# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.702 0.178 0.066 0.035 0.015 0.004 0.001 2 N 0.625 0.243 0.089 0.032 0.009 0.002 0.001 3 D 0.388 0.315 0.176 0.090 0.025 0.005 0.001 4 L 0.144 0.155 0.210 0.254 0.177 0.054 0.005 5 T 0.223 0.256 0.240 0.164 0.083 0.030 0.005 6 L 0.051 0.071 0.128 0.243 0.295 0.181 0.032 7 S 0.113 0.198 0.213 0.214 0.153 0.088 0.022 8 P 0.053 0.080 0.116 0.185 0.243 0.247 0.077 9 I 0.038 0.062 0.098 0.175 0.221 0.277 0.129 10 A 0.043 0.068 0.085 0.122 0.182 0.305 0.196 11 I 0.023 0.055 0.105 0.181 0.232 0.256 0.148 12 I 0.020 0.025 0.041 0.115 0.261 0.388 0.150 13 H 0.065 0.154 0.195 0.243 0.200 0.114 0.029 14 T 0.078 0.151 0.178 0.221 0.204 0.137 0.030 15 P 0.184 0.263 0.233 0.178 0.091 0.042 0.010 16 Y 0.113 0.146 0.192 0.256 0.199 0.082 0.011 17 K 0.346 0.303 0.187 0.103 0.043 0.014 0.003 18 E 0.451 0.311 0.142 0.064 0.023 0.007 0.001 19 K 0.238 0.253 0.215 0.164 0.090 0.035 0.005 20 F 0.184 0.168 0.194 0.213 0.157 0.071 0.012 21 S 0.318 0.287 0.182 0.106 0.059 0.036 0.011 22 V 0.096 0.121 0.170 0.229 0.201 0.147 0.036 23 P 0.115 0.124 0.127 0.171 0.197 0.205 0.060 24 R 0.118 0.131 0.141 0.179 0.197 0.178 0.055 25 Q 0.094 0.097 0.134 0.207 0.241 0.179 0.048 26 P 0.258 0.251 0.211 0.151 0.082 0.037 0.010 27 N 0.277 0.317 0.208 0.116 0.051 0.023 0.007 28 L 0.186 0.219 0.211 0.206 0.129 0.045 0.005 29 V 0.274 0.212 0.188 0.175 0.108 0.039 0.004 30 E 0.626 0.231 0.083 0.040 0.015 0.005 0.001 31 D 0.546 0.256 0.110 0.054 0.024 0.008 0.001 32 G 0.170 0.208 0.239 0.224 0.118 0.036 0.004 33 V 0.148 0.293 0.258 0.180 0.084 0.032 0.006 34 G 0.028 0.094 0.159 0.236 0.276 0.181 0.026 35 I 0.008 0.051 0.158 0.295 0.309 0.152 0.027 36 V 0.004 0.010 0.025 0.084 0.249 0.493 0.136 37 E 0.005 0.048 0.168 0.342 0.278 0.141 0.019 38 L 0.003 0.010 0.030 0.120 0.327 0.446 0.065 39 L 0.011 0.078 0.214 0.343 0.264 0.082 0.007 40 P 0.217 0.394 0.238 0.108 0.034 0.007 0.001 41 P 0.324 0.378 0.185 0.080 0.024 0.007 0.001 42 Y 0.074 0.127 0.222 0.292 0.221 0.063 0.003 43 N 0.223 0.369 0.246 0.114 0.037 0.010 0.001 44 S 0.218 0.284 0.230 0.174 0.076 0.017 0.001 45 P 0.377 0.253 0.182 0.116 0.055 0.015 0.001 46 E 0.431 0.365 0.138 0.049 0.013 0.003 0.001 47 A 0.057 0.085 0.161 0.301 0.284 0.107 0.005 48 V 0.060 0.090 0.150 0.294 0.283 0.116 0.006 49 R 0.205 0.456 0.240 0.080 0.016 0.003 0.001 50 G 0.075 0.223 0.329 0.265 0.087 0.019 0.001 51 L 0.011 0.020 0.055 0.172 0.409 0.314 0.019 52 E 0.171 0.287 0.272 0.171 0.075 0.021 0.002 53 Q 0.249 0.386 0.223 0.104 0.031 0.007 0.001 54 F 0.021 0.068 0.180 0.315 0.297 0.112 0.007 55 S 0.059 0.181 0.226 0.243 0.183 0.096 0.012 56 H 0.020 0.050 0.120 0.237 0.324 0.210 0.039 57 L 0.007 0.015 0.027 0.068 0.179 0.475 0.229 58 W 0.004 0.015 0.037 0.110 0.225 0.351 0.257 59 L 0.001 0.003 0.010 0.031 0.083 0.366 0.506 60 I 0.002 0.007 0.018 0.057 0.143 0.397 0.377 61 F 0.003 0.011 0.022 0.059 0.147 0.460 0.298 62 Q 0.003 0.022 0.072 0.211 0.337 0.292 0.063 63 F 0.004 0.011 0.030 0.115 0.344 0.447 0.049 64 D 0.033 0.135 0.246 0.328 0.200 0.056 0.003 65 Q 0.172 0.431 0.263 0.102 0.028 0.005 0.001 66 I 0.151 0.249 0.300 0.221 0.069 0.009 0.001 67 Q 0.491 0.286 0.137 0.065 0.018 0.002 0.001 68 Q 0.752 0.179 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 69 G 0.733 0.186 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 70 K 0.599 0.264 0.090 0.035 0.010 0.002 0.001 71 W 0.156 0.192 0.257 0.256 0.116 0.022 0.001 72 Q 0.222 0.354 0.249 0.123 0.041 0.010 0.001 73 P 0.112 0.150 0.211 0.262 0.190 0.068 0.007 74 T 0.094 0.191 0.242 0.243 0.157 0.065 0.008 75 V 0.025 0.052 0.105 0.207 0.290 0.268 0.052 76 R 0.035 0.080 0.136 0.225 0.261 0.212 0.051 77 P 0.029 0.082 0.141 0.203 0.242 0.239 0.064 78 P 0.046 0.086 0.125 0.216 0.254 0.220 0.053 79 R 0.077 0.177 0.233 0.240 0.167 0.092 0.015 80 L 0.129 0.179 0.215 0.235 0.168 0.066 0.008 81 G 0.569 0.269 0.100 0.043 0.014 0.004 0.001 82 G 0.654 0.215 0.081 0.036 0.011 0.002 0.001 83 N 0.510 0.280 0.130 0.060 0.017 0.003 0.001 84 Q 0.259 0.350 0.238 0.116 0.032 0.005 0.001 85 R 0.059 0.186 0.265 0.278 0.165 0.042 0.004 86 V 0.011 0.034 0.107 0.271 0.369 0.186 0.021 87 G 0.004 0.011 0.028 0.084 0.230 0.494 0.148 88 V 0.002 0.004 0.008 0.025 0.097 0.393 0.471 89 F 0.001 0.003 0.004 0.013 0.045 0.251 0.682 90 A 0.001 0.003 0.006 0.023 0.067 0.230 0.670 91 S 0.002 0.007 0.014 0.038 0.094 0.311 0.534 92 R 0.008 0.027 0.052 0.109 0.187 0.293 0.324 93 A 0.014 0.045 0.079 0.142 0.189 0.275 0.256 94 T 0.047 0.097 0.121 0.170 0.187 0.207 0.172 95 H 0.021 0.043 0.065 0.124 0.222 0.355 0.171 96 R 0.014 0.029 0.069 0.153 0.224 0.290 0.220 97 P 0.011 0.017 0.021 0.044 0.112 0.392 0.403 98 N 0.009 0.015 0.028 0.073 0.162 0.301 0.412 99 P 0.015 0.028 0.040 0.064 0.102 0.286 0.466 100 L 0.012 0.017 0.026 0.049 0.113 0.265 0.518 101 G 0.011 0.023 0.042 0.086 0.137 0.318 0.383 102 L 0.009 0.022 0.043 0.094 0.187 0.318 0.327 103 S 0.005 0.018 0.031 0.083 0.186 0.433 0.244 104 K 0.007 0.056 0.154 0.292 0.266 0.168 0.056 105 V 0.003 0.012 0.030 0.096 0.258 0.488 0.113 106 E 0.015 0.117 0.236 0.316 0.208 0.093 0.014 107 L 0.005 0.013 0.042 0.146 0.355 0.397 0.043 108 R 0.051 0.234 0.327 0.252 0.105 0.027 0.003 109 Q 0.164 0.352 0.255 0.151 0.058 0.017 0.002 110 V 0.029 0.078 0.194 0.336 0.277 0.082 0.004 111 E 0.249 0.387 0.224 0.099 0.033 0.008 0.001 112 C 0.186 0.257 0.236 0.201 0.094 0.025 0.002 113 I 0.268 0.266 0.227 0.161 0.065 0.012 0.001 114 N 0.562 0.262 0.108 0.048 0.016 0.003 0.001 115 G 0.525 0.273 0.130 0.057 0.013 0.002 0.001 116 N 0.421 0.400 0.131 0.038 0.009 0.002 0.001 117 I 0.017 0.062 0.160 0.341 0.328 0.088 0.004 118 F 0.006 0.034 0.147 0.345 0.328 0.127 0.013 119 L 0.001 0.004 0.008 0.023 0.120 0.562 0.283 120 H 0.003 0.018 0.056 0.192 0.338 0.292 0.101 121 L 0.001 0.003 0.007 0.028 0.105 0.415 0.442 122 G 0.007 0.032 0.057 0.127 0.197 0.316 0.265 123 A 0.009 0.033 0.077 0.143 0.183 0.327 0.228 124 V 0.003 0.009 0.019 0.057 0.166 0.403 0.343 125 D 0.010 0.024 0.048 0.110 0.230 0.383 0.195 126 L 0.015 0.029 0.045 0.091 0.188 0.401 0.233 127 V 0.021 0.050 0.086 0.181 0.281 0.277 0.104 128 D 0.033 0.102 0.166 0.209 0.217 0.187 0.085 129 G 0.032 0.094 0.148 0.232 0.222 0.183 0.088 130 T 0.005 0.018 0.043 0.122 0.285 0.375 0.152 131 P 0.002 0.009 0.026 0.090 0.216 0.383 0.275 132 I 0.001 0.004 0.008 0.023 0.083 0.393 0.489 133 F 0.001 0.003 0.007 0.022 0.082 0.351 0.534 134 D 0.001 0.006 0.020 0.057 0.145 0.336 0.434 135 I 0.001 0.002 0.003 0.016 0.083 0.438 0.457 136 K 0.005 0.021 0.055 0.158 0.274 0.351 0.136 137 P 0.014 0.045 0.079 0.153 0.258 0.368 0.083 138 Y 0.044 0.138 0.239 0.283 0.189 0.094 0.014 139 I 0.105 0.145 0.193 0.252 0.208 0.088 0.009 140 A 0.491 0.264 0.141 0.068 0.026 0.008 0.001