# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8175 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.183 0.139 0.265 0.095 0.110 0.018 0.067 0.073 0.016 0.032 0.001 2 A 0.322 0.182 0.321 0.044 0.064 0.016 0.011 0.008 0.011 0.021 0.001 3 D 0.456 0.054 0.139 0.272 0.020 0.024 0.018 0.006 0.007 0.003 0.002 4 S 0.198 0.151 0.303 0.172 0.089 0.021 0.021 0.018 0.011 0.015 0.001 5 E 0.048 0.282 0.366 0.003 0.025 0.012 0.010 0.001 0.250 0.003 0.001 6 P 0.357 0.001 0.509 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 7 N 0.268 0.040 0.152 0.252 0.032 0.109 0.061 0.041 0.040 0.003 0.002 8 A 0.474 0.111 0.220 0.103 0.029 0.034 0.008 0.005 0.012 0.004 0.001 9 Q 0.681 0.073 0.071 0.135 0.012 0.012 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 10 S 0.641 0.055 0.084 0.125 0.056 0.006 0.015 0.009 0.004 0.004 0.001 11 S 0.605 0.071 0.085 0.075 0.086 0.011 0.016 0.034 0.006 0.011 0.001 12 F 0.798 0.061 0.038 0.066 0.013 0.010 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 13 A 0.771 0.066 0.084 0.049 0.009 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 14 Q 0.804 0.041 0.037 0.080 0.010 0.011 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 15 E 0.625 0.093 0.113 0.109 0.024 0.013 0.014 0.003 0.005 0.002 0.001 16 K 0.318 0.180 0.138 0.260 0.017 0.019 0.018 0.002 0.047 0.001 0.001 17 L 0.025 0.187 0.617 0.003 0.018 0.024 0.012 0.001 0.110 0.001 0.001 18 P 0.113 0.018 0.775 0.016 0.001 0.048 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 19 V 0.048 0.428 0.340 0.032 0.100 0.023 0.006 0.002 0.018 0.003 0.001 20 K 0.038 0.370 0.446 0.025 0.016 0.064 0.005 0.001 0.034 0.001 0.002 21 L 0.004 0.485 0.376 0.008 0.052 0.035 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 22 T 0.007 0.386 0.524 0.004 0.012 0.052 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 V 0.004 0.781 0.122 0.002 0.020 0.036 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 24 E 0.007 0.566 0.337 0.006 0.017 0.043 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 25 F 0.013 0.394 0.323 0.022 0.125 0.076 0.012 0.002 0.027 0.004 0.001 26 T 0.032 0.171 0.498 0.004 0.221 0.035 0.001 0.001 0.027 0.010 0.001 27 E 0.982 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.904 0.001 0.007 0.079 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 29 A 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.982 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.976 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.917 0.004 0.008 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.875 0.009 0.027 0.067 0.002 0.004 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 37 E 0.877 0.012 0.030 0.048 0.004 0.007 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 38 E 0.727 0.021 0.041 0.178 0.008 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 39 K 0.382 0.070 0.126 0.357 0.010 0.028 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 40 R 0.166 0.127 0.396 0.011 0.026 0.023 0.024 0.002 0.207 0.018 0.001 41 P 0.813 0.001 0.143 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 42 H 0.618 0.013 0.085 0.150 0.006 0.080 0.012 0.009 0.022 0.004 0.001 43 L 0.978 0.001 0.002 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.975 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.932 0.004 0.007 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.167 0.019 0.023 0.771 0.002 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 54 D 0.011 0.090 0.241 0.002 0.013 0.063 0.068 0.001 0.510 0.002 0.001 55 P 0.639 0.002 0.216 0.082 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 56 R 0.235 0.109 0.483 0.008 0.057 0.015 0.013 0.005 0.057 0.017 0.001 57 P 0.443 0.007 0.443 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 58 A 0.740 0.024 0.143 0.047 0.017 0.005 0.007 0.009 0.003 0.005 0.001 59 Y 0.609 0.052 0.098 0.158 0.040 0.014 0.011 0.009 0.005 0.003 0.001 60 Q 0.397 0.222 0.164 0.117 0.012 0.048 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 61 Q 0.174 0.153 0.236 0.319 0.023 0.021 0.032 0.002 0.036 0.003 0.001 62 G 0.049 0.008 0.067 0.035 0.043 0.008 0.144 0.545 0.003 0.097 0.002 63 K 0.049 0.378 0.407 0.008 0.030 0.021 0.006 0.001 0.099 0.001 0.001 64 P 0.114 0.009 0.800 0.012 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 65 S 0.453 0.043 0.312 0.084 0.046 0.014 0.012 0.014 0.003 0.018 0.001 66 D 0.191 0.113 0.133 0.316 0.107 0.020 0.051 0.040 0.020 0.008 0.001 67 R 0.041 0.476 0.345 0.027 0.042 0.035 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 68 I 0.047 0.479 0.387 0.013 0.009 0.049 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 69 Y 0.035 0.660 0.073 0.060 0.136 0.011 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 70 G 0.013 0.378 0.166 0.011 0.372 0.016 0.011 0.006 0.013 0.012 0.001 71 M 0.008 0.779 0.102 0.003 0.083 0.008 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 72 S 0.014 0.468 0.306 0.004 0.012 0.130 0.003 0.001 0.062 0.001 0.001 73 L 0.048 0.479 0.301 0.014 0.018 0.089 0.002 0.001 0.047 0.001 0.002 74 Y 0.059 0.612 0.106 0.030 0.138 0.022 0.009 0.001 0.018 0.003 0.001 75 E 0.066 0.316 0.255 0.051 0.143 0.072 0.061 0.006 0.023 0.004 0.003 76 F 0.024 0.550 0.144 0.054 0.194 0.010 0.008 0.002 0.011 0.002 0.001 77 N 0.020 0.282 0.167 0.056 0.063 0.124 0.191 0.005 0.088 0.002 0.001 78 V 0.003 0.742 0.190 0.003 0.035 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 79 K 0.009 0.830 0.094 0.010 0.016 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 80 W 0.002 0.709 0.201 0.002 0.057 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 81 R 0.003 0.726 0.179 0.001 0.015 0.041 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 82 I 0.011 0.523 0.353 0.003 0.015 0.056 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 83 K 0.104 0.292 0.433 0.042 0.008 0.084 0.003 0.001 0.031 0.001 0.002 84 A 0.095 0.219 0.265 0.118 0.120 0.034 0.089 0.011 0.040 0.009 0.002 85 G 0.062 0.037 0.072 0.031 0.206 0.003 0.061 0.276 0.003 0.248 0.001 86 T 0.086 0.282 0.207 0.219 0.074 0.055 0.030 0.007 0.033 0.004 0.002 87 V 0.047 0.413 0.346 0.043 0.080 0.033 0.011 0.003 0.019 0.003 0.001 88 N 0.138 0.335 0.131 0.220 0.087 0.041 0.020 0.003 0.023 0.003 0.001 89 C 0.010 0.725 0.111 0.016 0.107 0.015 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 90 V 0.002 0.848 0.075 0.002 0.052 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 91 E 0.001 0.544 0.401 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 92 V 0.002 0.419 0.476 0.001 0.002 0.087 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 93 I 0.193 0.512 0.044 0.182 0.035 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 94 E 0.002 0.631 0.137 0.002 0.205 0.011 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 95 I 0.018 0.760 0.139 0.012 0.017 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 96 E 0.032 0.569 0.216 0.009 0.079 0.028 0.004 0.001 0.058 0.003 0.001 97 K 0.174 0.179 0.456 0.089 0.022 0.051 0.007 0.002 0.014 0.004 0.002 98 D 0.103 0.203 0.294 0.189 0.065 0.048 0.034 0.013 0.044 0.006 0.001 99 K 0.238 0.149 0.211 0.093 0.091 0.020 0.093 0.034 0.013 0.058 0.001