# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.003 0.039 0.558 0.010 0.050 0.090 0.001 0.001 0.019 0.067 0.054 0.012 0.095 2 A 0.011 0.031 0.481 0.009 0.088 0.110 0.003 0.001 0.019 0.077 0.071 0.049 0.049 3 D 0.015 0.027 0.268 0.008 0.092 0.125 0.004 0.002 0.019 0.189 0.142 0.049 0.060 4 S 0.015 0.045 0.286 0.004 0.086 0.124 0.003 0.002 0.011 0.195 0.106 0.020 0.101 5 E 0.004 0.017 0.440 0.005 0.074 0.166 0.001 0.001 0.007 0.171 0.056 0.029 0.030 6 P 0.001 0.004 0.159 0.008 0.167 0.224 0.001 0.001 0.002 0.099 0.316 0.006 0.014 7 N 0.002 0.008 0.120 0.002 0.134 0.188 0.001 0.001 0.003 0.126 0.396 0.009 0.011 8 A 0.004 0.035 0.253 0.002 0.109 0.271 0.001 0.001 0.006 0.155 0.124 0.006 0.032 9 Q 0.008 0.029 0.225 0.011 0.098 0.306 0.001 0.001 0.005 0.113 0.171 0.017 0.016 10 S 0.008 0.005 0.167 0.010 0.115 0.252 0.001 0.001 0.004 0.149 0.256 0.009 0.023 11 S 0.013 0.012 0.212 0.004 0.132 0.285 0.002 0.001 0.008 0.098 0.184 0.017 0.034 12 F 0.054 0.035 0.184 0.002 0.100 0.292 0.008 0.002 0.011 0.086 0.102 0.048 0.074 13 A 0.057 0.033 0.238 0.008 0.084 0.234 0.008 0.001 0.010 0.080 0.091 0.059 0.097 14 Q 0.037 0.016 0.254 0.017 0.052 0.158 0.005 0.001 0.011 0.138 0.143 0.061 0.108 15 E 0.007 0.018 0.403 0.016 0.032 0.072 0.002 0.001 0.004 0.225 0.111 0.034 0.075 16 K 0.001 0.009 0.626 0.002 0.010 0.019 0.001 0.001 0.002 0.245 0.033 0.026 0.026 17 L 0.001 0.038 0.776 0.006 0.013 0.011 0.001 0.001 0.003 0.102 0.023 0.004 0.023 18 P 0.001 0.007 0.458 0.007 0.131 0.041 0.001 0.001 0.006 0.166 0.160 0.007 0.016 19 V 0.001 0.011 0.381 0.013 0.139 0.039 0.001 0.001 0.016 0.161 0.204 0.014 0.020 20 K 0.001 0.022 0.598 0.018 0.072 0.020 0.001 0.001 0.053 0.068 0.070 0.009 0.066 21 L 0.002 0.017 0.559 0.006 0.004 0.008 0.003 0.001 0.155 0.103 0.007 0.086 0.049 22 T 0.002 0.010 0.501 0.026 0.002 0.004 0.003 0.002 0.326 0.036 0.008 0.019 0.062 23 V 0.008 0.046 0.180 0.002 0.002 0.002 0.033 0.013 0.568 0.023 0.005 0.038 0.080 24 E 0.008 0.044 0.208 0.005 0.003 0.002 0.027 0.012 0.448 0.039 0.011 0.105 0.087 25 F 0.001 0.033 0.568 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.249 0.058 0.006 0.019 0.056 26 T 0.001 0.003 0.910 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 0.050 0.004 0.001 0.010 27 E 0.001 0.002 0.023 0.001 0.010 0.878 0.001 0.001 0.001 0.044 0.043 0.001 0.001 28 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 34 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.010 0.861 0.001 0.001 0.001 0.013 0.102 0.001 0.001 36 R 0.001 0.001 0.100 0.001 0.023 0.740 0.001 0.001 0.001 0.051 0.083 0.001 0.001 37 E 0.001 0.002 0.052 0.001 0.049 0.636 0.001 0.001 0.001 0.039 0.220 0.001 0.001 38 E 0.001 0.002 0.101 0.001 0.053 0.395 0.001 0.001 0.001 0.076 0.372 0.001 0.001 39 K 0.001 0.003 0.290 0.001 0.041 0.248 0.001 0.001 0.001 0.211 0.205 0.001 0.001 40 R 0.001 0.002 0.482 0.001 0.038 0.229 0.001 0.001 0.001 0.160 0.086 0.001 0.001 41 P 0.001 0.002 0.223 0.001 0.062 0.508 0.001 0.001 0.001 0.108 0.095 0.001 0.001 42 H 0.001 0.006 0.143 0.001 0.048 0.662 0.001 0.001 0.002 0.062 0.076 0.001 0.002 43 L 0.001 0.002 0.061 0.001 0.018 0.882 0.001 0.001 0.003 0.013 0.020 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.834 0.001 0.001 0.001 0.012 0.134 0.001 0.001 53 Q 0.001 0.006 0.111 0.001 0.010 0.478 0.001 0.001 0.001 0.084 0.305 0.001 0.003 54 D 0.001 0.007 0.532 0.001 0.006 0.046 0.001 0.001 0.001 0.348 0.048 0.007 0.004 55 P 0.001 0.014 0.316 0.001 0.030 0.064 0.001 0.001 0.001 0.238 0.326 0.001 0.009 56 R 0.001 0.007 0.374 0.001 0.022 0.038 0.001 0.001 0.001 0.454 0.098 0.005 0.001 57 P 0.001 0.022 0.538 0.001 0.072 0.096 0.001 0.001 0.001 0.139 0.116 0.001 0.015 58 A 0.002 0.005 0.129 0.002 0.293 0.215 0.001 0.001 0.001 0.071 0.273 0.005 0.006 59 Y 0.003 0.005 0.089 0.001 0.384 0.238 0.001 0.001 0.001 0.078 0.179 0.006 0.015 60 Q 0.007 0.021 0.200 0.001 0.288 0.252 0.001 0.001 0.001 0.084 0.089 0.014 0.041 61 Q 0.006 0.015 0.286 0.002 0.099 0.210 0.001 0.001 0.001 0.167 0.152 0.030 0.031 62 G 0.002 0.019 0.381 0.016 0.041 0.081 0.001 0.001 0.001 0.221 0.184 0.013 0.040 63 K 0.001 0.016 0.373 0.005 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.318 0.169 0.027 0.028 64 P 0.001 0.008 0.759 0.004 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.137 0.032 0.012 0.019 65 S 0.001 0.012 0.620 0.011 0.056 0.024 0.001 0.001 0.002 0.095 0.144 0.011 0.024 66 D 0.006 0.012 0.327 0.012 0.049 0.021 0.001 0.001 0.009 0.220 0.251 0.019 0.073 67 R 0.043 0.015 0.368 0.009 0.015 0.013 0.007 0.001 0.049 0.105 0.036 0.233 0.106 68 I 0.107 0.014 0.148 0.010 0.002 0.007 0.015 0.001 0.057 0.013 0.003 0.036 0.587 69 Y 0.152 0.004 0.050 0.061 0.001 0.008 0.020 0.004 0.032 0.011 0.004 0.592 0.061 70 G 0.325 0.002 0.036 0.019 0.002 0.008 0.042 0.010 0.024 0.007 0.003 0.074 0.447 71 M 0.454 0.002 0.035 0.011 0.006 0.009 0.070 0.013 0.013 0.006 0.003 0.241 0.138 72 S 0.472 0.004 0.032 0.013 0.009 0.010 0.103 0.012 0.031 0.005 0.005 0.060 0.245 73 L 0.408 0.004 0.038 0.010 0.010 0.008 0.082 0.014 0.030 0.007 0.011 0.198 0.181 74 Y 0.322 0.004 0.088 0.072 0.017 0.006 0.030 0.007 0.023 0.047 0.097 0.132 0.155 75 E 0.249 0.003 0.094 0.098 0.012 0.002 0.008 0.001 0.011 0.113 0.131 0.147 0.131 76 F 0.346 0.007 0.095 0.032 0.005 0.002 0.022 0.003 0.015 0.057 0.016 0.128 0.271 77 N 0.431 0.003 0.050 0.019 0.001 0.001 0.023 0.002 0.015 0.015 0.004 0.258 0.177 78 V 0.486 0.002 0.024 0.030 0.001 0.001 0.045 0.003 0.006 0.004 0.001 0.054 0.342 79 K 0.575 0.002 0.018 0.018 0.001 0.001 0.061 0.002 0.005 0.002 0.001 0.246 0.066 80 W 0.555 0.002 0.020 0.020 0.001 0.002 0.042 0.001 0.004 0.004 0.001 0.032 0.316 81 R 0.382 0.002 0.049 0.012 0.001 0.002 0.027 0.001 0.006 0.006 0.002 0.390 0.119 82 I 0.217 0.008 0.082 0.005 0.003 0.002 0.016 0.001 0.003 0.019 0.009 0.047 0.588 83 K 0.066 0.022 0.261 0.033 0.012 0.009 0.003 0.001 0.005 0.135 0.078 0.166 0.210 84 A 0.011 0.005 0.150 0.008 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.269 0.362 0.052 0.111 85 G 0.002 0.001 0.049 0.019 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.171 0.719 0.010 0.012 86 T 0.028 0.004 0.158 0.033 0.018 0.008 0.002 0.001 0.002 0.238 0.283 0.102 0.124 87 V 0.152 0.004 0.140 0.005 0.002 0.003 0.013 0.001 0.005 0.027 0.004 0.088 0.559 88 N 0.405 0.007 0.027 0.007 0.001 0.001 0.050 0.001 0.011 0.006 0.001 0.381 0.105 89 C 0.356 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.063 0.001 0.011 0.001 0.001 0.030 0.522 90 V 0.385 0.001 0.012 0.424 0.001 0.001 0.034 0.001 0.004 0.003 0.001 0.094 0.041 91 E 0.513 0.001 0.021 0.014 0.001 0.001 0.046 0.001 0.014 0.005 0.001 0.232 0.152 92 V 0.451 0.001 0.010 0.006 0.002 0.001 0.064 0.003 0.011 0.002 0.001 0.012 0.437 93 I 0.309 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.049 0.002 0.012 0.002 0.001 0.554 0.041 94 E 0.150 0.002 0.043 0.007 0.001 0.002 0.028 0.001 0.020 0.003 0.002 0.031 0.710 95 I 0.110 0.013 0.360 0.031 0.009 0.012 0.012 0.001 0.017 0.081 0.017 0.177 0.160 96 E 0.012 0.012 0.352 0.011 0.020 0.034 0.001 0.001 0.008 0.297 0.077 0.079 0.097 97 K 0.001 0.007 0.309 0.001 0.038 0.044 0.001 0.001 0.002 0.155 0.411 0.004 0.029 98 D 0.001 0.012 0.619 0.001 0.023 0.029 0.001 0.001 0.003 0.073 0.213 0.010 0.017 99 K 0.001 0.001 0.978 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.004