# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.011 0.755 0.007 0.008 0.006 0.002 0.001 0.021 0.085 0.019 0.011 0.073 2 N 0.010 0.031 0.501 0.012 0.007 0.005 0.007 0.006 0.171 0.079 0.022 0.095 0.055 3 D 0.045 0.015 0.224 0.018 0.004 0.003 0.023 0.010 0.225 0.074 0.015 0.040 0.303 4 L 0.118 0.006 0.139 0.039 0.003 0.001 0.038 0.011 0.117 0.034 0.009 0.376 0.109 5 T 0.086 0.008 0.117 0.017 0.002 0.001 0.060 0.009 0.129 0.017 0.006 0.114 0.437 6 L 0.080 0.012 0.247 0.008 0.001 0.001 0.030 0.005 0.084 0.015 0.002 0.181 0.333 7 S 0.033 0.003 0.209 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.071 0.050 0.006 0.501 0.100 8 P 0.029 0.005 0.332 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.080 0.020 0.006 0.023 0.481 9 I 0.098 0.003 0.171 0.287 0.001 0.001 0.045 0.005 0.119 0.018 0.002 0.128 0.122 10 A 0.276 0.002 0.057 0.007 0.001 0.001 0.066 0.017 0.116 0.012 0.001 0.255 0.191 11 I 0.396 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.207 0.095 0.033 0.002 0.001 0.072 0.180 12 I 0.406 0.002 0.025 0.003 0.001 0.002 0.246 0.047 0.028 0.001 0.001 0.090 0.148 13 H 0.397 0.004 0.048 0.035 0.001 0.003 0.094 0.014 0.036 0.009 0.003 0.102 0.253 14 T 0.078 0.003 0.303 0.013 0.002 0.005 0.008 0.001 0.021 0.067 0.006 0.366 0.127 15 P 0.039 0.010 0.196 0.017 0.041 0.023 0.007 0.001 0.015 0.096 0.143 0.011 0.401 16 Y 0.033 0.027 0.189 0.017 0.112 0.058 0.003 0.001 0.012 0.140 0.292 0.088 0.028 17 K 0.017 0.023 0.239 0.005 0.144 0.069 0.003 0.001 0.006 0.190 0.191 0.022 0.090 18 E 0.011 0.021 0.356 0.004 0.082 0.086 0.002 0.001 0.005 0.179 0.148 0.052 0.054 19 K 0.013 0.028 0.332 0.003 0.091 0.095 0.001 0.001 0.004 0.141 0.174 0.015 0.102 20 F 0.005 0.025 0.257 0.013 0.054 0.082 0.001 0.001 0.004 0.259 0.230 0.042 0.027 21 S 0.003 0.034 0.403 0.009 0.031 0.044 0.001 0.001 0.003 0.230 0.177 0.013 0.052 22 V 0.001 0.024 0.714 0.002 0.010 0.020 0.001 0.001 0.003 0.135 0.019 0.036 0.035 23 P 0.001 0.018 0.734 0.004 0.020 0.023 0.001 0.001 0.002 0.068 0.077 0.007 0.045 24 R 0.004 0.060 0.429 0.006 0.046 0.046 0.001 0.001 0.004 0.181 0.173 0.023 0.027 25 Q 0.002 0.022 0.583 0.004 0.034 0.031 0.001 0.001 0.005 0.215 0.058 0.020 0.027 26 P 0.003 0.008 0.278 0.009 0.103 0.055 0.001 0.001 0.002 0.142 0.355 0.007 0.037 27 N 0.024 0.024 0.203 0.005 0.111 0.047 0.002 0.002 0.005 0.135 0.332 0.067 0.043 28 L 0.031 0.044 0.259 0.005 0.126 0.041 0.004 0.002 0.007 0.129 0.125 0.033 0.195 29 V 0.037 0.039 0.336 0.020 0.058 0.034 0.003 0.002 0.011 0.127 0.114 0.110 0.108 30 E 0.017 0.032 0.251 0.040 0.039 0.018 0.001 0.001 0.004 0.220 0.203 0.074 0.099 31 D 0.010 0.010 0.267 0.045 0.036 0.006 0.001 0.001 0.003 0.251 0.247 0.029 0.095 32 G 0.054 0.023 0.304 0.018 0.019 0.006 0.007 0.001 0.014 0.178 0.084 0.169 0.123 33 V 0.189 0.010 0.131 0.035 0.003 0.003 0.026 0.001 0.023 0.056 0.015 0.080 0.428 34 G 0.414 0.002 0.043 0.015 0.001 0.001 0.070 0.004 0.029 0.007 0.001 0.322 0.092 35 I 0.604 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.104 0.007 0.016 0.002 0.001 0.031 0.216 36 V 0.696 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.115 0.008 0.010 0.001 0.001 0.104 0.048 37 E 0.660 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.104 0.006 0.026 0.001 0.001 0.061 0.126 38 L 0.285 0.007 0.125 0.014 0.001 0.003 0.091 0.007 0.079 0.008 0.002 0.069 0.309 39 L 0.047 0.006 0.454 0.038 0.002 0.003 0.012 0.001 0.077 0.085 0.005 0.148 0.121 40 P 0.007 0.021 0.354 0.008 0.030 0.010 0.002 0.001 0.029 0.240 0.143 0.038 0.118 41 P 0.002 0.014 0.557 0.006 0.037 0.009 0.001 0.001 0.004 0.129 0.209 0.006 0.027 42 Y 0.002 0.057 0.468 0.001 0.024 0.021 0.001 0.001 0.009 0.246 0.124 0.025 0.023 43 N 0.001 0.029 0.662 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.003 0.237 0.019 0.002 0.019 44 S 0.001 0.008 0.297 0.001 0.027 0.408 0.001 0.001 0.001 0.192 0.060 0.001 0.006 45 P 0.001 0.001 0.022 0.001 0.030 0.871 0.001 0.001 0.001 0.020 0.054 0.001 0.001 46 E 0.001 0.002 0.028 0.001 0.043 0.872 0.001 0.001 0.001 0.013 0.042 0.001 0.001 47 A 0.001 0.003 0.035 0.001 0.031 0.883 0.001 0.001 0.001 0.018 0.028 0.001 0.002 48 V 0.001 0.004 0.019 0.001 0.040 0.878 0.001 0.001 0.001 0.011 0.045 0.001 0.002 49 R 0.001 0.002 0.017 0.001 0.035 0.747 0.001 0.001 0.001 0.021 0.175 0.001 0.001 50 G 0.001 0.002 0.078 0.001 0.048 0.486 0.001 0.001 0.001 0.049 0.334 0.001 0.002 51 L 0.001 0.007 0.292 0.001 0.090 0.274 0.001 0.001 0.002 0.163 0.161 0.002 0.007 52 E 0.001 0.004 0.147 0.002 0.134 0.269 0.001 0.001 0.001 0.115 0.315 0.007 0.005 53 Q 0.001 0.004 0.089 0.002 0.113 0.201 0.001 0.001 0.001 0.089 0.493 0.003 0.006 54 F 0.001 0.015 0.414 0.005 0.034 0.080 0.001 0.001 0.004 0.169 0.252 0.006 0.018 55 S 0.005 0.003 0.533 0.007 0.007 0.012 0.002 0.001 0.013 0.284 0.091 0.027 0.013 56 H 0.068 0.016 0.245 0.004 0.003 0.006 0.059 0.029 0.260 0.120 0.018 0.028 0.145 57 L 0.078 0.005 0.021 0.005 0.001 0.002 0.133 0.339 0.364 0.002 0.001 0.021 0.029 58 W 0.229 0.001 0.008 0.015 0.001 0.002 0.298 0.293 0.112 0.001 0.001 0.015 0.026 59 L 0.354 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.288 0.231 0.067 0.001 0.001 0.027 0.023 60 I 0.481 0.001 0.019 0.016 0.001 0.002 0.245 0.104 0.053 0.003 0.001 0.023 0.053 61 F 0.397 0.001 0.047 0.011 0.001 0.004 0.206 0.091 0.088 0.005 0.002 0.074 0.072 62 Q 0.488 0.001 0.051 0.008 0.001 0.004 0.064 0.025 0.071 0.014 0.004 0.105 0.165 63 F 0.409 0.009 0.075 0.031 0.005 0.009 0.034 0.005 0.027 0.018 0.020 0.087 0.271 64 D 0.110 0.017 0.301 0.047 0.028 0.028 0.010 0.004 0.017 0.104 0.061 0.132 0.142 65 Q 0.019 0.021 0.187 0.018 0.068 0.049 0.002 0.001 0.007 0.286 0.212 0.026 0.104 66 I 0.005 0.020 0.348 0.004 0.085 0.045 0.001 0.001 0.002 0.228 0.183 0.035 0.044 67 Q 0.001 0.016 0.216 0.003 0.075 0.037 0.001 0.001 0.001 0.284 0.333 0.009 0.024 68 Q 0.002 0.007 0.188 0.008 0.080 0.039 0.001 0.001 0.001 0.211 0.441 0.009 0.014 69 G 0.010 0.018 0.165 0.009 0.082 0.029 0.001 0.001 0.001 0.289 0.350 0.011 0.035 70 K 0.044 0.015 0.370 0.011 0.049 0.020 0.006 0.001 0.004 0.167 0.157 0.093 0.064 71 W 0.102 0.025 0.319 0.024 0.013 0.018 0.013 0.002 0.016 0.078 0.023 0.022 0.346 72 Q 0.070 0.016 0.191 0.019 0.003 0.012 0.016 0.003 0.043 0.044 0.007 0.516 0.060 73 P 0.101 0.013 0.179 0.022 0.003 0.014 0.022 0.003 0.034 0.034 0.008 0.025 0.545 74 T 0.115 0.010 0.194 0.008 0.003 0.008 0.024 0.004 0.044 0.015 0.004 0.496 0.075 75 V 0.070 0.015 0.163 0.017 0.003 0.005 0.021 0.001 0.034 0.031 0.006 0.019 0.614 76 R 0.018 0.010 0.255 0.040 0.003 0.004 0.006 0.001 0.022 0.056 0.004 0.524 0.058 77 P 0.006 0.006 0.574 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.016 0.070 0.011 0.054 0.237 78 P 0.005 0.039 0.624 0.018 0.031 0.003 0.002 0.001 0.013 0.096 0.047 0.019 0.103 79 R 0.007 0.052 0.560 0.002 0.066 0.007 0.002 0.001 0.020 0.099 0.075 0.057 0.052 80 L 0.002 0.017 0.254 0.003 0.158 0.021 0.001 0.001 0.003 0.210 0.287 0.007 0.038 81 G 0.001 0.006 0.163 0.003 0.097 0.019 0.001 0.001 0.001 0.262 0.435 0.007 0.007 82 G 0.001 0.003 0.151 0.007 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.482 0.300 0.004 0.006 83 N 0.001 0.013 0.425 0.006 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.348 0.158 0.005 0.016 84 Q 0.004 0.047 0.462 0.009 0.018 0.011 0.002 0.001 0.008 0.207 0.104 0.063 0.064 85 R 0.022 0.057 0.444 0.015 0.008 0.008 0.024 0.007 0.044 0.062 0.044 0.073 0.192 86 V 0.055 0.019 0.320 0.093 0.005 0.010 0.054 0.031 0.077 0.079 0.022 0.099 0.135 87 G 0.118 0.008 0.238 0.038 0.006 0.006 0.123 0.035 0.106 0.063 0.019 0.135 0.104 88 V 0.163 0.014 0.057 0.003 0.004 0.005 0.358 0.104 0.111 0.010 0.005 0.047 0.120 89 F 0.207 0.016 0.052 0.008 0.005 0.004 0.319 0.090 0.141 0.008 0.006 0.067 0.078 90 A 0.141 0.007 0.130 0.019 0.005 0.003 0.157 0.065 0.229 0.022 0.013 0.102 0.106 91 S 0.051 0.020 0.309 0.036 0.013 0.002 0.062 0.021 0.165 0.095 0.054 0.051 0.119 92 R 0.010 0.047 0.401 0.007 0.012 0.001 0.009 0.004 0.106 0.272 0.061 0.022 0.048 93 A 0.001 0.028 0.622 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.062 0.232 0.020 0.006 0.017 94 T 0.001 0.017 0.263 0.006 0.052 0.006 0.001 0.001 0.011 0.238 0.390 0.007 0.009 95 H 0.001 0.022 0.198 0.006 0.037 0.003 0.001 0.001 0.004 0.216 0.501 0.002 0.010 96 R 0.001 0.033 0.617 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.275 0.023 0.024 0.014 97 P 0.001 0.022 0.450 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.278 0.186 0.006 0.041 98 N 0.001 0.040 0.416 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.372 0.112 0.012 0.020 99 P 0.008 0.035 0.421 0.010 0.050 0.013 0.003 0.001 0.003 0.123 0.169 0.039 0.125 100 L 0.038 0.026 0.250 0.025 0.058 0.020 0.007 0.001 0.005 0.152 0.192 0.092 0.134 101 G 0.100 0.030 0.212 0.008 0.035 0.020 0.010 0.001 0.007 0.101 0.082 0.238 0.156 102 L 0.186 0.010 0.149 0.017 0.008 0.017 0.037 0.001 0.011 0.042 0.026 0.034 0.463 103 S 0.346 0.002 0.059 0.098 0.002 0.005 0.021 0.001 0.002 0.016 0.005 0.394 0.050 104 K 0.566 0.003 0.011 0.005 0.001 0.002 0.030 0.001 0.002 0.004 0.001 0.041 0.334 105 V 0.716 0.001 0.011 0.005 0.001 0.002 0.049 0.002 0.003 0.003 0.001 0.118 0.089 106 E 0.583 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.011 0.003 0.001 0.258 0.090 107 L 0.234 0.001 0.023 0.011 0.001 0.002 0.011 0.001 0.008 0.002 0.001 0.015 0.690 108 R 0.050 0.001 0.008 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 0.010 109 Q 0.285 0.003 0.029 0.020 0.003 0.003 0.007 0.001 0.003 0.016 0.001 0.309 0.320 110 V 0.151 0.003 0.052 0.007 0.008 0.006 0.011 0.001 0.002 0.008 0.001 0.037 0.713 111 E 0.073 0.005 0.102 0.006 0.009 0.016 0.008 0.001 0.003 0.015 0.005 0.676 0.081 112 C 0.045 0.013 0.103 0.009 0.022 0.044 0.003 0.001 0.002 0.042 0.040 0.014 0.662 113 I 0.023 0.015 0.267 0.017 0.043 0.067 0.002 0.001 0.002 0.153 0.196 0.155 0.062 114 N 0.006 0.016 0.107 0.012 0.043 0.034 0.001 0.001 0.001 0.196 0.518 0.011 0.057 115 G 0.001 0.008 0.086 0.005 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.229 0.615 0.011 0.006 116 N 0.002 0.003 0.121 0.006 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.266 0.561 0.006 0.015 117 I 0.089 0.006 0.331 0.004 0.010 0.002 0.004 0.001 0.003 0.219 0.197 0.042 0.093 118 F 0.589 0.008 0.052 0.004 0.001 0.001 0.044 0.006 0.014 0.018 0.005 0.079 0.178 119 L 0.781 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.060 0.019 0.012 0.002 0.001 0.056 0.054 120 H 0.820 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.042 0.029 0.017 0.001 0.001 0.042 0.041 121 L 0.586 0.003 0.039 0.007 0.001 0.002 0.041 0.032 0.037 0.002 0.001 0.068 0.180 122 G 0.247 0.005 0.094 0.292 0.002 0.004 0.019 0.014 0.051 0.042 0.028 0.126 0.075 123 A 0.164 0.004 0.184 0.118 0.007 0.006 0.011 0.003 0.029 0.134 0.081 0.097 0.162 124 V 0.176 0.015 0.222 0.012 0.012 0.012 0.032 0.011 0.044 0.052 0.016 0.130 0.267 125 D 0.107 0.028 0.164 0.013 0.022 0.018 0.069 0.045 0.037 0.049 0.020 0.272 0.155 126 L 0.118 0.015 0.112 0.009 0.092 0.046 0.064 0.123 0.033 0.045 0.082 0.037 0.223 127 V 0.153 0.016 0.100 0.005 0.122 0.040 0.078 0.043 0.038 0.035 0.115 0.088 0.167 128 D 0.031 0.033 0.106 0.058 0.131 0.027 0.011 0.003 0.015 0.109 0.391 0.041 0.042 129 G 0.009 0.012 0.135 0.123 0.041 0.011 0.002 0.001 0.008 0.232 0.359 0.024 0.043 130 T 0.006 0.011 0.499 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.013 0.209 0.020 0.167 0.038 131 P 0.014 0.020 0.401 0.041 0.014 0.008 0.010 0.001 0.018 0.112 0.050 0.014 0.298 132 I 0.196 0.027 0.142 0.007 0.017 0.016 0.120 0.037 0.074 0.027 0.036 0.207 0.093 133 F 0.363 0.034 0.064 0.011 0.010 0.023 0.168 0.042 0.050 0.022 0.014 0.029 0.169 134 D 0.195 0.017 0.195 0.011 0.006 0.039 0.087 0.008 0.070 0.045 0.017 0.179 0.132 135 I 0.080 0.012 0.347 0.008 0.007 0.042 0.025 0.006 0.089 0.117 0.026 0.062 0.180 136 K 0.007 0.015 0.444 0.011 0.020 0.031 0.003 0.001 0.041 0.266 0.046 0.074 0.041 137 P 0.003 0.010 0.551 0.017 0.058 0.033 0.001 0.001 0.016 0.131 0.118 0.007 0.054 138 Y 0.009 0.056 0.509 0.003 0.047 0.028 0.002 0.001 0.021 0.118 0.151 0.027 0.027 139 I 0.004 0.058 0.624 0.001 0.031 0.022 0.004 0.001 0.020 0.066 0.072 0.031 0.066 140 A 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010