# TARGET T0210 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.876 0.001 0.009 0.047 0.001 0.001 0.003 0.036 0.012 0.004 0.007 2 Q 0.001 0.062 0.789 0.001 0.007 0.077 0.001 0.001 0.006 0.033 0.015 0.003 0.008 3 N 0.001 0.034 0.484 0.001 0.005 0.297 0.001 0.001 0.008 0.134 0.019 0.002 0.017 4 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 10 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.846 0.001 0.001 0.001 0.008 0.120 0.001 0.001 11 L 0.001 0.002 0.022 0.001 0.034 0.396 0.001 0.001 0.001 0.055 0.486 0.001 0.004 12 E 0.001 0.003 0.107 0.001 0.023 0.061 0.001 0.001 0.001 0.061 0.734 0.006 0.004 13 L 0.001 0.025 0.607 0.001 0.018 0.037 0.001 0.001 0.006 0.157 0.063 0.003 0.082 14 E 0.001 0.009 0.734 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.009 0.084 0.008 0.132 0.012 15 Q 0.001 0.070 0.742 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.013 0.040 0.015 0.003 0.101 16 H 0.001 0.035 0.835 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.010 0.069 0.006 0.016 0.018 17 V 0.001 0.009 0.339 0.001 0.050 0.037 0.001 0.001 0.004 0.242 0.299 0.001 0.018 18 E 0.001 0.002 0.049 0.003 0.029 0.052 0.001 0.001 0.001 0.154 0.706 0.003 0.002 19 G 0.001 0.004 0.175 0.002 0.027 0.075 0.001 0.001 0.001 0.240 0.456 0.005 0.013 20 G 0.002 0.019 0.466 0.004 0.011 0.086 0.001 0.001 0.002 0.215 0.151 0.008 0.035 21 F 0.036 0.063 0.355 0.006 0.022 0.149 0.007 0.001 0.006 0.091 0.086 0.035 0.145 22 Y 0.185 0.030 0.120 0.029 0.015 0.124 0.024 0.001 0.006 0.046 0.046 0.084 0.290 23 R 0.178 0.017 0.126 0.080 0.018 0.104 0.032 0.002 0.006 0.039 0.027 0.206 0.165 24 S 0.146 0.008 0.112 0.022 0.016 0.088 0.019 0.001 0.005 0.049 0.020 0.150 0.365 25 S 0.129 0.009 0.143 0.043 0.028 0.105 0.017 0.001 0.003 0.049 0.024 0.109 0.339 26 Y 0.081 0.037 0.154 0.022 0.018 0.087 0.008 0.001 0.005 0.062 0.042 0.201 0.281 27 R 0.034 0.022 0.336 0.030 0.016 0.063 0.004 0.001 0.004 0.104 0.055 0.081 0.251 28 S 0.005 0.018 0.606 0.018 0.015 0.027 0.001 0.001 0.003 0.164 0.030 0.059 0.054 29 E 0.002 0.007 0.183 0.009 0.099 0.055 0.001 0.001 0.001 0.217 0.382 0.008 0.037 30 T 0.014 0.014 0.165 0.003 0.102 0.051 0.001 0.001 0.004 0.146 0.437 0.037 0.026 31 A 0.035 0.050 0.360 0.003 0.076 0.048 0.003 0.002 0.010 0.153 0.102 0.042 0.117 32 F 0.033 0.058 0.388 0.007 0.032 0.038 0.002 0.001 0.008 0.159 0.144 0.050 0.081 33 D 0.007 0.026 0.317 0.009 0.022 0.022 0.001 0.001 0.002 0.265 0.282 0.013 0.034 34 P 0.001 0.005 0.182 0.006 0.019 0.017 0.001 0.001 0.001 0.399 0.357 0.007 0.006 35 S 0.001 0.013 0.258 0.004 0.022 0.020 0.001 0.001 0.001 0.379 0.283 0.005 0.015 36 R 0.002 0.044 0.564 0.001 0.014 0.024 0.001 0.001 0.004 0.219 0.054 0.036 0.036 37 Q 0.002 0.042 0.610 0.004 0.018 0.045 0.001 0.001 0.006 0.139 0.052 0.011 0.071 38 L 0.012 0.029 0.217 0.011 0.072 0.267 0.006 0.002 0.006 0.151 0.140 0.033 0.054 39 W 0.076 0.014 0.165 0.024 0.103 0.290 0.014 0.005 0.009 0.086 0.101 0.045 0.068 40 S 0.179 0.010 0.125 0.031 0.042 0.202 0.028 0.010 0.043 0.080 0.044 0.069 0.136 41 S 0.311 0.007 0.078 0.042 0.007 0.154 0.058 0.037 0.059 0.022 0.014 0.046 0.166 42 I 0.450 0.004 0.036 0.020 0.004 0.117 0.098 0.071 0.044 0.008 0.004 0.060 0.083 43 Y 0.489 0.003 0.029 0.012 0.005 0.141 0.100 0.056 0.025 0.005 0.008 0.052 0.075 44 F 0.456 0.005 0.042 0.006 0.005 0.136 0.079 0.070 0.039 0.012 0.028 0.050 0.074 45 L 0.188 0.015 0.160 0.015 0.006 0.125 0.039 0.023 0.063 0.093 0.076 0.051 0.146 46 L 0.030 0.027 0.414 0.006 0.013 0.058 0.008 0.004 0.021 0.171 0.110 0.072 0.067 47 R 0.003 0.017 0.478 0.004 0.022 0.021 0.001 0.001 0.005 0.238 0.162 0.010 0.039 48 T 0.001 0.018 0.249 0.004 0.069 0.019 0.001 0.001 0.001 0.270 0.352 0.004 0.013 49 G 0.001 0.013 0.204 0.002 0.058 0.019 0.001 0.001 0.001 0.373 0.306 0.012 0.009 50 E 0.001 0.016 0.446 0.002 0.063 0.021 0.001 0.001 0.002 0.284 0.139 0.006 0.018 51 V 0.007 0.042 0.488 0.003 0.061 0.037 0.001 0.001 0.007 0.181 0.093 0.021 0.058 52 S 0.014 0.039 0.432 0.020 0.069 0.044 0.001 0.001 0.006 0.181 0.092 0.039 0.063 53 H 0.041 0.023 0.228 0.007 0.141 0.081 0.003 0.001 0.005 0.164 0.150 0.068 0.088 54 F 0.077 0.021 0.196 0.013 0.163 0.075 0.006 0.001 0.003 0.100 0.153 0.033 0.159 55 H 0.060 0.019 0.301 0.015 0.081 0.058 0.005 0.001 0.005 0.130 0.066 0.168 0.091 56 R 0.039 0.040 0.254 0.010 0.021 0.022 0.005 0.001 0.007 0.102 0.045 0.046 0.410 57 L 0.007 0.028 0.500 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.005 0.165 0.020 0.189 0.061 58 T 0.001 0.017 0.848 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.003 0.080 59 A 0.002 0.006 0.225 0.011 0.162 0.172 0.001 0.001 0.001 0.076 0.310 0.014 0.018 60 D 0.013 0.006 0.115 0.014 0.131 0.152 0.001 0.001 0.002 0.203 0.322 0.013 0.029 61 E 0.083 0.024 0.214 0.003 0.065 0.197 0.008 0.003 0.039 0.105 0.044 0.057 0.158 62 M 0.322 0.006 0.114 0.029 0.008 0.125 0.023 0.015 0.037 0.029 0.016 0.030 0.247 63 W 0.690 0.003 0.028 0.003 0.002 0.034 0.022 0.014 0.016 0.003 0.004 0.115 0.065 64 Y 0.759 0.002 0.017 0.002 0.003 0.033 0.018 0.010 0.016 0.005 0.003 0.029 0.103 65 F 0.645 0.010 0.031 0.003 0.006 0.048 0.017 0.004 0.016 0.011 0.016 0.102 0.091 66 H 0.236 0.015 0.138 0.015 0.009 0.029 0.008 0.002 0.032 0.047 0.143 0.107 0.219 67 A 0.015 0.004 0.065 0.005 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.064 0.783 0.013 0.033 68 G 0.003 0.008 0.144 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.496 0.007 0.018 69 Q 0.001 0.004 0.388 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.051 0.023 0.007 70 S 0.010 0.012 0.422 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.262 0.039 0.007 0.232 71 L 0.157 0.004 0.108 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.006 0.022 0.004 0.620 0.062 72 T 0.464 0.002 0.032 0.003 0.001 0.001 0.032 0.002 0.006 0.006 0.001 0.042 0.410 73 I 0.783 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.046 74 Y 0.816 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.097 75 M 0.845 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.053 76 I 0.694 0.004 0.019 0.005 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 0.003 0.001 0.044 0.200 77 S 0.036 0.009 0.455 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.012 0.072 0.018 0.095 0.299 78 P 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.857 0.001 0.003 79 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.812 0.002 0.001 80 G 0.001 0.002 0.117 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.644 0.212 0.006 0.012 81 E 0.012 0.021 0.587 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.175 0.075 0.020 0.092 82 L 0.100 0.021 0.120 0.019 0.001 0.003 0.022 0.001 0.006 0.026 0.002 0.067 0.612 83 T 0.234 0.004 0.047 0.042 0.001 0.003 0.056 0.003 0.005 0.005 0.001 0.492 0.105 84 T 0.328 0.005 0.018 0.006 0.001 0.007 0.122 0.006 0.008 0.005 0.001 0.077 0.416 85 A 0.408 0.002 0.031 0.023 0.003 0.011 0.136 0.005 0.007 0.004 0.002 0.235 0.134 86 Q 0.335 0.007 0.051 0.012 0.007 0.017 0.090 0.002 0.016 0.011 0.013 0.087 0.352 87 L 0.200 0.015 0.143 0.052 0.013 0.048 0.028 0.002 0.030 0.067 0.068 0.149 0.185 88 G 0.042 0.006 0.368 0.009 0.021 0.063 0.004 0.001 0.016 0.192 0.079 0.106 0.092 89 L 0.012 0.021 0.325 0.005 0.040 0.116 0.002 0.001 0.009 0.215 0.135 0.027 0.093 90 D 0.012 0.053 0.348 0.003 0.077 0.166 0.002 0.001 0.004 0.103 0.151 0.022 0.056 91 L 0.004 0.014 0.195 0.008 0.152 0.235 0.001 0.001 0.002 0.154 0.203 0.009 0.024 92 A 0.003 0.010 0.101 0.002 0.092 0.184 0.001 0.001 0.001 0.063 0.526 0.007 0.010 93 A 0.002 0.005 0.073 0.001 0.046 0.056 0.001 0.001 0.001 0.124 0.682 0.003 0.008 94 G 0.001 0.005 0.239 0.003 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.252 0.451 0.008 0.008 95 E 0.004 0.027 0.557 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.004 0.197 0.059 0.008 0.116 96 R 0.009 0.027 0.279 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 0.008 0.113 0.009 0.491 0.045 97 P 0.011 0.017 0.393 0.013 0.004 0.006 0.003 0.001 0.014 0.019 0.006 0.011 0.503 98 Q 0.165 0.013 0.252 0.055 0.009 0.008 0.023 0.002 0.028 0.032 0.010 0.279 0.124 99 F 0.300 0.007 0.086 0.008 0.007 0.006 0.052 0.003 0.037 0.030 0.005 0.117 0.343 100 L 0.249 0.012 0.101 0.015 0.009 0.004 0.067 0.003 0.035 0.025 0.005 0.118 0.358 101 V 0.056 0.016 0.227 0.007 0.002 0.001 0.015 0.001 0.030 0.051 0.004 0.442 0.149 102 P 0.003 0.010 0.680 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.038 0.007 0.018 0.223 103 K 0.002 0.001 0.070 0.010 0.093 0.015 0.001 0.001 0.001 0.107 0.685 0.006 0.012 104 G 0.007 0.003 0.062 0.005 0.128 0.012 0.001 0.001 0.001 0.149 0.609 0.011 0.012 105 C 0.034 0.017 0.382 0.004 0.100 0.027 0.002 0.001 0.010 0.160 0.034 0.037 0.191 106 I 0.159 0.016 0.241 0.012 0.017 0.022 0.011 0.001 0.022 0.043 0.015 0.115 0.324 107 F 0.294 0.021 0.078 0.023 0.007 0.011 0.013 0.001 0.016 0.024 0.008 0.253 0.251 108 G 0.294 0.008 0.094 0.034 0.011 0.013 0.009 0.001 0.009 0.018 0.011 0.169 0.327 109 S 0.239 0.005 0.111 0.063 0.015 0.015 0.008 0.001 0.007 0.040 0.013 0.159 0.322 110 A 0.193 0.015 0.129 0.023 0.014 0.012 0.011 0.001 0.010 0.039 0.014 0.241 0.300 111 M 0.122 0.027 0.195 0.004 0.009 0.007 0.010 0.001 0.006 0.053 0.014 0.122 0.430 112 N 0.008 0.018 0.602 0.018 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.109 0.035 0.075 0.114 113 Q 0.002 0.003 0.079 0.008 0.047 0.011 0.001 0.001 0.001 0.183 0.631 0.009 0.027 114 D 0.002 0.002 0.045 0.013 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.165 0.709 0.011 0.008 115 G 0.020 0.005 0.210 0.019 0.050 0.022 0.001 0.001 0.002 0.359 0.194 0.050 0.068 116 F 0.143 0.037 0.211 0.004 0.009 0.016 0.025 0.002 0.028 0.032 0.015 0.061 0.417 117 S 0.341 0.013 0.057 0.027 0.002 0.005 0.054 0.003 0.014 0.015 0.005 0.374 0.091 118 L 0.476 0.006 0.018 0.007 0.002 0.003 0.056 0.001 0.008 0.007 0.003 0.037 0.375 119 V 0.403 0.002 0.033 0.044 0.003 0.008 0.056 0.004 0.019 0.009 0.002 0.325 0.093 120 G 0.340 0.002 0.050 0.100 0.008 0.015 0.063 0.005 0.014 0.020 0.002 0.051 0.329 121 C 0.346 0.004 0.043 0.018 0.027 0.026 0.078 0.005 0.015 0.009 0.004 0.282 0.143 122 M 0.383 0.007 0.044 0.029 0.020 0.026 0.076 0.007 0.014 0.017 0.008 0.028 0.340 123 V 0.143 0.031 0.118 0.036 0.025 0.041 0.049 0.003 0.017 0.040 0.025 0.346 0.125 124 S 0.013 0.004 0.419 0.015 0.035 0.019 0.002 0.001 0.014 0.238 0.059 0.071 0.110 125 P 0.001 0.002 0.061 0.021 0.121 0.007 0.001 0.001 0.001 0.153 0.621 0.002 0.010 126 G 0.003 0.004 0.056 0.003 0.184 0.005 0.001 0.001 0.005 0.096 0.629 0.008 0.006 127 F 0.035 0.064 0.339 0.001 0.095 0.008 0.009 0.005 0.058 0.142 0.061 0.064 0.119 128 T 0.021 0.059 0.445 0.013 0.044 0.011 0.011 0.004 0.077 0.105 0.042 0.048 0.120 129 F 0.014 0.026 0.365 0.010 0.116 0.047 0.003 0.001 0.049 0.143 0.120 0.031 0.076 130 D 0.002 0.006 0.115 0.024 0.128 0.068 0.001 0.001 0.006 0.148 0.475 0.018 0.009 131 D 0.003 0.011 0.115 0.006 0.196 0.044 0.002 0.001 0.013 0.167 0.403 0.006 0.031 132 F 0.012 0.032 0.340 0.005 0.204 0.067 0.011 0.002 0.056 0.101 0.054 0.031 0.084 133 E 0.033 0.042 0.261 0.014 0.163 0.056 0.034 0.005 0.102 0.068 0.083 0.055 0.086 134 L 0.018 0.029 0.241 0.010 0.152 0.063 0.010 0.001 0.045 0.120 0.162 0.037 0.112 135 F 0.004 0.046 0.389 0.002 0.030 0.079 0.001 0.001 0.013 0.268 0.092 0.036 0.038 136 S 0.001 0.029 0.616 0.001 0.009 0.082 0.001 0.001 0.003 0.196 0.032 0.003 0.030 137 Q 0.001 0.001 0.046 0.001 0.025 0.861 0.001 0.001 0.001 0.030 0.036 0.001 0.001 138 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.022 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.860 0.001 0.001 0.001 0.006 0.102 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.019 0.001 0.015 0.813 0.001 0.001 0.001 0.022 0.128 0.001 0.001 144 Y 0.001 0.002 0.197 0.001 0.004 0.529 0.001 0.001 0.001 0.242 0.023 0.001 0.001 145 P 0.001 0.001 0.031 0.001 0.041 0.823 0.001 0.001 0.001 0.011 0.093 0.001 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.013 0.001 0.047 0.845 0.001 0.001 0.001 0.015 0.080 0.001 0.001 147 H 0.001 0.001 0.022 0.001 0.037 0.896 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 152 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.007 0.820 0.001 0.001 0.001 0.014 0.142 0.001 0.001 155 S 0.001 0.009 0.188 0.001 0.015 0.591 0.001 0.001 0.002 0.057 0.136 0.001 0.002 156 R 0.001 0.005 0.154 0.001 0.075 0.573 0.001 0.001 0.001 0.111 0.074 0.003 0.003 157 P 0.001 0.002 0.122 0.001 0.124 0.538 0.001 0.001 0.001 0.092 0.113 0.003 0.004 158 E 0.001 0.009 0.152 0.001 0.092 0.433 0.001 0.001 0.003 0.088 0.212 0.003 0.008 159 V 0.001 0.020 0.556 0.001 0.015 0.250 0.001 0.001 0.012 0.037 0.097 0.003 0.010 160 N 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001