; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 05/13/04_16:24:56 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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--.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A SP.....F.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....LG.....I.....S.....P.....F. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A SP.....F.....H.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....L.....GI.....S.....P.....F.....H. 1f86A SP.....F.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A SP.....F.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....L.....GI.....S.....P.....F.....H. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1f86A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA AF.....A.....K.....R.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....K.....V.....I.....T.....Y.....PN.....F.....I.....S.....T. 1giqA --.....K.....V.....I.....T.....Y.....PN.....F.....I.....S.....T. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA NK.....V.....D.....S.....Y.....K.....DG.....T.....V.....T.....K. 1giqA DS.....P.....G.....A.....Y.....L.....SA.....I.....P.....G.....Y. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....Y.....A. 1giqA TPi11rsG.....P.....Q.....Efgl..T.....LT.....S.....P.....E.....Yd 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....E.....G. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA TP.....I.....P.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA TPi11rsG.....P.....Q.....Efgl..T.....LT.....S.....P.....E.....Yd 1giqA TP.....Ip10rs-g....P.....Q.....E.....FG.....L.....Tl21kwE.....G. 1giqA YL.....S.....A.....I.....P.....G.....YA.....G.....E.....Y.....E. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA TP.....I.....Ps10sgP.....Q.....E.....FG.....L.....T.....L.....Ts 1giqA TP.....I.....Ps10sgP.....Q.....E.....FG.....L.....T.....Lt34ts-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA TP.....I.....P.....S.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1giqA TP.....I.....Ps10sgP.....Q.....E.....FG.....L.....T.....L.....Ts 1giqA TP.....I.....Ps10sgP.....Q.....E.....FG.....L.....T.....Lt34ts-. 1giqA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA YA.....E.....V.....V.....F.....T.....AN.....D.....S.....G.....H. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1gkeA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....Tlq...LN.....P.....D.....K.....H. 1jmg --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1jmg DP.....Y.....P.....A.....I.....K.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1jmg TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1kgiA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....Tlq...LN.....P.....D.....K.....H. 1njd --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1njd --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1njd --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1njd DP.....Y.....P.....A.....I.....K.....--.....-.....-.....-.....-. 1njd TP.....R.....P.....A.....Ptl...Q.....LN.....P.....D.....K.....H. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1njd TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....K.....Y.....-.....-K.....E.....L.....G.....F. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1nz2A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1o6xA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA KI.....R.....G.....G.....K.....Q.....FV.....L.....Q.....C.....D. 1omwA KY.....P.....P.....P.....L.....I.....PP.....Rg20tkG.....I.....K. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA DV.....N.....R.....Rl27flQ.....K.....YP.....P.....P.....L.....I. 1omwA DV.....N.....R.....Rlg7rgA.....Q.....EVk75vaE.....T.....V.....F. 1omwA DV.....Nr161e-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA DV.....Nr172i-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA DP.....E.....L.....V.....Q.....W.....KK.....E.....L.....R.....D. 1omwA DP.....E.....L.....V.....Q.....W.....KK.....E.....L.....R.....D. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16ltQ.....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16ltQ.....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....D.....C.....I. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16ltQ.....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16ltQ.....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....D.....C.....I. 1omwA DV.....N.....R.....R.....L.....G.....CL.....G.....R.....G.....A. 1omwA SK.....V.....P.....L.....I.....Q.....RG.....S.....A.....N.....G. 1omwA KN.....K.....P.....R.....A.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....R.....V.....P.....KM.....K.....N.....K.....P. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16lt-q....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....D.....Cim...H. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1omwA EE.....D.....Y.....A.....L.....G.....KDc14pfL.....T.....Q.....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....Dc16lt-q....W. 1omwA GH.....E.....E.....D.....Y.....A.....LG.....K.....D.....Cim...H. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....T.....R.....T.....Y.....R.....G-.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....D. 1p6gS AP.....T.....R.....T.....Y.....R.....GH.....A.....A.....D.....K. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1p6gS --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A ML.....R.....P.....L.....V.....E.....EG.....L.....R.....C.....V. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A SG.....E.....F.....A.....M.....L.....WH.....G.....A.....Q.....A. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....Q.....A. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A FR.....R.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....A.....G. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1pv8A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A KD.....F.....E.....E.....Q.....F.....LN.....Ti12slS.....S.....E. 1qs1A KD.....F.....E.....E.....Q.....F.....LN.....Ti12slS.....S.....E. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A KI.....I.....L.....R.....L.....Q.....VP.....K.....G.....S.....T. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....D. 1qs1A KK.....Pi12cgM.....P.....E.....F.....GY.....Q.....I.....S.....Dp 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-f42kg-.....S. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1qs1A 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KP.....I.....Pe10cgM.....P.....E.....FG.....Y.....Q.....Is66seK. 1qs1A --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....-N.....D.....S.....G.....H. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....-G.....L.....S.....P.....F. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....-G.....L.....S.....P.....F. 1tfpA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tfpA 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--.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....Tlq...LN.....P.....D.....K.....H. 1tsx --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsx DP.....Y.....P.....A.....I.....K.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsx TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....Tlq...LN.....P.....D.....K.....H. 1tsy --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsy --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsy --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy DP.....Y.....P.....A.....I.....K.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsy --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1tsy TP.....R.....P.....A.....P.....T.....LQ.....L.....N.....P.....D. 1ttbA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1ttbA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1ttbA --.....-.....-.....-.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-. 1ttbA 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