# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.193 0.275 0.127 0.068 0.039 0.054 0.021 0.029 0.016 0.001 2 N 0.233 0.232 0.195 0.127 0.093 0.028 0.044 0.011 0.021 0.017 0.001 3 D 0.169 0.141 0.183 0.263 0.044 0.068 0.072 0.009 0.046 0.003 0.002 4 L 0.114 0.390 0.286 0.088 0.075 0.020 0.008 0.004 0.014 0.002 0.001 5 T 0.056 0.575 0.181 0.051 0.066 0.039 0.008 0.002 0.021 0.002 0.001 6 L 0.028 0.528 0.294 0.033 0.061 0.024 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 7 S 0.007 0.507 0.281 0.001 0.043 0.012 0.005 0.001 0.144 0.001 0.001 8 P 0.033 0.012 0.831 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 9 I 0.117 0.461 0.193 0.110 0.028 0.045 0.007 0.001 0.036 0.001 0.002 10 A 0.031 0.345 0.223 0.009 0.324 0.014 0.018 0.008 0.013 0.013 0.001 11 I 0.025 0.720 0.169 0.011 0.026 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 12 I 0.039 0.469 0.355 0.013 0.022 0.075 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 13 H 0.219 0.282 0.179 0.195 0.041 0.052 0.006 0.002 0.021 0.002 0.001 14 T 0.024 0.309 0.200 0.003 0.338 0.008 0.011 0.001 0.095 0.011 0.001 15 P 0.619 0.006 0.218 0.045 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 16 Y 0.301 0.183 0.185 0.168 0.061 0.038 0.021 0.009 0.031 0.002 0.001 17 K 0.309 0.205 0.247 0.114 0.034 0.041 0.016 0.005 0.024 0.005 0.001 18 E 0.209 0.294 0.318 0.052 0.050 0.025 0.018 0.005 0.027 0.003 0.001 19 K 0.322 0.256 0.248 0.094 0.017 0.035 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 20 F 0.194 0.231 0.205 0.160 0.093 0.030 0.044 0.011 0.023 0.010 0.001 21 S 0.175 0.145 0.227 0.155 0.063 0.060 0.101 0.028 0.032 0.013 0.002 22 V 0.029 0.428 0.327 0.005 0.033 0.015 0.008 0.001 0.153 0.001 0.001 23 P 0.150 0.007 0.767 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 24 R 0.212 0.223 0.284 0.143 0.024 0.069 0.012 0.006 0.024 0.002 0.002 25 Q 0.019 0.251 0.340 0.002 0.032 0.023 0.016 0.001 0.313 0.003 0.001 26 P 0.525 0.004 0.352 0.028 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 27 N 0.181 0.149 0.198 0.211 0.090 0.066 0.054 0.015 0.033 0.002 0.001 28 L 0.234 0.253 0.274 0.130 0.020 0.059 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 29 V 0.190 0.305 0.269 0.124 0.041 0.030 0.007 0.002 0.029 0.003 0.001 30 E 0.334 0.170 0.253 0.097 0.050 0.035 0.019 0.008 0.020 0.012 0.001 31 D 0.117 0.062 0.155 0.335 0.051 0.022 0.205 0.019 0.026 0.005 0.002 32 G 0.059 0.060 0.185 0.048 0.131 0.010 0.064 0.367 0.004 0.071 0.001 33 V 0.040 0.621 0.187 0.059 0.076 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 34 G 0.017 0.389 0.208 0.014 0.320 0.008 0.006 0.007 0.007 0.023 0.001 35 I 0.004 0.861 0.068 0.003 0.052 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 V 0.004 0.783 0.154 0.002 0.026 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 37 E 0.003 0.702 0.239 0.001 0.009 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 38 L 0.013 0.395 0.509 0.004 0.004 0.052 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 39 L 0.004 0.341 0.296 0.001 0.011 0.017 0.004 0.001 0.325 0.001 0.001 40 P 0.028 0.002 0.897 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 41 P 0.222 0.008 0.612 0.024 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 42 Y 0.153 0.172 0.168 0.225 0.119 0.040 0.063 0.039 0.014 0.007 0.001 43 N 0.078 0.177 0.170 0.268 0.057 0.117 0.084 0.004 0.041 0.004 0.001 44 S 0.030 0.215 0.357 0.011 0.115 0.068 0.007 0.001 0.188 0.007 0.001 45 P 0.919 0.002 0.045 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 E 0.936 0.002 0.015 0.037 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 47 A 0.926 0.004 0.007 0.051 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 48 V 0.844 0.019 0.032 0.086 0.002 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 49 R 0.746 0.029 0.085 0.117 0.007 0.004 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 50 G 0.546 0.004 0.017 0.070 0.023 0.003 0.055 0.239 0.003 0.041 0.001 51 L 0.664 0.041 0.146 0.101 0.003 0.032 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 52 E 0.746 0.054 0.095 0.081 0.006 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 53 Q 0.535 0.043 0.048 0.311 0.015 0.011 0.017 0.008 0.009 0.002 0.001 54 F 0.112 0.171 0.332 0.133 0.044 0.050 0.088 0.016 0.050 0.005 0.001 55 S 0.228 0.259 0.287 0.106 0.078 0.015 0.011 0.005 0.006 0.006 0.001 56 H 0.074 0.487 0.138 0.060 0.177 0.021 0.018 0.005 0.015 0.003 0.001 57 L 0.008 0.743 0.189 0.004 0.030 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 58 W 0.009 0.778 0.165 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 59 L 0.014 0.777 0.148 0.001 0.011 0.036 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 60 I 0.022 0.839 0.069 0.003 0.016 0.024 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 61 F 0.021 0.751 0.113 0.004 0.053 0.028 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 62 Q 0.045 0.537 0.267 0.011 0.018 0.067 0.005 0.001 0.049 0.001 0.001 63 F 0.186 0.352 0.236 0.054 0.072 0.062 0.008 0.002 0.024 0.004 0.001 64 D 0.194 0.143 0.221 0.111 0.058 0.176 0.030 0.003 0.059 0.004 0.001 65 Q 0.509 0.068 0.060 0.258 0.019 0.032 0.025 0.007 0.018 0.002 0.001 66 I 0.496 0.095 0.184 0.149 0.014 0.025 0.014 0.004 0.014 0.004 0.001 67 Q 0.530 0.066 0.072 0.207 0.011 0.041 0.042 0.006 0.020 0.003 0.001 68 Q 0.230 0.057 0.141 0.368 0.022 0.014 0.134 0.008 0.019 0.006 0.001 69 G 0.066 0.011 0.050 0.075 0.028 0.004 0.180 0.538 0.002 0.045 0.001 70 K 0.238 0.222 0.189 0.198 0.034 0.031 0.062 0.007 0.016 0.003 0.001 71 W 0.089 0.338 0.385 0.063 0.043 0.044 0.011 0.003 0.019 0.004 0.001 72 Q 0.020 0.352 0.302 0.004 0.016 0.028 0.021 0.001 0.256 0.001 0.001 73 P 0.076 0.010 0.876 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 74 T 0.118 0.505 0.230 0.055 0.051 0.027 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 75 V 0.024 0.515 0.372 0.018 0.027 0.023 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 R 0.003 0.431 0.279 0.001 0.011 0.011 0.002 0.001 0.262 0.001 0.001 77 P 0.017 0.001 0.867 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 78 P 0.141 0.005 0.672 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 79 R 0.218 0.224 0.307 0.082 0.057 0.053 0.021 0.009 0.024 0.004 0.002 80 L 0.115 0.150 0.246 0.385 0.017 0.027 0.022 0.002 0.035 0.001 0.001 81 G 0.036 0.019 0.117 0.037 0.084 0.003 0.082 0.266 0.004 0.353 0.001 82 G 0.044 0.026 0.141 0.045 0.113 0.007 0.072 0.258 0.003 0.289 0.001 83 N 0.028 0.116 0.506 0.081 0.092 0.084 0.041 0.008 0.033 0.007 0.004 84 Q 0.209 0.272 0.332 0.079 0.043 0.032 0.013 0.004 0.014 0.001 0.001 85 R 0.075 0.401 0.420 0.015 0.014 0.053 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 86 V 0.090 0.477 0.131 0.205 0.025 0.018 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 87 G 0.018 0.124 0.186 0.007 0.538 0.006 0.020 0.030 0.005 0.066 0.001 88 V 0.018 0.795 0.109 0.008 0.036 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 F 0.021 0.534 0.213 0.023 0.057 0.076 0.010 0.001 0.063 0.002 0.001 90 A 0.029 0.408 0.274 0.039 0.141 0.061 0.009 0.003 0.031 0.004 0.001 91 S 0.059 0.378 0.189 0.052 0.249 0.036 0.006 0.005 0.015 0.010 0.001 92 R 0.096 0.219 0.189 0.134 0.145 0.046 0.080 0.014 0.063 0.013 0.002 93 A 0.080 0.131 0.512 0.031 0.128 0.030 0.019 0.013 0.025 0.029 0.003 94 T 0.415 0.093 0.238 0.171 0.028 0.025 0.010 0.006 0.006 0.004 0.004 95 H 0.132 0.088 0.160 0.346 0.044 0.046 0.103 0.040 0.029 0.010 0.001 96 R 0.020 0.399 0.325 0.004 0.045 0.018 0.016 0.001 0.170 0.002 0.001 97 P 0.134 0.007 0.671 0.020 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 98 N 0.020 0.211 0.375 0.005 0.053 0.063 0.038 0.001 0.231 0.001 0.001 99 P 0.347 0.024 0.453 0.024 0.001 0.084 0.002 0.001 0.006 0.001 0.058 100 L 0.343 0.120 0.289 0.177 0.022 0.019 0.011 0.004 0.012 0.002 0.001 101 G 0.154 0.102 0.156 0.120 0.220 0.032 0.042 0.120 0.011 0.042 0.001 102 L 0.102 0.444 0.232 0.111 0.055 0.028 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 103 S 0.053 0.512 0.155 0.030 0.216 0.010 0.005 0.002 0.010 0.007 0.001 104 K 0.073 0.452 0.309 0.029 0.041 0.074 0.007 0.001 0.011 0.001 0.002 105 V 0.014 0.750 0.121 0.004 0.069 0.010 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 106 E 0.015 0.607 0.280 0.002 0.006 0.059 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 107 L 0.016 0.116 0.734 0.001 0.001 0.124 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 R 0.763 0.007 0.002 0.226 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.013 0.379 0.027 0.025 0.532 0.002 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 110 V 0.014 0.846 0.068 0.010 0.031 0.007 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 111 E 0.036 0.642 0.119 0.020 0.084 0.041 0.005 0.001 0.050 0.002 0.001 112 C 0.043 0.378 0.434 0.027 0.052 0.042 0.002 0.002 0.017 0.003 0.001 113 I 0.235 0.354 0.162 0.115 0.041 0.029 0.008 0.006 0.042 0.008 0.001 114 N 0.029 0.043 0.097 0.095 0.013 0.021 0.641 0.004 0.045 0.011 0.001 115 G 0.008 0.002 0.013 0.009 0.022 0.001 0.055 0.770 0.001 0.121 0.001 116 N 0.059 0.168 0.243 0.265 0.049 0.054 0.116 0.015 0.025 0.005 0.001 117 I 0.006 0.560 0.339 0.004 0.066 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 118 F 0.011 0.759 0.150 0.006 0.013 0.034 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 119 L 0.004 0.560 0.385 0.002 0.017 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 120 H 0.007 0.669 0.189 0.002 0.019 0.078 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 121 L 0.034 0.532 0.243 0.017 0.011 0.075 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 122 G 0.146 0.121 0.230 0.043 0.175 0.008 0.034 0.037 0.007 0.199 0.001 123 A 0.150 0.103 0.122 0.065 0.102 0.084 0.299 0.042 0.020 0.008 0.005 124 V 0.209 0.472 0.184 0.059 0.029 0.026 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 125 D 0.147 0.300 0.301 0.035 0.024 0.106 0.015 0.001 0.069 0.001 0.001 126 L 0.374 0.152 0.267 0.097 0.030 0.044 0.011 0.007 0.014 0.002 0.002 127 V 0.384 0.278 0.109 0.141 0.018 0.026 0.006 0.002 0.033 0.001 0.001 128 D 0.115 0.075 0.127 0.308 0.025 0.036 0.262 0.006 0.039 0.006 0.001 129 G 0.021 0.004 0.039 0.040 0.029 0.003 0.100 0.674 0.001 0.088 0.001 130 T 0.018 0.300 0.551 0.002 0.050 0.009 0.004 0.001 0.062 0.002 0.001 131 P 0.107 0.008 0.772 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 132 I 0.074 0.443 0.371 0.022 0.014 0.041 0.002 0.001 0.031 0.001 0.002 133 F 0.039 0.698 0.152 0.013 0.030 0.029 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 134 D 0.022 0.196 0.337 0.025 0.007 0.273 0.027 0.001 0.109 0.001 0.003 135 I 0.045 0.314 0.519 0.031 0.032 0.035 0.002 0.001 0.019 0.001 0.003 136 K 0.017 0.188 0.613 0.001 0.020 0.024 0.008 0.001 0.124 0.003 0.002 137 P 0.122 0.005 0.770 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 138 Y 0.169 0.276 0.275 0.074 0.068 0.070 0.021 0.010 0.034 0.002 0.001 139 I 0.096 0.371 0.348 0.057 0.021 0.045 0.007 0.001 0.051 0.001 0.001 140 A 0.263 0.112 0.415 0.049 0.057 0.022 0.016 0.017 0.013 0.034 0.002