# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.179 0.333 0.084 0.128 0.026 0.036 0.031 0.014 0.037 0.002 2 Q 0.166 0.203 0.388 0.109 0.077 0.033 0.008 0.002 0.010 0.003 0.001 3 N 0.008 0.146 0.585 0.006 0.090 0.092 0.002 0.001 0.062 0.008 0.001 4 A 0.987 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 F 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 F 0.899 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.257 0.013 0.014 0.704 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 12 E 0.054 0.017 0.033 0.046 0.004 0.060 0.760 0.006 0.017 0.003 0.001 13 L 0.109 0.224 0.425 0.128 0.015 0.062 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 14 E 0.038 0.279 0.411 0.005 0.125 0.025 0.024 0.001 0.085 0.006 0.001 15 Q 0.089 0.021 0.767 0.022 0.001 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 16 H 0.023 0.220 0.444 0.016 0.123 0.073 0.012 0.005 0.078 0.005 0.001 17 V 0.588 0.047 0.152 0.123 0.007 0.050 0.012 0.004 0.010 0.003 0.004 18 E 0.248 0.115 0.157 0.374 0.033 0.015 0.024 0.006 0.023 0.004 0.001 19 G 0.084 0.017 0.107 0.101 0.128 0.003 0.090 0.329 0.003 0.137 0.001 20 G 0.101 0.027 0.210 0.034 0.118 0.005 0.026 0.169 0.002 0.306 0.003 21 F 0.220 0.266 0.271 0.099 0.082 0.025 0.009 0.007 0.011 0.007 0.001 22 Y 0.173 0.429 0.198 0.057 0.085 0.028 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 23 R 0.199 0.498 0.161 0.043 0.050 0.029 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 24 S 0.141 0.500 0.136 0.041 0.131 0.023 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 25 S 0.198 0.458 0.116 0.082 0.116 0.013 0.003 0.002 0.012 0.002 0.001 26 Y 0.092 0.456 0.153 0.069 0.126 0.038 0.019 0.004 0.040 0.002 0.001 27 R 0.125 0.420 0.270 0.068 0.034 0.038 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 28 S 0.070 0.220 0.456 0.022 0.141 0.035 0.010 0.003 0.029 0.013 0.001 29 E 0.791 0.023 0.066 0.077 0.013 0.009 0.009 0.004 0.003 0.002 0.002 30 T 0.492 0.114 0.079 0.245 0.042 0.008 0.006 0.003 0.008 0.001 0.001 31 A 0.353 0.175 0.153 0.213 0.049 0.021 0.012 0.004 0.018 0.002 0.001 32 F 0.138 0.356 0.279 0.104 0.041 0.040 0.008 0.002 0.030 0.002 0.001 33 D 0.043 0.138 0.539 0.007 0.030 0.038 0.013 0.001 0.182 0.008 0.001 34 P 0.784 0.002 0.150 0.029 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 35 S 0.481 0.019 0.058 0.358 0.007 0.016 0.025 0.025 0.007 0.002 0.001 36 R 0.320 0.155 0.340 0.061 0.039 0.018 0.025 0.007 0.028 0.007 0.001 37 Q 0.546 0.045 0.278 0.040 0.008 0.044 0.018 0.004 0.009 0.004 0.006 38 L 0.645 0.105 0.101 0.083 0.019 0.026 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 39 W 0.491 0.167 0.144 0.082 0.047 0.041 0.008 0.004 0.012 0.003 0.001 40 S 0.723 0.111 0.056 0.055 0.032 0.012 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 41 S 0.718 0.155 0.038 0.042 0.034 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 I 0.643 0.264 0.041 0.022 0.018 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 43 Y 0.665 0.237 0.036 0.023 0.020 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 F 0.574 0.284 0.067 0.022 0.030 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 45 L 0.696 0.077 0.111 0.073 0.004 0.022 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 46 L 0.310 0.159 0.225 0.211 0.027 0.028 0.009 0.003 0.027 0.001 0.001 47 R 0.256 0.125 0.387 0.093 0.035 0.030 0.035 0.011 0.012 0.017 0.001 48 T 0.136 0.178 0.281 0.268 0.068 0.013 0.031 0.004 0.013 0.008 0.001 49 G 0.042 0.014 0.091 0.023 0.150 0.004 0.051 0.406 0.005 0.215 0.001 50 E 0.222 0.111 0.366 0.101 0.046 0.103 0.017 0.005 0.021 0.006 0.004 51 V 0.217 0.234 0.228 0.218 0.027 0.040 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 52 S 0.205 0.220 0.250 0.088 0.180 0.011 0.008 0.010 0.012 0.015 0.001 53 H 0.475 0.179 0.126 0.085 0.066 0.021 0.016 0.008 0.018 0.006 0.001 54 F 0.327 0.170 0.219 0.162 0.035 0.029 0.029 0.006 0.017 0.004 0.001 55 H 0.209 0.264 0.192 0.154 0.057 0.049 0.040 0.005 0.029 0.002 0.001 56 R 0.159 0.313 0.216 0.123 0.037 0.058 0.051 0.007 0.031 0.002 0.001 57 L 0.018 0.579 0.289 0.007 0.053 0.025 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 58 T 0.027 0.169 0.716 0.006 0.012 0.054 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 59 A 0.873 0.024 0.047 0.013 0.018 0.010 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 60 D 0.882 0.001 0.001 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.421 0.321 0.042 0.123 0.078 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 62 M 0.236 0.601 0.074 0.026 0.028 0.014 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 63 W 0.280 0.490 0.119 0.013 0.046 0.028 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 64 Y 0.251 0.535 0.066 0.029 0.059 0.034 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 65 F 0.352 0.341 0.096 0.107 0.040 0.031 0.004 0.002 0.025 0.002 0.001 66 H 0.203 0.348 0.137 0.097 0.065 0.037 0.047 0.003 0.058 0.004 0.001 67 A 0.181 0.084 0.289 0.275 0.046 0.021 0.071 0.008 0.013 0.011 0.001 68 G 0.026 0.004 0.034 0.019 0.044 0.001 0.077 0.571 0.001 0.221 0.001 69 Q 0.060 0.278 0.487 0.024 0.084 0.022 0.010 0.002 0.025 0.007 0.001 70 S 0.061 0.126 0.694 0.035 0.012 0.049 0.004 0.001 0.006 0.001 0.011 71 L 0.018 0.575 0.245 0.031 0.082 0.020 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 72 T 0.003 0.777 0.159 0.002 0.036 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 73 I 0.003 0.861 0.092 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 Y 0.003 0.852 0.066 0.002 0.034 0.019 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 75 M 0.002 0.735 0.178 0.002 0.035 0.030 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 76 I 0.009 0.635 0.232 0.013 0.037 0.047 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 77 S 0.002 0.188 0.662 0.001 0.045 0.025 0.002 0.001 0.072 0.003 0.001 78 P 0.864 0.003 0.076 0.039 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 79 E 0.161 0.018 0.069 0.661 0.009 0.009 0.054 0.008 0.009 0.002 0.001 80 G 0.014 0.008 0.050 0.023 0.071 0.001 0.093 0.599 0.001 0.141 0.001 81 E 0.118 0.146 0.476 0.127 0.036 0.042 0.032 0.005 0.011 0.004 0.003 82 L 0.037 0.432 0.432 0.017 0.039 0.029 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 83 T 0.132 0.572 0.076 0.122 0.068 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 84 T 0.018 0.699 0.107 0.010 0.145 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 85 A 0.043 0.665 0.132 0.014 0.107 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 86 Q 0.032 0.648 0.189 0.004 0.059 0.022 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 87 L 0.148 0.265 0.464 0.071 0.011 0.024 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 88 G 0.086 0.026 0.087 0.010 0.101 0.004 0.028 0.219 0.005 0.433 0.001 89 L 0.614 0.093 0.196 0.043 0.027 0.014 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 90 D 0.451 0.050 0.192 0.071 0.009 0.142 0.030 0.003 0.049 0.001 0.002 91 L 0.883 0.020 0.034 0.048 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 A 0.810 0.039 0.049 0.087 0.005 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 93 A 0.315 0.034 0.120 0.477 0.016 0.004 0.022 0.004 0.007 0.001 0.001 94 G 0.018 0.001 0.014 0.010 0.009 0.001 0.087 0.755 0.001 0.104 0.001 95 E 0.115 0.166 0.443 0.152 0.029 0.053 0.020 0.004 0.012 0.004 0.001 96 R 0.012 0.477 0.297 0.003 0.022 0.018 0.016 0.001 0.153 0.001 0.001 97 P 0.059 0.010 0.877 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 98 Q 0.143 0.473 0.149 0.110 0.063 0.027 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 99 F 0.018 0.623 0.209 0.012 0.094 0.021 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 100 L 0.013 0.588 0.307 0.006 0.013 0.047 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 101 V 0.007 0.677 0.191 0.002 0.018 0.027 0.002 0.001 0.076 0.001 0.001 102 P 0.011 0.033 0.900 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 103 K 0.271 0.054 0.551 0.041 0.021 0.013 0.026 0.007 0.005 0.010 0.002 104 G 0.069 0.006 0.019 0.044 0.036 0.003 0.150 0.625 0.002 0.047 0.001 105 C 0.094 0.345 0.419 0.060 0.031 0.034 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 106 I 0.075 0.641 0.167 0.028 0.028 0.031 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 107 F 0.110 0.469 0.198 0.071 0.071 0.031 0.012 0.003 0.032 0.003 0.001 108 G 0.128 0.166 0.184 0.052 0.323 0.017 0.041 0.045 0.015 0.028 0.001 109 S 0.189 0.376 0.200 0.071 0.120 0.020 0.005 0.002 0.012 0.005 0.001 110 A 0.112 0.299 0.263 0.087 0.136 0.045 0.017 0.007 0.028 0.004 0.002 111 M 0.068 0.398 0.315 0.097 0.052 0.038 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 112 N 0.027 0.155 0.543 0.025 0.076 0.092 0.016 0.003 0.053 0.009 0.001 113 Q 0.723 0.038 0.044 0.131 0.013 0.013 0.016 0.007 0.008 0.005 0.001 114 D 0.213 0.019 0.035 0.561 0.011 0.007 0.126 0.012 0.012 0.002 0.001 115 G 0.108 0.036 0.150 0.079 0.147 0.004 0.040 0.316 0.002 0.117 0.001 116 F 0.137 0.354 0.283 0.050 0.115 0.012 0.010 0.008 0.012 0.018 0.002 117 S 0.077 0.465 0.278 0.016 0.083 0.029 0.006 0.002 0.036 0.006 0.001 118 L 0.123 0.397 0.325 0.019 0.021 0.091 0.002 0.001 0.017 0.001 0.003 119 V 0.083 0.590 0.118 0.064 0.068 0.033 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 120 G 0.086 0.182 0.173 0.011 0.450 0.013 0.018 0.021 0.009 0.035 0.002 121 C 0.191 0.344 0.222 0.058 0.094 0.048 0.007 0.002 0.029 0.002 0.002 122 M 0.235 0.273 0.281 0.094 0.023 0.062 0.010 0.003 0.018 0.002 0.001 123 V 0.121 0.308 0.269 0.128 0.042 0.060 0.014 0.005 0.050 0.002 0.001 124 S 0.061 0.230 0.392 0.003 0.069 0.014 0.051 0.005 0.149 0.024 0.001 125 P 0.275 0.004 0.602 0.025 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 126 G 0.091 0.023 0.054 0.189 0.056 0.010 0.095 0.449 0.009 0.021 0.001 127 F 0.015 0.348 0.515 0.014 0.045 0.038 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 128 T 0.021 0.410 0.422 0.015 0.012 0.088 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 129 F 0.418 0.183 0.184 0.055 0.037 0.069 0.010 0.004 0.035 0.003 0.001 130 D 0.805 0.025 0.024 0.106 0.010 0.006 0.012 0.002 0.006 0.004 0.001 131 D 0.401 0.037 0.030 0.385 0.043 0.015 0.065 0.009 0.010 0.002 0.001 132 F 0.396 0.119 0.167 0.188 0.037 0.020 0.041 0.015 0.013 0.002 0.002 133 E 0.362 0.305 0.197 0.032 0.026 0.031 0.012 0.001 0.031 0.001 0.001 134 L 0.316 0.160 0.255 0.145 0.015 0.065 0.015 0.002 0.022 0.001 0.002 135 F 0.096 0.275 0.383 0.096 0.053 0.057 0.010 0.001 0.027 0.001 0.001 136 S 0.013 0.131 0.641 0.005 0.064 0.095 0.003 0.001 0.042 0.005 0.001 137 Q 0.978 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 E 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.977 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 M 0.702 0.006 0.015 0.269 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 Y 0.281 0.065 0.216 0.016 0.013 0.017 0.024 0.003 0.355 0.011 0.001 145 P 0.925 0.001 0.048 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 146 Q 0.826 0.005 0.026 0.117 0.003 0.006 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 147 H 0.756 0.017 0.056 0.136 0.003 0.017 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 148 K 0.952 0.005 0.018 0.013 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 149 A 0.967 0.003 0.009 0.013 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 150 V 0.983 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.976 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Q 0.982 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.891 0.006 0.013 0.082 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 154 L 0.650 0.022 0.087 0.224 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 155 S 0.328 0.099 0.203 0.252 0.025 0.031 0.022 0.011 0.021 0.007 0.001 156 R 0.070 0.165 0.563 0.008 0.032 0.016 0.018 0.002 0.112 0.013 0.001 157 P 0.298 0.006 0.624 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 158 E 0.402 0.168 0.206 0.131 0.031 0.031 0.007 0.005 0.017 0.002 0.001 159 V 0.273 0.225 0.250 0.146 0.030 0.038 0.008 0.003 0.023 0.003 0.001 160 N 0.186 0.139 0.224 0.165 0.060 0.065 0.077 0.019 0.050 0.015 0.001