# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.001 0.003 0.005 0.012 0.012 0.953 2 N 0.072 0.013 0.020 0.014 0.028 0.054 0.799 3 D 0.180 0.015 0.058 0.020 0.176 0.122 0.429 4 L 0.253 0.008 0.024 0.006 0.101 0.047 0.561 5 T 0.506 0.013 0.007 0.004 0.035 0.021 0.414 6 L 0.648 0.022 0.002 0.001 0.045 0.006 0.276 7 S 0.627 0.007 0.001 0.001 0.021 0.004 0.340 8 P 0.621 0.003 0.003 0.001 0.058 0.011 0.302 9 I 0.839 0.003 0.007 0.002 0.044 0.014 0.092 10 A 0.943 0.002 0.003 0.002 0.008 0.007 0.035 11 I 0.973 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 12 I 0.958 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.030 13 H 0.754 0.006 0.001 0.003 0.047 0.016 0.171 14 T 0.317 0.009 0.004 0.004 0.264 0.024 0.379 15 P 0.127 0.008 0.037 0.026 0.216 0.374 0.213 16 Y 0.098 0.016 0.088 0.053 0.156 0.363 0.226 17 K 0.172 0.020 0.129 0.076 0.180 0.114 0.309 18 E 0.264 0.026 0.082 0.090 0.145 0.090 0.302 19 K 0.297 0.046 0.066 0.067 0.109 0.130 0.285 20 F 0.228 0.029 0.015 0.024 0.117 0.082 0.506 21 S 0.180 0.041 0.011 0.016 0.134 0.079 0.541 22 V 0.142 0.027 0.003 0.002 0.209 0.013 0.603 23 P 0.108 0.027 0.006 0.002 0.093 0.092 0.672 24 R 0.102 0.102 0.010 0.005 0.240 0.120 0.422 25 Q 0.064 0.012 0.003 0.002 0.338 0.010 0.571 26 P 0.038 0.008 0.184 0.064 0.087 0.252 0.368 27 N 0.103 0.040 0.290 0.082 0.121 0.218 0.146 28 L 0.182 0.037 0.267 0.052 0.096 0.123 0.243 29 V 0.300 0.040 0.090 0.052 0.080 0.110 0.328 30 E 0.233 0.019 0.091 0.037 0.133 0.258 0.229 31 D 0.122 0.004 0.044 0.010 0.252 0.400 0.168 32 G 0.290 0.005 0.016 0.002 0.266 0.205 0.215 33 V 0.836 0.010 0.002 0.001 0.022 0.007 0.122 34 G 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 35 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 36 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 38 L 0.944 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 39 L 0.388 0.011 0.002 0.001 0.093 0.005 0.502 40 P 0.052 0.008 0.009 0.001 0.164 0.017 0.748 41 P 0.010 0.004 0.065 0.003 0.174 0.336 0.408 42 Y 0.005 0.012 0.080 0.004 0.174 0.399 0.327 43 N 0.007 0.016 0.016 0.007 0.451 0.111 0.390 44 S 0.003 0.007 0.002 0.005 0.196 0.007 0.779 45 P 0.001 0.001 0.075 0.861 0.006 0.046 0.011 46 E 0.001 0.001 0.106 0.856 0.002 0.034 0.002 47 A 0.001 0.001 0.129 0.839 0.001 0.024 0.006 48 V 0.001 0.006 0.073 0.873 0.006 0.030 0.012 49 R 0.002 0.003 0.080 0.707 0.012 0.184 0.012 50 G 0.006 0.003 0.086 0.441 0.026 0.390 0.047 51 L 0.010 0.008 0.154 0.454 0.081 0.116 0.177 52 E 0.017 0.007 0.278 0.264 0.081 0.253 0.099 53 Q 0.014 0.007 0.230 0.101 0.116 0.459 0.073 54 F 0.052 0.010 0.107 0.037 0.204 0.139 0.452 55 S 0.060 0.004 0.034 0.016 0.339 0.112 0.434 56 H 0.522 0.006 0.025 0.011 0.093 0.074 0.268 57 L 0.884 0.003 0.001 0.002 0.011 0.002 0.096 58 W 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 59 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 60 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 62 Q 0.946 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.041 63 F 0.732 0.004 0.005 0.008 0.023 0.013 0.215 64 D 0.327 0.007 0.019 0.014 0.132 0.052 0.448 65 Q 0.355 0.021 0.076 0.096 0.116 0.130 0.206 66 I 0.209 0.015 0.123 0.096 0.124 0.165 0.269 67 Q 0.104 0.017 0.141 0.066 0.115 0.258 0.297 68 Q 0.026 0.005 0.091 0.030 0.126 0.641 0.083 69 G 0.014 0.002 0.060 0.008 0.146 0.631 0.138 70 K 0.086 0.012 0.034 0.007 0.273 0.161 0.428 71 W 0.261 0.056 0.015 0.009 0.129 0.044 0.486 72 Q 0.406 0.021 0.006 0.006 0.063 0.011 0.486 73 P 0.455 0.012 0.012 0.008 0.035 0.018 0.460 74 T 0.694 0.015 0.009 0.007 0.045 0.017 0.212 75 V 0.661 0.022 0.004 0.005 0.031 0.005 0.273 76 R 0.461 0.027 0.002 0.003 0.046 0.003 0.458 77 P 0.186 0.016 0.005 0.002 0.043 0.005 0.743 78 P 0.096 0.012 0.067 0.010 0.090 0.169 0.557 79 R 0.098 0.029 0.108 0.017 0.111 0.207 0.429 80 L 0.061 0.022 0.091 0.014 0.204 0.153 0.456 81 G 0.038 0.011 0.040 0.006 0.142 0.353 0.410 82 G 0.041 0.008 0.029 0.004 0.261 0.324 0.332 83 N 0.116 0.015 0.031 0.003 0.220 0.122 0.494 84 Q 0.283 0.017 0.025 0.002 0.270 0.063 0.340 85 R 0.686 0.013 0.009 0.001 0.056 0.020 0.215 86 V 0.880 0.006 0.003 0.001 0.016 0.004 0.089 87 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 88 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 89 F 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 90 A 0.852 0.006 0.002 0.001 0.012 0.006 0.121 91 S 0.534 0.014 0.005 0.001 0.116 0.029 0.301 92 R 0.233 0.019 0.013 0.002 0.343 0.056 0.334 93 A 0.080 0.037 0.034 0.003 0.205 0.061 0.581 94 T 0.034 0.017 0.055 0.005 0.243 0.345 0.301 95 H 0.029 0.028 0.044 0.008 0.369 0.302 0.220 96 R 0.034 0.026 0.012 0.004 0.479 0.039 0.405 97 P 0.036 0.032 0.016 0.006 0.303 0.154 0.452 98 N 0.055 0.028 0.014 0.004 0.347 0.096 0.456 99 P 0.097 0.025 0.200 0.044 0.224 0.151 0.259 100 L 0.169 0.018 0.252 0.083 0.132 0.175 0.171 101 G 0.320 0.036 0.146 0.032 0.120 0.164 0.182 102 L 0.514 0.031 0.034 0.013 0.053 0.036 0.318 103 S 0.620 0.012 0.011 0.006 0.095 0.025 0.232 104 K 0.790 0.004 0.012 0.004 0.053 0.018 0.119 105 V 0.909 0.002 0.002 0.003 0.015 0.006 0.063 106 E 0.980 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 107 L 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 108 R 0.928 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.053 109 Q 0.920 0.001 0.001 0.001 0.017 0.015 0.044 110 V 0.928 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.050 111 E 0.961 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.026 112 C 0.893 0.011 0.002 0.001 0.004 0.006 0.083 113 I 0.681 0.018 0.011 0.002 0.025 0.142 0.122 114 N 0.096 0.001 0.018 0.001 0.109 0.719 0.056 115 G 0.027 0.001 0.009 0.001 0.259 0.676 0.028 116 N 0.222 0.006 0.010 0.001 0.261 0.276 0.226 117 I 0.813 0.013 0.003 0.001 0.054 0.006 0.111 118 F 0.969 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 119 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 120 H 0.994 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 121 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 122 G 0.612 0.001 0.003 0.001 0.157 0.077 0.150 123 A 0.599 0.002 0.019 0.004 0.119 0.173 0.084 124 V 0.836 0.015 0.017 0.009 0.032 0.020 0.070 125 D 0.709 0.007 0.043 0.012 0.084 0.018 0.128 126 L 0.455 0.008 0.183 0.063 0.038 0.158 0.096 127 V 0.560 0.024 0.054 0.053 0.052 0.094 0.163 128 D 0.101 0.004 0.037 0.025 0.080 0.707 0.045 129 G 0.058 0.003 0.007 0.002 0.094 0.782 0.055 130 T 0.258 0.022 0.002 0.001 0.087 0.008 0.623 131 P 0.495 0.014 0.004 0.001 0.087 0.022 0.377 132 I 0.753 0.010 0.006 0.001 0.025 0.008 0.197 133 F 0.888 0.006 0.002 0.001 0.010 0.003 0.091 134 D 0.903 0.007 0.002 0.001 0.010 0.004 0.073 135 I 0.767 0.005 0.002 0.002 0.009 0.005 0.211 136 K 0.738 0.004 0.003 0.002 0.026 0.005 0.222 137 P 0.669 0.015 0.004 0.002 0.037 0.010 0.263 138 Y 0.376 0.026 0.007 0.002 0.114 0.021 0.454 139 I 0.092 0.012 0.002 0.002 0.088 0.004 0.801 140 A 0.013 0.002 0.003 0.001 0.019 0.008 0.954