# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 54.2297 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.690 0.186 0.070 0.036 0.015 0.004 0.001 2 N 0.616 0.253 0.090 0.031 0.008 0.002 0.001 3 D 0.359 0.335 0.190 0.090 0.022 0.004 0.001 4 L 0.106 0.143 0.218 0.278 0.196 0.054 0.004 5 T 0.169 0.269 0.284 0.178 0.077 0.021 0.003 6 L 0.023 0.044 0.098 0.233 0.341 0.227 0.034 7 S 0.064 0.164 0.214 0.244 0.193 0.097 0.023 8 P 0.022 0.041 0.070 0.149 0.267 0.328 0.122 9 I 0.023 0.050 0.090 0.171 0.202 0.279 0.185 10 A 0.025 0.048 0.063 0.092 0.137 0.314 0.322 11 I 0.013 0.033 0.072 0.142 0.206 0.263 0.272 12 I 0.009 0.012 0.018 0.059 0.166 0.421 0.315 13 H 0.033 0.093 0.130 0.227 0.238 0.194 0.084 14 T 0.025 0.066 0.098 0.175 0.246 0.294 0.095 15 P 0.090 0.191 0.230 0.227 0.146 0.087 0.029 16 Y 0.076 0.127 0.182 0.256 0.217 0.117 0.026 17 K 0.273 0.289 0.199 0.130 0.067 0.031 0.011 18 E 0.323 0.310 0.182 0.105 0.051 0.023 0.006 19 K 0.150 0.186 0.199 0.206 0.158 0.083 0.018 20 F 0.150 0.147 0.178 0.208 0.175 0.109 0.032 21 S 0.243 0.251 0.180 0.123 0.088 0.080 0.034 22 V 0.068 0.088 0.133 0.205 0.223 0.208 0.075 23 P 0.091 0.105 0.116 0.159 0.195 0.236 0.098 24 R 0.106 0.113 0.117 0.163 0.203 0.220 0.078 25 Q 0.079 0.082 0.108 0.180 0.249 0.225 0.076 26 P 0.230 0.229 0.216 0.174 0.097 0.042 0.012 27 N 0.321 0.329 0.187 0.096 0.041 0.019 0.006 28 L 0.176 0.218 0.213 0.208 0.128 0.049 0.007 29 V 0.204 0.149 0.159 0.205 0.184 0.088 0.010 30 E 0.514 0.270 0.121 0.063 0.023 0.007 0.001 31 D 0.468 0.294 0.133 0.064 0.027 0.011 0.002 32 G 0.113 0.173 0.236 0.259 0.161 0.052 0.007 33 V 0.127 0.270 0.266 0.195 0.095 0.037 0.009 34 G 0.027 0.079 0.126 0.206 0.280 0.239 0.042 35 I 0.009 0.053 0.149 0.283 0.310 0.164 0.032 36 V 0.005 0.012 0.027 0.086 0.237 0.484 0.148 37 E 0.004 0.042 0.154 0.342 0.288 0.148 0.021 38 L 0.003 0.010 0.026 0.103 0.310 0.473 0.074 39 L 0.016 0.092 0.235 0.336 0.244 0.071 0.007 40 P 0.223 0.397 0.237 0.104 0.032 0.007 0.001 41 P 0.366 0.356 0.170 0.075 0.025 0.007 0.001 42 Y 0.085 0.139 0.222 0.278 0.208 0.065 0.003 43 N 0.216 0.334 0.244 0.134 0.054 0.017 0.002 44 S 0.178 0.217 0.213 0.224 0.127 0.037 0.004 45 P 0.360 0.259 0.189 0.118 0.056 0.016 0.002 46 E 0.340 0.380 0.185 0.072 0.018 0.004 0.001 47 A 0.069 0.090 0.154 0.283 0.276 0.121 0.007 48 V 0.058 0.091 0.148 0.284 0.292 0.120 0.007 49 R 0.217 0.414 0.243 0.098 0.022 0.005 0.001 50 G 0.099 0.226 0.300 0.253 0.096 0.025 0.002 51 L 0.022 0.030 0.062 0.158 0.356 0.341 0.032 52 E 0.173 0.255 0.252 0.187 0.096 0.033 0.004 53 Q 0.218 0.347 0.239 0.132 0.048 0.014 0.002 54 F 0.027 0.064 0.157 0.290 0.310 0.139 0.012 55 S 0.057 0.151 0.202 0.238 0.208 0.124 0.020 56 H 0.031 0.057 0.113 0.214 0.304 0.227 0.054 57 L 0.012 0.021 0.033 0.076 0.176 0.433 0.248 58 W 0.007 0.019 0.041 0.105 0.201 0.329 0.299 59 L 0.001 0.004 0.012 0.035 0.086 0.344 0.519 60 I 0.002 0.006 0.014 0.046 0.117 0.372 0.443 61 F 0.003 0.013 0.025 0.065 0.149 0.452 0.292 62 Q 0.003 0.021 0.073 0.223 0.344 0.284 0.052 63 F 0.003 0.008 0.022 0.098 0.338 0.482 0.048 64 D 0.026 0.122 0.244 0.349 0.206 0.051 0.002 65 Q 0.169 0.465 0.255 0.087 0.020 0.003 0.001 66 I 0.150 0.266 0.310 0.211 0.057 0.006 0.001 67 Q 0.447 0.304 0.152 0.074 0.020 0.002 0.001 68 Q 0.739 0.187 0.053 0.016 0.003 0.001 0.001 69 G 0.715 0.204 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 70 K 0.582 0.283 0.095 0.031 0.007 0.001 0.001 71 W 0.128 0.194 0.273 0.271 0.115 0.018 0.001 72 Q 0.208 0.370 0.258 0.121 0.036 0.007 0.001 73 P 0.068 0.126 0.210 0.296 0.221 0.072 0.006 74 T 0.070 0.208 0.283 0.255 0.134 0.045 0.005 75 V 0.015 0.035 0.079 0.192 0.319 0.308 0.052 76 R 0.025 0.069 0.135 0.241 0.275 0.208 0.048 77 P 0.024 0.080 0.129 0.186 0.240 0.270 0.072 78 P 0.036 0.081 0.125 0.228 0.265 0.215 0.050 79 R 0.064 0.179 0.251 0.256 0.163 0.076 0.011 80 L 0.140 0.198 0.225 0.222 0.151 0.057 0.007 81 G 0.626 0.249 0.081 0.031 0.009 0.002 0.001 82 G 0.668 0.213 0.079 0.031 0.008 0.001 0.001 83 N 0.526 0.274 0.126 0.056 0.015 0.002 0.001 84 Q 0.274 0.362 0.229 0.103 0.027 0.004 0.001 85 R 0.067 0.196 0.272 0.274 0.154 0.035 0.003 86 V 0.015 0.043 0.122 0.283 0.353 0.165 0.017 87 G 0.005 0.013 0.035 0.103 0.249 0.467 0.127 88 V 0.002 0.005 0.010 0.030 0.112 0.407 0.434 89 F 0.001 0.003 0.005 0.015 0.050 0.267 0.658 90 A 0.001 0.003 0.007 0.024 0.071 0.235 0.660 91 S 0.002 0.006 0.011 0.030 0.080 0.298 0.573 92 R 0.006 0.022 0.045 0.100 0.178 0.293 0.357 93 A 0.010 0.034 0.065 0.124 0.177 0.289 0.301 94 T 0.026 0.059 0.083 0.141 0.193 0.256 0.242 95 H 0.012 0.028 0.046 0.099 0.205 0.392 0.218 96 R 0.009 0.021 0.054 0.132 0.210 0.303 0.270 97 P 0.006 0.011 0.015 0.032 0.092 0.379 0.465 98 N 0.005 0.009 0.018 0.056 0.145 0.298 0.469 99 P 0.008 0.017 0.027 0.047 0.083 0.274 0.543 100 L 0.007 0.011 0.018 0.038 0.096 0.252 0.578 101 G 0.007 0.017 0.034 0.075 0.124 0.309 0.433 102 L 0.006 0.015 0.029 0.070 0.159 0.325 0.396 103 S 0.004 0.013 0.024 0.068 0.160 0.430 0.301 104 K 0.006 0.044 0.125 0.265 0.281 0.204 0.074 105 V 0.003 0.011 0.028 0.089 0.240 0.500 0.128 106 E 0.014 0.092 0.191 0.304 0.243 0.134 0.022 107 L 0.006 0.017 0.052 0.160 0.356 0.369 0.041 108 R 0.066 0.253 0.320 0.236 0.097 0.024 0.003 109 Q 0.175 0.360 0.249 0.141 0.056 0.017 0.002 110 V 0.026 0.082 0.201 0.341 0.270 0.076 0.003 111 E 0.237 0.406 0.226 0.094 0.030 0.007 0.001 112 C 0.148 0.213 0.246 0.244 0.121 0.027 0.001 113 I 0.317 0.281 0.215 0.130 0.047 0.008 0.001 114 N 0.597 0.267 0.093 0.033 0.009 0.001 0.001 115 G 0.510 0.279 0.136 0.060 0.013 0.002 0.001 116 N 0.349 0.424 0.161 0.051 0.012 0.002 0.001 117 I 0.011 0.050 0.154 0.354 0.344 0.084 0.003 118 F 0.004 0.033 0.155 0.357 0.326 0.114 0.010 119 L 0.001 0.002 0.007 0.023 0.131 0.588 0.247 120 H 0.002 0.011 0.040 0.169 0.341 0.325 0.113 121 L 0.001 0.001 0.004 0.015 0.073 0.384 0.522 122 G 0.002 0.011 0.025 0.078 0.156 0.331 0.397 123 A 0.002 0.008 0.025 0.064 0.116 0.345 0.440 124 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.079 0.336 0.556 125 D 0.003 0.007 0.017 0.058 0.174 0.412 0.330 126 L 0.005 0.014 0.024 0.053 0.135 0.405 0.364 127 V 0.008 0.024 0.046 0.121 0.247 0.360 0.195 128 D 0.010 0.050 0.110 0.179 0.238 0.268 0.144 129 G 0.012 0.048 0.097 0.199 0.246 0.253 0.144 130 T 0.003 0.011 0.030 0.095 0.258 0.411 0.192 131 P 0.001 0.005 0.016 0.063 0.181 0.401 0.333 132 I 0.001 0.002 0.005 0.017 0.070 0.361 0.545 133 F 0.001 0.001 0.004 0.015 0.067 0.330 0.583 134 D 0.001 0.002 0.007 0.029 0.104 0.319 0.539 135 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.276 0.694 136 K 0.001 0.005 0.017 0.075 0.193 0.402 0.308 137 P 0.001 0.014 0.046 0.112 0.223 0.410 0.194 138 Y 0.002 0.017 0.064 0.176 0.285 0.346 0.110 139 I 0.005 0.014 0.036 0.107 0.273 0.449 0.117 140 A 0.083 0.203 0.205 0.204 0.169 0.111 0.025 141 Y 0.080 0.160 0.230 0.256 0.177 0.085 0.011 142 A 0.076 0.116 0.171 0.242 0.243 0.133 0.020 143 D 0.188 0.247 0.220 0.195 0.103 0.042 0.006 144 S 0.326 0.278 0.188 0.122 0.063 0.019 0.002 145 E 0.446 0.284 0.151 0.081 0.029 0.008 0.001 146 P 0.593 0.238 0.092 0.048 0.021 0.007 0.001 147 N 0.379 0.314 0.180 0.085 0.031 0.010 0.001 148 A 0.176 0.152 0.181 0.257 0.175 0.055 0.004 149 Q 0.220 0.294 0.254 0.154 0.059 0.017 0.002 150 S 0.379 0.293 0.181 0.098 0.038 0.010 0.001 151 S 0.353 0.299 0.180 0.109 0.046 0.012 0.001 152 F 0.106 0.122 0.195 0.279 0.213 0.079 0.005 153 A 0.129 0.146 0.210 0.271 0.185 0.057 0.002 154 Q 0.386 0.368 0.172 0.059 0.013 0.002 0.001 155 E 0.481 0.318 0.135 0.051 0.013 0.002 0.001 156 K 0.294 0.298 0.201 0.131 0.058 0.017 0.001 157 L 0.161 0.201 0.250 0.245 0.113 0.028 0.001 158 P 0.538 0.266 0.113 0.056 0.021 0.005 0.001 159 V 0.395 0.287 0.180 0.095 0.035 0.008 0.001 160 K 0.219 0.335 0.236 0.138 0.053 0.017 0.002 161 L 0.046 0.089 0.177 0.296 0.273 0.111 0.008 162 T 0.074 0.275 0.332 0.201 0.085 0.028 0.004 163 V 0.031 0.054 0.114 0.262 0.349 0.176 0.013 164 E 0.110 0.290 0.278 0.198 0.089 0.031 0.003 165 F 0.038 0.065 0.131 0.291 0.323 0.142 0.009 166 T 0.141 0.265 0.285 0.197 0.085 0.025 0.002 167 E 0.470 0.364 0.118 0.037 0.009 0.002 0.001 168 Q 0.245 0.295 0.240 0.155 0.052 0.013 0.001 169 A 0.094 0.099 0.160 0.290 0.263 0.089 0.004 170 K 0.236 0.324 0.263 0.130 0.039 0.008 0.001 171 S 0.463 0.357 0.127 0.041 0.009 0.002 0.001 172 A 0.147 0.213 0.249 0.232 0.123 0.034 0.002 173 V 0.091 0.111 0.201 0.311 0.225 0.060 0.002 174 K 0.407 0.357 0.164 0.057 0.013 0.002 0.001 175 K 0.418 0.336 0.166 0.064 0.013 0.002 0.001 176 R 0.259 0.238 0.221 0.183 0.083 0.016 0.001 177 E 0.561 0.267 0.112 0.047 0.012 0.002 0.001 178 E 0.717 0.198 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 179 K 0.471 0.274 0.149 0.079 0.023 0.004 0.001 180 R 0.310 0.328 0.205 0.111 0.037 0.009 0.001 181 P 0.588 0.228 0.096 0.057 0.025 0.006 0.001 182 H 0.334 0.289 0.196 0.117 0.049 0.013 0.001 183 L 0.108 0.122 0.192 0.292 0.212 0.070 0.004 184 S 0.295 0.339 0.219 0.106 0.032 0.008 0.001 185 R 0.280 0.325 0.228 0.118 0.040 0.008 0.001 186 F 0.098 0.103 0.170 0.267 0.248 0.107 0.006 187 I 0.083 0.060 0.098 0.221 0.305 0.216 0.018 188 R 0.242 0.309 0.251 0.143 0.044 0.010 0.001 189 Q 0.274 0.295 0.205 0.144 0.063 0.017 0.001 190 V 0.119 0.137 0.180 0.228 0.214 0.111 0.011 191 L 0.137 0.159 0.217 0.242 0.180 0.062 0.004 192 E 0.621 0.265 0.080 0.026 0.007 0.001 0.001 193 Q 0.464 0.249 0.153 0.092 0.034 0.007 0.001 194 D 0.416 0.273 0.156 0.097 0.042 0.016 0.001 195 P 0.316 0.225 0.171 0.155 0.092 0.036 0.004 196 R 0.350 0.231 0.175 0.132 0.079 0.029 0.004 197 P 0.451 0.222 0.136 0.102 0.059 0.026 0.005 198 A 0.266 0.221 0.194 0.181 0.099 0.035 0.004 199 Y 0.274 0.220 0.224 0.182 0.082 0.017 0.001 200 Q 0.503 0.300 0.131 0.050 0.013 0.002 0.001 201 Q 0.591 0.254 0.105 0.039 0.010 0.001 0.001 202 G 0.700 0.194 0.068 0.029 0.008 0.001 0.001 203 K 0.611 0.241 0.097 0.040 0.009 0.001 0.001 204 P 0.745 0.169 0.052 0.025 0.008 0.001 0.001 205 S 0.773 0.170 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 206 D 0.534 0.276 0.125 0.049 0.013 0.002 0.001 207 R 0.220 0.310 0.262 0.150 0.047 0.010 0.001 208 I 0.092 0.229 0.266 0.233 0.138 0.040 0.003 209 Y 0.034 0.049 0.101 0.254 0.346 0.194 0.022 210 G 0.029 0.088 0.169 0.269 0.250 0.171 0.025 211 M 0.023 0.042 0.078 0.157 0.267 0.341 0.092 212 S 0.022 0.068 0.147 0.281 0.269 0.183 0.030 213 L 0.030 0.035 0.053 0.109 0.237 0.395 0.141 214 Y 0.092 0.179 0.196 0.226 0.165 0.115 0.027 215 E 0.131 0.316 0.277 0.166 0.075 0.028 0.007 216 F 0.025 0.055 0.119 0.241 0.308 0.213 0.039 217 N 0.053 0.253 0.299 0.229 0.117 0.042 0.006 218 V 0.019 0.031 0.061 0.177 0.359 0.320 0.034 219 K 0.040 0.203 0.329 0.281 0.117 0.028 0.002 220 W 0.031 0.070 0.115 0.247 0.335 0.189 0.012 221 R 0.058 0.275 0.328 0.243 0.078 0.016 0.001 222 I 0.045 0.099 0.211 0.347 0.244 0.053 0.002 223 K 0.527 0.328 0.115 0.026 0.004 0.001 0.001 224 A 0.700 0.220 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 225 G 0.496 0.278 0.154 0.058 0.012 0.002 0.001 226 T 0.318 0.339 0.216 0.099 0.025 0.003 0.001 227 V 0.089 0.142 0.231 0.289 0.196 0.050 0.003 228 N 0.118 0.280 0.298 0.203 0.079 0.019 0.001 229 C 0.056 0.075 0.123 0.245 0.316 0.172 0.013 230 V 0.070 0.125 0.187 0.288 0.228 0.096 0.006 231 E 0.091 0.267 0.304 0.215 0.091 0.030 0.002 232 V 0.058 0.058 0.101 0.252 0.326 0.191 0.014 233 I 0.128 0.176 0.234 0.256 0.160 0.044 0.003 234 E 0.384 0.343 0.167 0.074 0.024 0.007 0.001 235 I 0.313 0.256 0.230 0.143 0.048 0.009 0.001 236 E 0.626 0.231 0.089 0.039 0.013 0.002 0.001 237 K 0.713 0.194 0.064 0.023 0.006 0.001 0.001 238 D 0.804 0.143 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 239 K 0.890 0.086 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001