# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.252 0.329 0.074 0.049 0.027 0.025 0.006 0.027 0.003 0.001 2 R 0.171 0.271 0.421 0.030 0.025 0.038 0.015 0.003 0.023 0.002 0.001 3 K 0.186 0.238 0.458 0.028 0.010 0.052 0.005 0.001 0.019 0.001 0.002 4 I 0.233 0.423 0.166 0.071 0.039 0.027 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 5 D 0.159 0.165 0.290 0.089 0.036 0.127 0.075 0.004 0.050 0.003 0.002 6 L 0.292 0.233 0.206 0.164 0.045 0.027 0.010 0.004 0.017 0.002 0.001 7 C 0.206 0.222 0.271 0.086 0.111 0.029 0.019 0.015 0.021 0.018 0.001 8 L 0.320 0.224 0.221 0.115 0.034 0.047 0.011 0.003 0.022 0.002 0.001 9 S 0.279 0.279 0.189 0.108 0.092 0.024 0.007 0.004 0.012 0.006 0.001 10 S 0.343 0.237 0.161 0.096 0.101 0.022 0.010 0.006 0.015 0.007 0.001 11 E 0.206 0.210 0.231 0.269 0.044 0.010 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 12 G 0.047 0.015 0.069 0.027 0.109 0.003 0.061 0.411 0.004 0.253 0.001 13 S 0.111 0.196 0.481 0.089 0.078 0.015 0.010 0.006 0.006 0.006 0.002 14 E 0.070 0.427 0.307 0.051 0.101 0.016 0.011 0.004 0.009 0.004 0.001 15 V 0.015 0.737 0.192 0.005 0.024 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 I 0.015 0.768 0.146 0.003 0.014 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 17 L 0.008 0.551 0.325 0.001 0.013 0.052 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 18 A 0.091 0.197 0.619 0.013 0.012 0.056 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 19 T 0.065 0.426 0.136 0.099 0.223 0.017 0.004 0.003 0.021 0.006 0.001 20 S 0.098 0.164 0.217 0.097 0.308 0.017 0.016 0.016 0.017 0.050 0.001 21 S 0.214 0.108 0.246 0.209 0.129 0.024 0.014 0.015 0.012 0.028 0.001 22 D 0.221 0.106 0.341 0.087 0.075 0.026 0.042 0.009 0.077 0.013 0.001 23 E 0.621 0.013 0.207 0.115 0.006 0.008 0.011 0.010 0.001 0.005 0.004 24 K 0.174 0.030 0.058 0.524 0.010 0.022 0.115 0.051 0.013 0.004 0.001 25 H 0.011 0.346 0.439 0.005 0.025 0.023 0.009 0.001 0.142 0.001 0.001 26 P 0.017 0.005 0.911 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 27 P 0.796 0.005 0.159 0.021 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 28 E 0.907 0.009 0.017 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 N 0.537 0.032 0.069 0.259 0.019 0.022 0.035 0.006 0.020 0.001 0.001 30 I 0.661 0.061 0.154 0.075 0.008 0.029 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 31 I 0.521 0.118 0.048 0.255 0.008 0.029 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 32 D 0.140 0.147 0.170 0.379 0.074 0.013 0.042 0.003 0.025 0.007 0.001 33 G 0.051 0.009 0.036 0.093 0.044 0.009 0.135 0.587 0.003 0.033 0.001 34 N 0.005 0.148 0.554 0.009 0.027 0.099 0.002 0.001 0.155 0.001 0.001 35 P 0.866 0.005 0.048 0.066 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 36 E 0.613 0.042 0.078 0.220 0.014 0.012 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 37 T 0.360 0.263 0.114 0.203 0.033 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 F 0.176 0.403 0.147 0.085 0.101 0.025 0.021 0.002 0.037 0.002 0.001 39 W 0.143 0.296 0.415 0.034 0.036 0.051 0.003 0.002 0.018 0.002 0.001 40 T 0.126 0.414 0.210 0.100 0.075 0.044 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 41 T 0.139 0.388 0.187 0.066 0.131 0.024 0.009 0.002 0.046 0.007 0.001 42 T 0.198 0.119 0.280 0.292 0.049 0.019 0.020 0.006 0.014 0.003 0.002 43 G 0.060 0.028 0.102 0.037 0.167 0.004 0.043 0.215 0.003 0.340 0.001 44 M 0.170 0.176 0.337 0.212 0.037 0.026 0.015 0.005 0.013 0.004 0.004 45 F 0.035 0.416 0.270 0.003 0.071 0.010 0.019 0.001 0.168 0.007 0.001 46 P 0.050 0.008 0.783 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 47 Q 0.051 0.409 0.299 0.062 0.066 0.044 0.023 0.003 0.040 0.001 0.001 48 E 0.009 0.671 0.251 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 49 F 0.002 0.887 0.067 0.001 0.027 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 I 0.002 0.890 0.067 0.001 0.019 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 51 I 0.002 0.839 0.091 0.001 0.026 0.022 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 52 C 0.006 0.767 0.141 0.003 0.015 0.036 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 53 F 0.013 0.581 0.207 0.008 0.095 0.057 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 54 H 0.067 0.501 0.267 0.038 0.071 0.027 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 55 K 0.035 0.534 0.263 0.017 0.091 0.023 0.016 0.001 0.017 0.002 0.001 56 H 0.048 0.410 0.295 0.025 0.014 0.141 0.017 0.002 0.047 0.001 0.001 57 V 0.019 0.650 0.168 0.015 0.104 0.013 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 58 R 0.012 0.511 0.304 0.014 0.068 0.055 0.016 0.002 0.016 0.001 0.001 59 I 0.010 0.415 0.476 0.001 0.014 0.069 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 60 E 0.708 0.006 0.002 0.282 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.001 0.585 0.011 0.003 0.395 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 L 0.003 0.872 0.068 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 63 V 0.005 0.806 0.088 0.002 0.026 0.027 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 64 I 0.014 0.608 0.181 0.014 0.038 0.091 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 65 Q 0.061 0.375 0.264 0.084 0.099 0.055 0.017 0.004 0.035 0.005 0.001 66 S 0.087 0.219 0.149 0.055 0.350 0.020 0.064 0.017 0.006 0.032 0.001 67 Y 0.080 0.324 0.158 0.110 0.229 0.019 0.028 0.015 0.028 0.008 0.001 68 F 0.033 0.474 0.260 0.022 0.104 0.043 0.014 0.002 0.043 0.004 0.001 69 V 0.118 0.254 0.498 0.019 0.016 0.070 0.003 0.001 0.018 0.001 0.002 70 Q 0.464 0.187 0.076 0.201 0.042 0.014 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 71 T 0.014 0.767 0.098 0.014 0.080 0.010 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 72 L 0.005 0.741 0.163 0.008 0.034 0.016 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 73 K 0.002 0.686 0.188 0.002 0.022 0.051 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 74 I 0.006 0.642 0.275 0.002 0.012 0.044 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 75 E 0.027 0.499 0.325 0.014 0.019 0.074 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 76 K 0.040 0.459 0.357 0.027 0.052 0.040 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 77 S 0.064 0.258 0.214 0.053 0.295 0.033 0.023 0.015 0.029 0.017 0.001 78 T 0.209 0.212 0.127 0.286 0.085 0.026 0.010 0.005 0.032 0.008 0.001 79 S 0.103 0.188 0.237 0.215 0.151 0.025 0.029 0.010 0.015 0.024 0.001 80 K 0.276 0.091 0.184 0.269 0.041 0.024 0.047 0.041 0.015 0.012 0.002 81 E 0.046 0.363 0.378 0.004 0.050 0.013 0.015 0.001 0.129 0.002 0.001 82 P 0.188 0.009 0.626 0.015 0.001 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.100 83 V 0.193 0.352 0.280 0.051 0.069 0.031 0.006 0.002 0.015 0.001 0.001 84 D 0.171 0.240 0.376 0.030 0.035 0.098 0.011 0.002 0.035 0.002 0.001 85 F 0.732 0.120 0.048 0.050 0.014 0.018 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 86 E 0.845 0.065 0.040 0.033 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 Q 0.806 0.059 0.043 0.044 0.020 0.009 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 88 W 0.859 0.037 0.035 0.034 0.012 0.009 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 89 I 0.823 0.063 0.028 0.064 0.006 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 90 E 0.795 0.057 0.072 0.041 0.007 0.013 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 91 K 0.779 0.049 0.076 0.047 0.021 0.006 0.012 0.003 0.005 0.002 0.001 92 D 0.570 0.034 0.081 0.216 0.012 0.024 0.042 0.005 0.014 0.001 0.001 93 L 0.386 0.159 0.198 0.151 0.022 0.045 0.011 0.003 0.023 0.001 0.001 94 V 0.265 0.270 0.143 0.239 0.024 0.036 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 95 H 0.072 0.295 0.297 0.090 0.100 0.036 0.029 0.005 0.071 0.006 0.001 96 T 0.238 0.215 0.362 0.050 0.053 0.040 0.009 0.005 0.022 0.005 0.003 97 E 0.228 0.201 0.230 0.262 0.018 0.023 0.011 0.002 0.022 0.001 0.001 98 G 0.025 0.016 0.067 0.022 0.219 0.002 0.041 0.257 0.002 0.349 0.001 99 Q 0.101 0.386 0.361 0.052 0.046 0.028 0.004 0.001 0.018 0.001 0.002 100 L 0.059 0.442 0.361 0.024 0.030 0.051 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 101 Q 0.091 0.376 0.320 0.082 0.021 0.073 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 102 N 0.069 0.294 0.404 0.033 0.093 0.047 0.013 0.003 0.038 0.005 0.001 103 E 0.656 0.081 0.100 0.075 0.033 0.012 0.015 0.012 0.008 0.008 0.001 104 E 0.447 0.124 0.163 0.158 0.035 0.024 0.020 0.004 0.023 0.002 0.001 105 I 0.316 0.224 0.281 0.081 0.030 0.033 0.006 0.002 0.023 0.002 0.002 106 V 0.276 0.352 0.184 0.076 0.032 0.040 0.007 0.001 0.028 0.002 0.001 107 A 0.272 0.165 0.349 0.095 0.034 0.041 0.016 0.005 0.016 0.005 0.001 108 H 0.174 0.229 0.123 0.196 0.093 0.045 0.056 0.010 0.065 0.009 0.001 109 D 0.098 0.039 0.081 0.239 0.017 0.051 0.414 0.015 0.041 0.004 0.001 110 G 0.055 0.041 0.124 0.039 0.281 0.002 0.037 0.282 0.001 0.136 0.001 111 S 0.111 0.291 0.222 0.210 0.101 0.032 0.012 0.004 0.011 0.004 0.001 112 A 0.011 0.561 0.246 0.005 0.153 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 113 T 0.151 0.415 0.033 0.339 0.051 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 114 Y 0.001 0.808 0.040 0.001 0.147 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 115 L 0.001 0.929 0.036 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 116 R 0.001 0.830 0.131 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 117 F 0.002 0.804 0.126 0.001 0.041 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 118 I 0.004 0.726 0.206 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 119 I 0.010 0.297 0.530 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 120 V 0.583 0.133 0.104 0.091 0.004 0.064 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 121 S 0.098 0.366 0.066 0.042 0.391 0.010 0.012 0.003 0.007 0.004 0.001 122 A 0.150 0.327 0.105 0.110 0.142 0.042 0.035 0.012 0.066 0.009 0.001 123 F 0.235 0.229 0.204 0.094 0.078 0.070 0.035 0.006 0.041 0.007 0.002 124 D 0.525 0.065 0.065 0.191 0.015 0.045 0.061 0.006 0.020 0.006 0.001 125 H 0.146 0.029 0.069 0.531 0.015 0.019 0.155 0.018 0.015 0.003 0.001 126 F 0.049 0.017 0.075 0.061 0.027 0.013 0.489 0.236 0.005 0.027 0.001 127 A 0.205 0.322 0.323 0.055 0.040 0.017 0.015 0.002 0.016 0.004 0.001 128 S 0.226 0.132 0.379 0.076 0.048 0.070 0.026 0.009 0.017 0.013 0.003 129 V 0.346 0.324 0.094 0.148 0.052 0.015 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 130 H 0.131 0.314 0.171 0.156 0.084 0.053 0.034 0.003 0.053 0.002 0.001 131 S 0.105 0.400 0.313 0.034 0.079 0.043 0.006 0.003 0.014 0.001 0.002 132 V 0.103 0.629 0.079 0.065 0.096 0.012 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 133 S 0.030 0.558 0.141 0.027 0.193 0.021 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 134 A 0.018 0.726 0.107 0.012 0.111 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 135 E 0.017 0.773 0.083 0.014 0.073 0.016 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 136 G 0.016 0.666 0.114 0.013 0.162 0.015 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 137 T 0.013 0.802 0.066 0.016 0.074 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 138 V 0.008 0.596 0.205 0.005 0.104 0.028 0.005 0.001 0.048 0.001 0.001 139 V 0.076 0.238 0.568 0.026 0.007 0.062 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 140 S 0.153 0.340 0.187 0.096 0.127 0.032 0.011 0.005 0.029 0.019 0.001 141 N 0.149 0.125 0.128 0.191 0.074 0.067 0.180 0.015 0.062 0.007 0.002 142 L 0.230 0.175 0.223 0.266 0.032 0.024 0.015 0.005 0.025 0.002 0.002 143 S 0.164 0.160 0.378 0.140 0.046 0.033 0.027 0.017 0.017 0.016 0.002 144 S 0.152 0.150 0.252 0.094 0.118 0.018 0.050 0.060 0.014 0.092 0.001