# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2656 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.303 0.229 0.206 0.122 0.041 0.032 0.029 0.007 0.025 0.005 0.001 2 N 0.251 0.216 0.153 0.169 0.079 0.033 0.061 0.009 0.023 0.008 0.001 3 D 0.158 0.249 0.193 0.216 0.055 0.049 0.037 0.005 0.035 0.002 0.001 4 L 0.041 0.574 0.225 0.039 0.083 0.014 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 5 T 0.024 0.607 0.223 0.019 0.038 0.058 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 6 L 0.011 0.628 0.257 0.012 0.054 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 7 S 0.003 0.571 0.260 0.001 0.027 0.013 0.003 0.001 0.122 0.001 0.001 8 P 0.013 0.018 0.883 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 9 I 0.135 0.464 0.152 0.127 0.023 0.051 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 10 A 0.013 0.408 0.169 0.004 0.372 0.008 0.009 0.003 0.009 0.005 0.001 11 I 0.015 0.770 0.147 0.006 0.021 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 12 I 0.020 0.526 0.334 0.006 0.018 0.071 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 13 H 0.264 0.252 0.178 0.208 0.022 0.051 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 14 T 0.019 0.318 0.174 0.002 0.366 0.007 0.011 0.001 0.093 0.009 0.001 15 P 0.536 0.006 0.255 0.038 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 16 Y 0.281 0.180 0.186 0.171 0.063 0.045 0.024 0.010 0.036 0.002 0.001 17 K 0.328 0.179 0.222 0.130 0.036 0.043 0.021 0.007 0.023 0.008 0.001 18 E 0.229 0.261 0.301 0.073 0.054 0.024 0.021 0.007 0.026 0.004 0.001 19 K 0.335 0.236 0.236 0.109 0.023 0.030 0.009 0.003 0.017 0.001 0.001 20 F 0.209 0.204 0.210 0.177 0.087 0.031 0.041 0.012 0.018 0.010 0.001 21 S 0.174 0.164 0.196 0.163 0.064 0.058 0.105 0.026 0.038 0.012 0.002 22 V 0.035 0.373 0.369 0.005 0.039 0.016 0.009 0.001 0.152 0.002 0.001 23 P 0.202 0.007 0.700 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 24 R 0.195 0.218 0.309 0.138 0.022 0.071 0.013 0.006 0.025 0.002 0.002 25 Q 0.018 0.236 0.346 0.002 0.023 0.023 0.013 0.001 0.336 0.003 0.001 26 P 0.571 0.003 0.311 0.026 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 27 N 0.206 0.089 0.165 0.279 0.058 0.074 0.080 0.018 0.030 0.002 0.001 28 L 0.300 0.171 0.209 0.196 0.024 0.059 0.012 0.005 0.021 0.002 0.001 29 V 0.216 0.274 0.277 0.139 0.033 0.029 0.006 0.002 0.022 0.002 0.001 30 E 0.367 0.156 0.250 0.103 0.045 0.029 0.014 0.007 0.017 0.011 0.001 31 D 0.146 0.061 0.187 0.331 0.055 0.021 0.149 0.019 0.023 0.006 0.001 32 G 0.084 0.063 0.193 0.061 0.118 0.014 0.068 0.329 0.005 0.064 0.001 33 V 0.051 0.569 0.204 0.083 0.074 0.007 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 34 G 0.021 0.346 0.211 0.018 0.342 0.008 0.009 0.012 0.007 0.027 0.001 35 I 0.004 0.844 0.081 0.003 0.055 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 V 0.004 0.802 0.135 0.002 0.026 0.011 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 37 E 0.002 0.724 0.225 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 38 L 0.011 0.368 0.538 0.003 0.003 0.055 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 39 L 0.003 0.388 0.234 0.001 0.014 0.016 0.004 0.001 0.339 0.001 0.001 40 P 0.019 0.003 0.925 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 41 P 0.137 0.011 0.702 0.027 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 42 Y 0.106 0.202 0.216 0.160 0.185 0.035 0.041 0.032 0.010 0.012 0.001 43 N 0.020 0.146 0.243 0.085 0.071 0.242 0.072 0.002 0.114 0.004 0.001 44 S 0.305 0.115 0.286 0.049 0.053 0.070 0.011 0.003 0.100 0.007 0.001 45 P 0.955 0.001 0.025 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.950 0.001 0.007 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 47 A 0.936 0.003 0.006 0.045 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 48 V 0.841 0.020 0.030 0.093 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 49 R 0.734 0.030 0.091 0.122 0.007 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 50 G 0.459 0.004 0.018 0.088 0.024 0.003 0.073 0.288 0.003 0.038 0.001 51 L 0.587 0.056 0.194 0.100 0.004 0.044 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 52 E 0.692 0.071 0.116 0.091 0.009 0.009 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 53 Q 0.486 0.056 0.053 0.333 0.020 0.013 0.018 0.009 0.011 0.002 0.001 54 F 0.082 0.222 0.382 0.093 0.052 0.050 0.054 0.009 0.053 0.003 0.001 55 S 0.300 0.208 0.248 0.143 0.062 0.016 0.009 0.004 0.005 0.005 0.001 56 H 0.030 0.632 0.084 0.029 0.198 0.009 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 57 L 0.005 0.803 0.139 0.002 0.029 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 58 W 0.005 0.794 0.155 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 59 L 0.010 0.770 0.152 0.001 0.010 0.042 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 60 I 0.016 0.837 0.076 0.003 0.015 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 61 F 0.017 0.751 0.120 0.003 0.050 0.030 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 62 Q 0.039 0.548 0.265 0.011 0.022 0.064 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 63 F 0.175 0.372 0.214 0.057 0.086 0.056 0.008 0.002 0.024 0.005 0.001 64 D 0.132 0.143 0.219 0.103 0.068 0.213 0.037 0.003 0.077 0.004 0.001 65 Q 0.488 0.062 0.058 0.290 0.015 0.036 0.024 0.007 0.018 0.002 0.001 66 I 0.475 0.095 0.200 0.154 0.015 0.023 0.016 0.005 0.013 0.004 0.001 67 Q 0.538 0.061 0.068 0.209 0.010 0.034 0.048 0.008 0.020 0.003 0.001 68 Q 0.210 0.039 0.123 0.359 0.017 0.012 0.206 0.012 0.015 0.007 0.001 69 G 0.056 0.011 0.046 0.061 0.025 0.005 0.209 0.552 0.002 0.034 0.001 70 K 0.232 0.293 0.196 0.175 0.028 0.026 0.030 0.003 0.015 0.002 0.001 71 W 0.088 0.308 0.426 0.057 0.032 0.052 0.010 0.003 0.020 0.003 0.001 72 Q 0.019 0.396 0.281 0.003 0.018 0.023 0.015 0.001 0.244 0.001 0.001 73 P 0.074 0.008 0.878 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 74 T 0.069 0.535 0.259 0.036 0.059 0.026 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 75 V 0.026 0.416 0.472 0.016 0.017 0.031 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 R 0.004 0.446 0.270 0.001 0.013 0.014 0.002 0.001 0.251 0.001 0.001 77 P 0.015 0.001 0.897 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 78 P 0.122 0.006 0.730 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 79 R 0.215 0.195 0.372 0.051 0.063 0.046 0.019 0.010 0.021 0.007 0.002 80 L 0.152 0.131 0.265 0.365 0.014 0.029 0.014 0.002 0.027 0.001 0.001 81 G 0.059 0.031 0.164 0.068 0.103 0.004 0.081 0.232 0.006 0.252 0.001 82 G 0.044 0.021 0.122 0.042 0.101 0.007 0.080 0.258 0.003 0.322 0.001 83 N 0.036 0.106 0.471 0.103 0.090 0.087 0.048 0.011 0.035 0.008 0.005 84 Q 0.213 0.245 0.332 0.088 0.048 0.031 0.019 0.006 0.016 0.002 0.001 85 R 0.080 0.333 0.486 0.015 0.013 0.054 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 86 V 0.093 0.478 0.132 0.204 0.027 0.017 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 87 G 0.019 0.129 0.179 0.007 0.542 0.006 0.019 0.028 0.005 0.066 0.001 88 V 0.018 0.802 0.102 0.008 0.035 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 89 F 0.021 0.525 0.209 0.024 0.059 0.080 0.011 0.001 0.067 0.002 0.001 90 A 0.029 0.405 0.276 0.040 0.139 0.061 0.009 0.003 0.032 0.004 0.001 91 S 0.062 0.376 0.192 0.053 0.244 0.036 0.006 0.005 0.015 0.010 0.001 92 R 0.100 0.215 0.189 0.137 0.142 0.047 0.081 0.014 0.062 0.013 0.002 93 A 0.083 0.130 0.506 0.033 0.128 0.030 0.019 0.014 0.024 0.030 0.003 94 T 0.412 0.094 0.234 0.174 0.029 0.025 0.011 0.007 0.006 0.004 0.004 95 H 0.133 0.085 0.157 0.349 0.043 0.046 0.105 0.042 0.029 0.010 0.001 96 R 0.021 0.400 0.324 0.004 0.047 0.018 0.016 0.001 0.167 0.002 0.001 97 P 0.136 0.007 0.665 0.021 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 98 N 0.021 0.211 0.374 0.005 0.054 0.063 0.037 0.001 0.231 0.001 0.001 99 P 0.359 0.024 0.438 0.024 0.001 0.088 0.002 0.001 0.006 0.001 0.057 100 L 0.353 0.115 0.289 0.174 0.020 0.019 0.012 0.004 0.012 0.002 0.001 101 G 0.166 0.100 0.148 0.121 0.222 0.029 0.040 0.122 0.010 0.040 0.001 102 L 0.108 0.451 0.229 0.102 0.057 0.028 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 103 S 0.063 0.528 0.145 0.035 0.199 0.009 0.005 0.002 0.009 0.006 0.001 104 K 0.066 0.516 0.262 0.026 0.050 0.060 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 105 V 0.015 0.759 0.119 0.004 0.059 0.010 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 106 E 0.017 0.594 0.284 0.003 0.005 0.064 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 107 L 0.021 0.125 0.720 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 108 R 0.789 0.007 0.002 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.018 0.395 0.031 0.032 0.494 0.003 0.019 0.001 0.006 0.001 0.001 110 V 0.020 0.822 0.082 0.014 0.030 0.008 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 111 E 0.052 0.622 0.113 0.021 0.100 0.038 0.005 0.001 0.045 0.002 0.001 112 C 0.053 0.389 0.391 0.046 0.043 0.048 0.003 0.002 0.021 0.002 0.001 113 I 0.173 0.385 0.176 0.114 0.042 0.031 0.006 0.005 0.061 0.007 0.001 114 N 0.036 0.034 0.104 0.091 0.017 0.023 0.630 0.006 0.034 0.025 0.001 115 G 0.022 0.003 0.016 0.023 0.020 0.001 0.097 0.726 0.001 0.092 0.001 116 N 0.087 0.176 0.217 0.309 0.045 0.032 0.086 0.022 0.020 0.005 0.001 117 I 0.011 0.440 0.377 0.014 0.094 0.021 0.021 0.003 0.014 0.003 0.001 118 F 0.008 0.800 0.132 0.004 0.021 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 119 L 0.004 0.605 0.338 0.002 0.015 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 120 H 0.006 0.665 0.216 0.002 0.014 0.070 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 121 L 0.031 0.559 0.211 0.014 0.012 0.082 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 122 G 0.137 0.143 0.232 0.040 0.180 0.009 0.036 0.034 0.008 0.181 0.001 123 A 0.155 0.115 0.120 0.061 0.112 0.079 0.285 0.040 0.019 0.007 0.005 124 V 0.217 0.469 0.180 0.060 0.028 0.025 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 125 D 0.153 0.302 0.299 0.035 0.024 0.102 0.016 0.001 0.067 0.001 0.001 126 L 0.376 0.150 0.263 0.100 0.030 0.045 0.011 0.007 0.014 0.002 0.002 127 V 0.372 0.284 0.113 0.142 0.019 0.026 0.007 0.002 0.033 0.001 0.001 128 D 0.114 0.076 0.128 0.305 0.025 0.037 0.261 0.006 0.039 0.006 0.001 129 G 0.022 0.004 0.042 0.041 0.030 0.003 0.096 0.667 0.001 0.093 0.001 130 T 0.020 0.295 0.552 0.002 0.051 0.009 0.005 0.001 0.063 0.003 0.001 131 P 0.115 0.008 0.763 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 132 I 0.080 0.439 0.365 0.021 0.013 0.043 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 133 F 0.042 0.679 0.167 0.015 0.030 0.031 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 134 D 0.021 0.189 0.312 0.027 0.008 0.282 0.035 0.001 0.122 0.001 0.003 135 I 0.038 0.348 0.504 0.020 0.034 0.032 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 136 K 0.015 0.149 0.684 0.001 0.010 0.025 0.006 0.001 0.107 0.002 0.002 137 P 0.157 0.006 0.711 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 138 Y 0.140 0.333 0.233 0.039 0.106 0.073 0.025 0.007 0.041 0.002 0.001 139 I 0.134 0.392 0.271 0.098 0.014 0.045 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 140 A 0.181 0.167 0.408 0.044 0.102 0.027 0.015 0.012 0.021 0.023 0.001