# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.017 0.861 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.005 0.084 0.009 0.002 0.009 2 Q 0.001 0.049 0.766 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.006 0.125 0.019 0.009 0.005 3 N 0.001 0.029 0.812 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.003 0.101 0.011 0.001 0.012 4 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 10 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.826 0.001 0.001 0.001 0.003 0.156 0.001 0.001 11 L 0.001 0.002 0.027 0.001 0.018 0.374 0.001 0.001 0.001 0.028 0.551 0.001 0.001 12 E 0.001 0.005 0.098 0.001 0.023 0.046 0.001 0.001 0.001 0.039 0.789 0.001 0.001 13 L 0.001 0.015 0.601 0.001 0.053 0.040 0.001 0.001 0.007 0.139 0.135 0.001 0.007 14 E 0.001 0.016 0.539 0.002 0.048 0.016 0.001 0.001 0.014 0.240 0.095 0.019 0.008 15 Q 0.001 0.045 0.394 0.007 0.057 0.029 0.002 0.002 0.025 0.286 0.087 0.006 0.059 16 H 0.001 0.016 0.687 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.011 0.245 0.006 0.017 0.005 17 V 0.001 0.005 0.318 0.004 0.152 0.040 0.001 0.001 0.004 0.074 0.384 0.001 0.018 18 E 0.002 0.020 0.073 0.006 0.103 0.038 0.001 0.001 0.004 0.105 0.624 0.014 0.008 19 G 0.004 0.015 0.157 0.010 0.146 0.047 0.001 0.001 0.005 0.175 0.398 0.019 0.022 20 G 0.017 0.011 0.396 0.030 0.031 0.032 0.002 0.001 0.005 0.161 0.213 0.019 0.081 21 F 0.138 0.045 0.293 0.006 0.019 0.021 0.015 0.002 0.008 0.049 0.045 0.209 0.150 22 Y 0.215 0.024 0.081 0.004 0.013 0.015 0.019 0.001 0.009 0.021 0.012 0.057 0.527 23 R 0.244 0.006 0.118 0.082 0.012 0.029 0.023 0.002 0.011 0.028 0.017 0.342 0.086 24 S 0.202 0.007 0.095 0.010 0.015 0.026 0.025 0.002 0.017 0.064 0.024 0.127 0.385 25 S 0.200 0.010 0.143 0.023 0.019 0.022 0.025 0.002 0.016 0.044 0.049 0.231 0.216 26 Y 0.152 0.027 0.187 0.012 0.017 0.019 0.022 0.001 0.010 0.065 0.064 0.119 0.305 27 R 0.043 0.045 0.307 0.020 0.019 0.033 0.008 0.001 0.007 0.181 0.100 0.115 0.120 28 S 0.003 0.017 0.595 0.006 0.019 0.014 0.001 0.001 0.002 0.207 0.055 0.035 0.046 29 E 0.001 0.006 0.144 0.006 0.162 0.053 0.001 0.001 0.001 0.152 0.456 0.003 0.015 30 T 0.004 0.012 0.144 0.003 0.163 0.046 0.001 0.001 0.001 0.138 0.456 0.017 0.015 31 A 0.008 0.065 0.300 0.002 0.127 0.059 0.002 0.001 0.005 0.197 0.146 0.017 0.070 32 F 0.006 0.128 0.453 0.005 0.019 0.046 0.002 0.001 0.005 0.199 0.069 0.033 0.034 33 D 0.001 0.020 0.795 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.135 0.018 0.005 0.009 34 P 0.001 0.004 0.197 0.001 0.050 0.056 0.001 0.001 0.001 0.150 0.538 0.001 0.002 35 S 0.001 0.006 0.166 0.002 0.043 0.066 0.001 0.001 0.001 0.102 0.609 0.001 0.003 36 R 0.001 0.023 0.399 0.001 0.046 0.166 0.001 0.001 0.002 0.266 0.082 0.009 0.004 37 Q 0.005 0.030 0.387 0.002 0.036 0.272 0.002 0.001 0.009 0.120 0.078 0.008 0.049 38 L 0.028 0.028 0.144 0.011 0.065 0.448 0.010 0.004 0.017 0.065 0.096 0.036 0.047 39 W 0.058 0.016 0.140 0.019 0.039 0.469 0.013 0.009 0.033 0.034 0.044 0.047 0.079 40 S 0.113 0.006 0.082 0.044 0.020 0.454 0.018 0.011 0.019 0.058 0.024 0.078 0.072 41 S 0.117 0.008 0.037 0.005 0.013 0.610 0.020 0.014 0.021 0.013 0.017 0.043 0.080 42 I 0.076 0.003 0.016 0.004 0.017 0.774 0.015 0.015 0.010 0.003 0.019 0.019 0.028 43 Y 0.171 0.003 0.014 0.008 0.021 0.646 0.021 0.016 0.006 0.006 0.033 0.017 0.039 44 F 0.220 0.004 0.031 0.003 0.029 0.482 0.023 0.029 0.014 0.012 0.055 0.059 0.039 45 L 0.146 0.026 0.109 0.003 0.036 0.343 0.018 0.013 0.019 0.052 0.086 0.019 0.131 46 L 0.011 0.038 0.466 0.017 0.010 0.090 0.003 0.001 0.012 0.249 0.039 0.036 0.029 47 R 0.001 0.021 0.662 0.005 0.014 0.022 0.001 0.001 0.002 0.191 0.056 0.010 0.015 48 T 0.001 0.006 0.139 0.003 0.087 0.045 0.001 0.001 0.001 0.150 0.563 0.001 0.004 49 G 0.001 0.004 0.114 0.002 0.099 0.028 0.001 0.001 0.001 0.177 0.570 0.003 0.002 50 E 0.001 0.033 0.419 0.001 0.105 0.054 0.001 0.001 0.004 0.194 0.162 0.008 0.020 51 V 0.002 0.090 0.341 0.005 0.067 0.103 0.001 0.001 0.006 0.190 0.156 0.008 0.031 52 S 0.002 0.046 0.315 0.005 0.129 0.114 0.001 0.001 0.006 0.187 0.166 0.014 0.015 53 H 0.001 0.010 0.136 0.003 0.217 0.159 0.001 0.001 0.003 0.091 0.364 0.004 0.009 54 F 0.007 0.010 0.103 0.003 0.324 0.079 0.001 0.001 0.004 0.037 0.403 0.006 0.021 55 H 0.022 0.018 0.115 0.005 0.214 0.083 0.004 0.003 0.012 0.137 0.323 0.036 0.028 56 R 0.027 0.034 0.194 0.007 0.093 0.058 0.005 0.002 0.018 0.145 0.333 0.025 0.059 57 L 0.011 0.050 0.547 0.005 0.005 0.012 0.003 0.002 0.010 0.216 0.017 0.093 0.030 58 T 0.002 0.023 0.802 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.049 0.012 0.006 0.088 59 A 0.001 0.002 0.055 0.005 0.224 0.574 0.001 0.001 0.006 0.018 0.105 0.002 0.008 60 D 0.003 0.002 0.036 0.013 0.224 0.576 0.002 0.003 0.011 0.050 0.068 0.007 0.004 61 E 0.004 0.002 0.019 0.005 0.153 0.707 0.006 0.011 0.031 0.016 0.024 0.006 0.017 62 M 0.021 0.010 0.023 0.007 0.030 0.720 0.014 0.043 0.071 0.005 0.011 0.009 0.036 63 W 0.041 0.010 0.028 0.022 0.024 0.604 0.018 0.095 0.081 0.007 0.013 0.035 0.023 64 Y 0.110 0.004 0.032 0.010 0.028 0.432 0.033 0.101 0.069 0.015 0.027 0.028 0.110 65 F 0.202 0.009 0.097 0.021 0.034 0.238 0.026 0.036 0.026 0.036 0.061 0.100 0.113 66 H 0.049 0.028 0.247 0.018 0.045 0.144 0.010 0.004 0.016 0.107 0.151 0.063 0.116 67 A 0.005 0.010 0.125 0.025 0.035 0.047 0.001 0.001 0.003 0.146 0.540 0.025 0.037 68 G 0.002 0.004 0.158 0.015 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.205 0.561 0.007 0.015 69 Q 0.002 0.014 0.332 0.013 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.436 0.127 0.031 0.016 70 S 0.005 0.008 0.508 0.047 0.021 0.001 0.002 0.001 0.007 0.151 0.111 0.013 0.126 71 L 0.169 0.005 0.221 0.061 0.005 0.001 0.031 0.002 0.015 0.088 0.013 0.240 0.149 72 T 0.516 0.003 0.022 0.002 0.001 0.001 0.047 0.002 0.008 0.004 0.001 0.225 0.172 73 I 0.610 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.078 0.251 74 Y 0.706 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.132 0.056 75 M 0.675 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.096 0.185 76 I 0.581 0.007 0.016 0.008 0.001 0.001 0.038 0.001 0.005 0.003 0.001 0.074 0.268 77 S 0.038 0.008 0.481 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.028 0.006 0.152 0.272 78 P 0.001 0.001 0.026 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 0.895 0.003 0.007 79 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.920 0.001 0.002 80 G 0.001 0.003 0.136 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.681 0.156 0.011 0.002 81 E 0.003 0.011 0.634 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.129 0.113 0.008 0.085 82 L 0.077 0.132 0.171 0.011 0.005 0.005 0.018 0.001 0.001 0.048 0.012 0.041 0.478 83 T 0.166 0.013 0.135 0.067 0.004 0.008 0.015 0.001 0.002 0.012 0.003 0.511 0.061 84 T 0.308 0.004 0.041 0.008 0.003 0.017 0.031 0.002 0.008 0.007 0.001 0.047 0.524 85 A 0.409 0.002 0.028 0.034 0.003 0.012 0.026 0.001 0.006 0.006 0.002 0.426 0.046 86 Q 0.337 0.006 0.049 0.008 0.005 0.024 0.056 0.004 0.026 0.010 0.007 0.095 0.373 87 L 0.174 0.012 0.123 0.050 0.012 0.065 0.051 0.012 0.033 0.039 0.070 0.187 0.170 88 G 0.137 0.011 0.206 0.061 0.017 0.044 0.014 0.003 0.017 0.094 0.117 0.112 0.168 89 L 0.067 0.016 0.283 0.043 0.028 0.076 0.010 0.005 0.023 0.138 0.045 0.093 0.175 90 D 0.042 0.026 0.280 0.012 0.059 0.127 0.007 0.008 0.042 0.082 0.070 0.132 0.112 91 L 0.042 0.035 0.172 0.009 0.144 0.192 0.011 0.008 0.028 0.045 0.128 0.016 0.168 92 A 0.029 0.028 0.176 0.012 0.145 0.178 0.006 0.003 0.009 0.065 0.239 0.080 0.030 93 A 0.001 0.003 0.028 0.006 0.055 0.046 0.001 0.001 0.001 0.066 0.781 0.004 0.006 94 G 0.001 0.001 0.063 0.005 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.098 0.804 0.004 0.004 95 E 0.006 0.024 0.470 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.004 0.295 0.090 0.021 0.066 96 R 0.017 0.062 0.326 0.003 0.005 0.002 0.003 0.001 0.015 0.149 0.021 0.294 0.102 97 P 0.028 0.012 0.443 0.054 0.020 0.005 0.007 0.001 0.016 0.070 0.031 0.026 0.288 98 Q 0.143 0.006 0.156 0.230 0.023 0.006 0.037 0.003 0.032 0.085 0.021 0.149 0.109 99 F 0.223 0.008 0.085 0.008 0.013 0.006 0.085 0.015 0.111 0.023 0.011 0.235 0.177 100 L 0.276 0.028 0.050 0.004 0.002 0.003 0.115 0.022 0.061 0.011 0.004 0.036 0.390 101 V 0.038 0.013 0.288 0.041 0.001 0.002 0.015 0.006 0.061 0.034 0.003 0.462 0.037 102 P 0.003 0.007 0.729 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.051 0.020 0.015 0.134 103 K 0.001 0.003 0.028 0.009 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.066 0.863 0.004 0.002 104 G 0.003 0.001 0.029 0.007 0.015 0.002 0.001 0.001 0.002 0.059 0.868 0.010 0.005 105 C 0.040 0.027 0.433 0.004 0.036 0.009 0.013 0.006 0.022 0.077 0.036 0.035 0.262 106 I 0.247 0.045 0.096 0.030 0.010 0.010 0.073 0.008 0.027 0.029 0.019 0.192 0.215 107 F 0.314 0.014 0.047 0.029 0.015 0.016 0.059 0.012 0.025 0.020 0.031 0.257 0.160 108 G 0.402 0.006 0.053 0.012 0.023 0.030 0.029 0.008 0.016 0.021 0.051 0.125 0.224 109 S 0.316 0.005 0.098 0.029 0.027 0.029 0.030 0.007 0.018 0.040 0.061 0.146 0.194 110 A 0.283 0.013 0.113 0.008 0.017 0.023 0.019 0.003 0.011 0.043 0.042 0.139 0.288 111 M 0.088 0.043 0.287 0.031 0.012 0.021 0.009 0.001 0.006 0.150 0.042 0.128 0.182 112 N 0.004 0.018 0.709 0.011 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.105 0.025 0.033 0.078 113 Q 0.001 0.003 0.101 0.007 0.080 0.022 0.001 0.001 0.001 0.114 0.657 0.005 0.009 114 D 0.001 0.002 0.043 0.005 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.094 0.797 0.005 0.004 115 G 0.006 0.010 0.292 0.015 0.065 0.010 0.001 0.001 0.005 0.235 0.297 0.024 0.037 116 F 0.092 0.016 0.323 0.027 0.011 0.006 0.022 0.006 0.025 0.111 0.040 0.071 0.251 117 S 0.357 0.026 0.069 0.009 0.002 0.003 0.104 0.022 0.035 0.012 0.003 0.191 0.165 118 L 0.515 0.007 0.018 0.006 0.002 0.004 0.111 0.028 0.029 0.004 0.002 0.091 0.185 119 V 0.502 0.002 0.045 0.052 0.002 0.005 0.079 0.020 0.023 0.008 0.005 0.149 0.108 120 G 0.443 0.002 0.045 0.014 0.004 0.005 0.041 0.013 0.029 0.024 0.014 0.202 0.164 121 C 0.299 0.005 0.104 0.035 0.018 0.010 0.032 0.008 0.028 0.046 0.054 0.107 0.254 122 M 0.287 0.022 0.113 0.021 0.019 0.007 0.037 0.006 0.026 0.062 0.057 0.153 0.189 123 V 0.112 0.054 0.253 0.042 0.025 0.008 0.019 0.004 0.022 0.117 0.062 0.058 0.225 124 S 0.018 0.020 0.454 0.023 0.040 0.008 0.003 0.001 0.010 0.185 0.093 0.094 0.050 125 P 0.002 0.005 0.144 0.010 0.062 0.007 0.001 0.001 0.004 0.180 0.558 0.003 0.023 126 G 0.007 0.010 0.123 0.012 0.048 0.005 0.001 0.001 0.005 0.197 0.561 0.013 0.018 127 F 0.028 0.063 0.451 0.001 0.007 0.003 0.006 0.004 0.013 0.188 0.027 0.146 0.062 128 T 0.012 0.079 0.598 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.015 0.026 0.006 0.020 0.231 129 F 0.013 0.020 0.289 0.011 0.210 0.176 0.003 0.001 0.006 0.051 0.148 0.026 0.045 130 D 0.003 0.004 0.055 0.008 0.245 0.108 0.001 0.001 0.003 0.074 0.480 0.011 0.008 131 D 0.001 0.005 0.087 0.005 0.349 0.102 0.001 0.001 0.005 0.051 0.370 0.007 0.016 132 F 0.006 0.022 0.262 0.003 0.289 0.175 0.001 0.001 0.006 0.054 0.101 0.013 0.067 133 E 0.011 0.040 0.197 0.009 0.215 0.195 0.003 0.001 0.009 0.065 0.182 0.041 0.033 134 L 0.005 0.030 0.195 0.003 0.215 0.203 0.002 0.001 0.007 0.065 0.199 0.007 0.069 135 F 0.001 0.019 0.461 0.002 0.023 0.055 0.001 0.001 0.002 0.348 0.054 0.024 0.009 136 S 0.001 0.003 0.738 0.001 0.006 0.045 0.001 0.001 0.001 0.178 0.019 0.001 0.008 137 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 138 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.050 0.902 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.043 0.703 0.001 0.001 0.001 0.008 0.236 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.035 0.001 0.028 0.584 0.001 0.001 0.001 0.036 0.315 0.001 0.001 144 Y 0.001 0.006 0.501 0.001 0.005 0.133 0.001 0.001 0.001 0.327 0.026 0.001 0.001 145 P 0.001 0.003 0.384 0.001 0.052 0.365 0.001 0.001 0.001 0.052 0.143 0.001 0.001 146 Q 0.001 0.005 0.115 0.001 0.083 0.540 0.001 0.001 0.001 0.088 0.166 0.001 0.001 147 H 0.001 0.002 0.067 0.001 0.052 0.814 0.001 0.001 0.001 0.025 0.037 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 149 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 152 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.903 0.001 0.001 0.001 0.004 0.068 0.001 0.002 154 L 0.001 0.004 0.046 0.001 0.011 0.704 0.001 0.001 0.001 0.028 0.200 0.001 0.003 155 S 0.001 0.017 0.377 0.003 0.016 0.222 0.001 0.001 0.002 0.086 0.265 0.004 0.008 156 R 0.001 0.007 0.707 0.002 0.018 0.055 0.001 0.001 0.001 0.161 0.035 0.007 0.006 157 P 0.001 0.010 0.582 0.002 0.092 0.050 0.001 0.001 0.002 0.111 0.133 0.005 0.011 158 E 0.001 0.022 0.439 0.001 0.127 0.058 0.001 0.001 0.005 0.120 0.199 0.006 0.022 159 V 0.001 0.025 0.666 0.002 0.025 0.032 0.001 0.001 0.004 0.162 0.066 0.009 0.008 160 N 0.001 0.005 0.921 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.001 0.003