# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.632 0.217 0.096 0.041 0.011 0.003 0.001 2 N 0.573 0.221 0.099 0.067 0.032 0.008 0.001 3 D 0.315 0.359 0.158 0.098 0.049 0.018 0.002 4 L 0.149 0.134 0.154 0.243 0.210 0.096 0.012 5 T 0.177 0.297 0.221 0.182 0.084 0.034 0.005 6 L 0.087 0.079 0.102 0.162 0.288 0.240 0.042 7 S 0.073 0.165 0.282 0.315 0.127 0.035 0.004 8 P 0.057 0.086 0.130 0.195 0.252 0.248 0.032 9 I 0.015 0.057 0.175 0.332 0.270 0.132 0.020 10 A 0.022 0.049 0.104 0.148 0.235 0.373 0.069 11 I 0.031 0.076 0.168 0.322 0.264 0.124 0.016 12 I 0.033 0.037 0.057 0.105 0.258 0.424 0.087 13 H 0.025 0.095 0.191 0.374 0.239 0.071 0.004 14 T 0.065 0.213 0.222 0.220 0.194 0.078 0.008 15 P 0.070 0.177 0.233 0.304 0.158 0.054 0.003 16 Y 0.110 0.143 0.158 0.265 0.248 0.072 0.004 17 K 0.247 0.305 0.230 0.134 0.060 0.021 0.003 18 E 0.531 0.247 0.117 0.066 0.027 0.010 0.002 19 K 0.446 0.257 0.162 0.083 0.036 0.013 0.002 20 F 0.439 0.237 0.144 0.103 0.055 0.018 0.004 21 S 0.414 0.261 0.150 0.095 0.050 0.024 0.006 22 V 0.241 0.176 0.176 0.190 0.121 0.073 0.021 23 P 0.394 0.226 0.147 0.116 0.071 0.036 0.010 24 R 0.282 0.206 0.175 0.165 0.116 0.048 0.009 25 Q 0.240 0.217 0.167 0.161 0.132 0.070 0.013 26 P 0.302 0.305 0.186 0.128 0.053 0.020 0.005 27 N 0.302 0.317 0.180 0.116 0.055 0.024 0.006 28 L 0.225 0.208 0.188 0.197 0.124 0.049 0.008 29 V 0.201 0.222 0.201 0.197 0.121 0.051 0.007 30 E 0.441 0.289 0.147 0.083 0.031 0.008 0.001 31 D 0.311 0.322 0.184 0.111 0.048 0.020 0.004 32 G 0.049 0.150 0.214 0.279 0.213 0.083 0.012 33 V 0.030 0.198 0.311 0.265 0.141 0.050 0.006 34 G 0.002 0.015 0.043 0.155 0.384 0.358 0.042 35 I 0.002 0.034 0.188 0.365 0.277 0.124 0.011 36 V 0.001 0.001 0.003 0.024 0.148 0.634 0.190 37 E 0.002 0.039 0.194 0.372 0.282 0.103 0.008 38 L 0.001 0.006 0.021 0.101 0.350 0.476 0.044 39 L 0.010 0.098 0.248 0.314 0.241 0.085 0.005 40 P 0.121 0.295 0.251 0.220 0.089 0.023 0.001 41 P 0.307 0.430 0.171 0.063 0.021 0.006 0.001 42 Y 0.155 0.185 0.234 0.251 0.137 0.036 0.002 43 N 0.412 0.344 0.167 0.058 0.016 0.003 0.001 44 S 0.215 0.259 0.230 0.190 0.085 0.019 0.001 45 P 0.310 0.321 0.190 0.121 0.048 0.010 0.001 46 E 0.313 0.444 0.182 0.050 0.010 0.001 0.001 47 A 0.057 0.124 0.214 0.317 0.219 0.065 0.003 48 V 0.068 0.111 0.141 0.219 0.271 0.174 0.016 49 R 0.142 0.274 0.268 0.204 0.086 0.023 0.003 50 G 0.138 0.312 0.300 0.181 0.055 0.013 0.001 51 L 0.069 0.063 0.096 0.217 0.344 0.197 0.015 52 E 0.124 0.181 0.213 0.230 0.177 0.068 0.007 53 Q 0.339 0.362 0.185 0.081 0.026 0.007 0.001 54 F 0.031 0.114 0.157 0.319 0.246 0.117 0.017 55 S 0.030 0.103 0.121 0.215 0.279 0.199 0.052 56 H 0.008 0.047 0.090 0.194 0.315 0.271 0.075 57 L 0.002 0.006 0.024 0.072 0.168 0.420 0.309 58 W 0.001 0.004 0.020 0.066 0.183 0.338 0.387 59 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.043 0.323 0.621 60 I 0.001 0.003 0.010 0.045 0.107 0.336 0.499 61 F 0.001 0.001 0.004 0.010 0.033 0.267 0.684 62 Q 0.002 0.007 0.017 0.071 0.180 0.457 0.266 63 F 0.005 0.012 0.026 0.075 0.275 0.490 0.117 64 D 0.011 0.056 0.138 0.283 0.338 0.163 0.011 65 Q 0.064 0.217 0.331 0.267 0.105 0.016 0.001 66 I 0.184 0.278 0.242 0.200 0.084 0.012 0.001 67 Q 0.607 0.254 0.096 0.037 0.006 0.001 0.001 68 Q 0.793 0.154 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 69 G 0.753 0.170 0.053 0.020 0.004 0.001 0.001 70 K 0.753 0.190 0.044 0.011 0.002 0.001 0.001 71 W 0.167 0.212 0.246 0.254 0.104 0.016 0.001 72 Q 0.204 0.354 0.260 0.132 0.043 0.008 0.001 73 P 0.035 0.108 0.188 0.330 0.262 0.073 0.004 74 T 0.050 0.184 0.303 0.295 0.133 0.034 0.002 75 V 0.019 0.036 0.074 0.202 0.364 0.278 0.026 76 R 0.047 0.141 0.227 0.284 0.211 0.082 0.007 77 P 0.053 0.083 0.136 0.248 0.261 0.189 0.030 78 P 0.058 0.129 0.162 0.221 0.230 0.168 0.032 79 R 0.053 0.118 0.187 0.269 0.244 0.117 0.013 80 L 0.152 0.205 0.203 0.227 0.150 0.057 0.006 81 G 0.466 0.235 0.136 0.099 0.047 0.016 0.002 82 G 0.682 0.201 0.062 0.033 0.016 0.006 0.001 83 N 0.480 0.272 0.144 0.076 0.022 0.005 0.001 84 Q 0.308 0.372 0.204 0.090 0.023 0.003 0.001 85 R 0.100 0.233 0.243 0.240 0.144 0.039 0.002 86 V 0.005 0.039 0.124 0.332 0.359 0.132 0.009 87 G 0.002 0.005 0.016 0.064 0.193 0.472 0.248 88 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.053 0.286 0.645 89 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.215 0.748 90 A 0.001 0.002 0.006 0.020 0.063 0.265 0.643 91 S 0.002 0.008 0.016 0.040 0.107 0.279 0.549 92 R 0.005 0.017 0.032 0.072 0.157 0.294 0.423 93 A 0.014 0.039 0.077 0.144 0.205 0.276 0.245 94 T 0.056 0.098 0.113 0.158 0.188 0.218 0.169 95 H 0.074 0.084 0.095 0.146 0.191 0.229 0.182 96 R 0.074 0.079 0.084 0.122 0.177 0.246 0.218 97 P 0.056 0.072 0.083 0.119 0.141 0.214 0.313 98 N 0.062 0.084 0.083 0.110 0.137 0.236 0.288 99 P 0.017 0.029 0.044 0.091 0.148 0.272 0.400 100 L 0.012 0.018 0.028 0.058 0.114 0.275 0.495 101 G 0.022 0.032 0.042 0.066 0.135 0.269 0.434 102 L 0.010 0.020 0.040 0.085 0.143 0.324 0.378 103 S 0.004 0.018 0.037 0.097 0.154 0.384 0.306 104 K 0.003 0.019 0.052 0.145 0.245 0.373 0.161 105 V 0.002 0.007 0.018 0.064 0.226 0.534 0.149 106 E 0.002 0.029 0.181 0.404 0.294 0.083 0.006 107 L 0.001 0.006 0.025 0.135 0.399 0.392 0.041 108 R 0.034 0.240 0.291 0.264 0.144 0.027 0.001 109 Q 0.076 0.352 0.303 0.198 0.060 0.010 0.001 110 V 0.036 0.164 0.320 0.317 0.135 0.028 0.001 111 E 0.188 0.403 0.244 0.123 0.036 0.006 0.001 112 C 0.182 0.287 0.250 0.195 0.075 0.011 0.001 113 I 0.526 0.281 0.130 0.052 0.010 0.001 0.001 114 N 0.710 0.219 0.052 0.016 0.003 0.001 0.001 115 G 0.805 0.173 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 116 N 0.464 0.369 0.125 0.036 0.005 0.001 0.001 117 I 0.084 0.272 0.278 0.262 0.093 0.011 0.001 118 F 0.016 0.172 0.338 0.311 0.137 0.025 0.001 119 L 0.003 0.008 0.021 0.109 0.346 0.465 0.049 120 H 0.003 0.037 0.166 0.370 0.321 0.097 0.006 121 L 0.002 0.004 0.013 0.055 0.237 0.527 0.162 122 G 0.013 0.101 0.198 0.304 0.249 0.117 0.017 123 A 0.010 0.072 0.144 0.264 0.246 0.204 0.061 124 V 0.004 0.021 0.048 0.115 0.264 0.413 0.134 125 D 0.010 0.038 0.076 0.173 0.278 0.327 0.099 126 L 0.028 0.033 0.047 0.083 0.163 0.369 0.279 127 V 0.071 0.072 0.073 0.125 0.184 0.275 0.200 128 D 0.090 0.097 0.126 0.146 0.174 0.237 0.130 129 G 0.049 0.071 0.088 0.154 0.185 0.244 0.210 130 T 0.056 0.100 0.113 0.157 0.181 0.208 0.185 131 P 0.049 0.059 0.067 0.120 0.185 0.277 0.244 132 I 0.073 0.070 0.105 0.138 0.213 0.243 0.157 133 F 0.031 0.032 0.051 0.092 0.128 0.302 0.364 134 D 0.023 0.024 0.041 0.103 0.180 0.326 0.304 135 I 0.026 0.032 0.043 0.080 0.144 0.321 0.355 136 K 0.035 0.046 0.092 0.176 0.225 0.268 0.158 137 P 0.052 0.059 0.110 0.151 0.241 0.272 0.114 138 Y 0.046 0.054 0.113 0.160 0.194 0.333 0.100 139 I 0.056 0.072 0.115 0.244 0.291 0.188 0.035 140 A 0.156 0.187 0.175 0.149 0.183 0.129 0.022 141 Y 0.192 0.228 0.165 0.203 0.138 0.066 0.007 142 A 0.188 0.176 0.163 0.191 0.166 0.103 0.013 143 D 0.367 0.251 0.160 0.129 0.062 0.028 0.004 144 S 0.337 0.178 0.157 0.152 0.129 0.043 0.004 145 E 0.285 0.255 0.208 0.163 0.068 0.019 0.003 146 P 0.584 0.268 0.093 0.037 0.013 0.004 0.001 147 N 0.382 0.309 0.186 0.088 0.027 0.007 0.001 148 A 0.106 0.128 0.165 0.257 0.241 0.094 0.009 149 Q 0.217 0.308 0.244 0.149 0.061 0.018 0.002 150 S 0.390 0.269 0.159 0.107 0.049 0.023 0.004 151 S 0.245 0.246 0.192 0.162 0.101 0.048 0.007 152 F 0.131 0.175 0.210 0.218 0.168 0.086 0.013 153 A 0.162 0.140 0.164 0.225 0.199 0.097 0.012 154 Q 0.291 0.275 0.200 0.138 0.068 0.026 0.003 155 E 0.388 0.257 0.157 0.114 0.059 0.022 0.003 156 K 0.344 0.288 0.172 0.113 0.057 0.022 0.003 157 L 0.326 0.213 0.177 0.159 0.088 0.032 0.005 158 P 0.435 0.269 0.145 0.090 0.043 0.016 0.003 159 V 0.325 0.229 0.183 0.147 0.082 0.030 0.003 160 K 0.262 0.228 0.191 0.173 0.102 0.038 0.005 161 L 0.158 0.137 0.157 0.199 0.203 0.127 0.018 162 T 0.218 0.224 0.202 0.189 0.111 0.049 0.007 163 V 0.201 0.187 0.174 0.191 0.149 0.085 0.013 164 E 0.120 0.169 0.190 0.211 0.189 0.105 0.016 165 F 0.208 0.212 0.187 0.194 0.133 0.058 0.007 166 T 0.378 0.279 0.166 0.107 0.049 0.019 0.003 167 E 0.588 0.260 0.096 0.037 0.014 0.005 0.001 168 Q 0.323 0.289 0.184 0.123 0.058 0.020 0.004 169 A 0.138 0.159 0.206 0.246 0.178 0.067 0.007 170 K 0.372 0.358 0.174 0.068 0.021 0.007 0.001 171 S 0.406 0.355 0.148 0.063 0.021 0.007 0.001 172 A 0.114 0.129 0.195 0.266 0.219 0.073 0.004 173 V 0.207 0.189 0.211 0.211 0.133 0.045 0.003 174 K 0.469 0.307 0.122 0.064 0.027 0.009 0.001 175 K 0.311 0.292 0.210 0.125 0.049 0.013 0.001 176 R 0.239 0.180 0.188 0.215 0.130 0.044 0.003 177 E 0.441 0.236 0.133 0.102 0.061 0.024 0.002 178 E 0.568 0.235 0.106 0.058 0.025 0.007 0.001 179 K 0.438 0.264 0.152 0.099 0.037 0.009 0.001 180 R 0.207 0.242 0.225 0.193 0.100 0.030 0.003 181 P 0.559 0.269 0.100 0.048 0.019 0.005 0.001 182 H 0.193 0.309 0.259 0.162 0.061 0.014 0.002 183 L 0.033 0.068 0.126 0.276 0.339 0.151 0.007 184 S 0.042 0.202 0.326 0.269 0.128 0.031 0.002 185 R 0.222 0.395 0.232 0.107 0.035 0.008 0.001 186 F 0.024 0.088 0.173 0.292 0.296 0.119 0.009 187 I 0.009 0.012 0.028 0.124 0.358 0.422 0.047 188 R 0.062 0.257 0.332 0.247 0.086 0.015 0.001 189 Q 0.175 0.356 0.267 0.137 0.052 0.012 0.001 190 V 0.050 0.070 0.118 0.237 0.303 0.202 0.020 191 L 0.061 0.070 0.131 0.269 0.292 0.160 0.016 192 E 0.315 0.366 0.179 0.091 0.034 0.012 0.003 193 Q 0.299 0.278 0.204 0.129 0.063 0.022 0.005 194 D 0.187 0.187 0.191 0.186 0.135 0.093 0.021 195 P 0.210 0.167 0.165 0.191 0.163 0.090 0.013 196 R 0.300 0.194 0.156 0.166 0.126 0.050 0.008 197 P 0.294 0.210 0.168 0.152 0.108 0.058 0.010 198 A 0.183 0.183 0.183 0.208 0.157 0.077 0.008 199 Y 0.151 0.155 0.199 0.250 0.177 0.062 0.006 200 Q 0.355 0.297 0.177 0.110 0.050 0.010 0.001 201 Q 0.407 0.279 0.174 0.101 0.032 0.007 0.001 202 G 0.676 0.210 0.072 0.031 0.009 0.002 0.001 203 K 0.699 0.220 0.060 0.018 0.003 0.001 0.001 204 P 0.618 0.194 0.104 0.063 0.018 0.002 0.001 205 S 0.792 0.156 0.037 0.012 0.002 0.001 0.001 206 D 0.724 0.203 0.052 0.016 0.004 0.001 0.001 207 R 0.352 0.342 0.184 0.096 0.023 0.003 0.001 208 I 0.088 0.215 0.256 0.268 0.138 0.034 0.002 209 Y 0.028 0.070 0.122 0.270 0.317 0.180 0.014 210 G 0.022 0.099 0.188 0.295 0.259 0.126 0.011 211 M 0.022 0.032 0.047 0.124 0.270 0.423 0.082 212 S 0.017 0.089 0.196 0.329 0.253 0.106 0.011 213 L 0.010 0.029 0.058 0.155 0.300 0.389 0.059 214 Y 0.026 0.124 0.205 0.283 0.241 0.105 0.016 215 E 0.054 0.260 0.282 0.225 0.115 0.056 0.007 216 F 0.005 0.036 0.125 0.293 0.349 0.177 0.015 217 N 0.020 0.168 0.293 0.295 0.170 0.051 0.003 218 V 0.002 0.009 0.030 0.107 0.329 0.479 0.045 219 K 0.003 0.044 0.229 0.436 0.228 0.058 0.003 220 W 0.001 0.004 0.012 0.055 0.265 0.588 0.075 221 R 0.008 0.115 0.287 0.355 0.188 0.045 0.002 222 I 0.010 0.042 0.110 0.308 0.388 0.139 0.005 223 K 0.153 0.430 0.267 0.119 0.027 0.004 0.001 224 A 0.445 0.365 0.128 0.049 0.011 0.001 0.001 225 G 0.470 0.344 0.127 0.045 0.012 0.003 0.001 226 T 0.173 0.273 0.236 0.207 0.091 0.019 0.001 227 V 0.104 0.142 0.219 0.252 0.200 0.077 0.006 228 N 0.095 0.227 0.241 0.253 0.135 0.047 0.003 229 C 0.024 0.062 0.140 0.266 0.310 0.183 0.014 230 V 0.035 0.050 0.092 0.191 0.328 0.264 0.040 231 E 0.060 0.194 0.312 0.282 0.113 0.035 0.004 232 V 0.034 0.039 0.108 0.268 0.367 0.173 0.010 233 I 0.128 0.216 0.239 0.239 0.131 0.043 0.005 234 E 0.381 0.325 0.180 0.077 0.030 0.007 0.001 235 I 0.182 0.151 0.196 0.252 0.180 0.037 0.001 236 E 0.590 0.273 0.095 0.034 0.007 0.001 0.001 237 K 0.767 0.155 0.056 0.018 0.004 0.001 0.001 238 D 0.859 0.105 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 239 K 0.882 0.091 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001