# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.249 0.111 0.007 0.228 0.008 0.011 0.063 0.038 0.090 0.070 2 Q 0.035 0.330 0.167 0.024 0.173 0.040 0.056 0.085 0.028 0.043 0.019 3 N 0.038 0.561 0.280 0.001 0.081 0.001 0.001 0.019 0.002 0.011 0.006 4 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.803 0.191 0.004 0.001 5 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.032 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.032 0.005 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.004 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.088 0.005 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.877 0.088 0.008 0.001 10 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 0.771 0.145 0.032 0.001 11 L 0.025 0.409 0.077 0.006 0.110 0.005 0.013 0.203 0.091 0.052 0.009 12 E 0.150 0.020 0.005 0.002 0.063 0.003 0.023 0.127 0.084 0.319 0.205 13 L 0.144 0.192 0.041 0.004 0.268 0.004 0.014 0.095 0.087 0.088 0.064 14 E 0.029 0.404 0.144 0.009 0.220 0.008 0.040 0.107 0.028 0.006 0.004 15 Q 0.089 0.223 0.063 0.006 0.278 0.008 0.046 0.103 0.066 0.082 0.035 16 H 0.151 0.213 0.143 0.007 0.336 0.004 0.012 0.027 0.019 0.024 0.064 17 V 0.033 0.053 0.050 0.015 0.041 0.031 0.079 0.318 0.277 0.077 0.026 18 E 0.013 0.192 0.124 0.068 0.050 0.069 0.203 0.152 0.053 0.065 0.011 19 G 0.026 0.099 0.090 0.155 0.033 0.020 0.015 0.023 0.027 0.417 0.096 20 G 0.059 0.153 0.171 0.134 0.117 0.066 0.023 0.052 0.034 0.105 0.087 21 F 0.217 0.164 0.031 0.007 0.385 0.004 0.009 0.054 0.038 0.044 0.048 22 Y 0.321 0.104 0.031 0.009 0.323 0.008 0.012 0.059 0.033 0.034 0.065 23 R 0.139 0.124 0.029 0.025 0.294 0.050 0.092 0.136 0.057 0.028 0.025 24 S 0.355 0.066 0.028 0.008 0.326 0.012 0.039 0.055 0.023 0.022 0.065 25 S 0.114 0.163 0.050 0.035 0.263 0.057 0.051 0.109 0.046 0.063 0.049 26 Y 0.209 0.156 0.037 0.007 0.302 0.006 0.018 0.072 0.031 0.081 0.082 27 R 0.075 0.153 0.058 0.046 0.121 0.067 0.066 0.084 0.078 0.165 0.087 28 S 0.085 0.267 0.228 0.036 0.270 0.007 0.010 0.031 0.028 0.012 0.026 29 E 0.011 0.028 0.012 0.004 0.020 0.012 0.054 0.326 0.479 0.047 0.008 30 T 0.024 0.115 0.047 0.015 0.069 0.018 0.132 0.176 0.198 0.187 0.020 31 A 0.119 0.063 0.017 0.008 0.121 0.021 0.093 0.151 0.113 0.221 0.074 32 F 0.093 0.151 0.103 0.038 0.166 0.038 0.060 0.059 0.052 0.147 0.093 33 D 0.169 0.183 0.145 0.029 0.330 0.009 0.011 0.029 0.019 0.020 0.056 34 P 0.029 0.090 0.043 0.008 0.071 0.010 0.028 0.324 0.332 0.053 0.011 35 S 0.039 0.065 0.028 0.010 0.052 0.018 0.089 0.200 0.179 0.283 0.037 36 R 0.063 0.225 0.074 0.024 0.147 0.010 0.030 0.190 0.111 0.097 0.028 37 Q 0.064 0.139 0.052 0.009 0.139 0.025 0.067 0.333 0.110 0.038 0.025 38 L 0.056 0.092 0.033 0.006 0.107 0.011 0.035 0.371 0.191 0.073 0.026 39 W 0.131 0.081 0.019 0.006 0.207 0.007 0.017 0.323 0.117 0.055 0.036 40 S 0.054 0.068 0.014 0.012 0.096 0.012 0.026 0.534 0.113 0.054 0.016 41 S 0.076 0.069 0.010 0.004 0.189 0.005 0.018 0.544 0.054 0.018 0.014 42 I 0.190 0.033 0.002 0.003 0.253 0.005 0.016 0.442 0.031 0.006 0.020 43 Y 0.118 0.039 0.004 0.006 0.226 0.013 0.024 0.468 0.058 0.023 0.020 44 F 0.070 0.127 0.015 0.002 0.181 0.003 0.017 0.503 0.051 0.015 0.016 45 L 0.026 0.050 0.012 0.003 0.056 0.008 0.047 0.573 0.113 0.100 0.012 46 L 0.030 0.142 0.089 0.009 0.041 0.011 0.073 0.446 0.097 0.046 0.017 47 R 0.028 0.082 0.058 0.038 0.039 0.077 0.166 0.308 0.102 0.076 0.025 48 T 0.012 0.525 0.188 0.068 0.092 0.021 0.041 0.019 0.012 0.015 0.008 49 G 0.019 0.018 0.048 0.090 0.011 0.018 0.008 0.022 0.049 0.534 0.183 50 E 0.092 0.212 0.048 0.010 0.230 0.014 0.066 0.132 0.077 0.076 0.043 51 V 0.113 0.128 0.025 0.008 0.185 0.008 0.016 0.087 0.152 0.201 0.078 52 S 0.101 0.209 0.102 0.044 0.198 0.030 0.044 0.116 0.076 0.052 0.028 53 H 0.080 0.107 0.053 0.023 0.140 0.023 0.042 0.261 0.154 0.086 0.032 54 F 0.118 0.094 0.020 0.018 0.149 0.022 0.059 0.230 0.130 0.096 0.065 55 H 0.087 0.177 0.043 0.020 0.236 0.020 0.029 0.139 0.088 0.107 0.054 56 R 0.129 0.169 0.040 0.003 0.225 0.004 0.010 0.055 0.064 0.232 0.069 57 L 0.116 0.323 0.127 0.011 0.301 0.008 0.021 0.026 0.017 0.022 0.028 58 T 0.073 0.438 0.259 0.004 0.174 0.001 0.003 0.009 0.004 0.014 0.021 59 A 0.010 0.008 0.002 0.001 0.016 0.001 0.002 0.375 0.563 0.015 0.007 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.840 0.132 0.007 0.001 61 E 0.006 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.534 0.228 0.200 0.002 62 M 0.117 0.010 0.002 0.001 0.115 0.001 0.004 0.569 0.119 0.045 0.018 63 W 0.022 0.051 0.008 0.006 0.109 0.014 0.036 0.619 0.100 0.023 0.012 64 Y 0.071 0.120 0.022 0.003 0.252 0.004 0.027 0.374 0.049 0.051 0.026 65 F 0.071 0.047 0.026 0.016 0.057 0.023 0.116 0.446 0.099 0.066 0.033 66 H 0.051 0.063 0.067 0.068 0.050 0.066 0.110 0.254 0.112 0.127 0.033 67 A 0.015 0.264 0.136 0.135 0.056 0.100 0.120 0.089 0.037 0.034 0.014 68 G 0.024 0.019 0.030 0.085 0.012 0.033 0.019 0.022 0.058 0.589 0.108 69 Q 0.034 0.416 0.243 0.018 0.177 0.008 0.019 0.035 0.023 0.018 0.008 70 S 0.294 0.113 0.016 0.003 0.419 0.005 0.018 0.016 0.018 0.034 0.063 71 L 0.180 0.230 0.023 0.004 0.522 0.006 0.006 0.003 0.002 0.005 0.017 72 T 0.214 0.073 0.007 0.001 0.687 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 73 I 0.389 0.037 0.003 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 74 Y 0.217 0.104 0.007 0.001 0.635 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 75 M 0.238 0.149 0.012 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 76 I 0.097 0.336 0.069 0.009 0.385 0.006 0.008 0.008 0.005 0.036 0.041 77 S 0.029 0.198 0.623 0.044 0.063 0.007 0.006 0.014 0.007 0.002 0.006 78 P 0.008 0.027 0.030 0.036 0.013 0.067 0.163 0.464 0.164 0.022 0.005 79 E 0.005 0.525 0.217 0.087 0.040 0.022 0.050 0.018 0.011 0.020 0.006 80 G 0.030 0.043 0.075 0.094 0.022 0.022 0.008 0.013 0.018 0.406 0.269 81 E 0.138 0.233 0.048 0.006 0.361 0.007 0.028 0.055 0.031 0.052 0.040 82 L 0.333 0.105 0.013 0.002 0.427 0.002 0.003 0.018 0.017 0.022 0.059 83 T 0.153 0.153 0.053 0.037 0.310 0.047 0.065 0.105 0.032 0.020 0.024 84 T 0.276 0.112 0.018 0.009 0.428 0.009 0.014 0.057 0.016 0.023 0.039 85 A 0.259 0.132 0.018 0.007 0.425 0.012 0.014 0.050 0.013 0.016 0.053 86 Q 0.280 0.105 0.028 0.007 0.365 0.008 0.021 0.076 0.012 0.032 0.065 87 L 0.121 0.211 0.065 0.071 0.200 0.043 0.050 0.089 0.029 0.059 0.061 88 G 0.111 0.087 0.098 0.177 0.114 0.044 0.011 0.064 0.031 0.182 0.079 89 L 0.042 0.384 0.100 0.007 0.196 0.008 0.015 0.165 0.044 0.028 0.013 90 D 0.203 0.099 0.033 0.002 0.499 0.002 0.010 0.072 0.014 0.022 0.044 91 L 0.086 0.038 0.017 0.003 0.051 0.006 0.031 0.425 0.259 0.049 0.034 92 A 0.023 0.043 0.076 0.039 0.033 0.046 0.114 0.397 0.140 0.073 0.015 93 A 0.003 0.506 0.222 0.099 0.042 0.036 0.044 0.026 0.010 0.010 0.002 94 G 0.017 0.009 0.022 0.031 0.007 0.007 0.004 0.011 0.025 0.652 0.215 95 E 0.104 0.304 0.154 0.014 0.237 0.010 0.021 0.029 0.034 0.060 0.036 96 R 0.044 0.461 0.183 0.007 0.262 0.003 0.006 0.014 0.006 0.005 0.008 97 P 0.231 0.207 0.067 0.005 0.348 0.004 0.008 0.015 0.022 0.028 0.065 98 Q 0.162 0.210 0.054 0.005 0.423 0.010 0.022 0.029 0.027 0.026 0.031 99 F 0.078 0.346 0.041 0.001 0.509 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.012 100 L 0.313 0.138 0.023 0.001 0.460 0.001 0.003 0.004 0.003 0.010 0.043 101 V 0.043 0.444 0.289 0.023 0.155 0.005 0.009 0.009 0.003 0.005 0.013 102 P 0.007 0.194 0.644 0.092 0.033 0.012 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 103 K 0.001 0.005 0.004 0.032 0.001 0.150 0.546 0.206 0.052 0.002 0.001 104 G 0.008 0.008 0.009 0.013 0.007 0.005 0.003 0.014 0.045 0.754 0.133 105 C 0.076 0.382 0.064 0.004 0.332 0.003 0.011 0.037 0.038 0.042 0.013 106 I 0.262 0.140 0.037 0.003 0.392 0.005 0.013 0.047 0.019 0.024 0.059 107 F 0.152 0.160 0.068 0.048 0.209 0.032 0.048 0.084 0.070 0.067 0.062 108 G 0.183 0.075 0.041 0.037 0.193 0.026 0.034 0.095 0.085 0.138 0.094 109 S 0.118 0.197 0.077 0.020 0.243 0.021 0.049 0.135 0.059 0.042 0.040 110 A 0.177 0.134 0.039 0.008 0.244 0.013 0.048 0.096 0.053 0.122 0.067 111 M 0.082 0.348 0.110 0.025 0.247 0.023 0.026 0.042 0.028 0.042 0.029 112 N 0.245 0.143 0.163 0.029 0.181 0.013 0.017 0.035 0.029 0.043 0.102 113 Q 0.050 0.054 0.036 0.057 0.055 0.062 0.080 0.247 0.231 0.093 0.035 114 D 0.006 0.132 0.112 0.194 0.022 0.098 0.121 0.106 0.097 0.102 0.010 115 G 0.050 0.044 0.035 0.073 0.039 0.025 0.021 0.031 0.060 0.471 0.152 116 F 0.206 0.191 0.022 0.005 0.442 0.003 0.004 0.013 0.020 0.041 0.052 117 S 0.132 0.189 0.030 0.004 0.598 0.003 0.006 0.008 0.007 0.008 0.015 118 L 0.559 0.036 0.007 0.003 0.300 0.004 0.004 0.003 0.002 0.009 0.073 119 V 0.174 0.096 0.056 0.101 0.254 0.063 0.076 0.030 0.019 0.056 0.075 120 G 0.155 0.177 0.119 0.071 0.279 0.031 0.011 0.019 0.016 0.056 0.066 121 C 0.184 0.193 0.030 0.007 0.468 0.007 0.008 0.018 0.015 0.023 0.045 122 M 0.268 0.123 0.027 0.005 0.450 0.004 0.006 0.015 0.010 0.024 0.067 123 V 0.171 0.145 0.071 0.054 0.211 0.030 0.036 0.041 0.048 0.098 0.095 124 S 0.041 0.200 0.372 0.146 0.125 0.035 0.019 0.026 0.016 0.010 0.011 125 P 0.014 0.039 0.032 0.039 0.029 0.063 0.182 0.305 0.215 0.067 0.016 126 G 0.034 0.079 0.057 0.030 0.057 0.028 0.033 0.066 0.142 0.411 0.064 127 F 0.109 0.190 0.093 0.017 0.296 0.015 0.024 0.037 0.068 0.088 0.062 128 T 0.317 0.094 0.024 0.002 0.368 0.002 0.006 0.012 0.013 0.040 0.123 129 F 0.093 0.153 0.077 0.012 0.207 0.005 0.004 0.065 0.198 0.113 0.073 130 D 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.091 0.369 0.378 0.131 0.014 0.001 131 D 0.045 0.041 0.021 0.003 0.055 0.001 0.006 0.067 0.162 0.523 0.075 132 F 0.092 0.089 0.029 0.004 0.205 0.003 0.005 0.139 0.271 0.107 0.056 133 E 0.041 0.082 0.030 0.004 0.121 0.010 0.058 0.374 0.196 0.053 0.031 134 L 0.152 0.142 0.025 0.002 0.167 0.004 0.017 0.130 0.072 0.210 0.080 135 F 0.067 0.346 0.153 0.019 0.221 0.014 0.016 0.029 0.010 0.085 0.039 136 S 0.045 0.493 0.303 0.003 0.126 0.001 0.001 0.009 0.002 0.009 0.010 137 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.801 0.180 0.006 0.001 138 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.068 0.004 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.051 0.014 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.085 0.012 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.801 0.177 0.008 0.001 142 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.848 0.068 0.028 0.001 143 M 0.004 0.014 0.009 0.003 0.011 0.017 0.156 0.417 0.159 0.203 0.006 144 Y 0.173 0.102 0.038 0.007 0.179 0.003 0.011 0.277 0.077 0.058 0.077 145 P 0.005 0.045 0.016 0.003 0.021 0.008 0.019 0.616 0.238 0.026 0.003 146 Q 0.006 0.035 0.021 0.004 0.011 0.009 0.066 0.577 0.127 0.137 0.007 147 H 0.054 0.072 0.023 0.003 0.070 0.002 0.009 0.454 0.112 0.171 0.029 148 K 0.003 0.017 0.004 0.001 0.011 0.002 0.003 0.830 0.116 0.011 0.002 149 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.928 0.049 0.007 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.037 0.006 0.001 151 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.892 0.081 0.014 0.001 152 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.864 0.103 0.006 0.001 153 K 0.002 0.005 0.004 0.002 0.005 0.007 0.084 0.775 0.083 0.032 0.002 154 L 0.013 0.020 0.009 0.007 0.022 0.014 0.108 0.502 0.118 0.173 0.015 155 S 0.063 0.072 0.025 0.013 0.062 0.016 0.057 0.198 0.145 0.292 0.057 156 R 0.032 0.290 0.177 0.021 0.134 0.013 0.024 0.173 0.093 0.029 0.014 157 P 0.035 0.188 0.072 0.008 0.112 0.010 0.044 0.324 0.158 0.034 0.013 158 E 0.071 0.069 0.020 0.006 0.090 0.011 0.081 0.289 0.184 0.142 0.036 159 V 0.047 0.188 0.070 0.022 0.123 0.032 0.065 0.203 0.121 0.099 0.031 160 N 0.100 0.142 0.073 0.025 0.170 0.022 0.040 0.140 0.086 0.135 0.068