# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.003 0.006 0.097 0.888 2 Q 0.010 0.020 0.003 0.019 0.111 0.837 3 N 0.004 0.012 0.004 0.041 0.073 0.866 4 A 0.001 0.001 0.039 0.942 0.011 0.008 5 D 0.001 0.001 0.040 0.947 0.009 0.003 6 D 0.001 0.001 0.061 0.917 0.017 0.004 7 F 0.003 0.002 0.022 0.951 0.014 0.008 8 I 0.006 0.003 0.025 0.920 0.032 0.014 9 K 0.010 0.001 0.035 0.834 0.062 0.059 10 F 0.019 0.004 0.026 0.827 0.040 0.084 11 L 0.034 0.016 0.017 0.682 0.060 0.191 12 E 0.043 0.015 0.015 0.087 0.134 0.705 13 L 0.046 0.017 0.013 0.022 0.165 0.737 14 E 0.073 0.016 0.030 0.013 0.250 0.617 15 Q 0.115 0.025 0.095 0.026 0.406 0.334 16 H 0.089 0.037 0.088 0.017 0.463 0.305 17 V 0.101 0.032 0.059 0.022 0.493 0.292 18 E 0.133 0.024 0.047 0.025 0.492 0.278 19 G 0.217 0.018 0.048 0.027 0.436 0.254 20 G 0.426 0.015 0.039 0.024 0.252 0.245 21 F 0.686 0.014 0.031 0.027 0.119 0.123 22 Y 0.703 0.015 0.017 0.034 0.096 0.135 23 R 0.742 0.011 0.012 0.032 0.081 0.123 24 S 0.757 0.008 0.013 0.029 0.079 0.113 25 S 0.710 0.013 0.015 0.026 0.098 0.138 26 Y 0.614 0.016 0.014 0.026 0.139 0.191 27 R 0.403 0.034 0.013 0.031 0.182 0.337 28 S 0.154 0.029 0.017 0.033 0.387 0.380 29 E 0.027 0.005 0.275 0.106 0.460 0.126 30 T 0.045 0.009 0.359 0.093 0.398 0.095 31 A 0.062 0.025 0.323 0.102 0.406 0.081 32 F 0.067 0.062 0.046 0.083 0.355 0.386 33 D 0.022 0.027 0.009 0.028 0.715 0.199 34 P 0.004 0.004 0.046 0.091 0.766 0.090 35 S 0.006 0.006 0.055 0.086 0.712 0.135 36 R 0.013 0.027 0.133 0.245 0.523 0.059 37 Q 0.030 0.030 0.065 0.365 0.195 0.316 38 L 0.047 0.024 0.076 0.664 0.087 0.101 39 W 0.055 0.006 0.039 0.751 0.078 0.071 40 S 0.105 0.006 0.033 0.637 0.115 0.104 41 S 0.140 0.005 0.028 0.702 0.074 0.052 42 I 0.121 0.003 0.016 0.794 0.042 0.023 43 Y 0.072 0.001 0.017 0.879 0.023 0.008 44 F 0.053 0.001 0.016 0.914 0.011 0.005 45 L 0.043 0.001 0.012 0.910 0.016 0.018 46 L 0.054 0.008 0.016 0.773 0.060 0.089 47 R 0.076 0.011 0.015 0.367 0.243 0.288 48 T 0.032 0.011 0.015 0.173 0.359 0.410 49 G 0.031 0.016 0.021 0.034 0.517 0.381 50 E 0.077 0.030 0.100 0.047 0.459 0.287 51 V 0.109 0.042 0.207 0.056 0.385 0.201 52 S 0.079 0.016 0.221 0.042 0.476 0.166 53 H 0.072 0.007 0.153 0.049 0.486 0.233 54 F 0.197 0.019 0.081 0.047 0.364 0.292 55 H 0.397 0.036 0.037 0.051 0.177 0.303 56 R 0.359 0.033 0.014 0.041 0.131 0.422 57 L 0.196 0.028 0.007 0.042 0.139 0.587 58 T 0.081 0.022 0.003 0.021 0.126 0.746 59 A 0.026 0.005 0.083 0.544 0.196 0.145 60 D 0.042 0.003 0.157 0.472 0.193 0.133 61 E 0.105 0.006 0.131 0.635 0.087 0.036 62 M 0.300 0.010 0.033 0.539 0.066 0.052 63 W 0.457 0.009 0.038 0.406 0.056 0.034 64 Y 0.464 0.006 0.036 0.383 0.067 0.045 65 F 0.430 0.016 0.033 0.272 0.131 0.118 66 H 0.214 0.016 0.026 0.183 0.501 0.060 67 A 0.091 0.007 0.020 0.068 0.657 0.157 68 G 0.024 0.005 0.011 0.005 0.715 0.240 69 Q 0.135 0.017 0.013 0.001 0.634 0.200 70 S 0.563 0.016 0.005 0.001 0.136 0.278 71 L 0.897 0.004 0.001 0.001 0.034 0.064 72 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.021 73 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 74 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 75 M 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 76 I 0.935 0.004 0.001 0.001 0.009 0.052 77 S 0.492 0.013 0.001 0.001 0.468 0.026 78 P 0.030 0.002 0.004 0.001 0.950 0.014 79 E 0.005 0.001 0.009 0.001 0.974 0.010 80 G 0.037 0.007 0.006 0.001 0.934 0.015 81 E 0.309 0.017 0.003 0.002 0.224 0.445 82 L 0.768 0.045 0.003 0.003 0.047 0.134 83 T 0.849 0.006 0.003 0.004 0.047 0.091 84 T 0.930 0.002 0.003 0.003 0.017 0.044 85 A 0.946 0.002 0.005 0.007 0.016 0.025 86 Q 0.872 0.007 0.006 0.024 0.032 0.059 87 L 0.687 0.010 0.010 0.047 0.085 0.162 88 G 0.282 0.008 0.023 0.072 0.249 0.364 89 L 0.175 0.017 0.082 0.164 0.292 0.271 90 D 0.130 0.042 0.117 0.189 0.307 0.215 91 L 0.058 0.023 0.333 0.177 0.326 0.084 92 A 0.030 0.011 0.140 0.123 0.617 0.079 93 A 0.016 0.003 0.119 0.079 0.678 0.106 94 G 0.022 0.004 0.016 0.006 0.593 0.359 95 E 0.121 0.031 0.010 0.005 0.301 0.531 96 R 0.219 0.022 0.005 0.002 0.176 0.576 97 P 0.353 0.008 0.007 0.002 0.165 0.466 98 Q 0.739 0.009 0.008 0.001 0.068 0.175 99 F 0.943 0.005 0.002 0.001 0.015 0.034 100 L 0.963 0.004 0.001 0.001 0.009 0.023 101 V 0.875 0.015 0.001 0.001 0.022 0.086 102 P 0.514 0.011 0.004 0.003 0.432 0.037 103 K 0.055 0.001 0.019 0.009 0.886 0.030 104 G 0.018 0.001 0.027 0.016 0.905 0.032 105 C 0.396 0.072 0.024 0.022 0.464 0.022 106 I 0.724 0.033 0.011 0.025 0.081 0.126 107 F 0.779 0.027 0.023 0.031 0.073 0.067 108 G 0.666 0.006 0.069 0.046 0.106 0.106 109 S 0.631 0.005 0.080 0.055 0.108 0.121 110 A 0.425 0.013 0.096 0.064 0.182 0.221 111 M 0.326 0.085 0.037 0.067 0.167 0.319 112 N 0.174 0.024 0.026 0.037 0.566 0.173 113 Q 0.033 0.005 0.128 0.037 0.723 0.074 114 D 0.019 0.003 0.090 0.014 0.817 0.058 115 G 0.087 0.006 0.045 0.005 0.774 0.083 116 F 0.600 0.018 0.003 0.001 0.121 0.257 117 S 0.950 0.009 0.001 0.001 0.012 0.028 118 L 0.980 0.003 0.001 0.001 0.005 0.011 119 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 120 G 0.900 0.001 0.002 0.001 0.033 0.063 121 C 0.854 0.003 0.007 0.001 0.054 0.082 122 M 0.782 0.015 0.014 0.002 0.079 0.108 123 V 0.593 0.032 0.015 0.004 0.166 0.191 124 S 0.211 0.014 0.016 0.004 0.499 0.256 125 P 0.119 0.007 0.020 0.005 0.613 0.236 126 G 0.162 0.022 0.028 0.015 0.498 0.275 127 F 0.367 0.072 0.014 0.011 0.229 0.308 128 T 0.435 0.049 0.009 0.017 0.162 0.328 129 F 0.140 0.024 0.131 0.092 0.473 0.141 130 D 0.087 0.008 0.143 0.065 0.591 0.105 131 D 0.037 0.004 0.295 0.131 0.485 0.048 132 F 0.076 0.014 0.227 0.218 0.367 0.099 133 E 0.131 0.020 0.224 0.303 0.180 0.141 134 L 0.149 0.029 0.249 0.271 0.158 0.144 135 F 0.144 0.025 0.116 0.182 0.238 0.296 136 S 0.106 0.019 0.040 0.195 0.194 0.446 137 Q 0.014 0.001 0.051 0.813 0.055 0.067 138 E 0.006 0.001 0.022 0.942 0.020 0.010 139 A 0.005 0.001 0.024 0.936 0.027 0.008 140 L 0.004 0.001 0.020 0.946 0.018 0.010 141 L 0.003 0.001 0.022 0.954 0.014 0.007 142 A 0.002 0.001 0.015 0.949 0.015 0.018 143 M 0.002 0.002 0.009 0.883 0.022 0.082 144 Y 0.005 0.005 0.004 0.252 0.115 0.619 145 P 0.003 0.002 0.025 0.469 0.149 0.353 146 Q 0.005 0.003 0.043 0.682 0.127 0.139 147 H 0.006 0.003 0.026 0.851 0.060 0.055 148 K 0.005 0.001 0.008 0.941 0.019 0.025 149 A 0.008 0.001 0.007 0.958 0.016 0.010 150 V 0.014 0.001 0.006 0.950 0.019 0.009 151 V 0.014 0.001 0.007 0.957 0.014 0.007 152 Q 0.009 0.001 0.010 0.963 0.010 0.008 153 K 0.008 0.001 0.008 0.960 0.009 0.015 154 L 0.012 0.003 0.006 0.871 0.018 0.091 155 S 0.017 0.010 0.004 0.466 0.047 0.457 156 R 0.016 0.005 0.007 0.082 0.123 0.767 157 P 0.028 0.006 0.022 0.048 0.221 0.676 158 E 0.045 0.022 0.038 0.047 0.284 0.565 159 V 0.045 0.037 0.016 0.035 0.219 0.647 160 N 0.018 0.006 0.002 0.010 0.100 0.864