# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 54.2297 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.007 0.004 0.005 0.173 0.771 2 N 0.104 0.008 0.010 0.009 0.231 0.639 3 D 0.194 0.011 0.040 0.011 0.259 0.485 4 L 0.529 0.019 0.029 0.005 0.158 0.260 5 T 0.734 0.009 0.008 0.001 0.078 0.170 6 L 0.670 0.008 0.003 0.001 0.049 0.268 7 S 0.477 0.005 0.002 0.001 0.118 0.398 8 P 0.576 0.003 0.002 0.001 0.121 0.298 9 I 0.804 0.002 0.001 0.001 0.051 0.140 10 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 11 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 12 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 13 H 0.893 0.003 0.001 0.002 0.031 0.070 14 T 0.362 0.005 0.001 0.004 0.226 0.401 15 P 0.135 0.010 0.011 0.019 0.492 0.333 16 Y 0.112 0.031 0.045 0.057 0.500 0.255 17 K 0.203 0.028 0.094 0.080 0.404 0.191 18 E 0.283 0.018 0.154 0.101 0.253 0.192 19 K 0.235 0.027 0.160 0.141 0.212 0.224 20 F 0.198 0.029 0.102 0.106 0.217 0.348 21 S 0.110 0.021 0.040 0.036 0.263 0.531 22 V 0.091 0.022 0.022 0.016 0.383 0.466 23 P 0.073 0.020 0.040 0.014 0.412 0.442 24 R 0.092 0.056 0.043 0.018 0.390 0.401 25 Q 0.053 0.033 0.030 0.012 0.640 0.232 26 P 0.033 0.010 0.080 0.027 0.621 0.229 27 N 0.077 0.023 0.106 0.031 0.584 0.179 28 L 0.203 0.084 0.094 0.028 0.483 0.109 29 V 0.231 0.045 0.058 0.029 0.508 0.130 30 E 0.200 0.017 0.046 0.017 0.595 0.125 31 D 0.114 0.005 0.029 0.011 0.678 0.164 32 G 0.353 0.012 0.011 0.004 0.420 0.199 33 V 0.752 0.008 0.003 0.002 0.077 0.158 34 G 0.954 0.003 0.001 0.001 0.013 0.029 35 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 36 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 38 L 0.841 0.007 0.001 0.002 0.026 0.124 39 L 0.306 0.010 0.006 0.003 0.151 0.525 40 P 0.064 0.008 0.015 0.001 0.344 0.568 41 P 0.035 0.025 0.052 0.005 0.653 0.231 42 Y 0.021 0.039 0.078 0.011 0.624 0.228 43 N 0.013 0.022 0.032 0.016 0.634 0.283 44 S 0.010 0.009 0.030 0.057 0.514 0.381 45 P 0.003 0.003 0.207 0.519 0.198 0.069 46 E 0.008 0.008 0.249 0.441 0.244 0.050 47 A 0.009 0.004 0.421 0.385 0.153 0.028 48 V 0.041 0.015 0.188 0.468 0.196 0.092 49 R 0.060 0.013 0.142 0.408 0.230 0.147 50 G 0.079 0.012 0.095 0.261 0.288 0.266 51 L 0.047 0.010 0.156 0.383 0.344 0.060 52 E 0.058 0.006 0.194 0.337 0.335 0.070 53 Q 0.058 0.008 0.235 0.228 0.374 0.097 54 F 0.117 0.020 0.100 0.064 0.529 0.169 55 S 0.196 0.006 0.058 0.022 0.347 0.370 56 H 0.700 0.009 0.019 0.013 0.126 0.133 57 L 0.954 0.002 0.001 0.002 0.017 0.024 58 W 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 59 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 I 0.992 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 61 F 0.987 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 62 Q 0.961 0.001 0.001 0.004 0.009 0.026 63 F 0.797 0.004 0.003 0.015 0.048 0.133 64 D 0.482 0.013 0.019 0.039 0.170 0.275 65 Q 0.167 0.018 0.117 0.070 0.388 0.240 66 I 0.075 0.018 0.169 0.041 0.506 0.191 67 Q 0.046 0.015 0.144 0.031 0.663 0.101 68 Q 0.025 0.008 0.091 0.030 0.706 0.139 69 G 0.023 0.005 0.042 0.018 0.671 0.241 70 K 0.076 0.012 0.013 0.005 0.419 0.476 71 W 0.238 0.043 0.006 0.004 0.154 0.556 72 Q 0.391 0.038 0.004 0.002 0.109 0.455 73 P 0.642 0.009 0.006 0.001 0.077 0.265 74 T 0.820 0.009 0.004 0.001 0.043 0.124 75 V 0.853 0.015 0.003 0.001 0.039 0.089 76 R 0.709 0.012 0.003 0.001 0.086 0.189 77 P 0.473 0.010 0.006 0.001 0.182 0.327 78 P 0.337 0.041 0.015 0.003 0.237 0.368 79 R 0.212 0.069 0.024 0.004 0.452 0.239 80 L 0.094 0.037 0.050 0.006 0.620 0.193 81 G 0.029 0.014 0.029 0.003 0.841 0.084 82 G 0.026 0.006 0.017 0.002 0.848 0.101 83 N 0.061 0.006 0.013 0.001 0.655 0.263 84 Q 0.389 0.035 0.009 0.001 0.365 0.200 85 R 0.712 0.012 0.002 0.001 0.081 0.193 86 V 0.950 0.006 0.001 0.001 0.011 0.032 87 G 0.967 0.002 0.001 0.001 0.007 0.024 88 V 0.961 0.003 0.001 0.001 0.007 0.028 89 F 0.933 0.003 0.001 0.001 0.016 0.045 90 A 0.739 0.011 0.005 0.002 0.077 0.166 91 S 0.467 0.017 0.011 0.003 0.192 0.310 92 R 0.231 0.020 0.022 0.003 0.356 0.368 93 A 0.130 0.029 0.021 0.005 0.453 0.362 94 T 0.100 0.040 0.023 0.005 0.447 0.385 95 H 0.117 0.088 0.024 0.010 0.359 0.402 96 R 0.060 0.047 0.010 0.007 0.568 0.308 97 P 0.036 0.023 0.006 0.011 0.555 0.369 98 N 0.030 0.012 0.009 0.013 0.604 0.332 99 P 0.130 0.042 0.047 0.045 0.574 0.162 100 L 0.239 0.027 0.080 0.029 0.381 0.244 101 G 0.478 0.039 0.080 0.020 0.189 0.194 102 L 0.586 0.017 0.052 0.011 0.156 0.179 103 S 0.626 0.003 0.039 0.008 0.142 0.182 104 K 0.805 0.003 0.020 0.005 0.083 0.083 105 V 0.925 0.004 0.004 0.002 0.027 0.038 106 E 0.951 0.003 0.002 0.003 0.012 0.031 107 L 0.914 0.001 0.004 0.006 0.020 0.054 108 R 0.885 0.001 0.005 0.010 0.032 0.067 109 Q 0.944 0.001 0.002 0.007 0.018 0.028 110 V 0.942 0.002 0.001 0.006 0.015 0.034 111 E 0.958 0.002 0.001 0.003 0.012 0.024 112 C 0.922 0.009 0.002 0.002 0.046 0.020 113 I 0.537 0.017 0.009 0.003 0.403 0.031 114 N 0.086 0.003 0.012 0.002 0.861 0.036 115 G 0.050 0.003 0.008 0.001 0.894 0.044 116 N 0.279 0.007 0.003 0.001 0.536 0.174 117 I 0.785 0.006 0.001 0.001 0.061 0.147 118 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 119 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 120 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 121 L 0.886 0.002 0.001 0.001 0.027 0.084 122 G 0.620 0.002 0.003 0.001 0.123 0.250 123 A 0.632 0.007 0.025 0.004 0.167 0.165 124 V 0.542 0.017 0.075 0.009 0.183 0.174 125 D 0.569 0.026 0.070 0.013 0.188 0.135 126 L 0.399 0.063 0.057 0.019 0.297 0.164 127 V 0.255 0.035 0.051 0.013 0.487 0.159 128 D 0.173 0.008 0.062 0.013 0.552 0.193 129 G 0.196 0.020 0.025 0.008 0.430 0.320 130 T 0.312 0.025 0.008 0.002 0.274 0.380 131 P 0.503 0.011 0.007 0.001 0.154 0.324 132 I 0.828 0.035 0.006 0.002 0.047 0.082 133 F 0.869 0.010 0.003 0.001 0.042 0.074 134 D 0.871 0.009 0.003 0.001 0.037 0.078 135 I 0.583 0.025 0.007 0.003 0.106 0.275 136 K 0.214 0.010 0.009 0.002 0.239 0.527 137 P 0.171 0.007 0.012 0.004 0.270 0.535 138 Y 0.154 0.034 0.023 0.009 0.240 0.539 139 I 0.217 0.066 0.025 0.023 0.224 0.445 140 A 0.223 0.032 0.052 0.049 0.278 0.365 141 Y 0.086 0.018 0.249 0.108 0.321 0.218 142 A 0.141 0.035 0.184 0.108 0.302 0.230 143 D 0.086 0.018 0.085 0.054 0.440 0.318 144 S 0.019 0.016 0.022 0.043 0.300 0.601 145 E 0.014 0.021 0.026 0.026 0.608 0.304 146 P 0.003 0.004 0.270 0.089 0.560 0.074 147 N 0.004 0.004 0.293 0.110 0.510 0.079 148 A 0.014 0.029 0.239 0.165 0.440 0.113 149 Q 0.027 0.032 0.077 0.287 0.198 0.379 150 S 0.020 0.011 0.096 0.430 0.210 0.233 151 S 0.020 0.007 0.150 0.465 0.217 0.142 152 F 0.037 0.013 0.183 0.466 0.197 0.103 153 A 0.037 0.012 0.213 0.407 0.200 0.132 154 Q 0.032 0.006 0.235 0.354 0.215 0.158 155 E 0.053 0.009 0.142 0.267 0.253 0.276 156 K 0.049 0.011 0.069 0.108 0.295 0.468 157 L 0.036 0.009 0.011 0.011 0.249 0.683 158 P 0.046 0.004 0.016 0.005 0.261 0.669 159 V 0.240 0.007 0.020 0.005 0.226 0.501 160 K 0.705 0.008 0.006 0.006 0.073 0.202 161 L 0.840 0.005 0.002 0.009 0.029 0.115 162 T 0.879 0.002 0.001 0.012 0.020 0.087 163 V 0.898 0.002 0.001 0.029 0.013 0.058 164 E 0.861 0.003 0.001 0.037 0.015 0.083 165 F 0.636 0.006 0.003 0.087 0.043 0.226 166 T 0.265 0.006 0.008 0.140 0.099 0.481 167 E 0.045 0.002 0.055 0.660 0.130 0.108 168 Q 0.018 0.003 0.055 0.783 0.098 0.043 169 A 0.009 0.002 0.033 0.878 0.055 0.023 170 K 0.009 0.001 0.017 0.922 0.032 0.020 171 S 0.003 0.001 0.010 0.935 0.027 0.024 172 A 0.005 0.001 0.013 0.909 0.032 0.040 173 V 0.007 0.001 0.016 0.905 0.031 0.039 174 K 0.006 0.001 0.018 0.908 0.030 0.036 175 K 0.004 0.001 0.016 0.921 0.024 0.033 176 R 0.007 0.002 0.026 0.858 0.042 0.064 177 E 0.007 0.001 0.046 0.839 0.055 0.052 178 E 0.007 0.003 0.037 0.799 0.067 0.087 179 K 0.006 0.004 0.021 0.687 0.085 0.198 180 R 0.006 0.005 0.008 0.143 0.173 0.666 181 P 0.002 0.002 0.034 0.634 0.121 0.207 182 H 0.005 0.005 0.047 0.638 0.114 0.191 183 L 0.002 0.001 0.017 0.944 0.018 0.020 184 S 0.002 0.001 0.005 0.964 0.011 0.017 185 R 0.002 0.001 0.003 0.984 0.007 0.004 186 F 0.006 0.001 0.003 0.982 0.006 0.003 187 I 0.004 0.001 0.002 0.990 0.002 0.001 188 R 0.002 0.001 0.002 0.993 0.002 0.001 189 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 190 V 0.002 0.001 0.004 0.980 0.004 0.010 191 L 0.002 0.001 0.009 0.967 0.009 0.012 192 E 0.005 0.001 0.011 0.921 0.027 0.035 193 Q 0.009 0.004 0.011 0.733 0.059 0.184 194 D 0.006 0.007 0.004 0.174 0.157 0.652 195 P 0.002 0.007 0.021 0.148 0.181 0.642 196 R 0.004 0.004 0.010 0.014 0.174 0.794 197 P 0.011 0.007 0.137 0.064 0.381 0.400 198 A 0.012 0.008 0.294 0.127 0.275 0.284 199 Y 0.042 0.042 0.254 0.161 0.274 0.228 200 Q 0.064 0.037 0.091 0.136 0.552 0.120 201 Q 0.057 0.016 0.029 0.064 0.539 0.296 202 G 0.024 0.010 0.011 0.019 0.534 0.401 203 K 0.038 0.029 0.006 0.004 0.689 0.235 204 P 0.040 0.020 0.013 0.006 0.634 0.286 205 S 0.033 0.013 0.026 0.007 0.752 0.170 206 D 0.106 0.008 0.022 0.004 0.642 0.219 207 R 0.543 0.018 0.011 0.004 0.170 0.255 208 I 0.874 0.005 0.003 0.001 0.039 0.078 209 Y 0.956 0.002 0.001 0.001 0.012 0.028 210 G 0.971 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 211 M 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 212 S 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 213 L 0.947 0.001 0.004 0.003 0.013 0.031 214 Y 0.906 0.001 0.010 0.008 0.027 0.049 215 E 0.914 0.001 0.007 0.008 0.024 0.046 216 F 0.884 0.004 0.002 0.014 0.025 0.071 217 N 0.872 0.001 0.001 0.008 0.023 0.095 218 V 0.883 0.001 0.001 0.003 0.014 0.098 219 K 0.917 0.001 0.001 0.005 0.017 0.060 220 W 0.932 0.002 0.001 0.003 0.018 0.046 221 R 0.919 0.004 0.001 0.003 0.028 0.045 222 I 0.826 0.011 0.004 0.009 0.111 0.040 223 K 0.556 0.008 0.009 0.007 0.359 0.061 224 A 0.150 0.004 0.016 0.006 0.744 0.080 225 G 0.170 0.004 0.008 0.001 0.637 0.180 226 T 0.679 0.016 0.002 0.001 0.090 0.213 227 V 0.910 0.003 0.001 0.001 0.018 0.068 228 N 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 229 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 230 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 231 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 232 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 233 I 0.935 0.001 0.002 0.003 0.016 0.043 234 E 0.844 0.003 0.005 0.006 0.045 0.097 235 I 0.573 0.014 0.033 0.021 0.192 0.167 236 E 0.440 0.017 0.056 0.029 0.305 0.152 237 K 0.223 0.013 0.048 0.047 0.392 0.278 238 D 0.098 0.011 0.014 0.030 0.294 0.553 239 K 0.158 0.011 0.010 0.028 0.190 0.603