# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.9613 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.064 0.062 0.102 0.102 0.125 0.168 0.099 0.091 0.053 0.034 2 Q 0.268 0.173 0.168 0.155 0.097 0.055 0.050 0.019 0.010 0.004 0.002 3 N 0.037 0.245 0.162 0.250 0.135 0.087 0.052 0.017 0.008 0.004 0.002 4 A 0.005 0.005 0.012 0.018 0.042 0.098 0.244 0.201 0.184 0.123 0.068 5 D 0.348 0.104 0.207 0.189 0.088 0.040 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 6 D 0.007 0.041 0.255 0.414 0.181 0.069 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 7 F 0.001 0.002 0.013 0.008 0.011 0.024 0.105 0.153 0.232 0.246 0.206 8 I 0.001 0.001 0.020 0.018 0.043 0.106 0.332 0.209 0.157 0.079 0.035 9 K 0.003 0.016 0.754 0.157 0.050 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 F 0.001 0.010 0.056 0.080 0.150 0.254 0.297 0.091 0.037 0.017 0.007 11 L 0.003 0.003 0.011 0.006 0.008 0.015 0.086 0.155 0.288 0.246 0.178 12 E 0.254 0.273 0.193 0.163 0.074 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.012 0.030 0.125 0.071 0.075 0.082 0.155 0.131 0.146 0.109 0.065 14 E 0.219 0.222 0.121 0.159 0.123 0.068 0.057 0.018 0.008 0.003 0.002 15 Q 0.406 0.218 0.091 0.139 0.067 0.038 0.025 0.008 0.004 0.002 0.002 16 H 0.016 0.038 0.019 0.057 0.081 0.115 0.173 0.159 0.140 0.120 0.080 17 V 0.328 0.116 0.039 0.093 0.077 0.074 0.088 0.060 0.055 0.039 0.031 18 E 0.136 0.072 0.027 0.081 0.088 0.107 0.176 0.109 0.092 0.066 0.044 19 G 0.063 0.088 0.035 0.124 0.093 0.085 0.116 0.104 0.107 0.100 0.084 20 G 0.079 0.048 0.020 0.079 0.085 0.103 0.145 0.131 0.132 0.106 0.070 21 F 0.020 0.035 0.025 0.092 0.113 0.137 0.205 0.146 0.116 0.072 0.038 22 Y 0.012 0.016 0.018 0.046 0.047 0.063 0.132 0.174 0.197 0.174 0.119 23 R 0.017 0.028 0.026 0.135 0.158 0.164 0.186 0.123 0.092 0.050 0.021 24 S 0.039 0.079 0.078 0.177 0.152 0.132 0.135 0.087 0.069 0.037 0.015 25 S 0.024 0.034 0.024 0.070 0.078 0.091 0.168 0.170 0.169 0.118 0.055 26 Y 0.041 0.060 0.038 0.120 0.127 0.127 0.171 0.124 0.092 0.063 0.038 27 R 0.046 0.108 0.071 0.166 0.161 0.125 0.138 0.083 0.053 0.032 0.015 28 S 0.133 0.159 0.078 0.157 0.136 0.098 0.104 0.060 0.043 0.023 0.010 29 E 0.539 0.144 0.064 0.121 0.063 0.032 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 30 T 0.375 0.182 0.061 0.121 0.077 0.054 0.061 0.030 0.022 0.012 0.006 31 A 0.140 0.115 0.060 0.121 0.100 0.100 0.130 0.090 0.073 0.045 0.026 32 F 0.116 0.104 0.033 0.096 0.106 0.124 0.149 0.097 0.074 0.056 0.043 33 D 0.353 0.310 0.094 0.105 0.060 0.032 0.023 0.011 0.008 0.004 0.002 34 P 0.555 0.084 0.033 0.092 0.080 0.061 0.050 0.022 0.013 0.007 0.003 35 S 0.325 0.243 0.061 0.163 0.095 0.047 0.036 0.013 0.009 0.004 0.003 36 R 0.013 0.019 0.015 0.063 0.095 0.150 0.216 0.165 0.136 0.084 0.044 37 Q 0.224 0.174 0.099 0.186 0.134 0.089 0.056 0.019 0.010 0.005 0.003 38 L 0.016 0.026 0.032 0.072 0.081 0.121 0.243 0.166 0.129 0.080 0.035 39 W 0.009 0.011 0.011 0.039 0.065 0.101 0.220 0.170 0.172 0.129 0.074 40 S 0.005 0.017 0.028 0.083 0.081 0.091 0.178 0.155 0.159 0.121 0.081 41 S 0.001 0.003 0.009 0.024 0.038 0.070 0.179 0.195 0.202 0.177 0.103 42 I 0.001 0.001 0.007 0.008 0.008 0.011 0.057 0.118 0.219 0.306 0.263 43 Y 0.001 0.002 0.010 0.033 0.049 0.086 0.204 0.205 0.197 0.141 0.073 44 F 0.001 0.002 0.023 0.025 0.036 0.059 0.185 0.205 0.233 0.156 0.074 45 L 0.001 0.002 0.007 0.017 0.025 0.039 0.143 0.187 0.251 0.216 0.112 46 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.020 0.034 0.131 0.191 0.279 0.207 0.122 47 R 0.019 0.058 0.085 0.199 0.227 0.184 0.146 0.051 0.023 0.006 0.002 48 T 0.242 0.207 0.082 0.189 0.101 0.082 0.065 0.022 0.008 0.003 0.001 49 G 0.599 0.177 0.040 0.089 0.043 0.022 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 50 E 0.247 0.288 0.068 0.151 0.094 0.064 0.045 0.021 0.012 0.006 0.004 51 V 0.074 0.087 0.028 0.115 0.135 0.127 0.160 0.108 0.088 0.049 0.028 52 S 0.105 0.087 0.036 0.101 0.110 0.144 0.170 0.099 0.079 0.045 0.024 53 H 0.116 0.100 0.074 0.244 0.187 0.113 0.089 0.039 0.022 0.012 0.006 54 F 0.048 0.031 0.027 0.073 0.078 0.092 0.129 0.127 0.152 0.134 0.110 55 H 0.026 0.037 0.042 0.098 0.104 0.123 0.186 0.141 0.122 0.078 0.043 56 R 0.040 0.062 0.071 0.176 0.157 0.139 0.158 0.087 0.056 0.035 0.019 57 L 0.012 0.013 0.022 0.027 0.033 0.043 0.111 0.138 0.198 0.212 0.190 58 T 0.073 0.191 0.134 0.259 0.166 0.081 0.055 0.019 0.012 0.006 0.003 59 A 0.047 0.036 0.024 0.056 0.055 0.070 0.152 0.139 0.162 0.146 0.113 60 D 0.192 0.139 0.080 0.181 0.134 0.108 0.086 0.036 0.024 0.012 0.007 61 E 0.019 0.028 0.030 0.086 0.095 0.126 0.232 0.149 0.121 0.073 0.041 62 M 0.022 0.019 0.021 0.046 0.040 0.047 0.094 0.129 0.184 0.204 0.195 63 W 0.015 0.017 0.026 0.060 0.074 0.107 0.197 0.167 0.168 0.105 0.064 64 Y 0.011 0.027 0.058 0.117 0.110 0.117 0.157 0.138 0.126 0.089 0.051 65 F 0.007 0.012 0.019 0.038 0.049 0.072 0.146 0.164 0.195 0.166 0.132 66 H 0.021 0.028 0.035 0.080 0.087 0.100 0.166 0.155 0.164 0.105 0.058 67 A 0.043 0.051 0.037 0.093 0.088 0.101 0.174 0.135 0.130 0.095 0.056 68 G 0.136 0.083 0.061 0.143 0.115 0.110 0.113 0.083 0.072 0.049 0.033 69 Q 0.081 0.111 0.063 0.175 0.152 0.134 0.140 0.070 0.041 0.023 0.010 70 S 0.046 0.069 0.045 0.137 0.121 0.116 0.134 0.104 0.096 0.073 0.058 71 L 0.006 0.004 0.003 0.010 0.013 0.025 0.096 0.155 0.248 0.249 0.193 72 T 0.012 0.051 0.046 0.220 0.214 0.176 0.155 0.060 0.036 0.018 0.012 73 I 0.001 0.002 0.003 0.004 0.004 0.008 0.032 0.082 0.203 0.312 0.350 74 Y 0.004 0.010 0.011 0.085 0.146 0.171 0.234 0.151 0.107 0.053 0.029 75 M 0.005 0.015 0.015 0.038 0.045 0.061 0.160 0.170 0.220 0.176 0.095 76 I 0.004 0.011 0.010 0.067 0.103 0.121 0.201 0.163 0.156 0.103 0.061 77 S 0.024 0.052 0.022 0.109 0.144 0.152 0.209 0.136 0.093 0.043 0.017 78 P 0.357 0.175 0.061 0.152 0.096 0.061 0.048 0.025 0.014 0.008 0.004 79 E 0.482 0.243 0.056 0.119 0.050 0.024 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 80 G 0.372 0.180 0.036 0.102 0.080 0.069 0.065 0.039 0.029 0.019 0.010 81 E 0.231 0.234 0.067 0.193 0.115 0.070 0.047 0.020 0.013 0.007 0.004 82 L 0.026 0.032 0.025 0.067 0.088 0.122 0.188 0.138 0.143 0.100 0.070 83 T 0.056 0.093 0.086 0.207 0.167 0.130 0.120 0.063 0.043 0.022 0.012 84 T 0.044 0.044 0.045 0.121 0.138 0.130 0.163 0.121 0.094 0.063 0.037 85 A 0.035 0.035 0.062 0.133 0.129 0.142 0.165 0.110 0.089 0.060 0.040 86 Q 0.015 0.048 0.075 0.192 0.186 0.177 0.152 0.070 0.047 0.026 0.012 87 L 0.003 0.006 0.011 0.018 0.020 0.029 0.089 0.138 0.215 0.240 0.233 88 G 0.071 0.073 0.067 0.149 0.140 0.122 0.146 0.091 0.068 0.042 0.031 89 L 0.034 0.046 0.055 0.108 0.113 0.131 0.176 0.113 0.109 0.072 0.044 90 D 0.082 0.167 0.090 0.216 0.167 0.113 0.090 0.036 0.022 0.011 0.006 91 L 0.008 0.005 0.003 0.010 0.012 0.020 0.061 0.105 0.195 0.248 0.334 92 A 0.131 0.196 0.096 0.165 0.131 0.096 0.091 0.038 0.027 0.015 0.012 93 A 0.264 0.238 0.097 0.173 0.081 0.059 0.046 0.020 0.013 0.007 0.003 94 G 0.565 0.109 0.038 0.080 0.061 0.047 0.040 0.021 0.016 0.012 0.010 95 E 0.097 0.158 0.068 0.182 0.147 0.102 0.102 0.057 0.041 0.027 0.019 96 R 0.033 0.068 0.027 0.109 0.142 0.151 0.192 0.116 0.085 0.051 0.026 97 P 0.031 0.028 0.016 0.068 0.092 0.119 0.174 0.138 0.137 0.106 0.093 98 Q 0.015 0.017 0.013 0.054 0.068 0.085 0.180 0.177 0.162 0.137 0.093 99 F 0.012 0.017 0.014 0.067 0.088 0.114 0.199 0.159 0.156 0.109 0.066 100 L 0.009 0.019 0.013 0.052 0.067 0.099 0.174 0.167 0.171 0.136 0.094 101 V 0.002 0.006 0.004 0.017 0.029 0.040 0.111 0.177 0.215 0.215 0.185 102 P 0.103 0.141 0.060 0.160 0.148 0.113 0.115 0.065 0.049 0.027 0.019 103 K 0.171 0.122 0.051 0.221 0.173 0.114 0.085 0.033 0.018 0.009 0.004 104 G 0.363 0.157 0.055 0.153 0.097 0.066 0.049 0.026 0.018 0.010 0.005 105 C 0.012 0.026 0.023 0.087 0.096 0.119 0.189 0.149 0.144 0.098 0.058 106 I 0.006 0.009 0.013 0.027 0.032 0.062 0.140 0.167 0.198 0.190 0.156 107 F 0.008 0.021 0.036 0.088 0.099 0.147 0.215 0.153 0.118 0.073 0.043 108 G 0.009 0.014 0.023 0.048 0.057 0.077 0.153 0.165 0.175 0.158 0.121 109 S 0.010 0.010 0.011 0.025 0.030 0.044 0.110 0.137 0.217 0.214 0.191 110 A 0.065 0.069 0.047 0.141 0.129 0.131 0.164 0.094 0.084 0.050 0.028 111 M 0.018 0.025 0.020 0.051 0.055 0.085 0.151 0.141 0.160 0.157 0.138 112 N 0.137 0.165 0.079 0.170 0.118 0.099 0.094 0.051 0.040 0.027 0.020 113 Q 0.288 0.141 0.069 0.126 0.094 0.083 0.084 0.045 0.032 0.022 0.015 114 D 0.372 0.212 0.069 0.145 0.090 0.045 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 115 G 0.043 0.070 0.035 0.152 0.185 0.169 0.161 0.086 0.053 0.030 0.016 116 F 0.001 0.003 0.003 0.018 0.047 0.084 0.188 0.206 0.197 0.141 0.111 117 S 0.001 0.002 0.003 0.013 0.024 0.051 0.150 0.191 0.207 0.184 0.174 118 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.019 0.090 0.178 0.242 0.252 0.204 119 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.052 0.124 0.230 0.266 0.305 120 G 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.017 0.062 0.134 0.231 0.270 0.264 121 C 0.003 0.004 0.003 0.018 0.028 0.049 0.136 0.194 0.223 0.191 0.152 122 M 0.008 0.012 0.012 0.034 0.042 0.062 0.144 0.191 0.207 0.176 0.112 123 V 0.007 0.009 0.007 0.030 0.045 0.059 0.131 0.163 0.192 0.180 0.176 124 S 0.012 0.017 0.012 0.047 0.060 0.081 0.143 0.166 0.197 0.152 0.114 125 P 0.050 0.036 0.015 0.070 0.095 0.126 0.191 0.150 0.125 0.091 0.050 126 G 0.062 0.049 0.026 0.093 0.105 0.119 0.174 0.127 0.115 0.076 0.053 127 F 0.006 0.005 0.003 0.012 0.022 0.036 0.094 0.145 0.212 0.252 0.215 128 T 0.087 0.322 0.100 0.259 0.126 0.054 0.029 0.010 0.006 0.003 0.003 129 F 0.012 0.013 0.009 0.036 0.065 0.096 0.195 0.189 0.187 0.122 0.076 130 D 0.679 0.180 0.050 0.063 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 D 0.076 0.174 0.069 0.275 0.183 0.111 0.077 0.020 0.010 0.004 0.001 132 F 0.026 0.013 0.008 0.023 0.037 0.058 0.124 0.141 0.225 0.185 0.161 133 E 0.119 0.177 0.136 0.243 0.139 0.091 0.065 0.017 0.009 0.004 0.002 134 L 0.008 0.021 0.047 0.083 0.085 0.106 0.226 0.160 0.138 0.088 0.039 135 F 0.005 0.006 0.012 0.023 0.048 0.098 0.207 0.196 0.168 0.144 0.094 136 S 0.073 0.405 0.210 0.198 0.069 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 137 Q 0.044 0.090 0.082 0.201 0.222 0.180 0.114 0.038 0.019 0.007 0.002 138 E 0.811 0.076 0.049 0.035 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 139 A 0.087 0.097 0.235 0.265 0.137 0.090 0.067 0.014 0.005 0.002 0.001 140 L 0.004 0.006 0.030 0.019 0.027 0.070 0.221 0.226 0.202 0.134 0.060 141 L 0.004 0.009 0.106 0.142 0.184 0.230 0.197 0.074 0.034 0.015 0.005 142 A 0.021 0.047 0.799 0.083 0.030 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 143 M 0.013 0.044 0.086 0.153 0.175 0.211 0.195 0.065 0.035 0.016 0.006 144 Y 0.006 0.012 0.014 0.018 0.029 0.062 0.211 0.205 0.217 0.148 0.077 145 P 0.290 0.150 0.249 0.143 0.080 0.044 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 146 Q 0.127 0.162 0.327 0.170 0.108 0.055 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 147 H 0.003 0.012 0.014 0.025 0.033 0.084 0.240 0.195 0.185 0.134 0.074 148 K 0.033 0.038 0.079 0.182 0.206 0.221 0.156 0.048 0.024 0.009 0.004 149 A 0.112 0.117 0.500 0.171 0.059 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 150 V 0.002 0.006 0.033 0.074 0.099 0.165 0.285 0.167 0.096 0.051 0.020 151 V 0.001 0.001 0.014 0.005 0.005 0.009 0.068 0.127 0.237 0.279 0.254 152 Q 0.001 0.006 0.253 0.250 0.251 0.150 0.066 0.016 0.006 0.002 0.001 153 K 0.006 0.036 0.526 0.191 0.121 0.078 0.031 0.007 0.003 0.001 0.001 154 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.019 0.051 0.220 0.213 0.231 0.166 0.085 155 S 0.027 0.035 0.038 0.041 0.047 0.074 0.243 0.189 0.154 0.100 0.053 156 R 0.068 0.163 0.258 0.234 0.145 0.066 0.038 0.014 0.007 0.004 0.001 157 P 0.302 0.192 0.191 0.138 0.077 0.046 0.032 0.012 0.006 0.003 0.002 158 E 0.410 0.171 0.095 0.118 0.072 0.046 0.046 0.019 0.012 0.007 0.004 159 V 0.208 0.083 0.050 0.077 0.075 0.095 0.130 0.092 0.086 0.065 0.040 160 N 0.277 0.273 0.078 0.132 0.082 0.052 0.044 0.025 0.019 0.011 0.006