# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 N 0.292 0.010 0.001 0.001 0.037 0.008 0.651 3 D 0.705 0.021 0.002 0.001 0.055 0.007 0.209 4 L 0.845 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.138 5 T 0.893 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.098 6 L 0.658 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.332 7 S 0.717 0.001 0.001 0.001 0.095 0.001 0.186 8 P 0.886 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.092 9 I 0.929 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.049 10 A 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 11 I 0.934 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.057 12 I 0.824 0.007 0.001 0.001 0.021 0.004 0.143 13 H 0.542 0.016 0.003 0.002 0.132 0.014 0.291 14 T 0.159 0.024 0.012 0.009 0.183 0.037 0.575 15 P 0.090 0.015 0.046 0.027 0.215 0.297 0.311 16 Y 0.079 0.026 0.088 0.073 0.182 0.236 0.316 17 K 0.096 0.030 0.140 0.087 0.173 0.148 0.327 18 E 0.078 0.036 0.112 0.126 0.173 0.141 0.333 19 K 0.064 0.042 0.145 0.090 0.143 0.189 0.327 20 F 0.040 0.012 0.059 0.058 0.207 0.268 0.356 21 S 0.025 0.017 0.037 0.038 0.259 0.264 0.359 22 V 0.030 0.016 0.008 0.019 0.454 0.025 0.449 23 P 0.044 0.013 0.011 0.016 0.149 0.047 0.721 24 R 0.095 0.095 0.025 0.036 0.140 0.053 0.555 25 Q 0.055 0.033 0.030 0.026 0.113 0.030 0.712 26 P 0.036 0.010 0.123 0.044 0.123 0.172 0.490 27 N 0.065 0.012 0.139 0.048 0.164 0.220 0.352 28 L 0.087 0.040 0.131 0.035 0.197 0.162 0.348 29 V 0.092 0.030 0.073 0.022 0.182 0.115 0.487 30 E 0.078 0.016 0.073 0.013 0.252 0.248 0.322 31 D 0.100 0.007 0.056 0.011 0.306 0.254 0.266 32 G 0.324 0.017 0.015 0.005 0.204 0.066 0.369 33 V 0.634 0.013 0.006 0.002 0.068 0.012 0.265 34 G 0.891 0.007 0.002 0.001 0.010 0.002 0.086 35 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 36 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 37 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 38 L 0.941 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 39 L 0.719 0.006 0.001 0.001 0.037 0.004 0.233 40 P 0.179 0.010 0.051 0.006 0.276 0.137 0.340 41 P 0.059 0.016 0.065 0.007 0.303 0.260 0.290 42 Y 0.043 0.042 0.043 0.009 0.336 0.098 0.428 43 N 0.023 0.029 0.011 0.008 0.252 0.038 0.639 44 S 0.008 0.009 0.086 0.169 0.133 0.105 0.491 45 P 0.002 0.002 0.153 0.633 0.057 0.085 0.068 46 E 0.002 0.002 0.186 0.666 0.022 0.093 0.029 47 A 0.003 0.004 0.139 0.719 0.026 0.066 0.043 48 V 0.007 0.011 0.075 0.746 0.022 0.080 0.059 49 R 0.009 0.002 0.073 0.581 0.025 0.276 0.034 50 G 0.013 0.004 0.081 0.499 0.036 0.324 0.043 51 L 0.019 0.013 0.142 0.438 0.092 0.110 0.185 52 E 0.055 0.009 0.156 0.358 0.076 0.182 0.164 53 Q 0.037 0.006 0.138 0.194 0.082 0.468 0.075 54 F 0.115 0.014 0.048 0.059 0.204 0.142 0.419 55 S 0.211 0.003 0.006 0.011 0.239 0.027 0.503 56 H 0.809 0.003 0.002 0.004 0.088 0.010 0.084 57 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 58 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 59 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 60 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 61 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 62 Q 0.928 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.061 63 F 0.839 0.011 0.003 0.004 0.015 0.003 0.125 64 D 0.699 0.006 0.009 0.010 0.045 0.019 0.211 65 Q 0.372 0.016 0.029 0.027 0.130 0.161 0.265 66 I 0.140 0.033 0.027 0.034 0.276 0.120 0.371 67 Q 0.047 0.012 0.049 0.027 0.245 0.218 0.402 68 Q 0.022 0.006 0.066 0.033 0.245 0.441 0.187 69 G 0.028 0.008 0.076 0.039 0.267 0.433 0.150 70 K 0.073 0.007 0.028 0.025 0.359 0.161 0.347 71 W 0.143 0.024 0.016 0.013 0.126 0.031 0.646 72 Q 0.406 0.071 0.015 0.009 0.057 0.013 0.430 73 P 0.426 0.011 0.016 0.009 0.043 0.016 0.479 74 T 0.520 0.024 0.016 0.008 0.049 0.018 0.365 75 V 0.483 0.033 0.006 0.005 0.058 0.008 0.408 76 R 0.240 0.027 0.004 0.003 0.119 0.009 0.598 77 P 0.155 0.025 0.005 0.005 0.122 0.012 0.676 78 P 0.056 0.030 0.027 0.013 0.106 0.078 0.690 79 R 0.047 0.055 0.031 0.013 0.118 0.111 0.624 80 L 0.016 0.029 0.081 0.013 0.200 0.195 0.466 81 G 0.007 0.007 0.038 0.009 0.328 0.438 0.173 82 G 0.007 0.010 0.033 0.009 0.277 0.484 0.180 83 N 0.020 0.017 0.014 0.003 0.351 0.098 0.498 84 Q 0.083 0.017 0.015 0.005 0.315 0.069 0.495 85 R 0.369 0.040 0.022 0.007 0.178 0.049 0.334 86 V 0.704 0.034 0.011 0.004 0.032 0.013 0.202 87 G 0.875 0.007 0.004 0.003 0.014 0.008 0.089 88 V 0.902 0.008 0.004 0.004 0.014 0.005 0.064 89 F 0.851 0.014 0.005 0.005 0.014 0.007 0.104 90 A 0.681 0.013 0.007 0.007 0.056 0.022 0.215 91 S 0.426 0.028 0.010 0.006 0.186 0.048 0.296 92 R 0.152 0.042 0.013 0.007 0.285 0.063 0.438 93 A 0.044 0.020 0.016 0.003 0.221 0.063 0.633 94 T 0.023 0.023 0.052 0.006 0.295 0.220 0.382 95 H 0.016 0.035 0.068 0.007 0.338 0.196 0.340 96 R 0.012 0.024 0.031 0.007 0.455 0.082 0.388 97 P 0.019 0.038 0.026 0.010 0.188 0.095 0.624 98 N 0.025 0.021 0.026 0.005 0.295 0.077 0.551 99 P 0.066 0.024 0.051 0.009 0.218 0.082 0.550 100 L 0.196 0.022 0.048 0.013 0.196 0.119 0.405 101 G 0.494 0.029 0.029 0.009 0.130 0.060 0.248 102 L 0.679 0.029 0.012 0.004 0.045 0.010 0.221 103 S 0.763 0.016 0.009 0.004 0.031 0.007 0.171 104 K 0.845 0.003 0.007 0.003 0.029 0.011 0.103 105 V 0.912 0.004 0.003 0.003 0.014 0.004 0.060 106 E 0.936 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.046 107 L 0.893 0.003 0.002 0.002 0.008 0.004 0.088 108 R 0.890 0.006 0.007 0.004 0.022 0.013 0.060 109 Q 0.873 0.007 0.009 0.006 0.023 0.008 0.074 110 V 0.855 0.007 0.011 0.011 0.026 0.014 0.076 111 E 0.874 0.012 0.004 0.014 0.016 0.010 0.071 112 C 0.670 0.023 0.015 0.028 0.035 0.050 0.178 113 I 0.362 0.011 0.025 0.036 0.132 0.224 0.210 114 N 0.080 0.008 0.023 0.018 0.293 0.497 0.081 115 G 0.062 0.004 0.012 0.003 0.202 0.518 0.200 116 N 0.122 0.004 0.002 0.001 0.143 0.028 0.700 117 I 0.390 0.005 0.002 0.001 0.210 0.021 0.371 118 F 0.943 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.038 119 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 120 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 121 L 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 122 G 0.679 0.003 0.002 0.001 0.081 0.031 0.203 123 A 0.489 0.007 0.011 0.008 0.251 0.067 0.166 124 V 0.390 0.020 0.020 0.023 0.124 0.032 0.391 125 D 0.566 0.044 0.024 0.041 0.077 0.037 0.211 126 L 0.474 0.056 0.046 0.051 0.045 0.131 0.196 127 V 0.217 0.012 0.038 0.040 0.129 0.430 0.135 128 D 0.052 0.006 0.019 0.018 0.392 0.419 0.094 129 G 0.026 0.003 0.008 0.003 0.427 0.269 0.264 130 T 0.139 0.014 0.002 0.002 0.263 0.016 0.565 131 P 0.312 0.029 0.007 0.003 0.161 0.021 0.466 132 I 0.508 0.040 0.020 0.007 0.046 0.024 0.355 133 F 0.593 0.026 0.021 0.007 0.045 0.011 0.297 134 D 0.457 0.010 0.021 0.008 0.085 0.016 0.403 135 I 0.397 0.026 0.016 0.010 0.069 0.012 0.469 136 K 0.245 0.044 0.016 0.008 0.042 0.008 0.635 137 P 0.140 0.010 0.036 0.015 0.079 0.064 0.656 138 Y 0.091 0.041 0.054 0.022 0.213 0.124 0.455 139 I 0.036 0.040 0.029 0.020 0.373 0.039 0.464 140 A 0.025 0.024 0.052 0.029 0.121 0.126 0.625 141 Y 0.024 0.022 0.086 0.033 0.131 0.187 0.518 142 A 0.027 0.025 0.071 0.030 0.257 0.131 0.459 143 D 0.020 0.022 0.047 0.041 0.197 0.175 0.498 144 S 0.013 0.031 0.046 0.068 0.258 0.102 0.482 145 E 0.010 0.018 0.091 0.094 0.135 0.109 0.543 146 P 0.010 0.007 0.120 0.117 0.084 0.519 0.143 147 N 0.012 0.010 0.130 0.122 0.101 0.442 0.182 148 A 0.019 0.039 0.053 0.130 0.180 0.062 0.517 149 Q 0.038 0.044 0.042 0.204 0.104 0.089 0.480 150 S 0.035 0.014 0.063 0.275 0.138 0.216 0.260 151 S 0.023 0.010 0.087 0.284 0.121 0.223 0.252 152 F 0.022 0.023 0.093 0.347 0.114 0.118 0.283 153 A 0.022 0.009 0.131 0.409 0.083 0.131 0.214 154 Q 0.015 0.006 0.124 0.388 0.086 0.212 0.168 155 E 0.016 0.009 0.078 0.339 0.181 0.164 0.213 156 K 0.024 0.010 0.038 0.229 0.184 0.094 0.421 157 L 0.031 0.008 0.050 0.182 0.081 0.126 0.522 158 P 0.065 0.013 0.106 0.209 0.086 0.162 0.359 159 V 0.107 0.014 0.121 0.205 0.102 0.090 0.361 160 K 0.163 0.009 0.108 0.274 0.090 0.080 0.275 161 L 0.301 0.010 0.059 0.264 0.081 0.061 0.225 162 T 0.434 0.017 0.042 0.230 0.057 0.047 0.172 163 V 0.559 0.020 0.023 0.167 0.048 0.041 0.141 164 E 0.428 0.019 0.020 0.139 0.091 0.054 0.250 165 F 0.171 0.013 0.011 0.130 0.187 0.042 0.446 166 T 0.038 0.006 0.022 0.380 0.158 0.055 0.342 167 E 0.003 0.001 0.042 0.847 0.036 0.041 0.030 168 Q 0.002 0.001 0.029 0.890 0.021 0.032 0.026 169 A 0.001 0.001 0.014 0.926 0.013 0.023 0.022 170 K 0.002 0.001 0.005 0.933 0.014 0.022 0.023 171 S 0.002 0.001 0.004 0.929 0.011 0.029 0.024 172 A 0.001 0.001 0.003 0.925 0.015 0.026 0.027 173 V 0.002 0.001 0.004 0.930 0.013 0.030 0.020 174 K 0.002 0.001 0.006 0.897 0.015 0.058 0.022 175 K 0.001 0.001 0.010 0.863 0.017 0.081 0.027 176 R 0.001 0.001 0.016 0.817 0.029 0.092 0.044 177 E 0.002 0.002 0.036 0.711 0.043 0.159 0.047 178 E 0.002 0.002 0.049 0.542 0.067 0.258 0.079 179 K 0.001 0.003 0.042 0.484 0.095 0.194 0.181 180 R 0.001 0.002 0.034 0.492 0.101 0.093 0.277 181 P 0.001 0.001 0.049 0.706 0.044 0.114 0.084 182 H 0.001 0.002 0.039 0.809 0.025 0.064 0.062 183 L 0.001 0.001 0.013 0.930 0.010 0.020 0.027 184 S 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.008 0.007 185 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.004 186 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.003 187 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 188 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 189 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 190 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 191 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.016 0.001 192 E 0.001 0.001 0.005 0.893 0.004 0.093 0.003 193 Q 0.001 0.001 0.005 0.754 0.018 0.208 0.014 194 D 0.003 0.003 0.004 0.142 0.244 0.056 0.548 195 P 0.008 0.007 0.055 0.201 0.175 0.219 0.335 196 R 0.032 0.019 0.104 0.275 0.156 0.125 0.289 197 P 0.045 0.015 0.192 0.192 0.085 0.098 0.374 198 A 0.119 0.013 0.169 0.200 0.083 0.133 0.282 199 Y 0.196 0.033 0.200 0.155 0.099 0.116 0.202 200 Q 0.247 0.036 0.109 0.119 0.101 0.070 0.318 201 Q 0.183 0.021 0.056 0.098 0.137 0.096 0.409 202 G 0.124 0.013 0.039 0.052 0.154 0.169 0.449 203 K 0.062 0.015 0.026 0.033 0.221 0.115 0.527 204 P 0.040 0.022 0.034 0.011 0.214 0.059 0.621 205 S 0.011 0.002 0.082 0.008 0.186 0.604 0.105 206 D 0.018 0.003 0.096 0.004 0.156 0.655 0.068 207 R 0.299 0.020 0.041 0.004 0.173 0.056 0.407 208 I 0.703 0.019 0.004 0.001 0.024 0.012 0.237 209 Y 0.909 0.004 0.002 0.001 0.018 0.004 0.062 210 G 0.968 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.021 211 M 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 212 S 0.962 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 213 L 0.871 0.003 0.005 0.001 0.018 0.011 0.091 214 Y 0.673 0.015 0.023 0.001 0.119 0.085 0.083 215 E 0.593 0.004 0.025 0.001 0.120 0.097 0.161 216 F 0.742 0.005 0.004 0.001 0.075 0.025 0.149 217 N 0.903 0.004 0.001 0.001 0.025 0.004 0.062 218 V 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 219 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 220 W 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 221 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 222 I 0.921 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.067 223 K 0.446 0.006 0.006 0.001 0.156 0.093 0.292 224 A 0.022 0.001 0.009 0.001 0.429 0.504 0.034 225 G 0.011 0.001 0.008 0.001 0.244 0.707 0.029 226 T 0.418 0.011 0.009 0.001 0.153 0.101 0.308 227 V 0.860 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.120 228 N 0.961 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 229 C 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 230 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 231 E 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 232 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 233 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 234 E 0.938 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 235 I 0.752 0.028 0.002 0.003 0.014 0.005 0.196 236 E 0.534 0.016 0.005 0.007 0.091 0.048 0.299 237 K 0.134 0.016 0.010 0.015 0.318 0.158 0.349 238 D 0.033 0.017 0.007 0.012 0.027 0.102 0.802 239 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998