# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 54.2297 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.001 0.002 0.003 0.010 0.009 0.960 2 N 0.081 0.012 0.015 0.009 0.030 0.045 0.808 3 D 0.248 0.013 0.042 0.010 0.160 0.092 0.435 4 L 0.356 0.007 0.014 0.003 0.082 0.029 0.509 5 T 0.620 0.007 0.003 0.001 0.021 0.009 0.337 6 L 0.776 0.009 0.001 0.001 0.016 0.002 0.196 7 S 0.825 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.164 8 P 0.816 0.002 0.001 0.001 0.022 0.003 0.157 9 I 0.895 0.001 0.002 0.001 0.030 0.005 0.067 10 A 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.023 11 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 12 I 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 13 H 0.839 0.004 0.001 0.001 0.026 0.008 0.122 14 T 0.386 0.008 0.002 0.002 0.189 0.022 0.392 15 P 0.132 0.007 0.019 0.009 0.244 0.349 0.240 16 Y 0.089 0.015 0.072 0.031 0.196 0.362 0.234 17 K 0.143 0.019 0.136 0.065 0.215 0.118 0.304 18 E 0.198 0.030 0.105 0.085 0.160 0.097 0.324 19 K 0.234 0.055 0.088 0.063 0.114 0.130 0.315 20 F 0.183 0.032 0.022 0.026 0.119 0.116 0.502 21 S 0.138 0.041 0.017 0.020 0.173 0.130 0.482 22 V 0.116 0.023 0.005 0.002 0.285 0.016 0.553 23 P 0.099 0.032 0.008 0.003 0.119 0.126 0.613 24 R 0.093 0.122 0.013 0.005 0.240 0.149 0.378 25 Q 0.056 0.014 0.004 0.002 0.326 0.009 0.589 26 P 0.024 0.008 0.230 0.063 0.071 0.280 0.324 27 N 0.046 0.030 0.344 0.073 0.113 0.277 0.117 28 L 0.083 0.030 0.349 0.045 0.107 0.156 0.231 29 V 0.195 0.042 0.105 0.042 0.123 0.115 0.379 30 E 0.147 0.018 0.109 0.031 0.179 0.275 0.241 31 D 0.129 0.005 0.054 0.009 0.279 0.328 0.197 32 G 0.286 0.005 0.014 0.002 0.288 0.117 0.288 33 V 0.859 0.007 0.002 0.001 0.021 0.007 0.103 34 G 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 35 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 38 L 0.947 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 39 L 0.463 0.011 0.001 0.001 0.085 0.004 0.435 40 P 0.085 0.007 0.005 0.001 0.162 0.013 0.727 41 P 0.019 0.006 0.058 0.005 0.160 0.270 0.483 42 Y 0.005 0.008 0.060 0.008 0.149 0.245 0.525 43 N 0.007 0.016 0.027 0.020 0.250 0.178 0.502 44 S 0.004 0.010 0.005 0.044 0.192 0.026 0.720 45 P 0.001 0.001 0.032 0.882 0.007 0.050 0.027 46 E 0.001 0.001 0.057 0.901 0.003 0.029 0.008 47 A 0.001 0.002 0.063 0.899 0.003 0.019 0.014 48 V 0.002 0.006 0.048 0.892 0.007 0.033 0.012 49 R 0.003 0.003 0.050 0.722 0.012 0.198 0.012 50 G 0.009 0.004 0.073 0.433 0.036 0.366 0.079 51 L 0.010 0.007 0.130 0.522 0.071 0.114 0.146 52 E 0.017 0.008 0.230 0.355 0.075 0.230 0.086 53 Q 0.012 0.006 0.210 0.167 0.102 0.446 0.057 54 F 0.044 0.010 0.114 0.094 0.166 0.195 0.377 55 S 0.064 0.006 0.038 0.035 0.263 0.122 0.471 56 H 0.466 0.007 0.027 0.018 0.100 0.087 0.294 57 L 0.859 0.004 0.002 0.003 0.016 0.004 0.112 58 W 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 59 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 60 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 Q 0.960 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.030 63 F 0.743 0.004 0.004 0.007 0.019 0.012 0.211 64 D 0.324 0.006 0.016 0.012 0.135 0.051 0.456 65 Q 0.367 0.022 0.068 0.092 0.129 0.114 0.209 66 I 0.198 0.014 0.126 0.093 0.129 0.159 0.282 67 Q 0.091 0.017 0.148 0.064 0.126 0.258 0.296 68 Q 0.021 0.004 0.093 0.027 0.119 0.669 0.068 69 G 0.011 0.001 0.050 0.006 0.137 0.688 0.107 70 K 0.079 0.010 0.027 0.006 0.287 0.141 0.450 71 W 0.265 0.060 0.011 0.008 0.106 0.032 0.519 72 Q 0.444 0.023 0.006 0.005 0.052 0.009 0.460 73 P 0.510 0.012 0.011 0.007 0.037 0.016 0.407 74 T 0.680 0.014 0.008 0.005 0.039 0.015 0.238 75 V 0.613 0.022 0.002 0.003 0.022 0.003 0.336 76 R 0.424 0.031 0.001 0.001 0.029 0.002 0.512 77 P 0.190 0.019 0.008 0.002 0.037 0.004 0.740 78 P 0.080 0.012 0.085 0.009 0.104 0.201 0.509 79 R 0.063 0.023 0.121 0.013 0.112 0.236 0.431 80 L 0.042 0.022 0.083 0.012 0.224 0.159 0.457 81 G 0.027 0.011 0.035 0.005 0.140 0.364 0.418 82 G 0.037 0.009 0.024 0.003 0.277 0.292 0.358 83 N 0.108 0.017 0.024 0.002 0.206 0.097 0.545 84 Q 0.259 0.017 0.021 0.002 0.318 0.057 0.325 85 R 0.656 0.012 0.009 0.001 0.061 0.022 0.239 86 V 0.877 0.007 0.003 0.001 0.017 0.004 0.091 87 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 88 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 89 F 0.975 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 90 A 0.849 0.006 0.001 0.001 0.012 0.006 0.125 91 S 0.518 0.014 0.005 0.001 0.112 0.030 0.320 92 R 0.230 0.017 0.014 0.002 0.337 0.067 0.333 93 A 0.090 0.038 0.035 0.003 0.213 0.074 0.546 94 T 0.042 0.021 0.053 0.006 0.243 0.326 0.310 95 H 0.033 0.030 0.041 0.008 0.368 0.284 0.236 96 R 0.034 0.030 0.015 0.005 0.437 0.047 0.432 97 P 0.034 0.030 0.021 0.008 0.303 0.159 0.444 98 N 0.052 0.027 0.020 0.005 0.308 0.109 0.478 99 P 0.080 0.024 0.237 0.049 0.201 0.150 0.259 100 L 0.131 0.019 0.280 0.084 0.129 0.205 0.151 101 G 0.247 0.036 0.156 0.032 0.120 0.224 0.185 102 L 0.416 0.034 0.033 0.011 0.062 0.036 0.408 103 S 0.514 0.013 0.012 0.005 0.123 0.026 0.307 104 K 0.741 0.004 0.015 0.005 0.067 0.021 0.147 105 V 0.904 0.003 0.003 0.003 0.018 0.006 0.063 106 E 0.980 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 107 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 108 R 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.043 109 Q 0.939 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.037 110 V 0.933 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.047 111 E 0.957 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 112 C 0.869 0.013 0.003 0.001 0.006 0.009 0.100 113 I 0.588 0.017 0.013 0.002 0.039 0.186 0.154 114 N 0.095 0.001 0.019 0.001 0.159 0.664 0.061 115 G 0.035 0.001 0.011 0.001 0.313 0.596 0.044 116 N 0.213 0.006 0.009 0.001 0.274 0.232 0.267 117 I 0.744 0.012 0.002 0.001 0.065 0.007 0.169 118 F 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 119 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 120 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 121 L 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 122 G 0.728 0.001 0.001 0.001 0.105 0.032 0.133 123 A 0.710 0.002 0.013 0.003 0.088 0.105 0.080 124 V 0.862 0.009 0.014 0.006 0.026 0.015 0.068 125 D 0.755 0.005 0.035 0.011 0.083 0.012 0.099 126 L 0.566 0.008 0.143 0.065 0.029 0.112 0.077 127 V 0.633 0.020 0.036 0.048 0.046 0.069 0.149 128 D 0.149 0.005 0.030 0.033 0.078 0.651 0.054 129 G 0.067 0.003 0.006 0.002 0.086 0.772 0.063 130 T 0.228 0.018 0.002 0.001 0.088 0.011 0.652 131 P 0.488 0.015 0.005 0.002 0.089 0.031 0.369 132 I 0.715 0.012 0.008 0.002 0.034 0.013 0.216 133 F 0.822 0.009 0.003 0.002 0.016 0.005 0.143 134 D 0.810 0.009 0.003 0.003 0.021 0.006 0.148 135 I 0.711 0.011 0.002 0.003 0.016 0.004 0.252 136 K 0.677 0.009 0.004 0.003 0.040 0.008 0.260 137 P 0.606 0.017 0.010 0.007 0.041 0.013 0.305 138 Y 0.387 0.027 0.021 0.010 0.124 0.019 0.411 139 I 0.298 0.019 0.078 0.030 0.210 0.032 0.332 140 A 0.166 0.020 0.143 0.047 0.117 0.101 0.406 141 Y 0.081 0.025 0.309 0.082 0.077 0.188 0.236 142 A 0.068 0.020 0.189 0.050 0.187 0.256 0.230 143 D 0.047 0.027 0.088 0.024 0.223 0.241 0.348 144 S 0.026 0.019 0.062 0.033 0.391 0.117 0.352 145 E 0.014 0.011 0.079 0.045 0.286 0.048 0.518 146 P 0.008 0.006 0.276 0.098 0.075 0.352 0.185 147 N 0.010 0.018 0.261 0.131 0.071 0.319 0.191 148 A 0.016 0.022 0.166 0.227 0.095 0.117 0.359 149 Q 0.016 0.009 0.066 0.301 0.078 0.094 0.436 150 S 0.013 0.005 0.085 0.501 0.082 0.116 0.198 151 S 0.011 0.004 0.090 0.556 0.065 0.143 0.131 152 F 0.015 0.010 0.087 0.670 0.036 0.108 0.075 153 A 0.020 0.008 0.091 0.650 0.037 0.113 0.082 154 Q 0.021 0.004 0.105 0.604 0.041 0.126 0.098 155 E 0.033 0.008 0.085 0.423 0.126 0.149 0.176 156 K 0.051 0.014 0.051 0.169 0.222 0.205 0.288 157 L 0.048 0.008 0.006 0.017 0.114 0.018 0.789 158 P 0.074 0.005 0.018 0.015 0.069 0.042 0.777 159 V 0.341 0.012 0.035 0.017 0.196 0.083 0.315 160 K 0.659 0.010 0.018 0.009 0.053 0.028 0.223 161 L 0.816 0.006 0.004 0.013 0.019 0.006 0.136 162 T 0.875 0.003 0.001 0.011 0.009 0.005 0.096 163 V 0.839 0.004 0.001 0.008 0.009 0.003 0.136 164 E 0.767 0.007 0.001 0.017 0.017 0.005 0.185 165 F 0.478 0.011 0.002 0.049 0.066 0.012 0.382 166 T 0.161 0.007 0.005 0.181 0.089 0.016 0.541 167 E 0.012 0.001 0.018 0.900 0.024 0.026 0.019 168 Q 0.010 0.002 0.027 0.890 0.011 0.033 0.027 169 A 0.007 0.002 0.031 0.897 0.007 0.025 0.032 170 K 0.005 0.001 0.019 0.932 0.007 0.022 0.014 171 S 0.004 0.001 0.027 0.903 0.005 0.041 0.020 172 A 0.003 0.001 0.026 0.891 0.006 0.045 0.029 173 V 0.003 0.001 0.014 0.918 0.008 0.036 0.019 174 K 0.004 0.002 0.022 0.866 0.010 0.061 0.036 175 K 0.002 0.001 0.028 0.854 0.018 0.070 0.028 176 R 0.004 0.003 0.024 0.823 0.024 0.075 0.047 177 E 0.005 0.002 0.055 0.755 0.028 0.107 0.049 178 E 0.005 0.005 0.052 0.672 0.038 0.165 0.062 179 K 0.005 0.005 0.036 0.503 0.081 0.244 0.127 180 R 0.005 0.004 0.006 0.115 0.149 0.029 0.692 181 P 0.005 0.006 0.028 0.395 0.077 0.118 0.372 182 H 0.009 0.020 0.037 0.566 0.059 0.093 0.216 183 L 0.001 0.001 0.016 0.939 0.003 0.016 0.024 184 S 0.001 0.001 0.005 0.983 0.002 0.004 0.006 185 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 186 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 188 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 189 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 190 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 191 L 0.001 0.001 0.009 0.974 0.001 0.014 0.001 192 E 0.001 0.001 0.015 0.880 0.003 0.098 0.003 193 Q 0.002 0.001 0.015 0.686 0.032 0.248 0.016 194 D 0.005 0.010 0.003 0.029 0.328 0.056 0.569 195 P 0.006 0.008 0.008 0.015 0.132 0.153 0.678 196 R 0.012 0.013 0.007 0.011 0.344 0.046 0.567 197 P 0.029 0.014 0.073 0.110 0.181 0.098 0.495 198 A 0.038 0.013 0.201 0.264 0.091 0.114 0.278 199 Y 0.089 0.034 0.191 0.245 0.077 0.138 0.226 200 Q 0.119 0.034 0.106 0.210 0.107 0.123 0.301 201 Q 0.094 0.019 0.033 0.124 0.148 0.385 0.196 202 G 0.052 0.015 0.013 0.021 0.277 0.300 0.323 203 K 0.037 0.014 0.002 0.002 0.126 0.011 0.809 204 P 0.042 0.017 0.025 0.006 0.093 0.121 0.697 205 S 0.033 0.011 0.086 0.016 0.200 0.470 0.185 206 D 0.063 0.004 0.072 0.017 0.331 0.241 0.271 207 R 0.476 0.016 0.009 0.010 0.151 0.038 0.299 208 I 0.905 0.015 0.001 0.004 0.010 0.003 0.061 209 Y 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 210 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 211 M 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 212 S 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 213 L 0.900 0.002 0.004 0.001 0.016 0.009 0.068 214 Y 0.853 0.002 0.007 0.001 0.040 0.024 0.073 215 E 0.867 0.002 0.005 0.003 0.037 0.023 0.063 216 F 0.919 0.011 0.001 0.002 0.010 0.006 0.051 217 N 0.899 0.003 0.001 0.001 0.007 0.011 0.079 218 V 0.925 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.056 219 K 0.949 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.034 220 W 0.958 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.022 221 R 0.969 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 222 I 0.944 0.006 0.002 0.004 0.004 0.006 0.034 223 K 0.741 0.006 0.011 0.006 0.029 0.068 0.140 224 A 0.161 0.003 0.026 0.004 0.136 0.614 0.056 225 G 0.079 0.001 0.017 0.001 0.193 0.642 0.068 226 T 0.603 0.014 0.007 0.001 0.073 0.033 0.270 227 V 0.882 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.101 228 N 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 229 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 230 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 231 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 232 V 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 233 I 0.942 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 234 E 0.828 0.003 0.003 0.005 0.016 0.007 0.138 235 I 0.587 0.006 0.019 0.028 0.067 0.065 0.228 236 E 0.465 0.009 0.030 0.062 0.139 0.114 0.181 237 K 0.222 0.020 0.036 0.048 0.233 0.198 0.243 238 D 0.097 0.013 0.017 0.030 0.184 0.143 0.516 239 K 0.046 0.005 0.006 0.014 0.095 0.026 0.808