# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.9613 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.521 0.099 0.130 0.167 0.025 0.027 0.015 0.004 0.008 0.003 0.001 2 Q 0.459 0.125 0.193 0.129 0.049 0.023 0.011 0.002 0.007 0.002 0.001 3 N 0.048 0.115 0.426 0.036 0.093 0.156 0.004 0.001 0.112 0.008 0.001 4 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 F 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 F 0.916 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.323 0.009 0.011 0.646 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 12 E 0.080 0.016 0.036 0.057 0.004 0.057 0.725 0.007 0.015 0.003 0.001 13 L 0.137 0.192 0.420 0.142 0.013 0.062 0.007 0.002 0.023 0.002 0.001 14 E 0.045 0.273 0.416 0.005 0.123 0.025 0.025 0.001 0.080 0.006 0.001 15 Q 0.100 0.023 0.747 0.026 0.001 0.058 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 16 H 0.022 0.213 0.455 0.017 0.117 0.074 0.012 0.005 0.080 0.004 0.001 17 V 0.619 0.040 0.136 0.120 0.007 0.046 0.013 0.003 0.009 0.003 0.003 18 E 0.256 0.106 0.149 0.392 0.029 0.015 0.022 0.006 0.022 0.004 0.001 19 G 0.082 0.015 0.103 0.105 0.120 0.003 0.095 0.339 0.003 0.134 0.001 20 G 0.096 0.026 0.208 0.034 0.115 0.005 0.026 0.175 0.002 0.312 0.002 21 F 0.210 0.270 0.277 0.100 0.083 0.024 0.009 0.007 0.011 0.007 0.001 22 Y 0.154 0.446 0.202 0.054 0.086 0.028 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 23 R 0.178 0.518 0.165 0.041 0.048 0.030 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 24 S 0.127 0.507 0.142 0.040 0.132 0.024 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 25 S 0.180 0.468 0.122 0.075 0.125 0.012 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 26 Y 0.088 0.476 0.153 0.066 0.127 0.034 0.015 0.004 0.036 0.002 0.001 27 R 0.120 0.420 0.272 0.067 0.037 0.038 0.008 0.001 0.036 0.002 0.001 28 S 0.080 0.227 0.428 0.024 0.158 0.029 0.010 0.004 0.024 0.016 0.001 29 E 0.748 0.032 0.089 0.075 0.020 0.011 0.011 0.005 0.004 0.003 0.002 30 T 0.456 0.117 0.082 0.277 0.035 0.011 0.006 0.003 0.010 0.001 0.001 31 A 0.284 0.220 0.172 0.208 0.053 0.026 0.012 0.004 0.019 0.002 0.001 32 F 0.137 0.304 0.264 0.164 0.044 0.044 0.011 0.003 0.025 0.004 0.001 33 D 0.024 0.189 0.418 0.006 0.054 0.032 0.016 0.001 0.252 0.007 0.001 34 P 0.807 0.001 0.134 0.025 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 35 S 0.533 0.019 0.057 0.326 0.006 0.014 0.016 0.019 0.006 0.002 0.001 36 R 0.396 0.156 0.290 0.054 0.028 0.019 0.016 0.003 0.034 0.004 0.001 37 Q 0.604 0.032 0.261 0.032 0.004 0.036 0.013 0.003 0.007 0.003 0.005 38 L 0.704 0.073 0.083 0.082 0.013 0.025 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 39 W 0.524 0.151 0.132 0.086 0.040 0.040 0.009 0.004 0.011 0.002 0.001 40 S 0.700 0.120 0.060 0.060 0.035 0.011 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 41 S 0.686 0.170 0.044 0.047 0.040 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 42 I 0.591 0.304 0.047 0.023 0.021 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 43 Y 0.614 0.279 0.040 0.025 0.024 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 F 0.518 0.326 0.075 0.021 0.034 0.012 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 45 L 0.673 0.091 0.122 0.067 0.004 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 46 L 0.304 0.178 0.226 0.199 0.029 0.027 0.008 0.002 0.026 0.001 0.001 47 R 0.238 0.142 0.397 0.084 0.038 0.030 0.031 0.009 0.013 0.016 0.001 48 T 0.147 0.184 0.299 0.243 0.063 0.013 0.027 0.004 0.012 0.008 0.001 49 G 0.045 0.013 0.075 0.023 0.143 0.003 0.054 0.428 0.004 0.213 0.001 50 E 0.183 0.121 0.387 0.094 0.048 0.113 0.016 0.004 0.024 0.005 0.004 51 V 0.217 0.260 0.240 0.175 0.028 0.044 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 52 S 0.256 0.232 0.199 0.113 0.152 0.010 0.007 0.009 0.010 0.011 0.001 53 H 0.345 0.277 0.125 0.078 0.104 0.020 0.016 0.007 0.022 0.005 0.001 54 F 0.262 0.229 0.238 0.138 0.044 0.032 0.027 0.006 0.019 0.004 0.001 55 H 0.159 0.327 0.200 0.121 0.062 0.052 0.036 0.003 0.037 0.001 0.001 56 R 0.120 0.331 0.233 0.114 0.043 0.063 0.052 0.007 0.032 0.003 0.002 57 L 0.013 0.587 0.288 0.007 0.055 0.024 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 58 T 0.013 0.171 0.737 0.004 0.016 0.045 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 A 0.913 0.015 0.033 0.010 0.011 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 60 D 0.870 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.448 0.279 0.043 0.146 0.068 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 62 M 0.254 0.573 0.082 0.029 0.027 0.014 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 63 W 0.283 0.485 0.119 0.014 0.047 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 64 Y 0.245 0.538 0.069 0.029 0.059 0.034 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 65 F 0.341 0.343 0.099 0.108 0.043 0.033 0.004 0.002 0.025 0.002 0.001 66 H 0.202 0.352 0.137 0.096 0.065 0.036 0.047 0.003 0.058 0.004 0.001 67 A 0.178 0.082 0.297 0.271 0.046 0.020 0.073 0.008 0.012 0.012 0.001 68 G 0.025 0.004 0.033 0.019 0.041 0.001 0.074 0.585 0.001 0.215 0.001 69 Q 0.055 0.280 0.503 0.022 0.077 0.022 0.009 0.001 0.024 0.006 0.001 70 S 0.059 0.135 0.688 0.034 0.011 0.050 0.004 0.001 0.006 0.001 0.010 71 L 0.015 0.593 0.241 0.025 0.080 0.019 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 72 T 0.003 0.769 0.167 0.002 0.033 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 73 I 0.003 0.847 0.102 0.001 0.016 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 Y 0.004 0.842 0.066 0.003 0.039 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 75 M 0.002 0.730 0.175 0.002 0.044 0.028 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 76 I 0.011 0.622 0.242 0.015 0.042 0.045 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 77 S 0.002 0.199 0.648 0.001 0.050 0.023 0.001 0.001 0.071 0.003 0.001 78 P 0.885 0.002 0.065 0.033 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 79 E 0.172 0.012 0.059 0.672 0.006 0.008 0.051 0.009 0.008 0.002 0.001 80 G 0.018 0.009 0.063 0.028 0.063 0.001 0.107 0.591 0.002 0.117 0.001 81 E 0.135 0.144 0.475 0.123 0.033 0.037 0.031 0.005 0.011 0.004 0.002 82 L 0.053 0.421 0.420 0.021 0.042 0.027 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 83 T 0.165 0.549 0.085 0.107 0.065 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 T 0.035 0.676 0.108 0.014 0.143 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 85 A 0.071 0.641 0.134 0.015 0.099 0.019 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 86 Q 0.060 0.598 0.213 0.006 0.052 0.026 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 87 L 0.193 0.256 0.407 0.097 0.011 0.019 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 88 G 0.088 0.018 0.068 0.010 0.078 0.003 0.037 0.267 0.004 0.426 0.001 89 L 0.610 0.094 0.198 0.046 0.025 0.014 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 90 D 0.461 0.049 0.187 0.074 0.010 0.137 0.032 0.003 0.044 0.001 0.002 91 L 0.879 0.021 0.036 0.048 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 A 0.797 0.043 0.055 0.088 0.005 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 93 A 0.346 0.037 0.132 0.430 0.017 0.004 0.021 0.004 0.008 0.001 0.001 94 G 0.025 0.001 0.017 0.012 0.011 0.001 0.082 0.739 0.001 0.110 0.001 95 E 0.130 0.152 0.421 0.168 0.028 0.055 0.023 0.005 0.012 0.005 0.002 96 R 0.014 0.465 0.294 0.003 0.024 0.018 0.017 0.001 0.163 0.001 0.001 97 P 0.072 0.009 0.861 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 98 Q 0.162 0.448 0.153 0.117 0.058 0.027 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 99 F 0.024 0.608 0.220 0.015 0.082 0.025 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 100 L 0.016 0.560 0.326 0.006 0.013 0.052 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 101 V 0.008 0.663 0.199 0.002 0.017 0.027 0.002 0.001 0.082 0.001 0.001 102 P 0.010 0.025 0.910 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 103 K 0.438 0.032 0.407 0.044 0.015 0.012 0.028 0.009 0.003 0.012 0.001 104 G 0.115 0.006 0.017 0.051 0.037 0.003 0.177 0.560 0.001 0.034 0.001 105 C 0.191 0.331 0.312 0.085 0.032 0.033 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 106 I 0.126 0.548 0.206 0.034 0.020 0.039 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 107 F 0.159 0.489 0.148 0.074 0.060 0.028 0.008 0.002 0.030 0.002 0.001 108 G 0.138 0.213 0.196 0.088 0.240 0.022 0.041 0.025 0.025 0.011 0.001 109 S 0.141 0.312 0.265 0.057 0.169 0.019 0.007 0.005 0.011 0.013 0.001 110 A 0.098 0.356 0.220 0.075 0.168 0.034 0.011 0.007 0.025 0.005 0.001 111 M 0.081 0.334 0.380 0.082 0.040 0.051 0.005 0.001 0.023 0.002 0.001 112 N 0.042 0.228 0.427 0.040 0.094 0.079 0.020 0.006 0.052 0.011 0.001 113 Q 0.608 0.072 0.069 0.146 0.024 0.023 0.028 0.008 0.016 0.006 0.001 114 D 0.232 0.033 0.062 0.504 0.020 0.009 0.113 0.011 0.012 0.003 0.001 115 G 0.087 0.030 0.089 0.084 0.130 0.004 0.070 0.393 0.003 0.110 0.001 116 F 0.097 0.330 0.323 0.044 0.137 0.011 0.013 0.010 0.012 0.022 0.002 117 S 0.055 0.487 0.292 0.013 0.080 0.028 0.005 0.001 0.033 0.004 0.002 118 L 0.084 0.410 0.367 0.014 0.018 0.085 0.002 0.001 0.016 0.001 0.003 119 V 0.057 0.632 0.113 0.054 0.074 0.029 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 120 G 0.057 0.198 0.179 0.009 0.466 0.012 0.015 0.017 0.009 0.035 0.002 121 C 0.129 0.401 0.234 0.044 0.106 0.044 0.006 0.002 0.030 0.001 0.002 122 M 0.174 0.321 0.323 0.065 0.024 0.063 0.008 0.003 0.017 0.001 0.001 123 V 0.104 0.335 0.280 0.108 0.042 0.060 0.012 0.004 0.052 0.002 0.001 124 S 0.053 0.232 0.390 0.003 0.075 0.013 0.047 0.005 0.154 0.027 0.001 125 P 0.235 0.004 0.644 0.022 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 126 G 0.065 0.017 0.043 0.165 0.044 0.008 0.090 0.540 0.008 0.020 0.001 127 F 0.011 0.315 0.559 0.011 0.041 0.038 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 128 T 0.017 0.409 0.431 0.013 0.013 0.084 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 129 F 0.437 0.163 0.187 0.052 0.043 0.065 0.011 0.005 0.034 0.004 0.001 130 D 0.826 0.017 0.018 0.110 0.007 0.005 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 131 D 0.340 0.048 0.030 0.443 0.047 0.015 0.056 0.007 0.011 0.002 0.001 132 F 0.287 0.174 0.215 0.166 0.053 0.021 0.047 0.017 0.016 0.003 0.002 133 E 0.225 0.405 0.231 0.023 0.030 0.035 0.011 0.001 0.038 0.001 0.001 134 L 0.210 0.205 0.320 0.120 0.017 0.082 0.016 0.002 0.024 0.002 0.003 135 F 0.051 0.366 0.363 0.060 0.060 0.055 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 136 S 0.007 0.105 0.729 0.002 0.044 0.080 0.002 0.001 0.025 0.004 0.001 137 Q 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.983 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.985 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 M 0.748 0.004 0.009 0.235 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 Y 0.397 0.047 0.217 0.022 0.012 0.015 0.019 0.003 0.257 0.011 0.001 145 P 0.961 0.001 0.022 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 146 Q 0.912 0.003 0.013 0.062 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 147 H 0.875 0.007 0.022 0.084 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 148 K 0.982 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 149 A 0.989 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.962 0.002 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.761 0.005 0.023 0.206 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 S 0.377 0.038 0.184 0.303 0.011 0.025 0.023 0.019 0.013 0.005 0.001 156 R 0.086 0.139 0.607 0.007 0.027 0.013 0.014 0.002 0.089 0.016 0.001 157 P 0.463 0.003 0.486 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 158 E 0.539 0.068 0.162 0.159 0.015 0.025 0.009 0.006 0.013 0.001 0.001 159 V 0.344 0.174 0.235 0.161 0.014 0.049 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 160 N 0.238 0.122 0.160 0.245 0.049 0.076 0.047 0.008 0.045 0.009 0.001