# TARGET T0210 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0210.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.4086 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.860 0.106 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 2 Q 0.831 0.130 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 3 N 0.498 0.269 0.135 0.077 0.018 0.003 0.001 4 A 0.124 0.154 0.237 0.304 0.155 0.025 0.001 5 D 0.369 0.382 0.191 0.049 0.008 0.001 0.001 6 D 0.244 0.347 0.270 0.117 0.021 0.002 0.001 7 F 0.029 0.029 0.078 0.226 0.461 0.174 0.003 8 I 0.045 0.080 0.200 0.363 0.255 0.056 0.002 9 K 0.297 0.512 0.145 0.040 0.006 0.001 0.001 10 F 0.134 0.226 0.307 0.249 0.074 0.009 0.001 11 L 0.028 0.037 0.079 0.249 0.402 0.196 0.009 12 E 0.319 0.451 0.168 0.047 0.012 0.003 0.001 13 L 0.078 0.097 0.176 0.318 0.261 0.065 0.004 14 E 0.218 0.302 0.242 0.150 0.066 0.020 0.003 15 Q 0.260 0.277 0.189 0.163 0.078 0.030 0.004 16 H 0.191 0.122 0.139 0.214 0.208 0.108 0.018 17 V 0.245 0.230 0.169 0.136 0.101 0.086 0.033 18 E 0.215 0.165 0.138 0.167 0.124 0.121 0.070 19 G 0.209 0.177 0.133 0.134 0.121 0.130 0.096 20 G 0.209 0.124 0.106 0.127 0.142 0.156 0.135 21 F 0.161 0.139 0.135 0.139 0.123 0.163 0.140 22 Y 0.093 0.101 0.124 0.152 0.206 0.226 0.098 23 R 0.069 0.103 0.147 0.216 0.226 0.175 0.065 24 S 0.084 0.107 0.121 0.161 0.220 0.232 0.075 25 S 0.071 0.118 0.182 0.245 0.219 0.132 0.033 26 Y 0.078 0.129 0.167 0.286 0.224 0.105 0.012 27 R 0.190 0.291 0.238 0.175 0.083 0.021 0.003 28 S 0.381 0.302 0.179 0.094 0.034 0.008 0.001 29 E 0.631 0.228 0.089 0.037 0.012 0.003 0.001 30 T 0.544 0.241 0.129 0.062 0.019 0.004 0.001 31 A 0.429 0.255 0.149 0.107 0.048 0.012 0.001 32 F 0.280 0.227 0.209 0.171 0.089 0.022 0.002 33 D 0.540 0.267 0.122 0.051 0.016 0.004 0.001 34 P 0.608 0.236 0.093 0.043 0.015 0.004 0.001 35 S 0.577 0.212 0.100 0.065 0.034 0.012 0.002 36 R 0.134 0.208 0.251 0.229 0.132 0.042 0.004 37 Q 0.083 0.169 0.223 0.240 0.167 0.096 0.021 38 L 0.018 0.042 0.063 0.138 0.282 0.337 0.120 39 W 0.004 0.016 0.046 0.117 0.243 0.361 0.213 40 S 0.003 0.007 0.023 0.072 0.154 0.348 0.393 41 S 0.001 0.002 0.004 0.012 0.040 0.245 0.697 42 I 0.001 0.002 0.006 0.023 0.084 0.338 0.547 43 Y 0.001 0.003 0.010 0.045 0.148 0.430 0.364 44 F 0.001 0.003 0.006 0.023 0.108 0.508 0.351 45 L 0.001 0.005 0.012 0.053 0.210 0.573 0.145 46 L 0.003 0.016 0.060 0.215 0.409 0.274 0.023 47 R 0.070 0.264 0.321 0.236 0.089 0.019 0.002 48 T 0.325 0.393 0.195 0.072 0.014 0.002 0.001 49 G 0.551 0.288 0.112 0.039 0.009 0.001 0.001 50 E 0.541 0.279 0.117 0.047 0.014 0.002 0.001 51 V 0.125 0.197 0.278 0.253 0.120 0.025 0.001 52 S 0.110 0.190 0.237 0.238 0.164 0.055 0.006 53 H 0.091 0.197 0.239 0.233 0.150 0.076 0.014 54 F 0.018 0.044 0.090 0.183 0.286 0.309 0.071 55 H 0.009 0.024 0.051 0.157 0.326 0.353 0.079 56 R 0.029 0.107 0.198 0.253 0.214 0.153 0.045 57 L 0.014 0.031 0.068 0.164 0.285 0.331 0.107 58 T 0.071 0.167 0.193 0.173 0.144 0.151 0.101 59 A 0.018 0.032 0.068 0.162 0.255 0.325 0.140 60 D 0.047 0.096 0.142 0.196 0.202 0.203 0.114 61 E 0.020 0.037 0.061 0.119 0.208 0.364 0.191 62 M 0.011 0.017 0.023 0.049 0.114 0.349 0.436 63 W 0.011 0.020 0.030 0.074 0.166 0.357 0.342 64 Y 0.012 0.026 0.047 0.083 0.148 0.322 0.361 65 F 0.013 0.023 0.038 0.086 0.174 0.372 0.294 66 H 0.024 0.039 0.064 0.119 0.219 0.325 0.211 67 A 0.040 0.062 0.086 0.149 0.209 0.272 0.182 68 G 0.060 0.087 0.111 0.167 0.206 0.233 0.137 69 Q 0.046 0.108 0.150 0.207 0.202 0.182 0.105 70 S 0.025 0.048 0.081 0.147 0.196 0.291 0.212 71 L 0.010 0.023 0.043 0.096 0.186 0.379 0.263 72 T 0.007 0.028 0.088 0.203 0.284 0.275 0.115 73 I 0.003 0.005 0.010 0.034 0.143 0.507 0.299 74 Y 0.005 0.019 0.043 0.120 0.287 0.393 0.134 75 M 0.006 0.027 0.068 0.150 0.289 0.375 0.085 76 I 0.013 0.056 0.131 0.264 0.310 0.199 0.027 77 S 0.052 0.167 0.289 0.307 0.150 0.033 0.002 78 P 0.470 0.339 0.127 0.047 0.013 0.003 0.001 79 E 0.690 0.213 0.066 0.024 0.006 0.001 0.001 80 G 0.444 0.271 0.170 0.083 0.026 0.005 0.001 81 E 0.435 0.344 0.145 0.056 0.016 0.004 0.001 82 L 0.060 0.105 0.196 0.291 0.254 0.086 0.009 83 T 0.121 0.267 0.276 0.197 0.094 0.039 0.007 84 T 0.077 0.160 0.204 0.257 0.192 0.095 0.015 85 A 0.046 0.093 0.180 0.263 0.250 0.146 0.022 86 Q 0.052 0.134 0.220 0.258 0.207 0.110 0.020 87 L 0.025 0.024 0.050 0.148 0.306 0.380 0.066 88 G 0.104 0.146 0.178 0.225 0.202 0.128 0.017 89 L 0.154 0.189 0.211 0.218 0.150 0.069 0.009 90 D 0.198 0.306 0.228 0.158 0.074 0.031 0.005 91 L 0.093 0.099 0.158 0.255 0.259 0.121 0.014 92 A 0.304 0.296 0.187 0.125 0.060 0.025 0.004 93 A 0.514 0.284 0.123 0.055 0.018 0.005 0.001 94 G 0.539 0.248 0.121 0.062 0.024 0.005 0.001 95 E 0.329 0.274 0.192 0.123 0.057 0.021 0.004 96 R 0.097 0.191 0.242 0.228 0.148 0.079 0.015 97 P 0.046 0.080 0.132 0.221 0.263 0.212 0.046 98 Q 0.027 0.068 0.121 0.206 0.253 0.235 0.090 99 F 0.011 0.027 0.051 0.119 0.209 0.354 0.228 100 L 0.006 0.023 0.055 0.129 0.210 0.355 0.221 101 V 0.014 0.033 0.059 0.124 0.221 0.327 0.223 102 P 0.061 0.158 0.203 0.214 0.168 0.128 0.069 103 K 0.119 0.149 0.151 0.167 0.169 0.169 0.076 104 G 0.106 0.161 0.185 0.179 0.146 0.143 0.080 105 C 0.054 0.061 0.098 0.178 0.243 0.266 0.100 106 I 0.086 0.068 0.075 0.127 0.186 0.292 0.165 107 F 0.087 0.083 0.095 0.153 0.198 0.262 0.121 108 G 0.124 0.135 0.140 0.157 0.178 0.176 0.091 109 S 0.069 0.097 0.129 0.197 0.213 0.207 0.089 110 A 0.074 0.151 0.174 0.210 0.198 0.151 0.042 111 M 0.075 0.168 0.214 0.258 0.203 0.072 0.009 112 N 0.260 0.293 0.206 0.143 0.073 0.023 0.003 113 Q 0.229 0.288 0.235 0.160 0.069 0.017 0.002 114 D 0.157 0.326 0.277 0.163 0.058 0.016 0.003 115 G 0.022 0.114 0.212 0.283 0.243 0.112 0.015 116 F 0.001 0.002 0.014 0.088 0.359 0.459 0.078 117 S 0.001 0.001 0.003 0.014 0.082 0.476 0.423 118 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.215 0.750 119 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.126 0.846 120 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.156 0.808 121 C 0.001 0.002 0.005 0.020 0.064 0.264 0.644 122 M 0.006 0.018 0.035 0.088 0.152 0.364 0.338 123 V 0.016 0.031 0.057 0.119 0.187 0.357 0.232 124 S 0.046 0.071 0.104 0.166 0.209 0.281 0.123 125 P 0.060 0.101 0.119 0.186 0.214 0.238 0.081 126 G 0.068 0.117 0.132 0.176 0.194 0.230 0.084 127 F 0.016 0.033 0.076 0.193 0.330 0.303 0.050 128 T 0.100 0.282 0.259 0.169 0.115 0.064 0.012 129 F 0.027 0.062 0.156 0.302 0.301 0.140 0.012 130 D 0.303 0.332 0.200 0.102 0.045 0.016 0.002 131 D 0.158 0.266 0.269 0.186 0.085 0.031 0.004 132 F 0.044 0.050 0.099 0.266 0.361 0.168 0.012 133 E 0.199 0.303 0.251 0.154 0.067 0.023 0.003 134 L 0.186 0.213 0.194 0.209 0.132 0.060 0.007 135 F 0.084 0.130 0.197 0.274 0.219 0.089 0.007 136 S 0.408 0.332 0.160 0.069 0.024 0.006 0.001 137 Q 0.359 0.339 0.197 0.081 0.020 0.004 0.001 138 E 0.674 0.237 0.062 0.020 0.006 0.001 0.001 139 A 0.413 0.302 0.172 0.082 0.025 0.006 0.001 140 L 0.165 0.139 0.192 0.283 0.175 0.044 0.002 141 L 0.274 0.262 0.233 0.157 0.059 0.013 0.001 142 A 0.386 0.287 0.164 0.101 0.045 0.015 0.002 143 M 0.221 0.223 0.212 0.184 0.112 0.043 0.005 144 Y 0.117 0.177 0.220 0.233 0.174 0.073 0.005 145 P 0.242 0.200 0.176 0.173 0.132 0.068 0.008 146 Q 0.352 0.359 0.162 0.079 0.034 0.012 0.002 147 H 0.171 0.175 0.196 0.238 0.161 0.055 0.005 148 K 0.227 0.331 0.254 0.136 0.042 0.009 0.001 149 A 0.422 0.408 0.131 0.031 0.007 0.001 0.001 150 V 0.037 0.082 0.198 0.337 0.264 0.079 0.003 151 V 0.027 0.039 0.096 0.276 0.386 0.169 0.007 152 Q 0.187 0.364 0.283 0.131 0.030 0.004 0.001 153 K 0.181 0.328 0.285 0.155 0.043 0.007 0.001 154 L 0.032 0.039 0.093 0.256 0.394 0.179 0.008 155 S 0.181 0.237 0.244 0.217 0.099 0.022 0.001 156 R 0.368 0.365 0.184 0.068 0.014 0.002 0.001 157 P 0.604 0.272 0.089 0.028 0.006 0.001 0.001 158 E 0.688 0.214 0.070 0.023 0.005 0.001 0.001 159 V 0.808 0.137 0.037 0.014 0.003 0.001 0.001 160 N 0.837 0.116 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001