# TARGET T0211 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0211.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3021 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.595 0.226 0.099 0.053 0.020 0.006 0.001 2 R 0.464 0.290 0.149 0.069 0.023 0.005 0.001 3 K 0.352 0.307 0.184 0.109 0.037 0.010 0.001 4 I 0.148 0.183 0.224 0.234 0.152 0.054 0.005 5 D 0.253 0.311 0.226 0.126 0.057 0.023 0.004 6 L 0.080 0.114 0.187 0.265 0.230 0.108 0.016 7 C 0.151 0.174 0.179 0.198 0.165 0.110 0.022 8 L 0.170 0.142 0.145 0.186 0.184 0.143 0.031 9 S 0.274 0.202 0.176 0.168 0.107 0.058 0.015 10 S 0.412 0.255 0.146 0.100 0.054 0.027 0.007 11 E 0.289 0.236 0.171 0.144 0.098 0.050 0.012 12 G 0.225 0.209 0.171 0.166 0.132 0.077 0.021 13 S 0.117 0.153 0.185 0.228 0.183 0.102 0.032 14 E 0.105 0.231 0.232 0.205 0.132 0.072 0.023 15 V 0.025 0.039 0.092 0.204 0.286 0.258 0.096 16 I 0.007 0.012 0.017 0.037 0.118 0.440 0.368 17 L 0.010 0.034 0.067 0.130 0.207 0.301 0.252 18 A 0.005 0.012 0.026 0.076 0.182 0.389 0.311 19 T 0.007 0.024 0.046 0.116 0.252 0.368 0.187 20 S 0.016 0.058 0.122 0.232 0.273 0.231 0.069 21 S 0.058 0.200 0.256 0.257 0.152 0.062 0.014 22 D 0.271 0.340 0.214 0.119 0.044 0.011 0.002 23 E 0.385 0.331 0.173 0.080 0.025 0.006 0.001 24 K 0.435 0.338 0.149 0.059 0.016 0.003 0.001 25 H 0.054 0.113 0.233 0.313 0.221 0.062 0.004 26 P 0.135 0.337 0.283 0.167 0.061 0.015 0.001 27 P 0.019 0.054 0.149 0.311 0.334 0.126 0.008 28 E 0.172 0.386 0.265 0.125 0.041 0.010 0.001 29 N 0.064 0.222 0.322 0.255 0.107 0.028 0.002 30 I 0.013 0.020 0.048 0.189 0.417 0.294 0.019 31 I 0.029 0.147 0.263 0.305 0.186 0.064 0.007 32 D 0.121 0.208 0.222 0.225 0.139 0.074 0.011 33 G 0.244 0.334 0.222 0.129 0.052 0.018 0.003 34 N 0.468 0.265 0.143 0.083 0.031 0.008 0.001 35 P 0.312 0.200 0.174 0.160 0.109 0.040 0.004 36 E 0.396 0.306 0.180 0.079 0.028 0.009 0.001 37 T 0.247 0.294 0.215 0.145 0.069 0.026 0.004 38 F 0.115 0.127 0.158 0.216 0.227 0.134 0.023 39 W 0.089 0.115 0.137 0.207 0.224 0.185 0.042 40 T 0.129 0.143 0.150 0.189 0.177 0.154 0.057 41 T 0.140 0.147 0.173 0.221 0.179 0.109 0.031 42 T 0.375 0.276 0.164 0.103 0.050 0.024 0.009 43 G 0.436 0.237 0.137 0.102 0.055 0.026 0.007 44 M 0.411 0.245 0.153 0.099 0.056 0.027 0.008 45 F 0.295 0.222 0.190 0.156 0.089 0.039 0.009 46 P 0.296 0.250 0.187 0.141 0.081 0.036 0.008 47 Q 0.316 0.230 0.186 0.153 0.082 0.030 0.003 48 E 0.293 0.341 0.222 0.094 0.035 0.013 0.002 49 F 0.123 0.104 0.129 0.230 0.246 0.150 0.017 50 I 0.122 0.203 0.248 0.222 0.131 0.063 0.011 51 I 0.159 0.175 0.148 0.187 0.165 0.140 0.026 52 C 0.111 0.234 0.293 0.233 0.092 0.033 0.004 53 F 0.066 0.052 0.082 0.197 0.344 0.242 0.018 54 H 0.223 0.285 0.275 0.156 0.048 0.011 0.001 55 K 0.410 0.308 0.148 0.081 0.039 0.013 0.001 56 H 0.446 0.273 0.176 0.080 0.021 0.003 0.001 57 V 0.391 0.243 0.163 0.130 0.058 0.014 0.001 58 R 0.449 0.334 0.146 0.056 0.013 0.002 0.001 59 I 0.157 0.103 0.138 0.270 0.244 0.082 0.005 60 E 0.285 0.353 0.203 0.110 0.037 0.010 0.001 61 R 0.291 0.303 0.220 0.130 0.045 0.010 0.001 62 L 0.139 0.102 0.120 0.195 0.245 0.176 0.023 63 V 0.140 0.198 0.214 0.216 0.150 0.071 0.012 64 I 0.160 0.146 0.150 0.203 0.192 0.131 0.019 65 Q 0.276 0.283 0.209 0.140 0.064 0.023 0.005 66 S 0.252 0.208 0.166 0.182 0.120 0.063 0.009 67 Y 0.184 0.241 0.224 0.184 0.109 0.049 0.009 68 F 0.212 0.273 0.218 0.166 0.091 0.035 0.005 69 V 0.202 0.245 0.235 0.192 0.096 0.026 0.004 70 Q 0.222 0.395 0.215 0.107 0.044 0.015 0.002 71 T 0.083 0.290 0.344 0.211 0.060 0.011 0.001 72 L 0.026 0.044 0.088 0.251 0.381 0.197 0.013 73 K 0.043 0.295 0.404 0.207 0.045 0.006 0.001 74 I 0.020 0.029 0.062 0.241 0.429 0.210 0.010 75 E 0.049 0.242 0.369 0.253 0.076 0.012 0.001 76 K 0.146 0.320 0.269 0.185 0.066 0.014 0.001 77 S 0.309 0.299 0.213 0.124 0.044 0.010 0.001 78 T 0.355 0.288 0.195 0.116 0.038 0.008 0.001 79 S 0.524 0.260 0.126 0.063 0.022 0.006 0.001 80 K 0.473 0.310 0.139 0.057 0.017 0.003 0.001 81 E 0.294 0.280 0.219 0.138 0.056 0.012 0.001 82 P 0.258 0.334 0.208 0.120 0.055 0.022 0.003 83 V 0.071 0.103 0.194 0.305 0.251 0.072 0.004 84 D 0.224 0.386 0.245 0.107 0.031 0.007 0.001 85 F 0.076 0.093 0.153 0.305 0.268 0.099 0.006 86 E 0.169 0.265 0.271 0.183 0.086 0.025 0.002 87 Q 0.382 0.370 0.161 0.064 0.019 0.005 0.001 88 W 0.124 0.184 0.233 0.245 0.153 0.055 0.005 89 I 0.053 0.081 0.165 0.296 0.284 0.113 0.007 90 E 0.262 0.311 0.236 0.134 0.045 0.011 0.001 91 K 0.444 0.318 0.148 0.064 0.021 0.005 0.001 92 D 0.222 0.281 0.231 0.162 0.077 0.024 0.003 93 L 0.060 0.086 0.150 0.276 0.273 0.141 0.013 94 V 0.170 0.253 0.243 0.198 0.101 0.032 0.004 95 H 0.282 0.307 0.207 0.129 0.055 0.018 0.002 96 T 0.164 0.186 0.204 0.222 0.154 0.063 0.007 97 E 0.235 0.296 0.245 0.138 0.063 0.021 0.003 98 G 0.100 0.149 0.193 0.230 0.204 0.109 0.016 99 Q 0.075 0.179 0.225 0.232 0.173 0.100 0.017 100 L 0.008 0.019 0.055 0.209 0.399 0.284 0.027 101 Q 0.103 0.310 0.304 0.186 0.070 0.023 0.003 102 N 0.094 0.224 0.284 0.257 0.115 0.025 0.001 103 E 0.503 0.299 0.134 0.047 0.014 0.003 0.001 104 E 0.560 0.285 0.103 0.038 0.011 0.003 0.001 105 I 0.177 0.226 0.247 0.221 0.103 0.026 0.001 106 V 0.217 0.291 0.244 0.168 0.065 0.015 0.001 107 A 0.423 0.283 0.149 0.093 0.039 0.012 0.001 108 H 0.356 0.278 0.188 0.115 0.048 0.013 0.001 109 D 0.285 0.277 0.203 0.147 0.067 0.019 0.002 110 G 0.094 0.171 0.225 0.241 0.187 0.074 0.008 111 S 0.057 0.184 0.272 0.264 0.159 0.057 0.007 112 A 0.014 0.028 0.056 0.129 0.289 0.387 0.096 113 T 0.007 0.026 0.061 0.173 0.332 0.328 0.071 114 Y 0.007 0.029 0.085 0.158 0.229 0.294 0.198 115 L 0.002 0.006 0.011 0.033 0.092 0.359 0.497 116 R 0.003 0.013 0.038 0.104 0.193 0.327 0.322 117 F 0.004 0.010 0.022 0.061 0.150 0.368 0.383 118 I 0.008 0.035 0.092 0.219 0.249 0.267 0.130 119 I 0.017 0.026 0.040 0.100 0.201 0.433 0.183 120 V 0.045 0.101 0.161 0.241 0.226 0.174 0.052 121 S 0.186 0.264 0.226 0.163 0.088 0.058 0.016 122 A 0.171 0.219 0.208 0.206 0.119 0.061 0.016 123 F 0.097 0.100 0.127 0.225 0.256 0.167 0.028 124 D 0.266 0.251 0.190 0.160 0.091 0.036 0.006 125 H 0.378 0.286 0.170 0.096 0.046 0.020 0.005 126 F 0.245 0.193 0.194 0.172 0.115 0.061 0.021 127 A 0.255 0.272 0.192 0.144 0.077 0.044 0.017 128 S 0.230 0.188 0.149 0.155 0.135 0.105 0.038 129 V 0.176 0.182 0.160 0.165 0.147 0.119 0.051 130 H 0.067 0.087 0.117 0.197 0.218 0.214 0.099 131 S 0.084 0.160 0.195 0.222 0.168 0.117 0.053 132 V 0.074 0.150 0.160 0.193 0.195 0.159 0.070 133 S 0.060 0.151 0.229 0.262 0.179 0.092 0.027 134 A 0.062 0.066 0.097 0.177 0.279 0.263 0.055 135 E 0.063 0.163 0.282 0.299 0.142 0.045 0.006 136 G 0.124 0.125 0.119 0.170 0.232 0.202 0.028 137 T 0.128 0.172 0.215 0.246 0.166 0.065 0.007 138 V 0.187 0.203 0.200 0.211 0.140 0.054 0.005 139 V 0.294 0.225 0.191 0.170 0.091 0.027 0.002 140 S 0.467 0.291 0.151 0.068 0.019 0.003 0.001 141 N 0.639 0.230 0.089 0.033 0.008 0.001 0.001 142 L 0.709 0.189 0.068 0.026 0.007 0.001 0.001 143 S 0.758 0.160 0.057 0.019 0.005 0.001 0.001 144 S 0.782 0.154 0.044 0.015 0.004 0.001 0.001