# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8175 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.086 0.111 0.152 0.211 0.218 0.169 0.053 2 A 0.084 0.093 0.115 0.196 0.239 0.208 0.064 3 D 0.108 0.178 0.192 0.187 0.148 0.129 0.058 4 S 0.092 0.116 0.137 0.199 0.216 0.168 0.072 5 E 0.095 0.197 0.233 0.207 0.138 0.092 0.037 6 P 0.120 0.169 0.179 0.198 0.172 0.122 0.040 7 N 0.141 0.230 0.214 0.174 0.119 0.089 0.033 8 A 0.049 0.051 0.079 0.180 0.282 0.282 0.076 9 Q 0.078 0.181 0.234 0.221 0.143 0.106 0.037 10 S 0.166 0.242 0.206 0.174 0.117 0.075 0.021 11 S 0.116 0.182 0.222 0.219 0.161 0.085 0.014 12 F 0.062 0.077 0.133 0.220 0.272 0.207 0.031 13 A 0.084 0.069 0.095 0.208 0.301 0.220 0.024 14 Q 0.196 0.293 0.254 0.171 0.070 0.015 0.001 15 E 0.341 0.370 0.184 0.077 0.022 0.005 0.001 16 K 0.195 0.298 0.236 0.167 0.077 0.025 0.002 17 L 0.085 0.136 0.229 0.297 0.196 0.053 0.003 18 P 0.343 0.315 0.187 0.101 0.042 0.010 0.001 19 V 0.195 0.261 0.257 0.186 0.080 0.019 0.001 20 K 0.196 0.397 0.244 0.111 0.039 0.012 0.001 21 L 0.012 0.035 0.100 0.263 0.365 0.210 0.015 22 T 0.021 0.189 0.355 0.273 0.119 0.039 0.004 23 V 0.011 0.024 0.054 0.180 0.394 0.315 0.021 24 E 0.028 0.182 0.324 0.295 0.132 0.035 0.003 25 F 0.010 0.032 0.092 0.278 0.414 0.168 0.006 26 T 0.076 0.301 0.373 0.184 0.054 0.011 0.001 27 E 0.518 0.372 0.085 0.020 0.004 0.001 0.001 28 Q 0.136 0.318 0.325 0.176 0.039 0.005 0.001 29 A 0.017 0.027 0.078 0.338 0.437 0.101 0.002 30 K 0.150 0.405 0.321 0.104 0.018 0.002 0.001 31 S 0.475 0.437 0.075 0.011 0.001 0.001 0.001 32 A 0.063 0.124 0.247 0.355 0.183 0.028 0.001 33 V 0.046 0.111 0.265 0.378 0.180 0.020 0.001 34 K 0.436 0.426 0.114 0.021 0.002 0.001 0.001 35 K 0.386 0.376 0.177 0.054 0.007 0.001 0.001 36 R 0.146 0.227 0.285 0.237 0.092 0.012 0.001 37 E 0.671 0.235 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 38 E 0.781 0.160 0.042 0.013 0.003 0.001 0.001 39 K 0.450 0.282 0.166 0.079 0.020 0.003 0.001 40 R 0.370 0.376 0.169 0.067 0.016 0.003 0.001 41 P 0.505 0.232 0.119 0.086 0.046 0.010 0.001 42 H 0.169 0.267 0.254 0.187 0.096 0.025 0.002 43 L 0.031 0.064 0.129 0.301 0.321 0.144 0.011 44 S 0.055 0.227 0.328 0.264 0.100 0.024 0.002 45 R 0.051 0.254 0.364 0.226 0.088 0.016 0.001 46 F 0.004 0.014 0.053 0.189 0.419 0.300 0.021 47 I 0.002 0.005 0.014 0.082 0.310 0.516 0.070 48 R 0.037 0.175 0.307 0.319 0.131 0.029 0.002 49 Q 0.021 0.089 0.232 0.375 0.221 0.061 0.003 50 V 0.009 0.013 0.018 0.053 0.184 0.584 0.139 51 L 0.022 0.054 0.100 0.212 0.314 0.258 0.039 52 E 0.193 0.294 0.221 0.162 0.086 0.035 0.008 53 Q 0.057 0.105 0.177 0.283 0.229 0.130 0.020 54 D 0.071 0.114 0.145 0.205 0.229 0.206 0.030 55 P 0.136 0.168 0.167 0.169 0.179 0.148 0.034 56 R 0.177 0.220 0.219 0.185 0.123 0.064 0.012 57 P 0.261 0.186 0.185 0.167 0.122 0.066 0.014 58 A 0.212 0.168 0.154 0.195 0.168 0.093 0.010 59 Y 0.183 0.147 0.174 0.244 0.194 0.055 0.003 60 Q 0.434 0.300 0.174 0.071 0.018 0.002 0.001 61 Q 0.620 0.274 0.079 0.022 0.004 0.001 0.001 62 G 0.815 0.136 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 63 K 0.751 0.158 0.060 0.024 0.006 0.001 0.001 64 P 0.843 0.117 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 65 S 0.778 0.151 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001 66 D 0.589 0.283 0.093 0.027 0.007 0.001 0.001 67 R 0.133 0.265 0.298 0.217 0.073 0.013 0.001 68 I 0.075 0.204 0.261 0.258 0.155 0.043 0.003 69 Y 0.024 0.043 0.092 0.244 0.358 0.214 0.025 70 G 0.024 0.069 0.134 0.250 0.262 0.219 0.042 71 M 0.014 0.026 0.045 0.099 0.214 0.414 0.188 72 S 0.013 0.046 0.098 0.227 0.277 0.263 0.076 73 L 0.013 0.016 0.025 0.065 0.185 0.430 0.266 74 Y 0.048 0.132 0.164 0.238 0.201 0.165 0.052 75 E 0.099 0.305 0.301 0.178 0.080 0.029 0.009 76 F 0.013 0.052 0.124 0.234 0.284 0.229 0.062 77 N 0.017 0.175 0.290 0.274 0.160 0.068 0.016 78 V 0.002 0.011 0.024 0.092 0.293 0.487 0.091 79 K 0.002 0.044 0.224 0.432 0.238 0.055 0.006 80 W 0.001 0.005 0.017 0.086 0.337 0.515 0.039 81 R 0.004 0.109 0.355 0.398 0.116 0.018 0.001 82 I 0.004 0.026 0.099 0.321 0.426 0.120 0.003 83 K 0.155 0.438 0.313 0.082 0.011 0.001 0.001 84 A 0.636 0.265 0.074 0.022 0.003 0.001 0.001 85 G 0.672 0.221 0.080 0.022 0.004 0.001 0.001 86 T 0.702 0.217 0.062 0.016 0.002 0.001 0.001 87 V 0.204 0.244 0.266 0.201 0.074 0.011 0.001 88 N 0.209 0.366 0.251 0.124 0.041 0.009 0.001 89 C 0.049 0.111 0.227 0.312 0.232 0.065 0.004 90 V 0.023 0.037 0.070 0.180 0.335 0.320 0.036 91 E 0.017 0.087 0.193 0.311 0.257 0.123 0.012 92 V 0.020 0.030 0.057 0.146 0.293 0.383 0.072 93 I 0.034 0.079 0.132 0.264 0.309 0.166 0.014 94 E 0.083 0.253 0.283 0.219 0.111 0.046 0.005 95 I 0.044 0.093 0.189 0.318 0.257 0.092 0.006 96 E 0.292 0.309 0.218 0.123 0.048 0.010 0.001 97 K 0.622 0.248 0.088 0.032 0.009 0.002 0.001 98 D 0.680 0.194 0.082 0.034 0.009 0.001 0.001 99 K 0.802 0.135 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001