# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.972 2 R 0.126 0.026 0.004 0.021 0.008 0.006 0.809 3 K 0.255 0.028 0.026 0.043 0.055 0.015 0.578 4 I 0.220 0.013 0.054 0.054 0.062 0.049 0.548 5 D 0.200 0.016 0.048 0.070 0.081 0.062 0.524 6 L 0.101 0.009 0.093 0.114 0.135 0.108 0.439 7 C 0.143 0.021 0.086 0.134 0.102 0.172 0.342 8 L 0.179 0.045 0.090 0.140 0.121 0.147 0.278 9 S 0.161 0.012 0.079 0.083 0.119 0.112 0.434 10 S 0.125 0.014 0.104 0.092 0.152 0.172 0.342 11 E 0.081 0.017 0.086 0.054 0.176 0.403 0.183 12 G 0.078 0.009 0.044 0.014 0.263 0.317 0.275 13 S 0.160 0.007 0.025 0.009 0.199 0.085 0.516 14 E 0.681 0.011 0.013 0.008 0.087 0.022 0.178 15 V 0.942 0.007 0.002 0.004 0.004 0.001 0.038 16 I 0.976 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 17 L 0.969 0.003 0.002 0.008 0.002 0.002 0.014 18 A 0.906 0.005 0.003 0.008 0.005 0.008 0.066 19 T 0.607 0.011 0.004 0.004 0.080 0.027 0.267 20 S 0.317 0.047 0.004 0.002 0.175 0.041 0.415 21 S 0.086 0.053 0.002 0.001 0.506 0.046 0.306 22 D 0.015 0.014 0.004 0.001 0.406 0.023 0.537 23 E 0.002 0.001 0.018 0.001 0.155 0.803 0.020 24 K 0.004 0.007 0.023 0.001 0.142 0.770 0.053 25 H 0.033 0.117 0.003 0.001 0.408 0.011 0.427 26 P 0.018 0.033 0.001 0.001 0.017 0.002 0.928 27 P 0.009 0.019 0.575 0.233 0.015 0.111 0.037 28 E 0.004 0.002 0.706 0.163 0.012 0.096 0.016 29 N 0.006 0.003 0.689 0.214 0.007 0.053 0.028 30 I 0.071 0.015 0.216 0.444 0.036 0.099 0.118 31 I 0.144 0.034 0.084 0.401 0.066 0.160 0.111 32 D 0.124 0.020 0.036 0.190 0.066 0.434 0.131 33 G 0.059 0.011 0.007 0.029 0.313 0.293 0.288 34 N 0.050 0.015 0.003 0.003 0.141 0.015 0.773 35 P 0.027 0.006 0.201 0.149 0.071 0.443 0.104 36 E 0.077 0.008 0.267 0.156 0.073 0.339 0.080 37 T 0.276 0.030 0.223 0.134 0.057 0.071 0.208 38 F 0.623 0.038 0.032 0.091 0.042 0.039 0.135 39 W 0.699 0.039 0.018 0.058 0.030 0.038 0.118 40 T 0.565 0.029 0.013 0.036 0.034 0.088 0.235 41 T 0.296 0.030 0.011 0.018 0.139 0.181 0.326 42 T 0.125 0.029 0.008 0.003 0.345 0.242 0.247 43 G 0.073 0.010 0.006 0.001 0.409 0.167 0.334 44 M 0.069 0.020 0.005 0.002 0.414 0.040 0.451 45 F 0.125 0.021 0.003 0.001 0.147 0.009 0.693 46 P 0.217 0.011 0.016 0.002 0.050 0.021 0.684 47 Q 0.433 0.007 0.015 0.002 0.372 0.033 0.140 48 E 0.924 0.002 0.004 0.001 0.011 0.004 0.055 49 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 50 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 51 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 52 C 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.032 53 F 0.916 0.002 0.001 0.002 0.011 0.010 0.059 54 H 0.740 0.003 0.003 0.005 0.086 0.041 0.122 55 K 0.767 0.002 0.003 0.007 0.086 0.045 0.090 56 H 0.741 0.004 0.005 0.013 0.054 0.038 0.146 57 V 0.805 0.004 0.002 0.012 0.041 0.010 0.127 58 R 0.875 0.004 0.001 0.004 0.023 0.014 0.078 59 I 0.885 0.003 0.002 0.003 0.008 0.005 0.093 60 E 0.847 0.001 0.002 0.004 0.076 0.008 0.063 61 R 0.963 0.001 0.002 0.003 0.010 0.003 0.019 62 L 0.976 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 63 V 0.985 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 64 I 0.930 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.055 65 Q 0.815 0.003 0.002 0.002 0.029 0.015 0.134 66 S 0.665 0.010 0.005 0.002 0.059 0.027 0.233 67 Y 0.356 0.009 0.009 0.003 0.289 0.060 0.274 68 F 0.438 0.012 0.009 0.001 0.235 0.056 0.249 69 V 0.454 0.007 0.016 0.001 0.044 0.032 0.446 70 Q 0.660 0.004 0.012 0.001 0.181 0.019 0.124 71 T 0.948 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.036 72 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 73 K 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 74 I 0.966 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 75 E 0.843 0.004 0.001 0.002 0.019 0.013 0.119 76 K 0.591 0.010 0.003 0.003 0.098 0.089 0.206 77 S 0.150 0.014 0.005 0.001 0.317 0.184 0.329 78 T 0.143 0.022 0.004 0.001 0.410 0.100 0.319 79 S 0.098 0.023 0.007 0.003 0.504 0.108 0.258 80 K 0.046 0.007 0.072 0.016 0.271 0.398 0.191 81 E 0.104 0.017 0.054 0.025 0.382 0.191 0.227 82 P 0.135 0.036 0.054 0.042 0.102 0.074 0.557 83 V 0.155 0.019 0.007 0.045 0.086 0.010 0.679 84 D 0.357 0.034 0.008 0.119 0.031 0.014 0.436 85 F 0.431 0.026 0.008 0.421 0.014 0.009 0.091 86 E 0.432 0.004 0.007 0.420 0.018 0.019 0.098 87 Q 0.438 0.004 0.011 0.397 0.036 0.017 0.097 88 W 0.344 0.008 0.013 0.494 0.035 0.019 0.087 89 I 0.369 0.009 0.017 0.444 0.041 0.032 0.089 90 E 0.319 0.005 0.040 0.432 0.041 0.047 0.116 91 K 0.299 0.005 0.063 0.398 0.063 0.069 0.102 92 D 0.262 0.011 0.053 0.337 0.079 0.107 0.151 93 L 0.293 0.028 0.031 0.156 0.116 0.115 0.262 94 V 0.299 0.065 0.018 0.075 0.110 0.091 0.343 95 H 0.177 0.013 0.016 0.025 0.189 0.054 0.526 96 T 0.141 0.010 0.040 0.034 0.147 0.317 0.312 97 E 0.108 0.014 0.057 0.032 0.191 0.412 0.185 98 G 0.272 0.014 0.043 0.030 0.237 0.137 0.268 99 Q 0.490 0.031 0.011 0.020 0.055 0.035 0.357 100 L 0.659 0.068 0.003 0.008 0.033 0.008 0.220 101 Q 0.664 0.031 0.003 0.007 0.029 0.011 0.255 102 N 0.450 0.014 0.044 0.113 0.083 0.060 0.236 103 E 0.245 0.005 0.143 0.166 0.122 0.153 0.167 104 E 0.231 0.012 0.195 0.184 0.084 0.112 0.181 105 I 0.375 0.034 0.118 0.161 0.058 0.066 0.188 106 V 0.345 0.030 0.103 0.136 0.058 0.092 0.236 107 A 0.233 0.008 0.121 0.128 0.079 0.252 0.179 108 H 0.167 0.011 0.072 0.069 0.148 0.373 0.160 109 D 0.162 0.009 0.029 0.010 0.234 0.292 0.263 110 G 0.200 0.007 0.009 0.003 0.302 0.105 0.374 111 S 0.447 0.010 0.006 0.002 0.158 0.047 0.329 112 A 0.875 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.109 113 T 0.951 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.030 114 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 115 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 116 R 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 117 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 118 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 119 I 0.967 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.019 120 V 0.824 0.007 0.004 0.014 0.029 0.025 0.097 121 S 0.598 0.011 0.012 0.037 0.085 0.076 0.181 122 A 0.205 0.013 0.059 0.067 0.217 0.150 0.289 123 F 0.084 0.016 0.137 0.123 0.233 0.157 0.250 124 D 0.023 0.004 0.172 0.117 0.140 0.440 0.104 125 H 0.021 0.010 0.152 0.084 0.152 0.476 0.106 126 F 0.048 0.011 0.080 0.086 0.254 0.232 0.289 127 A 0.087 0.015 0.077 0.077 0.208 0.182 0.353 128 S 0.192 0.025 0.058 0.071 0.236 0.172 0.246 129 V 0.312 0.018 0.054 0.062 0.189 0.143 0.222 130 H 0.583 0.016 0.027 0.032 0.100 0.061 0.182 131 S 0.753 0.010 0.012 0.019 0.060 0.027 0.120 132 V 0.854 0.004 0.006 0.010 0.025 0.017 0.084 133 S 0.909 0.006 0.002 0.005 0.011 0.010 0.058 134 A 0.901 0.003 0.001 0.003 0.008 0.007 0.077 135 E 0.939 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.043 136 G 0.953 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.035 137 T 0.923 0.008 0.001 0.003 0.010 0.005 0.049 138 V 0.849 0.010 0.002 0.004 0.020 0.010 0.105 139 V 0.480 0.012 0.018 0.010 0.071 0.090 0.320 140 S 0.239 0.015 0.038 0.017 0.203 0.218 0.271 141 N 0.082 0.009 0.053 0.009 0.398 0.127 0.322 142 L 0.038 0.015 0.070 0.012 0.293 0.143 0.428 143 S 0.032 0.024 0.017 0.011 0.116 0.062 0.737 144 S 0.004 0.001 0.003 0.002 0.009 0.004 0.977