# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.613 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.037 0.049 0.036 0.086 0.100 0.118 0.174 0.139 0.125 0.085 0.051 2 A 0.024 0.013 0.011 0.021 0.024 0.032 0.089 0.125 0.204 0.223 0.233 3 D 0.059 0.080 0.068 0.180 0.180 0.144 0.124 0.071 0.049 0.029 0.016 4 S 0.032 0.067 0.033 0.072 0.077 0.091 0.140 0.142 0.140 0.120 0.086 5 E 0.152 0.116 0.059 0.146 0.145 0.122 0.115 0.067 0.043 0.024 0.012 6 P 0.325 0.120 0.070 0.117 0.090 0.075 0.082 0.045 0.038 0.025 0.015 7 N 0.266 0.234 0.105 0.185 0.092 0.044 0.035 0.015 0.011 0.007 0.005 8 A 0.043 0.012 0.009 0.017 0.021 0.039 0.096 0.131 0.183 0.227 0.221 9 Q 0.076 0.156 0.116 0.229 0.170 0.112 0.081 0.029 0.018 0.008 0.004 10 S 0.147 0.115 0.170 0.160 0.097 0.085 0.078 0.047 0.045 0.033 0.023 11 S 0.120 0.089 0.077 0.147 0.121 0.108 0.123 0.068 0.064 0.048 0.034 12 F 0.053 0.051 0.059 0.073 0.074 0.092 0.157 0.123 0.140 0.105 0.072 13 A 0.021 0.023 0.035 0.048 0.053 0.074 0.146 0.138 0.166 0.150 0.146 14 Q 0.032 0.069 0.172 0.183 0.190 0.139 0.124 0.047 0.028 0.012 0.005 15 E 0.157 0.135 0.239 0.224 0.112 0.059 0.038 0.016 0.010 0.005 0.004 16 K 0.343 0.213 0.133 0.134 0.075 0.049 0.029 0.011 0.008 0.004 0.002 17 L 0.017 0.014 0.011 0.030 0.049 0.107 0.223 0.183 0.160 0.117 0.089 18 P 0.504 0.306 0.076 0.074 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.175 0.051 0.063 0.114 0.100 0.111 0.151 0.089 0.071 0.045 0.030 20 K 0.221 0.297 0.152 0.216 0.079 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 21 L 0.014 0.014 0.014 0.041 0.051 0.119 0.266 0.202 0.155 0.084 0.040 22 T 0.063 0.130 0.200 0.365 0.166 0.058 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 23 V 0.004 0.003 0.007 0.006 0.008 0.022 0.149 0.202 0.288 0.188 0.123 24 E 0.019 0.093 0.194 0.443 0.186 0.045 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 25 F 0.004 0.026 0.023 0.020 0.022 0.044 0.139 0.153 0.200 0.202 0.166 26 T 0.009 0.095 0.333 0.308 0.166 0.061 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 27 E 0.760 0.097 0.114 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.071 0.056 0.333 0.337 0.133 0.049 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.003 0.065 0.008 0.012 0.057 0.322 0.205 0.189 0.102 0.038 30 K 0.001 0.002 0.177 0.227 0.223 0.204 0.123 0.030 0.010 0.003 0.001 31 S 0.003 0.010 0.950 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.005 0.127 0.083 0.126 0.234 0.277 0.084 0.041 0.016 0.004 33 V 0.001 0.001 0.086 0.005 0.006 0.012 0.126 0.146 0.249 0.245 0.124 34 K 0.001 0.006 0.606 0.199 0.131 0.037 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 35 K 0.009 0.027 0.903 0.039 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.003 0.007 0.035 0.025 0.048 0.148 0.395 0.157 0.111 0.054 0.019 37 E 0.121 0.107 0.120 0.112 0.102 0.109 0.181 0.080 0.045 0.017 0.005 38 E 0.171 0.138 0.515 0.092 0.045 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 39 K 0.155 0.191 0.181 0.167 0.107 0.080 0.068 0.024 0.014 0.008 0.003 40 R 0.061 0.084 0.044 0.096 0.102 0.134 0.203 0.114 0.088 0.049 0.025 41 P 0.475 0.179 0.123 0.109 0.057 0.029 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 42 H 0.063 0.142 0.099 0.160 0.141 0.140 0.147 0.057 0.031 0.014 0.006 43 L 0.004 0.005 0.006 0.022 0.037 0.083 0.216 0.204 0.204 0.145 0.074 44 S 0.030 0.044 0.065 0.170 0.201 0.233 0.176 0.049 0.022 0.007 0.002 45 R 0.019 0.061 0.297 0.349 0.150 0.072 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 46 F 0.002 0.003 0.015 0.020 0.025 0.047 0.174 0.207 0.223 0.187 0.096 47 I 0.001 0.001 0.013 0.010 0.013 0.021 0.119 0.165 0.225 0.244 0.188 48 R 0.001 0.006 0.282 0.253 0.238 0.127 0.063 0.019 0.007 0.002 0.001 49 Q 0.003 0.017 0.153 0.162 0.183 0.240 0.181 0.042 0.014 0.005 0.001 50 V 0.001 0.002 0.010 0.011 0.013 0.025 0.143 0.217 0.289 0.206 0.083 51 L 0.006 0.006 0.015 0.024 0.035 0.061 0.222 0.207 0.201 0.146 0.078 52 E 0.026 0.071 0.263 0.227 0.190 0.105 0.067 0.028 0.015 0.005 0.002 53 Q 0.012 0.035 0.053 0.078 0.084 0.120 0.204 0.164 0.134 0.086 0.030 54 D 0.110 0.113 0.050 0.096 0.103 0.083 0.143 0.126 0.094 0.057 0.026 55 P 0.175 0.117 0.043 0.102 0.095 0.096 0.145 0.091 0.069 0.046 0.022 56 R 0.096 0.087 0.045 0.145 0.144 0.121 0.143 0.092 0.068 0.043 0.017 57 P 0.141 0.141 0.060 0.147 0.111 0.103 0.115 0.073 0.059 0.034 0.014 58 A 0.099 0.093 0.052 0.125 0.136 0.128 0.145 0.099 0.070 0.038 0.015 59 Y 0.041 0.047 0.032 0.096 0.113 0.123 0.174 0.147 0.121 0.074 0.035 60 Q 0.045 0.067 0.054 0.137 0.171 0.143 0.173 0.099 0.067 0.031 0.013 61 Q 0.219 0.185 0.103 0.243 0.124 0.056 0.043 0.017 0.008 0.003 0.001 62 G 0.470 0.154 0.038 0.093 0.068 0.054 0.053 0.030 0.020 0.014 0.005 63 K 0.358 0.345 0.069 0.117 0.048 0.026 0.018 0.008 0.005 0.003 0.002 64 P 0.482 0.165 0.047 0.095 0.063 0.051 0.046 0.022 0.016 0.009 0.004 65 S 0.449 0.185 0.058 0.115 0.067 0.046 0.040 0.018 0.012 0.006 0.003 66 D 0.246 0.237 0.103 0.185 0.106 0.056 0.035 0.015 0.010 0.005 0.002 67 R 0.038 0.066 0.053 0.207 0.207 0.161 0.129 0.072 0.039 0.019 0.009 68 I 0.018 0.047 0.068 0.168 0.212 0.212 0.144 0.067 0.038 0.018 0.009 69 Y 0.004 0.007 0.015 0.041 0.054 0.076 0.216 0.213 0.186 0.126 0.059 70 G 0.029 0.040 0.040 0.181 0.167 0.148 0.168 0.099 0.065 0.039 0.024 71 M 0.003 0.005 0.012 0.015 0.014 0.022 0.069 0.117 0.239 0.266 0.239 72 S 0.023 0.068 0.082 0.294 0.215 0.142 0.104 0.037 0.021 0.009 0.006 73 L 0.004 0.005 0.007 0.010 0.010 0.015 0.060 0.108 0.223 0.274 0.285 74 Y 0.016 0.024 0.029 0.121 0.148 0.156 0.223 0.128 0.089 0.043 0.023 75 E 0.071 0.172 0.117 0.237 0.152 0.107 0.080 0.031 0.019 0.009 0.004 76 F 0.006 0.006 0.009 0.026 0.028 0.045 0.140 0.174 0.220 0.209 0.138 77 N 0.039 0.103 0.093 0.310 0.206 0.134 0.068 0.024 0.013 0.006 0.003 78 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.065 0.139 0.264 0.284 0.221 79 K 0.010 0.039 0.040 0.301 0.280 0.177 0.091 0.036 0.016 0.006 0.003 80 W 0.002 0.004 0.004 0.010 0.018 0.034 0.122 0.164 0.272 0.228 0.142 81 R 0.014 0.053 0.047 0.316 0.289 0.146 0.089 0.027 0.012 0.004 0.002 82 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.059 0.115 0.236 0.291 0.267 83 K 0.056 0.160 0.121 0.354 0.191 0.070 0.034 0.009 0.004 0.001 0.001 84 A 0.366 0.235 0.072 0.149 0.077 0.047 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 85 G 0.492 0.197 0.059 0.124 0.058 0.033 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 86 T 0.175 0.210 0.060 0.192 0.130 0.098 0.075 0.029 0.018 0.009 0.005 87 V 0.055 0.071 0.039 0.104 0.115 0.124 0.169 0.116 0.105 0.062 0.040 88 N 0.086 0.175 0.122 0.226 0.150 0.112 0.078 0.027 0.014 0.006 0.003 89 C 0.018 0.022 0.026 0.090 0.105 0.121 0.199 0.150 0.120 0.090 0.059 90 V 0.029 0.033 0.048 0.117 0.145 0.165 0.189 0.120 0.089 0.045 0.019 91 E 0.019 0.064 0.090 0.324 0.230 0.138 0.085 0.028 0.014 0.006 0.002 92 V 0.002 0.004 0.011 0.014 0.015 0.024 0.078 0.126 0.210 0.260 0.256 93 I 0.007 0.013 0.045 0.071 0.105 0.136 0.263 0.160 0.121 0.055 0.023 94 E 0.024 0.092 0.157 0.274 0.196 0.114 0.090 0.032 0.014 0.006 0.002 95 I 0.002 0.009 0.025 0.030 0.038 0.055 0.132 0.146 0.195 0.212 0.155 96 E 0.067 0.097 0.107 0.204 0.199 0.119 0.115 0.049 0.028 0.010 0.005 97 K 0.259 0.202 0.125 0.182 0.097 0.058 0.048 0.017 0.007 0.004 0.001 98 D 0.421 0.231 0.101 0.128 0.058 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 99 K 0.430 0.163 0.049 0.090 0.070 0.057 0.061 0.033 0.024 0.015 0.009