# TARGET T0210 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.189 0.087 0.015 0.140 0.008 0.016 0.064 0.065 0.190 0.102 2 Q 0.034 0.347 0.094 0.031 0.157 0.053 0.050 0.126 0.046 0.040 0.021 3 N 0.032 0.580 0.279 0.003 0.056 0.001 0.001 0.025 0.006 0.010 0.010 4 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.743 0.216 0.030 0.003 5 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.930 0.058 0.002 0.001 6 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.944 0.038 0.006 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.003 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.906 0.081 0.005 0.002 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.859 0.101 0.002 0.001 10 F 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.070 0.729 0.169 0.020 0.001 11 L 0.009 0.808 0.053 0.001 0.104 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.002 12 E 0.177 0.008 0.003 0.006 0.046 0.001 0.002 0.010 0.042 0.361 0.343 13 L 0.147 0.310 0.114 0.011 0.301 0.003 0.003 0.015 0.018 0.036 0.042 14 E 0.029 0.382 0.289 0.067 0.150 0.009 0.014 0.023 0.014 0.009 0.015 15 Q 0.111 0.294 0.132 0.021 0.189 0.044 0.041 0.039 0.048 0.039 0.041 16 H 0.114 0.219 0.207 0.034 0.293 0.007 0.012 0.019 0.024 0.030 0.041 17 V 0.065 0.087 0.126 0.059 0.116 0.058 0.102 0.161 0.107 0.088 0.030 18 E 0.034 0.139 0.157 0.078 0.094 0.070 0.165 0.118 0.047 0.080 0.018 19 G 0.042 0.065 0.088 0.179 0.065 0.054 0.028 0.034 0.029 0.280 0.137 20 G 0.075 0.154 0.109 0.108 0.163 0.048 0.040 0.056 0.039 0.148 0.060 21 F 0.179 0.220 0.073 0.015 0.317 0.011 0.021 0.037 0.024 0.050 0.054 22 Y 0.244 0.155 0.029 0.007 0.409 0.006 0.008 0.031 0.019 0.026 0.065 23 R 0.221 0.130 0.031 0.013 0.340 0.028 0.036 0.080 0.038 0.023 0.059 24 S 0.225 0.133 0.043 0.013 0.309 0.017 0.031 0.086 0.047 0.039 0.057 25 S 0.135 0.167 0.039 0.020 0.243 0.028 0.046 0.130 0.081 0.067 0.044 26 Y 0.143 0.151 0.046 0.019 0.217 0.014 0.034 0.124 0.074 0.122 0.057 27 R 0.080 0.266 0.105 0.044 0.155 0.034 0.046 0.072 0.047 0.091 0.060 28 S 0.097 0.333 0.160 0.016 0.309 0.003 0.003 0.022 0.019 0.012 0.025 29 E 0.018 0.030 0.018 0.015 0.033 0.016 0.045 0.306 0.470 0.041 0.009 30 T 0.036 0.067 0.029 0.011 0.058 0.020 0.098 0.219 0.207 0.227 0.029 31 A 0.126 0.141 0.042 0.015 0.172 0.021 0.036 0.092 0.083 0.176 0.094 32 F 0.078 0.127 0.076 0.057 0.123 0.063 0.085 0.136 0.092 0.107 0.057 33 D 0.045 0.103 0.126 0.151 0.073 0.075 0.074 0.102 0.083 0.128 0.040 34 P 0.025 0.115 0.106 0.107 0.058 0.049 0.062 0.146 0.111 0.187 0.032 35 S 0.054 0.079 0.076 0.066 0.070 0.048 0.066 0.172 0.124 0.194 0.053 36 R 0.038 0.223 0.188 0.039 0.103 0.018 0.027 0.160 0.092 0.077 0.034 37 Q 0.060 0.156 0.054 0.004 0.145 0.004 0.012 0.343 0.133 0.056 0.032 38 L 0.010 0.016 0.005 0.001 0.016 0.001 0.005 0.688 0.230 0.024 0.004 39 W 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.837 0.131 0.009 0.002 40 S 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.010 0.870 0.094 0.008 0.001 41 S 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 0.003 0.021 0.890 0.060 0.004 0.001 42 I 0.010 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.011 0.848 0.102 0.005 0.003 43 Y 0.005 0.003 0.002 0.005 0.008 0.018 0.058 0.719 0.169 0.010 0.002 44 F 0.007 0.017 0.004 0.002 0.021 0.009 0.110 0.689 0.126 0.013 0.003 45 L 0.019 0.008 0.001 0.002 0.018 0.013 0.157 0.197 0.134 0.431 0.020 46 L 0.024 0.358 0.347 0.071 0.106 0.009 0.014 0.016 0.011 0.034 0.010 47 R 0.042 0.234 0.320 0.167 0.061 0.029 0.015 0.047 0.024 0.036 0.025 48 T 0.013 0.077 0.038 0.060 0.034 0.078 0.232 0.244 0.168 0.045 0.011 49 G 0.013 0.027 0.031 0.051 0.016 0.049 0.045 0.113 0.139 0.439 0.077 50 E 0.060 0.269 0.108 0.016 0.164 0.018 0.041 0.103 0.080 0.106 0.034 51 V 0.155 0.162 0.056 0.012 0.183 0.015 0.026 0.108 0.094 0.115 0.074 52 S 0.063 0.266 0.166 0.028 0.188 0.015 0.020 0.091 0.076 0.057 0.030 53 H 0.043 0.051 0.027 0.014 0.077 0.018 0.049 0.383 0.243 0.073 0.022 54 F 0.120 0.073 0.019 0.013 0.130 0.015 0.038 0.206 0.157 0.151 0.078 55 H 0.113 0.158 0.032 0.016 0.308 0.018 0.035 0.135 0.075 0.072 0.038 56 R 0.277 0.077 0.018 0.004 0.281 0.008 0.019 0.102 0.068 0.077 0.068 57 L 0.111 0.247 0.110 0.045 0.240 0.024 0.034 0.089 0.039 0.032 0.028 58 T 0.095 0.169 0.075 0.025 0.159 0.022 0.060 0.151 0.085 0.110 0.049 59 A 0.140 0.132 0.066 0.020 0.201 0.011 0.018 0.154 0.121 0.085 0.053 60 D 0.048 0.094 0.029 0.016 0.132 0.040 0.109 0.340 0.123 0.052 0.018 61 E 0.309 0.056 0.011 0.007 0.440 0.006 0.012 0.070 0.021 0.024 0.045 62 M 0.179 0.102 0.010 0.014 0.566 0.014 0.016 0.067 0.012 0.007 0.013 63 W 0.274 0.055 0.007 0.003 0.552 0.003 0.007 0.024 0.007 0.013 0.055 64 Y 0.305 0.096 0.014 0.005 0.444 0.007 0.013 0.030 0.010 0.016 0.059 65 F 0.217 0.146 0.034 0.010 0.341 0.012 0.039 0.059 0.023 0.045 0.075 66 H 0.187 0.133 0.132 0.079 0.189 0.060 0.046 0.046 0.022 0.044 0.061 67 A 0.017 0.101 0.057 0.146 0.057 0.131 0.228 0.128 0.083 0.043 0.010 68 G 0.055 0.025 0.039 0.115 0.034 0.060 0.041 0.026 0.062 0.440 0.103 69 Q 0.015 0.395 0.336 0.055 0.104 0.016 0.029 0.019 0.017 0.012 0.003 70 S 0.341 0.126 0.017 0.003 0.375 0.003 0.008 0.009 0.009 0.020 0.090 71 L 0.185 0.175 0.016 0.017 0.502 0.025 0.013 0.005 0.004 0.018 0.040 72 T 0.210 0.075 0.006 0.001 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 73 I 0.535 0.014 0.001 0.001 0.418 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 74 Y 0.233 0.083 0.010 0.006 0.622 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.031 75 M 0.253 0.109 0.012 0.001 0.572 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.044 76 I 0.132 0.208 0.011 0.007 0.517 0.006 0.005 0.008 0.004 0.036 0.067 77 S 0.049 0.255 0.542 0.060 0.058 0.009 0.005 0.006 0.004 0.003 0.010 78 P 0.006 0.008 0.029 0.026 0.006 0.042 0.080 0.483 0.304 0.011 0.005 79 E 0.004 0.484 0.302 0.102 0.030 0.016 0.014 0.016 0.012 0.016 0.003 80 G 0.014 0.056 0.051 0.037 0.026 0.011 0.006 0.012 0.022 0.559 0.206 81 E 0.106 0.286 0.069 0.007 0.282 0.014 0.028 0.050 0.036 0.080 0.041 82 L 0.389 0.080 0.009 0.002 0.396 0.003 0.005 0.013 0.011 0.018 0.072 83 T 0.177 0.173 0.029 0.030 0.391 0.050 0.049 0.041 0.016 0.019 0.024 84 T 0.438 0.051 0.005 0.003 0.442 0.003 0.004 0.010 0.006 0.006 0.032 85 A 0.177 0.168 0.030 0.005 0.568 0.003 0.004 0.008 0.004 0.004 0.028 86 Q 0.382 0.081 0.019 0.002 0.446 0.005 0.007 0.012 0.003 0.005 0.038 87 L 0.108 0.167 0.089 0.072 0.183 0.048 0.051 0.071 0.043 0.098 0.071 88 G 0.032 0.099 0.200 0.305 0.061 0.058 0.035 0.088 0.047 0.051 0.024 89 L 0.054 0.197 0.164 0.038 0.115 0.027 0.027 0.170 0.103 0.070 0.035 90 D 0.100 0.191 0.071 0.007 0.364 0.004 0.012 0.127 0.069 0.034 0.021 91 L 0.068 0.040 0.023 0.007 0.061 0.006 0.021 0.410 0.271 0.066 0.028 92 A 0.013 0.035 0.054 0.055 0.023 0.096 0.220 0.361 0.084 0.052 0.006 93 A 0.020 0.391 0.127 0.091 0.068 0.044 0.096 0.078 0.028 0.045 0.012 94 G 0.041 0.024 0.030 0.039 0.032 0.013 0.015 0.035 0.045 0.486 0.239 95 E 0.097 0.233 0.114 0.038 0.184 0.039 0.071 0.064 0.050 0.071 0.039 96 R 0.141 0.286 0.077 0.010 0.367 0.007 0.016 0.016 0.012 0.029 0.039 97 P 0.309 0.113 0.024 0.014 0.337 0.012 0.018 0.026 0.028 0.037 0.083 98 Q 0.086 0.170 0.069 0.052 0.201 0.086 0.078 0.054 0.067 0.104 0.034 99 F 0.170 0.222 0.057 0.005 0.468 0.002 0.003 0.007 0.009 0.015 0.043 100 L 0.233 0.192 0.037 0.002 0.458 0.001 0.002 0.003 0.005 0.024 0.043 101 V 0.061 0.417 0.235 0.011 0.257 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 102 P 0.017 0.264 0.575 0.065 0.063 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 103 K 0.003 0.010 0.004 0.026 0.007 0.126 0.547 0.188 0.083 0.005 0.001 104 G 0.023 0.006 0.009 0.012 0.012 0.006 0.012 0.036 0.058 0.660 0.166 105 C 0.085 0.345 0.022 0.005 0.391 0.010 0.030 0.038 0.024 0.038 0.011 106 I 0.480 0.026 0.006 0.005 0.298 0.007 0.011 0.017 0.010 0.027 0.114 107 F 0.115 0.176 0.082 0.138 0.260 0.065 0.032 0.038 0.024 0.035 0.036 108 G 0.302 0.099 0.029 0.008 0.318 0.005 0.006 0.022 0.022 0.065 0.124 109 S 0.129 0.282 0.115 0.020 0.300 0.017 0.020 0.027 0.021 0.024 0.047 110 A 0.119 0.315 0.046 0.003 0.432 0.002 0.006 0.012 0.007 0.024 0.033 111 M 0.270 0.227 0.067 0.016 0.237 0.020 0.020 0.026 0.017 0.030 0.070 112 N 0.048 0.216 0.450 0.109 0.100 0.021 0.009 0.017 0.009 0.008 0.013 113 Q 0.011 0.076 0.066 0.161 0.023 0.090 0.134 0.251 0.158 0.024 0.006 114 D 0.008 0.051 0.101 0.153 0.014 0.066 0.079 0.093 0.097 0.310 0.027 115 G 0.049 0.162 0.061 0.059 0.092 0.039 0.051 0.050 0.076 0.264 0.096 116 F 0.244 0.185 0.026 0.007 0.367 0.003 0.005 0.007 0.011 0.049 0.095 117 S 0.098 0.303 0.063 0.007 0.485 0.005 0.010 0.007 0.004 0.005 0.012 118 L 0.473 0.056 0.008 0.002 0.395 0.003 0.003 0.008 0.004 0.004 0.043 119 V 0.227 0.098 0.040 0.079 0.278 0.061 0.038 0.023 0.019 0.027 0.111 120 G 0.164 0.184 0.079 0.039 0.327 0.014 0.018 0.029 0.033 0.049 0.064 121 C 0.173 0.173 0.055 0.011 0.361 0.006 0.012 0.029 0.049 0.074 0.055 122 M 0.203 0.153 0.055 0.024 0.318 0.019 0.047 0.041 0.036 0.046 0.058 123 V 0.131 0.163 0.067 0.040 0.222 0.023 0.036 0.052 0.064 0.133 0.068 124 S 0.071 0.191 0.225 0.104 0.168 0.048 0.060 0.049 0.033 0.028 0.022 125 P 0.090 0.117 0.064 0.084 0.130 0.087 0.092 0.068 0.074 0.120 0.073 126 G 0.076 0.067 0.092 0.130 0.123 0.039 0.031 0.034 0.059 0.212 0.136 127 F 0.239 0.126 0.030 0.017 0.253 0.020 0.020 0.049 0.084 0.093 0.069 128 T 0.197 0.142 0.056 0.012 0.302 0.008 0.017 0.023 0.030 0.115 0.098 129 F 0.202 0.179 0.057 0.029 0.229 0.016 0.011 0.053 0.065 0.097 0.062 130 D 0.016 0.027 0.031 0.063 0.029 0.132 0.175 0.273 0.153 0.083 0.017 131 D 0.104 0.100 0.055 0.044 0.133 0.022 0.024 0.138 0.114 0.168 0.096 132 F 0.154 0.103 0.019 0.015 0.269 0.012 0.014 0.086 0.107 0.151 0.071 133 E 0.140 0.173 0.058 0.020 0.308 0.022 0.048 0.117 0.052 0.031 0.031 134 L 0.175 0.102 0.026 0.009 0.168 0.006 0.016 0.046 0.042 0.255 0.157 135 F 0.035 0.409 0.217 0.056 0.146 0.026 0.025 0.039 0.013 0.021 0.014 136 S 0.020 0.484 0.374 0.019 0.050 0.003 0.002 0.021 0.006 0.011 0.011 137 Q 0.005 0.006 0.004 0.002 0.010 0.005 0.010 0.728 0.212 0.014 0.004 138 E 0.001 0.006 0.004 0.003 0.003 0.006 0.006 0.788 0.161 0.019 0.003 139 A 0.002 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.008 0.841 0.100 0.027 0.002 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.849 0.125 0.018 0.001 141 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.745 0.216 0.008 0.001 142 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.093 0.789 0.095 0.011 0.001 143 M 0.004 0.015 0.026 0.010 0.007 0.025 0.149 0.329 0.131 0.294 0.008 144 Y 0.194 0.169 0.029 0.003 0.192 0.002 0.007 0.153 0.060 0.056 0.134 145 P 0.003 0.035 0.014 0.008 0.011 0.022 0.024 0.599 0.256 0.023 0.004 146 Q 0.004 0.018 0.013 0.003 0.010 0.007 0.042 0.744 0.100 0.054 0.006 147 H 0.008 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.674 0.162 0.121 0.011 148 K 0.002 0.022 0.004 0.001 0.008 0.001 0.004 0.852 0.099 0.006 0.001 149 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.920 0.053 0.005 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.900 0.070 0.014 0.001 151 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.851 0.118 0.021 0.002 152 Q 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.846 0.122 0.005 0.001 153 K 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.059 0.785 0.105 0.032 0.001 154 L 0.019 0.023 0.011 0.006 0.038 0.014 0.112 0.514 0.122 0.128 0.014 155 S 0.062 0.088 0.030 0.010 0.082 0.007 0.032 0.262 0.122 0.253 0.051 156 R 0.045 0.150 0.073 0.023 0.108 0.015 0.026 0.307 0.152 0.077 0.026 157 P 0.014 0.095 0.042 0.015 0.052 0.021 0.086 0.437 0.188 0.039 0.010 158 E 0.066 0.067 0.044 0.011 0.091 0.016 0.085 0.294 0.129 0.156 0.042 159 V 0.075 0.156 0.052 0.018 0.173 0.033 0.071 0.193 0.082 0.105 0.044 160 N 0.088 0.149 0.084 0.044 0.189 0.027 0.031 0.130 0.078 0.125 0.055