0.150 0.070 0.045 0.024 0.013 100 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.021 0.094 0.153 0.245 0.260 0.208 101 Q 0.044 0.205 0.143 0.314 0.170 0.068 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 102 N 0.032 0.063 0.022 0.073 0.101 0.121 0.188 0.148 0.122 0.083 0.046 103 E 0.506 0.156 0.077 0.128 0.073 0.033 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 104 E 0.401 0.236 0.093 0.163 0.061 0.024 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 105 I 0.017 0.020 0.015 0.045 0.053 0.087 0.176 0.155 0.165 0.148 0.119 106 V 0.055 0.062 0.049 0.119 0.128 0.165 0.185 0.090 0.067 0.044 0.035 107 A 0.112 0.135 0.237 0.176 0.104 0.077 0.073 0.034 0.026 0.016 0.011 108 H 0.126 0.112 0.100 0.202 0.142 0.123 0.101 0.044 0.027 0.016 0.008 109 D 0.312 0.179 0.057 0.152 0.112 0.076 0.054 0.024 0.016 0.010 0.007 110 G 0.098 0.082 0.031 0.110 0.125 0.150 0.185 0.092 0.067 0.039 0.021 111 S 0.070 0.123 0.068 0.270 0.216 0.140 0.080 0.018 0.009 0.004 0.001 112 A 0.005 0.003 0.002 0.008 0.012 0.019 0.069 0.113 0.249 0.262 0.257 113 T 0.011 0.023 0.036 0.184 0.198 0.195 0.213 0.082 0.038 0.015 0.006 114 Y 0.003 0.014 0.028 0.071 0.099 0.155 0.246 0.163 0.117 0.069 0.035 115 L 0.001 0.002 0.008 0.009 0.007 0.011 0.067 0.143 0.232 0.300 0.220 116 R 0.003 0.011 0.030 0.106 0.141 0.147 0.204 0.140 0.108 0.074 0.036 117 F 0.002 0.004 0.031 0.012 0.008 0.010 0.053 0.106 0.241 0.294 0.239 118 I 0.003 0.012 0.043 0.134 0.185 0.188 0.229 0.111 0.062 0.025 0.009 119 I 0.003 0.011 0.035 0.020 0.013 0.018 0.090 0.143 0.255 0.264 0.148 120 V 0.007 0.017 0.047 0.152 0.210 0.183 0.179 0.098 0.070 0.026 0.010 121 S 0.080 0.108 0.147 0.135 0.109 0.114 0.147 0.074 0.054 0.023 0.010 122 A 0.084 0.088 0.069 0.187 0.171 0.120 0.124 0.077 0.048 0.024 0.008 123 F 0.089 0.087 0.042 0.096 0.082 0.102 0.155 0.121 0.108 0.072 0.045 124 D 0.193 0.162 0.081 0.135 0.126 0.090 0.089 0.054 0.038 0.022 0.012 125 H 0.333 0.207 0.065 0.133 0.086 0.059 0.053 0.030 0.019 0.011 0.005 126 F 0.267 0.103 0.031 0.088 0.080 0.077 0.104 0.077 0.074 0.060 0.038 127 A 0.164 0.124 0.061 0.130 0.113 0.109 0.124 0.070 0.054 0.033 0.019 128 S 0.133 0.116 0.074 0.181 0.128 0.112 0.094 0.058 0.048 0.033 0.023 129 V 0.060 0.069 0.052 0.099 0.095 0.099 0.138 0.121 0.122 0.090 0.055 130 H 0.070 0.048 0.047 0.097 0.088 0.092 0.152 0.133 0.123 0.090 0.060 131 S 0.032 0.045 0.061 0.146 0.145 0.129 0.132 0.092 0.088 0.072 0.056 132 V 0.029 0.035 0.075 0.108 0.108 0.133 0.174 0.125 0.108 0.068 0.037 133 S 0.032 0.060 0.084 0.193 0.169 0.144 0.155 0.077 0.048 0.026 0.012 134 A 0.013 0.013 0.030 0.023 0.019 0.025 0.073 0.115 0.217 0.247 0.223 135 E 0.036 0.085 0.103 0.277 0.229 0.134 0.082 0.030 0.015 0.006 0.003 136 G 0.038 0.046 0.055 0.066 0.064 0.082 0.151 0.135 0.161 0.122 0.080 137 T 0.037 0.073 0.055 0.149 0.150 0.139 0.157 0.095 0.069 0.047 0.027 138 V 0.131 0.156 0.053 0.121 0.115 0.088 0.122 0.078 0.067 0.044 0.027 139 V 0.066 0.065 0.038 0.093 0.090 0.090 0.136 0.123 0.125 0.102 0.072 140 S 0.338 0.241 0.078 0.153 0.090 0.042 0.031 0.012 0.007 0.004 0.002 141 N 0.373 0.183 0.066 0.148 0.086 0.054 0.044 0.020 0.013 0.007 0.003 142 L 0.376 0.114 0.044 0.090 0.070 0.066 0.079 0.053 0.048 0.038 0.024 143 S 0.370 0.216 0.064 0.108 0.069 0.051 0.048 0.026 0.023 0.015 0.010 144 S 0.375 0.205 0.052 0.108 0.074 0.049 0.049 0.034 0.026 0.018 0.010