# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.132 0.030 0.104 0.237 0.224 0.273 2 A 0.131 0.020 0.206 0.255 0.238 0.150 3 D 0.145 0.028 0.192 0.277 0.245 0.113 4 S 0.077 0.032 0.084 0.240 0.312 0.255 5 E 0.034 0.020 0.015 0.062 0.665 0.203 6 P 0.010 0.003 0.060 0.085 0.688 0.154 7 N 0.014 0.007 0.087 0.073 0.732 0.087 8 A 0.033 0.038 0.162 0.100 0.587 0.079 9 Q 0.075 0.038 0.067 0.125 0.372 0.323 10 S 0.078 0.020 0.077 0.203 0.335 0.288 11 S 0.069 0.025 0.055 0.145 0.322 0.384 12 F 0.040 0.019 0.103 0.275 0.336 0.227 13 A 0.035 0.010 0.120 0.226 0.433 0.176 14 Q 0.031 0.007 0.087 0.206 0.486 0.183 15 E 0.032 0.016 0.047 0.087 0.472 0.346 16 K 0.030 0.007 0.013 0.014 0.383 0.553 17 L 0.028 0.023 0.016 0.007 0.301 0.625 18 P 0.052 0.017 0.062 0.012 0.359 0.498 19 V 0.120 0.008 0.059 0.019 0.259 0.534 20 K 0.312 0.019 0.057 0.028 0.157 0.427 21 L 0.577 0.027 0.017 0.013 0.105 0.262 22 T 0.644 0.009 0.010 0.014 0.071 0.251 23 V 0.794 0.009 0.005 0.009 0.032 0.151 24 E 0.835 0.015 0.002 0.006 0.022 0.119 25 F 0.532 0.014 0.002 0.008 0.049 0.395 26 T 0.041 0.002 0.002 0.016 0.061 0.879 27 E 0.003 0.001 0.037 0.853 0.056 0.051 28 Q 0.001 0.001 0.027 0.896 0.062 0.014 29 A 0.001 0.001 0.011 0.942 0.039 0.007 30 K 0.001 0.001 0.003 0.977 0.012 0.007 31 S 0.001 0.001 0.003 0.977 0.012 0.007 32 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 33 V 0.001 0.001 0.008 0.971 0.013 0.006 34 K 0.001 0.001 0.010 0.958 0.021 0.009 35 K 0.001 0.001 0.008 0.917 0.032 0.042 36 R 0.001 0.001 0.015 0.807 0.078 0.097 37 E 0.003 0.002 0.036 0.715 0.149 0.096 38 E 0.002 0.002 0.040 0.435 0.291 0.229 39 K 0.001 0.002 0.028 0.152 0.334 0.483 40 R 0.001 0.002 0.023 0.178 0.274 0.522 41 P 0.002 0.002 0.042 0.464 0.246 0.244 42 H 0.003 0.004 0.039 0.564 0.180 0.211 43 L 0.003 0.002 0.024 0.910 0.032 0.029 44 S 0.005 0.001 0.009 0.951 0.017 0.018 45 R 0.003 0.001 0.007 0.970 0.007 0.011 46 F 0.002 0.001 0.006 0.985 0.003 0.003 47 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 48 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 50 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 51 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.007 52 E 0.001 0.001 0.004 0.950 0.017 0.027 53 Q 0.002 0.007 0.004 0.527 0.103 0.357 54 D 0.002 0.003 0.001 0.023 0.372 0.599 55 P 0.002 0.004 0.011 0.076 0.665 0.242 56 R 0.002 0.012 0.013 0.083 0.785 0.105 57 P 0.005 0.011 0.062 0.142 0.678 0.103 58 A 0.021 0.021 0.199 0.302 0.353 0.104 59 Y 0.019 0.011 0.274 0.270 0.357 0.070 60 Q 0.022 0.015 0.231 0.248 0.397 0.087 61 Q 0.021 0.013 0.071 0.196 0.475 0.224 62 G 0.013 0.018 0.027 0.133 0.415 0.393 63 K 0.016 0.009 0.014 0.050 0.436 0.474 64 P 0.040 0.014 0.017 0.030 0.490 0.409 65 S 0.116 0.028 0.043 0.025 0.448 0.339 66 D 0.238 0.007 0.048 0.012 0.343 0.351 67 R 0.648 0.010 0.025 0.008 0.128 0.181 68 I 0.889 0.004 0.007 0.004 0.035 0.061 69 Y 0.947 0.003 0.002 0.003 0.014 0.030 70 G 0.969 0.002 0.001 0.002 0.011 0.015 71 M 0.953 0.002 0.001 0.001 0.015 0.027 72 S 0.944 0.003 0.002 0.002 0.017 0.032 73 L 0.893 0.004 0.019 0.003 0.056 0.024 74 Y 0.619 0.009 0.056 0.005 0.255 0.056 75 E 0.504 0.006 0.057 0.003 0.342 0.088 76 F 0.698 0.004 0.010 0.002 0.200 0.086 77 N 0.830 0.004 0.002 0.001 0.071 0.092 78 V 0.967 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 79 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 80 W 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 81 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 82 I 0.945 0.002 0.001 0.001 0.023 0.030 83 K 0.710 0.009 0.004 0.001 0.201 0.075 84 A 0.176 0.008 0.017 0.003 0.719 0.076 85 G 0.068 0.002 0.031 0.005 0.828 0.065 86 T 0.218 0.012 0.021 0.005 0.649 0.095 87 V 0.666 0.004 0.003 0.002 0.148 0.178 88 N 0.941 0.003 0.001 0.001 0.012 0.044 89 C 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 90 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 91 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 92 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 93 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 94 E 0.931 0.004 0.001 0.001 0.013 0.050 95 I 0.677 0.006 0.003 0.003 0.073 0.239 96 E 0.299 0.017 0.010 0.007 0.318 0.349 97 K 0.051 0.009 0.010 0.007 0.358 0.565 98 D 0.014 0.010 0.007 0.010 0.216 0.744 99 K 0.001 0.003 0.002 0.004 0.063 0.927