# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 2 Q 0.020 0.059 0.001 0.015 0.023 0.005 0.876 3 N 0.034 0.066 0.006 0.046 0.096 0.008 0.743 4 A 0.001 0.001 0.053 0.929 0.001 0.007 0.010 5 D 0.001 0.001 0.063 0.931 0.001 0.003 0.002 6 D 0.001 0.001 0.047 0.945 0.001 0.004 0.003 7 F 0.001 0.001 0.016 0.971 0.001 0.007 0.003 8 I 0.001 0.001 0.011 0.975 0.002 0.007 0.002 9 K 0.006 0.001 0.020 0.924 0.004 0.042 0.004 10 F 0.008 0.001 0.037 0.805 0.010 0.126 0.013 11 L 0.027 0.028 0.048 0.409 0.049 0.336 0.103 12 E 0.025 0.020 0.030 0.062 0.050 0.424 0.388 13 L 0.040 0.017 0.015 0.023 0.088 0.021 0.796 14 E 0.066 0.013 0.010 0.010 0.170 0.021 0.709 15 Q 0.095 0.096 0.030 0.023 0.192 0.086 0.478 16 H 0.051 0.051 0.024 0.007 0.203 0.036 0.628 17 V 0.027 0.014 0.054 0.013 0.186 0.496 0.211 18 E 0.020 0.013 0.029 0.018 0.178 0.620 0.122 19 G 0.061 0.011 0.031 0.027 0.448 0.114 0.308 20 G 0.161 0.019 0.018 0.056 0.174 0.051 0.521 21 F 0.585 0.076 0.024 0.061 0.053 0.041 0.161 22 Y 0.742 0.040 0.021 0.059 0.025 0.025 0.088 23 R 0.699 0.011 0.026 0.078 0.034 0.038 0.114 24 S 0.715 0.010 0.029 0.051 0.039 0.033 0.124 25 S 0.650 0.018 0.022 0.049 0.048 0.047 0.166 26 Y 0.495 0.024 0.018 0.031 0.101 0.078 0.251 27 R 0.230 0.039 0.019 0.025 0.255 0.068 0.364 28 S 0.086 0.018 0.041 0.023 0.214 0.046 0.572 29 E 0.013 0.003 0.314 0.092 0.065 0.454 0.059 30 T 0.014 0.005 0.305 0.085 0.064 0.453 0.073 31 A 0.034 0.027 0.237 0.099 0.162 0.222 0.219 32 F 0.054 0.069 0.038 0.070 0.240 0.174 0.355 33 D 0.024 0.018 0.013 0.008 0.130 0.032 0.775 34 P 0.009 0.005 0.081 0.028 0.101 0.592 0.185 35 S 0.017 0.013 0.086 0.046 0.094 0.596 0.149 36 R 0.050 0.021 0.110 0.078 0.256 0.119 0.367 37 Q 0.079 0.021 0.055 0.103 0.153 0.105 0.485 38 L 0.236 0.022 0.053 0.130 0.199 0.108 0.252 39 W 0.560 0.025 0.022 0.069 0.042 0.041 0.240 40 S 0.789 0.012 0.005 0.034 0.032 0.008 0.120 41 S 0.918 0.001 0.005 0.024 0.014 0.004 0.034 42 I 0.940 0.001 0.005 0.030 0.003 0.003 0.018 43 Y 0.927 0.004 0.005 0.042 0.003 0.004 0.015 44 F 0.903 0.003 0.005 0.036 0.010 0.008 0.035 45 L 0.760 0.025 0.007 0.038 0.024 0.025 0.121 46 L 0.265 0.024 0.007 0.015 0.104 0.028 0.558 47 R 0.095 0.011 0.017 0.012 0.271 0.217 0.378 48 T 0.012 0.008 0.033 0.012 0.190 0.679 0.067 49 G 0.013 0.005 0.053 0.016 0.444 0.338 0.131 50 E 0.035 0.023 0.057 0.019 0.304 0.108 0.453 51 V 0.117 0.103 0.105 0.020 0.141 0.135 0.378 52 S 0.159 0.034 0.153 0.024 0.131 0.132 0.367 53 H 0.192 0.022 0.205 0.057 0.117 0.206 0.201 54 F 0.249 0.021 0.184 0.069 0.122 0.100 0.255 55 H 0.375 0.031 0.088 0.037 0.139 0.093 0.236 56 R 0.426 0.037 0.070 0.023 0.119 0.073 0.252 57 L 0.328 0.047 0.007 0.011 0.130 0.014 0.463 58 T 0.091 0.014 0.003 0.003 0.015 0.007 0.868 59 A 0.077 0.015 0.201 0.096 0.064 0.187 0.360 60 D 0.080 0.004 0.154 0.060 0.340 0.200 0.161 61 E 0.594 0.005 0.144 0.040 0.042 0.063 0.111 62 M 0.889 0.009 0.007 0.040 0.003 0.004 0.048 63 W 0.919 0.003 0.003 0.044 0.005 0.003 0.023 64 Y 0.887 0.004 0.004 0.040 0.007 0.004 0.053 65 F 0.748 0.006 0.005 0.044 0.022 0.032 0.143 66 H 0.462 0.019 0.016 0.032 0.110 0.076 0.285 67 A 0.097 0.014 0.035 0.028 0.151 0.559 0.116 68 G 0.025 0.002 0.030 0.005 0.170 0.665 0.102 69 Q 0.062 0.012 0.010 0.001 0.496 0.041 0.378 70 S 0.198 0.010 0.011 0.001 0.128 0.032 0.619 71 L 0.679 0.005 0.005 0.001 0.072 0.010 0.228 72 T 0.963 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 73 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 74 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 75 M 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 76 I 0.899 0.036 0.001 0.001 0.011 0.001 0.052 77 S 0.219 0.005 0.001 0.001 0.040 0.003 0.733 78 P 0.011 0.001 0.010 0.002 0.102 0.845 0.028 79 E 0.002 0.001 0.009 0.001 0.037 0.942 0.009 80 G 0.022 0.002 0.017 0.007 0.580 0.219 0.155 81 E 0.181 0.030 0.006 0.022 0.116 0.053 0.593 82 L 0.691 0.107 0.004 0.029 0.049 0.010 0.111 83 T 0.842 0.010 0.002 0.034 0.019 0.005 0.087 84 T 0.871 0.006 0.003 0.049 0.014 0.007 0.049 85 A 0.861 0.003 0.005 0.054 0.017 0.007 0.052 86 Q 0.794 0.008 0.010 0.098 0.020 0.018 0.052 87 L 0.552 0.008 0.018 0.129 0.050 0.147 0.096 88 G 0.214 0.008 0.017 0.095 0.124 0.268 0.274 89 L 0.214 0.018 0.021 0.149 0.123 0.082 0.394 90 D 0.256 0.066 0.064 0.212 0.072 0.044 0.286 91 L 0.033 0.004 0.297 0.429 0.033 0.152 0.052 92 A 0.018 0.005 0.240 0.338 0.030 0.335 0.035 93 A 0.003 0.002 0.145 0.083 0.020 0.735 0.013 94 G 0.004 0.001 0.018 0.011 0.046 0.889 0.030 95 E 0.055 0.024 0.008 0.002 0.265 0.043 0.603 96 R 0.173 0.034 0.007 0.001 0.309 0.034 0.442 97 P 0.278 0.007 0.006 0.001 0.065 0.017 0.627 98 Q 0.819 0.007 0.006 0.001 0.020 0.005 0.143 99 F 0.961 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 100 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 101 V 0.864 0.020 0.001 0.003 0.004 0.001 0.107 102 P 0.465 0.008 0.001 0.002 0.010 0.003 0.512 103 K 0.022 0.001 0.008 0.010 0.097 0.843 0.018 104 G 0.034 0.001 0.008 0.008 0.046 0.890 0.012 105 C 0.383 0.029 0.008 0.033 0.039 0.013 0.495 106 I 0.738 0.038 0.004 0.025 0.028 0.014 0.153 107 F 0.726 0.010 0.029 0.032 0.051 0.043 0.109 108 G 0.475 0.011 0.068 0.033 0.106 0.045 0.261 109 S 0.296 0.007 0.084 0.040 0.163 0.045 0.366 110 A 0.395 0.037 0.102 0.030 0.086 0.052 0.297 111 M 0.438 0.060 0.032 0.035 0.119 0.042 0.273 112 N 0.209 0.011 0.032 0.024 0.061 0.047 0.616 113 Q 0.032 0.005 0.188 0.041 0.136 0.539 0.058 114 D 0.020 0.002 0.109 0.009 0.085 0.715 0.060 115 G 0.066 0.004 0.098 0.004 0.382 0.257 0.189 116 F 0.626 0.020 0.013 0.003 0.039 0.026 0.274 117 S 0.913 0.010 0.003 0.002 0.009 0.003 0.060 118 L 0.974 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 119 V 0.948 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.042 120 G 0.860 0.002 0.004 0.002 0.027 0.009 0.096 121 C 0.790 0.011 0.011 0.005 0.048 0.016 0.119 122 M 0.749 0.015 0.010 0.004 0.062 0.028 0.133 123 V 0.569 0.046 0.014 0.005 0.078 0.059 0.229 124 S 0.195 0.030 0.014 0.002 0.256 0.055 0.448 125 P 0.095 0.005 0.021 0.002 0.320 0.359 0.197 126 G 0.090 0.016 0.027 0.002 0.403 0.247 0.215 127 F 0.260 0.065 0.009 0.004 0.201 0.022 0.439 128 T 0.274 0.057 0.010 0.004 0.033 0.012 0.610 129 F 0.122 0.043 0.423 0.109 0.041 0.124 0.138 130 D 0.041 0.005 0.328 0.089 0.057 0.433 0.047 131 D 0.035 0.005 0.317 0.094 0.078 0.400 0.071 132 F 0.117 0.032 0.114 0.136 0.124 0.101 0.376 133 E 0.183 0.032 0.131 0.122 0.092 0.141 0.299 134 L 0.246 0.048 0.144 0.110 0.107 0.134 0.211 135 F 0.163 0.059 0.033 0.098 0.187 0.057 0.403 136 S 0.061 0.021 0.019 0.055 0.093 0.022 0.729 137 Q 0.002 0.001 0.060 0.881 0.007 0.030 0.019 138 E 0.001 0.001 0.033 0.945 0.002 0.016 0.003 139 A 0.001 0.001 0.033 0.956 0.001 0.006 0.003 140 L 0.001 0.001 0.026 0.961 0.001 0.008 0.003 141 L 0.001 0.001 0.031 0.951 0.002 0.013 0.001 142 A 0.001 0.001 0.030 0.879 0.002 0.084 0.003 143 M 0.001 0.001 0.023 0.770 0.021 0.170 0.014 144 Y 0.006 0.006 0.007 0.202 0.296 0.053 0.431 145 P 0.001 0.004 0.084 0.458 0.030 0.213 0.209 146 Q 0.003 0.007 0.126 0.516 0.065 0.196 0.086 147 H 0.002 0.002 0.099 0.748 0.015 0.074 0.061 148 K 0.002 0.001 0.023 0.939 0.007 0.015 0.014 149 A 0.002 0.001 0.010 0.967 0.003 0.009 0.010 150 V 0.002 0.001 0.008 0.974 0.002 0.007 0.005 151 V 0.002 0.001 0.007 0.980 0.001 0.007 0.002 152 Q 0.003 0.001 0.012 0.959 0.002 0.021 0.002 153 K 0.003 0.001 0.017 0.883 0.004 0.087 0.006 154 L 0.008 0.008 0.021 0.669 0.036 0.183 0.074 155 S 0.017 0.012 0.027 0.244 0.099 0.282 0.319 156 R 0.024 0.008 0.034 0.069 0.243 0.070 0.551 157 P 0.025 0.007 0.102 0.064 0.151 0.173 0.478 158 E 0.033 0.024 0.121 0.051 0.158 0.233 0.380 159 V 0.033 0.026 0.034 0.028 0.117 0.076 0.685 160 N 0.011 0.004 0.011 0.010 0.035 0.023 0.907