# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.003 0.003 0.002 0.108 0.850 2 N 0.166 0.018 0.006 0.003 0.106 0.701 3 D 0.360 0.015 0.005 0.002 0.087 0.531 4 L 0.556 0.014 0.006 0.002 0.092 0.330 5 T 0.645 0.012 0.003 0.002 0.072 0.266 6 L 0.737 0.014 0.003 0.001 0.063 0.182 7 S 0.661 0.006 0.002 0.001 0.094 0.236 8 P 0.723 0.008 0.002 0.001 0.095 0.172 9 I 0.746 0.004 0.001 0.001 0.063 0.186 10 A 0.895 0.004 0.001 0.001 0.022 0.079 11 I 0.921 0.008 0.001 0.001 0.013 0.057 12 I 0.905 0.007 0.001 0.001 0.021 0.065 13 H 0.751 0.014 0.002 0.002 0.046 0.186 14 T 0.326 0.008 0.007 0.005 0.206 0.447 15 P 0.158 0.009 0.031 0.015 0.419 0.367 16 Y 0.061 0.017 0.093 0.034 0.526 0.269 17 K 0.057 0.025 0.203 0.054 0.481 0.180 18 E 0.061 0.019 0.175 0.083 0.470 0.192 19 K 0.050 0.014 0.140 0.074 0.467 0.255 20 F 0.037 0.012 0.063 0.070 0.478 0.339 21 S 0.037 0.015 0.031 0.034 0.379 0.503 22 V 0.042 0.026 0.009 0.017 0.355 0.550 23 P 0.039 0.014 0.017 0.026 0.341 0.563 24 R 0.087 0.033 0.053 0.058 0.388 0.381 25 Q 0.104 0.015 0.056 0.058 0.411 0.356 26 P 0.107 0.017 0.106 0.057 0.410 0.303 27 N 0.087 0.017 0.070 0.053 0.396 0.377 28 L 0.098 0.031 0.073 0.049 0.383 0.366 29 V 0.109 0.026 0.066 0.048 0.435 0.316 30 E 0.111 0.013 0.064 0.034 0.443 0.336 31 D 0.125 0.009 0.058 0.030 0.448 0.330 32 G 0.271 0.018 0.030 0.020 0.322 0.340 33 V 0.508 0.012 0.009 0.007 0.143 0.321 34 G 0.822 0.003 0.003 0.005 0.043 0.124 35 I 0.947 0.003 0.001 0.003 0.010 0.038 36 V 0.969 0.002 0.001 0.002 0.005 0.022 37 E 0.959 0.002 0.001 0.003 0.007 0.029 38 L 0.814 0.010 0.002 0.004 0.031 0.139 39 L 0.328 0.018 0.012 0.006 0.205 0.431 40 P 0.062 0.007 0.110 0.007 0.521 0.293 41 P 0.020 0.008 0.169 0.009 0.596 0.198 42 Y 0.016 0.027 0.181 0.014 0.614 0.148 43 N 0.031 0.027 0.030 0.015 0.546 0.351 44 S 0.011 0.003 0.081 0.120 0.559 0.226 45 P 0.002 0.001 0.297 0.395 0.270 0.035 46 E 0.003 0.001 0.246 0.437 0.278 0.034 47 A 0.010 0.003 0.246 0.412 0.261 0.067 48 V 0.025 0.005 0.116 0.374 0.314 0.165 49 R 0.027 0.016 0.184 0.224 0.366 0.182 50 G 0.023 0.007 0.075 0.073 0.438 0.384 51 L 0.016 0.003 0.236 0.069 0.488 0.188 52 E 0.020 0.008 0.265 0.060 0.486 0.162 53 Q 0.027 0.007 0.412 0.125 0.320 0.109 54 F 0.116 0.013 0.081 0.040 0.607 0.142 55 S 0.100 0.005 0.028 0.021 0.491 0.355 56 H 0.594 0.009 0.007 0.008 0.173 0.209 57 L 0.945 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 58 W 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 60 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 61 F 0.969 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 62 Q 0.912 0.001 0.002 0.006 0.035 0.043 63 F 0.850 0.009 0.004 0.014 0.062 0.061 64 D 0.600 0.008 0.010 0.030 0.213 0.139 65 Q 0.394 0.034 0.027 0.071 0.335 0.138 66 I 0.204 0.026 0.043 0.061 0.533 0.133 67 Q 0.055 0.011 0.059 0.090 0.635 0.149 68 Q 0.033 0.010 0.092 0.070 0.693 0.103 69 G 0.036 0.010 0.112 0.068 0.627 0.146 70 K 0.061 0.006 0.026 0.016 0.468 0.423 71 W 0.245 0.041 0.015 0.009 0.239 0.453 72 Q 0.522 0.023 0.010 0.006 0.110 0.329 73 P 0.675 0.012 0.013 0.010 0.067 0.222 74 T 0.766 0.008 0.009 0.009 0.049 0.160 75 V 0.731 0.012 0.004 0.007 0.038 0.207 76 R 0.623 0.013 0.002 0.004 0.043 0.315 77 P 0.348 0.022 0.003 0.003 0.111 0.513 78 P 0.244 0.044 0.006 0.005 0.140 0.561 79 R 0.056 0.029 0.018 0.004 0.475 0.418 80 L 0.021 0.020 0.015 0.004 0.690 0.251 81 G 0.006 0.012 0.013 0.004 0.529 0.435 82 G 0.010 0.065 0.025 0.009 0.524 0.368 83 N 0.016 0.013 0.038 0.004 0.546 0.383 84 Q 0.046 0.024 0.147 0.008 0.484 0.291 85 R 0.160 0.022 0.098 0.005 0.465 0.249 86 V 0.524 0.023 0.023 0.004 0.226 0.200 87 G 0.717 0.015 0.005 0.002 0.086 0.175 88 V 0.834 0.011 0.002 0.002 0.035 0.117 89 F 0.879 0.009 0.001 0.001 0.022 0.086 90 A 0.784 0.006 0.001 0.001 0.029 0.180 91 S 0.678 0.006 0.001 0.001 0.039 0.275 92 R 0.262 0.027 0.004 0.001 0.098 0.609 93 A 0.101 0.038 0.004 0.001 0.286 0.569 94 T 0.040 0.004 0.008 0.001 0.297 0.650 95 H 0.047 0.026 0.022 0.003 0.448 0.454 96 R 0.042 0.019 0.012 0.003 0.494 0.431 97 P 0.045 0.022 0.017 0.003 0.366 0.546 98 N 0.046 0.028 0.007 0.002 0.493 0.424 99 P 0.041 0.008 0.029 0.007 0.613 0.302 100 L 0.239 0.018 0.022 0.008 0.489 0.224 101 G 0.654 0.013 0.007 0.005 0.179 0.141 102 L 0.783 0.019 0.003 0.007 0.058 0.129 103 S 0.760 0.005 0.003 0.008 0.047 0.176 104 K 0.914 0.006 0.003 0.009 0.020 0.049 105 V 0.874 0.002 0.003 0.012 0.025 0.084 106 E 0.956 0.005 0.002 0.005 0.012 0.021 107 L 0.944 0.002 0.003 0.006 0.015 0.030 108 R 0.908 0.001 0.005 0.008 0.029 0.049 109 Q 0.945 0.004 0.004 0.004 0.019 0.024 110 V 0.936 0.003 0.003 0.005 0.027 0.027 111 E 0.928 0.007 0.003 0.007 0.028 0.026 112 C 0.813 0.015 0.007 0.009 0.084 0.071 113 I 0.321 0.013 0.014 0.016 0.524 0.112 114 N 0.043 0.003 0.032 0.016 0.817 0.089 115 G 0.037 0.012 0.024 0.006 0.860 0.060 116 N 0.076 0.007 0.013 0.002 0.743 0.159 117 I 0.336 0.007 0.003 0.001 0.185 0.467 118 F 0.911 0.008 0.001 0.001 0.019 0.062 119 L 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 120 H 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 121 L 0.900 0.006 0.001 0.001 0.021 0.072 122 G 0.500 0.002 0.005 0.002 0.129 0.362 123 A 0.432 0.010 0.032 0.010 0.243 0.273 124 V 0.378 0.035 0.062 0.020 0.276 0.229 125 D 0.433 0.116 0.049 0.016 0.210 0.176 126 L 0.257 0.047 0.036 0.016 0.493 0.152 127 V 0.146 0.022 0.016 0.010 0.697 0.109 128 D 0.056 0.005 0.006 0.006 0.838 0.091 129 G 0.068 0.009 0.006 0.004 0.784 0.129 130 T 0.264 0.038 0.007 0.007 0.371 0.313 131 P 0.520 0.038 0.016 0.027 0.133 0.265 132 I 0.650 0.028 0.021 0.044 0.125 0.132 133 F 0.594 0.035 0.023 0.052 0.166 0.130 134 D 0.483 0.061 0.015 0.064 0.196 0.181 135 I 0.169 0.032 0.021 0.096 0.295 0.387 136 K 0.025 0.007 0.053 0.054 0.532 0.328 137 P 0.015 0.005 0.171 0.052 0.508 0.248 138 Y 0.015 0.016 0.203 0.044 0.493 0.228 139 I 0.015 0.032 0.138 0.050 0.540 0.225 140 A 0.013 0.009 0.139 0.048 0.443 0.348 141 Y 0.019 0.009 0.344 0.102 0.363 0.163 142 A 0.048 0.022 0.315 0.121 0.357 0.137 143 D 0.076 0.039 0.129 0.104 0.377 0.275 144 S 0.059 0.018 0.039 0.083 0.493 0.308 145 E 0.012 0.005 0.286 0.195 0.449 0.053 146 P 0.006 0.002 0.281 0.188 0.472 0.051 147 N 0.012 0.004 0.302 0.195 0.428 0.058 148 A 0.044 0.028 0.081 0.246 0.344 0.257 149 Q 0.052 0.025 0.034 0.238 0.245 0.406 150 S 0.046 0.012 0.088 0.431 0.222 0.202 151 S 0.037 0.009 0.091 0.347 0.264 0.252 152 F 0.022 0.004 0.160 0.436 0.229 0.149 153 A 0.028 0.007 0.145 0.457 0.231 0.132 154 Q 0.024 0.008 0.110 0.482 0.254 0.122 155 E 0.019 0.005 0.055 0.463 0.252 0.205 156 K 0.014 0.006 0.034 0.239 0.258 0.449 157 L 0.016 0.009 0.058 0.244 0.275 0.399 158 P 0.025 0.005 0.079 0.311 0.253 0.328 159 V 0.042 0.006 0.090 0.396 0.225 0.240 160 K 0.071 0.012 0.090 0.378 0.206 0.243 161 L 0.124 0.011 0.082 0.333 0.191 0.260 162 T 0.205 0.008 0.060 0.308 0.166 0.253 163 V 0.368 0.016 0.046 0.228 0.125 0.216 164 E 0.330 0.022 0.024 0.152 0.129 0.343 165 F 0.125 0.007 0.013 0.157 0.149 0.549 166 T 0.019 0.002 0.040 0.502 0.188 0.249 167 E 0.003 0.001 0.080 0.767 0.103 0.045 168 Q 0.003 0.001 0.083 0.775 0.113 0.025 169 A 0.004 0.002 0.044 0.801 0.107 0.042 170 K 0.004 0.001 0.018 0.816 0.095 0.065 171 S 0.004 0.002 0.015 0.792 0.098 0.091 172 A 0.007 0.004 0.018 0.767 0.097 0.106 173 V 0.010 0.004 0.021 0.762 0.109 0.095 174 K 0.008 0.002 0.019 0.795 0.095 0.081 175 K 0.007 0.002 0.019 0.762 0.101 0.110 176 R 0.005 0.002 0.015 0.801 0.084 0.093 177 E 0.003 0.001 0.024 0.804 0.089 0.078 178 E 0.002 0.001 0.028 0.734 0.103 0.132 179 K 0.001 0.001 0.024 0.589 0.125 0.260 180 R 0.001 0.001 0.017 0.590 0.115 0.275 181 P 0.001 0.001 0.025 0.720 0.113 0.141 182 H 0.001 0.001 0.034 0.799 0.089 0.076 183 L 0.002 0.001 0.022 0.916 0.030 0.029 184 S 0.003 0.001 0.008 0.953 0.016 0.019 185 R 0.002 0.001 0.006 0.977 0.006 0.009 186 F 0.002 0.001 0.006 0.986 0.002 0.003 187 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 188 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 189 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 190 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 191 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.004 192 E 0.001 0.001 0.004 0.960 0.015 0.019 193 Q 0.003 0.006 0.005 0.611 0.076 0.299 194 D 0.002 0.004 0.002 0.039 0.407 0.546 195 P 0.001 0.004 0.021 0.142 0.650 0.181 196 R 0.002 0.006 0.018 0.133 0.760 0.081 197 P 0.005 0.013 0.078 0.180 0.666 0.059 198 A 0.014 0.009 0.254 0.396 0.271 0.057 199 Y 0.011 0.004 0.361 0.352 0.232 0.040 200 Q 0.019 0.010 0.303 0.352 0.265 0.051 201 Q 0.021 0.007 0.081 0.267 0.436 0.188 202 G 0.019 0.015 0.025 0.093 0.408 0.442 203 K 0.022 0.015 0.015 0.027 0.420 0.501 204 P 0.037 0.018 0.022 0.021 0.606 0.296 205 S 0.059 0.012 0.052 0.013 0.658 0.205 206 D 0.110 0.004 0.071 0.009 0.614 0.192 207 R 0.600 0.008 0.023 0.004 0.221 0.143 208 I 0.875 0.004 0.004 0.002 0.042 0.072 209 Y 0.954 0.003 0.001 0.001 0.013 0.029 210 G 0.971 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 211 M 0.963 0.002 0.001 0.001 0.012 0.022 212 S 0.946 0.002 0.001 0.001 0.018 0.033 213 L 0.862 0.004 0.012 0.002 0.081 0.039 214 Y 0.584 0.006 0.034 0.004 0.283 0.090 215 E 0.588 0.007 0.033 0.003 0.270 0.099 216 F 0.781 0.005 0.006 0.002 0.133 0.074 217 N 0.845 0.002 0.002 0.001 0.065 0.087 218 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 219 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 220 W 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 221 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 222 I 0.956 0.003 0.001 0.001 0.021 0.020 223 K 0.595 0.008 0.004 0.001 0.328 0.063 224 A 0.051 0.002 0.018 0.004 0.885 0.040 225 G 0.049 0.003 0.036 0.011 0.853 0.048 226 T 0.312 0.016 0.016 0.008 0.552 0.096 227 V 0.786 0.003 0.001 0.002 0.067 0.141 228 N 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 229 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 230 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 231 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 232 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 233 I 0.944 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 234 E 0.878 0.004 0.001 0.002 0.025 0.089 235 I 0.641 0.009 0.005 0.006 0.073 0.265 236 E 0.374 0.014 0.024 0.013 0.229 0.346 237 K 0.114 0.012 0.027 0.015 0.278 0.554 238 D 0.026 0.011 0.014 0.017 0.156 0.776 239 K 0.001 0.002 0.002 0.004 0.048 0.943