# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.147 0.256 0.078 0.010 0.244 0.009 0.017 0.104 0.045 0.050 0.041 2 R 0.045 0.433 0.153 0.012 0.219 0.008 0.014 0.072 0.023 0.012 0.009 3 K 0.204 0.135 0.046 0.008 0.242 0.011 0.035 0.172 0.058 0.040 0.048 4 I 0.069 0.291 0.073 0.023 0.206 0.036 0.044 0.143 0.052 0.034 0.028 5 D 0.236 0.097 0.024 0.007 0.276 0.006 0.019 0.092 0.040 0.106 0.096 6 L 0.104 0.205 0.048 0.008 0.231 0.008 0.018 0.156 0.104 0.083 0.036 7 C 0.084 0.221 0.095 0.014 0.202 0.015 0.031 0.157 0.079 0.067 0.034 8 L 0.186 0.084 0.019 0.008 0.181 0.009 0.030 0.194 0.108 0.108 0.072 9 S 0.103 0.182 0.065 0.023 0.164 0.025 0.040 0.138 0.103 0.107 0.051 10 S 0.057 0.150 0.160 0.054 0.124 0.037 0.057 0.196 0.096 0.052 0.017 11 E 0.044 0.079 0.089 0.070 0.057 0.088 0.266 0.189 0.063 0.034 0.020 12 G 0.055 0.093 0.092 0.152 0.068 0.045 0.029 0.037 0.043 0.306 0.080 13 S 0.228 0.200 0.021 0.006 0.395 0.007 0.011 0.021 0.018 0.049 0.044 14 E 0.186 0.128 0.011 0.005 0.616 0.008 0.011 0.007 0.003 0.007 0.016 15 V 0.227 0.054 0.003 0.001 0.702 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 16 I 0.207 0.059 0.003 0.002 0.714 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 17 L 0.290 0.057 0.005 0.001 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 18 A 0.298 0.110 0.019 0.007 0.354 0.011 0.017 0.011 0.007 0.040 0.128 19 T 0.132 0.227 0.132 0.044 0.263 0.018 0.029 0.017 0.021 0.054 0.063 20 S 0.099 0.241 0.114 0.029 0.226 0.019 0.026 0.081 0.069 0.058 0.039 21 S 0.046 0.128 0.061 0.032 0.095 0.041 0.065 0.106 0.200 0.189 0.036 22 D 0.085 0.142 0.128 0.076 0.171 0.038 0.045 0.076 0.097 0.097 0.045 23 E 0.041 0.102 0.064 0.033 0.094 0.046 0.124 0.240 0.154 0.075 0.026 24 K 0.050 0.041 0.033 0.025 0.046 0.029 0.087 0.074 0.108 0.427 0.081 25 H 0.040 0.387 0.301 0.038 0.137 0.009 0.015 0.014 0.010 0.027 0.021 26 P 0.018 0.573 0.289 0.008 0.079 0.001 0.001 0.011 0.005 0.007 0.006 27 P 0.067 0.039 0.013 0.003 0.080 0.004 0.011 0.283 0.430 0.044 0.027 28 E 0.015 0.049 0.014 0.006 0.043 0.020 0.059 0.550 0.220 0.018 0.006 29 N 0.059 0.044 0.011 0.003 0.109 0.005 0.018 0.328 0.145 0.255 0.023 30 I 0.114 0.063 0.024 0.002 0.098 0.004 0.034 0.470 0.108 0.056 0.026 31 I 0.041 0.055 0.033 0.028 0.062 0.061 0.063 0.152 0.116 0.330 0.059 32 D 0.030 0.416 0.201 0.033 0.272 0.007 0.006 0.014 0.006 0.010 0.007 33 G 0.011 0.005 0.009 0.014 0.008 0.032 0.073 0.147 0.183 0.444 0.073 34 N 0.294 0.060 0.016 0.002 0.483 0.001 0.009 0.007 0.007 0.035 0.087 35 P 0.084 0.017 0.003 0.001 0.083 0.001 0.001 0.114 0.449 0.183 0.063 36 E 0.019 0.014 0.004 0.004 0.033 0.017 0.115 0.390 0.289 0.106 0.011 37 T 0.175 0.106 0.029 0.015 0.256 0.012 0.043 0.161 0.093 0.081 0.027 38 F 0.144 0.114 0.049 0.023 0.322 0.020 0.021 0.122 0.050 0.073 0.062 39 W 0.228 0.141 0.026 0.006 0.318 0.011 0.019 0.070 0.038 0.058 0.085 40 T 0.153 0.211 0.106 0.017 0.262 0.014 0.020 0.055 0.025 0.054 0.082 41 T 0.133 0.159 0.113 0.059 0.222 0.046 0.056 0.064 0.040 0.062 0.048 42 T 0.031 0.130 0.135 0.153 0.070 0.093 0.127 0.099 0.080 0.061 0.022 43 G 0.032 0.054 0.100 0.143 0.039 0.044 0.023 0.080 0.100 0.317 0.068 44 M 0.116 0.201 0.112 0.022 0.210 0.020 0.044 0.076 0.075 0.081 0.043 45 F 0.048 0.412 0.214 0.013 0.236 0.006 0.019 0.028 0.010 0.006 0.009 46 P 0.331 0.128 0.026 0.005 0.353 0.008 0.013 0.015 0.014 0.025 0.081 47 Q 0.104 0.123 0.031 0.046 0.325 0.112 0.142 0.052 0.024 0.024 0.017 48 E 0.334 0.046 0.005 0.004 0.556 0.008 0.013 0.005 0.002 0.004 0.024 49 F 0.144 0.078 0.002 0.002 0.765 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 50 I 0.297 0.018 0.001 0.001 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 51 I 0.327 0.053 0.003 0.001 0.579 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 52 C 0.334 0.064 0.004 0.002 0.514 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.066 53 F 0.278 0.147 0.032 0.008 0.462 0.004 0.003 0.003 0.002 0.011 0.049 54 H 0.167 0.166 0.064 0.039 0.290 0.044 0.040 0.036 0.037 0.064 0.053 55 K 0.126 0.275 0.111 0.025 0.335 0.020 0.032 0.025 0.015 0.010 0.025 56 H 0.269 0.055 0.013 0.016 0.176 0.021 0.040 0.043 0.060 0.131 0.177 57 V 0.121 0.301 0.054 0.006 0.447 0.007 0.011 0.014 0.014 0.010 0.016 58 R 0.217 0.199 0.023 0.001 0.494 0.001 0.004 0.009 0.006 0.017 0.030 59 I 0.592 0.017 0.002 0.002 0.270 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.101 60 E 0.010 0.009 0.003 0.090 0.037 0.438 0.324 0.067 0.015 0.003 0.002 61 R 0.347 0.048 0.004 0.001 0.557 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.030 62 L 0.207 0.053 0.002 0.001 0.721 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 63 V 0.304 0.029 0.002 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 64 I 0.437 0.036 0.005 0.004 0.302 0.005 0.004 0.003 0.003 0.021 0.179 65 Q 0.092 0.108 0.040 0.079 0.228 0.084 0.158 0.051 0.036 0.088 0.036 66 S 0.320 0.118 0.038 0.008 0.308 0.007 0.014 0.027 0.025 0.039 0.097 67 Y 0.165 0.170 0.053 0.021 0.340 0.018 0.018 0.037 0.066 0.064 0.047 68 F 0.230 0.205 0.057 0.009 0.387 0.006 0.009 0.016 0.013 0.027 0.041 69 V 0.327 0.096 0.030 0.029 0.300 0.021 0.012 0.014 0.017 0.036 0.118 70 Q 0.014 0.013 0.005 0.063 0.032 0.277 0.419 0.110 0.039 0.021 0.006 71 T 0.289 0.098 0.024 0.006 0.461 0.004 0.007 0.011 0.012 0.035 0.053 72 L 0.249 0.076 0.003 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 73 K 0.264 0.060 0.006 0.001 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 74 I 0.385 0.104 0.014 0.002 0.410 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.073 75 E 0.127 0.252 0.103 0.027 0.377 0.024 0.040 0.011 0.006 0.013 0.020 76 K 0.221 0.142 0.041 0.017 0.283 0.028 0.044 0.039 0.031 0.051 0.101 77 S 0.122 0.167 0.089 0.064 0.250 0.031 0.024 0.025 0.044 0.099 0.085 78 T 0.075 0.078 0.059 0.086 0.111 0.053 0.041 0.079 0.142 0.222 0.053 79 S 0.047 0.258 0.143 0.030 0.198 0.014 0.033 0.102 0.085 0.070 0.019 80 K 0.082 0.047 0.030 0.023 0.075 0.026 0.061 0.112 0.167 0.288 0.090 81 E 0.061 0.260 0.259 0.032 0.165 0.014 0.045 0.078 0.029 0.023 0.032 82 P 0.156 0.189 0.052 0.008 0.211 0.008 0.016 0.155 0.075 0.063 0.068 83 V 0.123 0.256 0.037 0.004 0.294 0.007 0.015 0.116 0.058 0.046 0.045 84 D 0.065 0.378 0.111 0.003 0.212 0.003 0.007 0.172 0.025 0.014 0.010 85 F 0.105 0.031 0.008 0.003 0.066 0.004 0.009 0.597 0.105 0.041 0.032 86 E 0.020 0.045 0.011 0.011 0.047 0.016 0.025 0.675 0.119 0.023 0.008 87 Q 0.037 0.030 0.008 0.004 0.056 0.006 0.029 0.754 0.047 0.014 0.013 88 W 0.031 0.034 0.018 0.009 0.065 0.014 0.047 0.693 0.051 0.027 0.009 89 I 0.067 0.038 0.016 0.009 0.054 0.012 0.019 0.638 0.070 0.050 0.026 90 E 0.047 0.055 0.019 0.013 0.070 0.013 0.025 0.596 0.108 0.038 0.017 91 K 0.019 0.070 0.022 0.011 0.054 0.021 0.055 0.575 0.139 0.026 0.009 92 D 0.074 0.041 0.023 0.010 0.078 0.012 0.073 0.434 0.114 0.105 0.036 93 L 0.072 0.047 0.012 0.007 0.095 0.015 0.049 0.428 0.141 0.105 0.029 94 V 0.067 0.158 0.040 0.018 0.153 0.030 0.063 0.236 0.100 0.102 0.031 95 H 0.189 0.143 0.136 0.016 0.252 0.010 0.023 0.090 0.040 0.051 0.050 96 T 0.072 0.105 0.057 0.020 0.127 0.030 0.072 0.343 0.104 0.050 0.020 97 E 0.033 0.208 0.106 0.098 0.071 0.039 0.116 0.094 0.071 0.134 0.030 98 G 0.037 0.109 0.152 0.270 0.067 0.072 0.016 0.042 0.034 0.147 0.054 99 Q 0.114 0.236 0.031 0.003 0.437 0.006 0.016 0.073 0.031 0.026 0.028 100 L 0.248 0.191 0.041 0.003 0.389 0.004 0.007 0.021 0.009 0.021 0.065 101 Q 0.181 0.197 0.093 0.021 0.284 0.020 0.035 0.039 0.017 0.048 0.065 102 N 0.133 0.193 0.113 0.024 0.224 0.008 0.008 0.095 0.077 0.074 0.051 103 E 0.021 0.041 0.019 0.011 0.036 0.022 0.034 0.374 0.343 0.080 0.017 104 E 0.057 0.118 0.062 0.016 0.121 0.010 0.045 0.333 0.129 0.087 0.023 105 I 0.099 0.064 0.017 0.009 0.113 0.016 0.040 0.321 0.156 0.122 0.043 106 V 0.076 0.122 0.064 0.025 0.112 0.025 0.045 0.245 0.141 0.101 0.045 107 A 0.072 0.091 0.045 0.034 0.082 0.045 0.076 0.281 0.141 0.104 0.030 108 H 0.041 0.196 0.163 0.078 0.105 0.048 0.077 0.102 0.062 0.101 0.025 109 D 0.118 0.074 0.046 0.047 0.093 0.024 0.038 0.078 0.098 0.250 0.135 110 G 0.057 0.289 0.150 0.030 0.137 0.016 0.019 0.097 0.091 0.089 0.026 111 S 0.164 0.132 0.027 0.009 0.302 0.017 0.061 0.102 0.065 0.076 0.043 112 A 0.385 0.089 0.011 0.003 0.430 0.004 0.005 0.011 0.009 0.010 0.042 113 T 0.109 0.174 0.027 0.018 0.512 0.033 0.042 0.051 0.012 0.010 0.013 114 Y 0.421 0.046 0.008 0.002 0.470 0.002 0.004 0.009 0.002 0.005 0.032 115 L 0.206 0.115 0.006 0.004 0.628 0.005 0.004 0.008 0.001 0.002 0.021 116 R 0.314 0.052 0.003 0.002 0.574 0.002 0.003 0.007 0.002 0.004 0.037 117 F 0.357 0.066 0.005 0.002 0.518 0.002 0.004 0.010 0.002 0.003 0.031 118 I 0.210 0.147 0.009 0.003 0.560 0.005 0.012 0.022 0.006 0.006 0.018 119 I 0.468 0.054 0.006 0.002 0.390 0.002 0.006 0.015 0.004 0.004 0.049 120 V 0.120 0.045 0.008 0.029 0.151 0.121 0.146 0.160 0.067 0.082 0.072 121 S 0.126 0.292 0.103 0.016 0.255 0.014 0.034 0.069 0.033 0.030 0.028 122 A 0.093 0.099 0.031 0.027 0.155 0.032 0.041 0.175 0.103 0.174 0.069 123 F 0.045 0.189 0.191 0.090 0.084 0.028 0.038 0.133 0.115 0.059 0.028 124 D 0.030 0.035 0.018 0.030 0.031 0.097 0.259 0.293 0.113 0.061 0.034 125 H 0.026 0.464 0.119 0.048 0.139 0.011 0.023 0.018 0.020 0.106 0.026 126 F 0.168 0.052 0.070 0.048 0.094 0.023 0.013 0.028 0.035 0.197 0.272 127 A 0.092 0.184 0.062 0.038 0.193 0.049 0.082 0.128 0.074 0.058 0.041 128 S 0.252 0.128 0.048 0.017 0.338 0.007 0.013 0.039 0.031 0.046 0.081 129 V 0.136 0.100 0.029 0.027 0.155 0.050 0.067 0.134 0.125 0.125 0.053 130 H 0.144 0.179 0.060 0.020 0.315 0.011 0.022 0.061 0.050 0.090 0.047 131 S 0.314 0.087 0.019 0.008 0.314 0.013 0.026 0.049 0.040 0.059 0.072 132 V 0.138 0.266 0.052 0.013 0.423 0.010 0.014 0.025 0.014 0.019 0.026 133 S 0.334 0.097 0.020 0.004 0.421 0.004 0.007 0.012 0.007 0.024 0.069 134 A 0.282 0.166 0.032 0.007 0.437 0.006 0.005 0.010 0.008 0.013 0.035 135 E 0.195 0.153 0.035 0.013 0.422 0.018 0.033 0.034 0.017 0.027 0.052 136 G 0.298 0.136 0.051 0.009 0.367 0.006 0.011 0.013 0.010 0.030 0.070 137 T 0.187 0.196 0.056 0.019 0.333 0.021 0.032 0.021 0.023 0.045 0.068 138 V 0.064 0.381 0.243 0.014 0.244 0.005 0.005 0.012 0.008 0.010 0.014 139 V 0.183 0.161 0.042 0.017 0.242 0.026 0.044 0.086 0.072 0.057 0.070 140 S 0.050 0.173 0.106 0.087 0.129 0.078 0.081 0.099 0.093 0.074 0.030 141 N 0.137 0.101 0.052 0.020 0.184 0.015 0.034 0.104 0.091 0.167 0.094 142 L 0.088 0.146 0.067 0.023 0.148 0.016 0.034 0.144 0.137 0.151 0.046 143 S 0.051 0.184 0.120 0.038 0.119 0.034 0.064 0.181 0.118 0.065 0.026 144 S 0.075 0.185 0.096 0.021 0.152 0.018 0.060 0.170 0.098 0.084 0.041