# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.395 0.115 0.049 0.111 0.082 0.073 0.076 0.041 0.031 0.017 0.009 2 Q 0.410 0.183 0.059 0.092 0.071 0.053 0.066 0.036 0.018 0.009 0.003 3 N 0.130 0.529 0.107 0.137 0.054 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 4 A 0.027 0.028 0.022 0.072 0.143 0.214 0.240 0.132 0.073 0.035 0.013 5 D 0.609 0.131 0.111 0.094 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.016 0.069 0.227 0.474 0.153 0.044 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 7 F 0.005 0.006 0.021 0.018 0.025 0.051 0.163 0.215 0.222 0.178 0.097 8 I 0.001 0.002 0.050 0.047 0.105 0.194 0.308 0.147 0.090 0.039 0.016 9 K 0.004 0.023 0.765 0.150 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 F 0.002 0.015 0.081 0.111 0.170 0.230 0.249 0.082 0.035 0.017 0.007 11 L 0.005 0.004 0.015 0.008 0.010 0.019 0.094 0.151 0.266 0.242 0.186 12 E 0.259 0.280 0.200 0.159 0.068 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.013 0.030 0.114 0.066 0.071 0.080 0.158 0.136 0.153 0.113 0.068 14 E 0.248 0.234 0.111 0.153 0.113 0.062 0.051 0.016 0.007 0.003 0.002 15 Q 0.385 0.209 0.084 0.143 0.076 0.047 0.033 0.011 0.007 0.003 0.002 16 H 0.018 0.038 0.017 0.054 0.077 0.109 0.168 0.158 0.144 0.127 0.090 17 V 0.322 0.115 0.037 0.094 0.076 0.073 0.088 0.061 0.058 0.042 0.034 18 E 0.110 0.059 0.022 0.072 0.084 0.106 0.185 0.123 0.108 0.078 0.053 19 G 0.054 0.075 0.030 0.112 0.086 0.081 0.116 0.110 0.118 0.114 0.104 20 G 0.066 0.040 0.018 0.073 0.079 0.098 0.146 0.138 0.145 0.118 0.078 21 F 0.018 0.031 0.023 0.086 0.108 0.134 0.206 0.153 0.124 0.077 0.041 22 Y 0.010 0.014 0.016 0.041 0.042 0.058 0.125 0.173 0.203 0.187 0.131 23 R 0.013 0.023 0.022 0.120 0.147 0.162 0.195 0.134 0.102 0.056 0.024 24 S 0.028 0.066 0.069 0.155 0.139 0.130 0.150 0.106 0.088 0.049 0.021 25 S 0.020 0.030 0.021 0.063 0.070 0.085 0.163 0.176 0.179 0.131 0.063 26 Y 0.038 0.056 0.033 0.117 0.128 0.129 0.170 0.127 0.096 0.066 0.039 27 R 0.044 0.095 0.061 0.154 0.161 0.131 0.145 0.092 0.060 0.038 0.018 28 S 0.122 0.152 0.067 0.149 0.130 0.101 0.115 0.072 0.053 0.028 0.012 29 E 0.521 0.148 0.062 0.126 0.067 0.034 0.022 0.009 0.006 0.003 0.001 30 T 0.419 0.218 0.065 0.117 0.061 0.039 0.039 0.018 0.013 0.008 0.004 31 A 0.170 0.110 0.062 0.132 0.106 0.101 0.116 0.078 0.064 0.039 0.022 32 F 0.124 0.083 0.031 0.082 0.089 0.108 0.151 0.110 0.095 0.071 0.057 33 D 0.239 0.301 0.110 0.134 0.084 0.048 0.039 0.020 0.014 0.007 0.004 34 P 0.527 0.096 0.037 0.093 0.080 0.062 0.051 0.024 0.015 0.009 0.005 35 S 0.358 0.211 0.047 0.140 0.092 0.054 0.048 0.021 0.015 0.009 0.006 36 R 0.035 0.026 0.020 0.073 0.098 0.143 0.199 0.149 0.129 0.084 0.043 37 Q 0.182 0.151 0.085 0.182 0.142 0.110 0.084 0.032 0.018 0.009 0.005 38 L 0.016 0.029 0.038 0.076 0.083 0.116 0.222 0.169 0.131 0.083 0.036 39 W 0.011 0.012 0.012 0.038 0.063 0.095 0.203 0.171 0.177 0.138 0.081 40 S 0.005 0.016 0.032 0.084 0.083 0.092 0.177 0.155 0.158 0.119 0.077 41 S 0.001 0.003 0.008 0.023 0.034 0.062 0.170 0.198 0.210 0.184 0.106 42 I 0.001 0.001 0.006 0.008 0.008 0.012 0.060 0.121 0.219 0.303 0.260 43 Y 0.001 0.002 0.010 0.029 0.042 0.077 0.194 0.203 0.208 0.153 0.081 44 F 0.001 0.002 0.020 0.023 0.034 0.058 0.186 0.207 0.235 0.158 0.076 45 L 0.001 0.002 0.007 0.017 0.025 0.039 0.142 0.185 0.251 0.217 0.113 46 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.022 0.036 0.133 0.194 0.280 0.201 0.118 47 R 0.023 0.063 0.084 0.200 0.222 0.181 0.144 0.051 0.023 0.006 0.002 48 T 0.258 0.213 0.082 0.188 0.096 0.075 0.058 0.020 0.007 0.003 0.001 49 G 0.572 0.181 0.041 0.096 0.049 0.025 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 50 E 0.232 0.282 0.066 0.153 0.099 0.069 0.050 0.024 0.014 0.007 0.004 51 V 0.069 0.089 0.028 0.120 0.139 0.129 0.161 0.107 0.086 0.047 0.027 52 S 0.083 0.066 0.027 0.084 0.101 0.144 0.187 0.118 0.100 0.059 0.032 53 H 0.114 0.098 0.069 0.250 0.191 0.114 0.088 0.038 0.021 0.011 0.006 54 F 0.041 0.028 0.025 0.069 0.074 0.089 0.128 0.130 0.159 0.141 0.117 55 H 0.024 0.034 0.037 0.092 0.095 0.116 0.188 0.148 0.132 0.086 0.048 56 R 0.032 0.055 0.063 0.171 0.158 0.142 0.164 0.093 0.061 0.039 0.022 57 L 0.010 0.010 0.018 0.022 0.027 0.037 0.100 0.135 0.205 0.226 0.210 58 T 0.053 0.156 0.123 0.266 0.186 0.097 0.069 0.025 0.015 0.007 0.003 59 A 0.033 0.028 0.020 0.047 0.047 0.063 0.150 0.145 0.177 0.163 0.127 60 D 0.171 0.124 0.074 0.182 0.141 0.119 0.097 0.042 0.028 0.014 0.008 61 E 0.015 0.024 0.025 0.075 0.085 0.119 0.238 0.160 0.132 0.080 0.046 62 M 0.016 0.014 0.017 0.035 0.030 0.037 0.081 0.125 0.193 0.227 0.225 63 W 0.012 0.014 0.022 0.055 0.070 0.104 0.201 0.174 0.174 0.108 0.066 64 Y 0.010 0.025 0.056 0.113 0.106 0.114 0.154 0.141 0.132 0.096 0.055 65 F 0.006 0.010 0.016 0.035 0.047 0.071 0.150 0.170 0.199 0.167 0.128 66 H 0.018 0.024 0.030 0.071 0.077 0.092 0.162 0.163 0.179 0.117 0.067 67 A 0.036 0.044 0.032 0.084 0.082 0.099 0.176 0.141 0.138 0.104 0.063 68 G 0.124 0.078 0.059 0.142 0.116 0.113 0.118 0.088 0.076 0.051 0.034 69 Q 0.077 0.106 0.060 0.173 0.152 0.136 0.145 0.073 0.044 0.024 0.011 70 S 0.043 0.061 0.040 0.121 0.107 0.105 0.132 0.113 0.113 0.090 0.075 71 L 0.006 0.005 0.004 0.012 0.016 0.031 0.111 0.165 0.244 0.233 0.173 72 T 0.012 0.050 0.046 0.215 0.210 0.177 0.158 0.063 0.038 0.019 0.012 73 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.031 0.082 0.204 0.315 0.348 74 Y 0.004 0.010 0.010 0.081 0.141 0.168 0.236 0.155 0.111 0.055 0.030 75 M 0.004 0.012 0.013 0.033 0.040 0.056 0.154 0.171 0.228 0.186 0.102 76 I 0.004 0.010 0.009 0.064 0.102 0.123 0.206 0.167 0.156 0.100 0.059 77 S 0.022 0.047 0.020 0.101 0.135 0.147 0.214 0.145 0.100 0.048 0.020 78 P 0.338 0.175 0.060 0.159 0.102 0.064 0.050 0.025 0.014 0.008 0.004 79 E 0.481 0.245 0.056 0.122 0.049 0.023 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 80 G 0.371 0.177 0.035 0.103 0.082 0.070 0.066 0.039 0.028 0.019 0.009 81 E 0.214 0.243 0.068 0.200 0.118 0.070 0.046 0.019 0.012 0.006 0.004 82 L 0.018 0.022 0.017 0.051 0.072 0.109 0.187 0.151 0.167 0.120 0.086 83 T 0.055 0.104 0.098 0.238 0.176 0.125 0.101 0.048 0.032 0.015 0.008 84 T 0.041 0.043 0.040 0.111 0.130 0.128 0.169 0.129 0.101 0.067 0.040 85 A 0.036 0.031 0.046 0.117 0.117 0.139 0.171 0.122 0.103 0.071 0.048 86 Q 0.016 0.049 0.068 0.191 0.187 0.181 0.155 0.070 0.047 0.025 0.011 87 L 0.003 0.006 0.012 0.020 0.021 0.029 0.085 0.135 0.212 0.238 0.239 88 G 0.063 0.062 0.057 0.138 0.135 0.120 0.154 0.101 0.078 0.052 0.040 89 L 0.025 0.039 0.049 0.107 0.121 0.144 0.186 0.116 0.106 0.067 0.039 90 D 0.061 0.152 0.087 0.216 0.175 0.125 0.100 0.040 0.025 0.012 0.007 91 L 0.005 0.003 0.002 0.007 0.009 0.015 0.052 0.096 0.189 0.257 0.365 92 A 0.118 0.183 0.092 0.168 0.139 0.102 0.101 0.040 0.029 0.015 0.013 93 A 0.252 0.247 0.096 0.184 0.083 0.057 0.043 0.018 0.011 0.006 0.003 94 G 0.564 0.105 0.037 0.081 0.061 0.048 0.040 0.022 0.017 0.013 0.012 95 E 0.080 0.155 0.066 0.190 0.154 0.105 0.106 0.057 0.041 0.027 0.020 96 R 0.022 0.049 0.019 0.085 0.121 0.146 0.211 0.138 0.107 0.067 0.034 97 P 0.025 0.024 0.013 0.063 0.087 0.118 0.175 0.140 0.140 0.112 0.102 98 Q 0.010 0.012 0.010 0.041 0.052 0.071 0.164 0.177 0.181 0.164 0.117 99 F 0.007 0.011 0.010 0.054 0.077 0.107 0.200 0.168 0.168 0.122 0.075 100 L 0.006 0.016 0.011 0.044 0.057 0.087 0.166 0.172 0.186 0.151 0.105 101 V 0.001 0.004 0.002 0.014 0.027 0.040 0.115 0.186 0.214 0.209 0.189 102 P 0.168 0.209 0.083 0.185 0.134 0.080 0.066 0.033 0.023 0.012 0.009 103 K 0.135 0.109 0.042 0.208 0.182 0.134 0.111 0.042 0.022 0.010 0.004 104 G 0.514 0.158 0.047 0.119 0.064 0.039 0.026 0.014 0.010 0.006 0.004 105 C 0.011 0.027 0.023 0.085 0.099 0.132 0.202 0.145 0.137 0.089 0.050 106 I 0.009 0.019 0.022 0.044 0.048 0.082 0.161 0.163 0.178 0.156 0.119 107 F 0.007 0.012 0.016 0.046 0.056 0.103 0.197 0.179 0.171 0.127 0.086 108 G 0.018 0.023 0.039 0.076 0.084 0.104 0.164 0.144 0.148 0.117 0.083 109 S 0.025 0.030 0.037 0.079 0.078 0.092 0.156 0.138 0.160 0.121 0.083 110 A 0.046 0.040 0.035 0.090 0.088 0.112 0.174 0.127 0.133 0.097 0.058 111 M 0.018 0.025 0.027 0.056 0.062 0.091 0.154 0.139 0.159 0.145 0.121 112 N 0.115 0.141 0.087 0.164 0.120 0.107 0.108 0.059 0.047 0.030 0.022 113 Q 0.194 0.133 0.075 0.137 0.108 0.101 0.103 0.057 0.043 0.030 0.018 114 D 0.429 0.194 0.062 0.130 0.082 0.042 0.031 0.014 0.009 0.005 0.003 115 G 0.048 0.065 0.032 0.135 0.165 0.154 0.167 0.102 0.068 0.041 0.023 116 F 0.001 0.004 0.003 0.021 0.053 0.093 0.200 0.210 0.192 0.129 0.092 117 S 0.001 0.002 0.002 0.011 0.020 0.044 0.138 0.189 0.216 0.193 0.184 118 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.085 0.175 0.240 0.253 0.214 119 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.047 0.117 0.226 0.270 0.322 120 G 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.015 0.059 0.133 0.232 0.273 0.270 121 C 0.002 0.003 0.002 0.014 0.022 0.042 0.126 0.193 0.228 0.201 0.166 122 M 0.006 0.008 0.009 0.026 0.032 0.050 0.128 0.188 0.219 0.198 0.136 123 V 0.005 0.007 0.006 0.027 0.039 0.054 0.121 0.160 0.196 0.190 0.196 124 S 0.009 0.013 0.010 0.039 0.052 0.073 0.133 0.166 0.207 0.165 0.132 125 P 0.037 0.028 0.013 0.063 0.089 0.123 0.197 0.161 0.137 0.097 0.054 126 G 0.054 0.045 0.025 0.085 0.099 0.113 0.176 0.133 0.124 0.084 0.061 127 F 0.005 0.005 0.003 0.012 0.022 0.035 0.092 0.143 0.212 0.254 0.218 128 T 0.083 0.297 0.091 0.253 0.140 0.066 0.039 0.014 0.009 0.005 0.004 129 F 0.008 0.010 0.007 0.029 0.052 0.084 0.185 0.192 0.203 0.139 0.091 130 D 0.666 0.181 0.047 0.068 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 131 D 0.067 0.170 0.058 0.259 0.185 0.121 0.091 0.026 0.014 0.006 0.002 132 F 0.017 0.010 0.006 0.020 0.034 0.056 0.122 0.140 0.229 0.194 0.174 133 E 0.183 0.187 0.140 0.225 0.117 0.071 0.051 0.014 0.007 0.003 0.002 134 L 0.010 0.023 0.045 0.098 0.101 0.124 0.242 0.152 0.114 0.067 0.026 135 F 0.004 0.005 0.008 0.019 0.040 0.084 0.182 0.194 0.184 0.171 0.109 136 S 0.054 0.423 0.160 0.198 0.085 0.041 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 137 Q 0.046 0.071 0.066 0.200 0.229 0.196 0.115 0.042 0.023 0.009 0.003 138 E 0.867 0.066 0.028 0.023 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.061 0.080 0.125 0.252 0.156 0.136 0.126 0.037 0.019 0.006 0.003 140 L 0.006 0.006 0.018 0.018 0.023 0.056 0.167 0.217 0.236 0.171 0.081 141 L 0.007 0.014 0.163 0.168 0.167 0.194 0.165 0.065 0.036 0.015 0.005 142 A 0.014 0.035 0.778 0.097 0.040 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 143 M 0.007 0.017 0.031 0.075 0.109 0.209 0.280 0.128 0.083 0.043 0.016 144 Y 0.009 0.015 0.011 0.024 0.039 0.083 0.221 0.216 0.208 0.125 0.051 145 P 0.196 0.121 0.239 0.128 0.092 0.072 0.069 0.034 0.025 0.014 0.008 146 Q 0.201 0.203 0.174 0.172 0.123 0.063 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 147 H 0.018 0.044 0.020 0.047 0.050 0.086 0.188 0.166 0.176 0.133 0.072 148 K 0.055 0.046 0.069 0.206 0.219 0.203 0.123 0.042 0.024 0.009 0.004 149 A 0.194 0.132 0.400 0.143 0.062 0.036 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 150 V 0.002 0.005 0.014 0.052 0.075 0.146 0.303 0.201 0.118 0.062 0.022 151 V 0.002 0.002 0.009 0.008 0.011 0.025 0.113 0.168 0.237 0.241 0.185 152 Q 0.005 0.017 0.390 0.232 0.171 0.106 0.052 0.016 0.008 0.003 0.001 153 K 0.007 0.043 0.304 0.232 0.179 0.129 0.071 0.020 0.010 0.004 0.001 154 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.036 0.144 0.169 0.246 0.229 0.145 155 S 0.068 0.076 0.071 0.112 0.114 0.128 0.218 0.107 0.068 0.029 0.011 156 R 0.072 0.138 0.166 0.216 0.157 0.103 0.078 0.036 0.020 0.010 0.003 157 P 0.288 0.195 0.123 0.142 0.088 0.059 0.052 0.026 0.015 0.009 0.004 158 E 0.437 0.173 0.061 0.107 0.067 0.046 0.053 0.025 0.016 0.010 0.004 159 V 0.475 0.133 0.050 0.082 0.064 0.058 0.054 0.033 0.027 0.017 0.008 160 N 0.385 0.272 0.055 0.111 0.063 0.038 0.030 0.019 0.014 0.009 0.004