PFRMAT RR
TARGET T0208
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximation of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length
REMARK or to a limited set of high scoring pairs.
REMARK
METHOD The predictor is an artificial neural network
METHOD using 280 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD NN: NN280-240n300.net.28
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
MODEL 1
MKWGFRWYGAAGDAIPLKHIRQIPGITGVVGTLLNKLPGDVWTVAEIQAL
KQSVEQEGLALLGIESVAIHDAIKAGTDQRDHYIDNYRQTLRNLGKCGIS
LVCYSFKPIFGWAKTDLAYENEDGSLSLLFDQAVVENMQPEDMYQLIHSQ
SKGFRLPGWEEERLQQFQELKAMYAGVTEEDLVENLRYFLERVIPVCEEE
NIKMGIHPDDPPWEIFGLPRITKNLADLKRILSLVDSPANGITFCTGSLG
ADPTNDLPTMIREIGHRINFVHFRNVKYLGEHRFEETAHPSVAGSLDMAE
LMQALVDVGYEGVIRPDHGRAIWDEKAMPGYGLYDRAMGLTYIQGLYEAT
KAKQNRK
277 289 0 8 0.73355
277 288 0 8 0.69105
207 247 0 8 0.6851
206 248 0 8 0.64345
245 316 0 8 0.6358
246 273 0 8 0.6256
243 264 0 8 0.61965
208 316 0 8 0.57715
207 317 0 8 0.57715
255 318 0 8 0.5593
243 319 0 8 0.55505
243 318 0 8 0.5525
99 208 0 8 0.5355
274 318 0 8 0.5338
247 276 0 8 0.53125
90 221 0 8 0.53125
87 248 0 8 0.5287
243 317 0 8 0.52615
208 318 0 8 0.52615
103 243 0 8 0.52615
245 317 0 8 0.5219
274 288 0 8 0.5168
147 206 0 8 0.51425
274 289 0 8 0.50405
256 319 0 8 0.50235
200 235 0 8 0.50235
208 221 0 8 0.49725
270 314 0 8 0.4947
190 247 0 8 0.4947
270 315 0 8 0.4896
204 222 0 8 0.4845
242 316 0 8 0.48195
228 247 0 8 0.48195
248 264 0 8 0.4794
189 243 0 8 0.4743
270 316 0 8 0.46665
208 249 0 8 0.46665
207 318 0 8 0.46665
208 243 0 8 0.459
189 317 0 8 0.459
189 240 0 8 0.459
245 315 0 8 0.45645
243 316 0 8 0.4539
232 290 0 8 0.4488
254 319 0 8 0.44625
220 274 0 8 0.44625
257 319 0 8 0.4437
207 246 0 8 0.4437
247 315 0 8 0.43945
102 243 0 8 0.43945
249 274 0 8 0.4369
189 316 0 8 0.4369
189 264 0 8 0.4369
174 255 0 8 0.4369
232 318 0 8 0.43435
208 220 0 8 0.4318
207 276 0 8 0.4267
207 240 0 8 0.4267
101 243 0 8 0.4267
87 206 0 8 0.4267
209 243 0 8 0.42075
202 235 0 8 0.42075
243 310 0 8 0.4182
206 318 0 8 0.4182
243 320 0 8 0.41565
209 245 0 8 0.41565
257 318 0 8 0.4131
257 274 0 8 0.4131
209 275 0 8 0.4131
189 318 0 8 0.41055
243 313 0 8 0.40885
243 315 0 8 0.4063
277 287 0 8 0.40375
264 313 0 8 0.40375
245 318 0 8 0.4012
207 228 0 8 0.4012
103 317 0 8 0.4012
248 319 0 8 0.39865
189 220 0 8 0.3961
130 189 0 8 0.3961
264 318 0 8 0.39355
245 298 0 8 0.391
248 313 0 8 0.38845
193 248 0 8 0.38845
245 274 0 8 0.3859
208 248 0 8 0.3859
91 189 0 8 0.3859
206 319 0 8 0.38335
170 220 0 8 0.3808
227 285 0 8 0.37825
193 240 0 8 0.37825
189 248 0 8 0.37825
274 320 0 8 0.3757
193 243 0 8 0.3757
274 316 0 8 0.37315
243 260 0 8 0.37315
208 274 0 8 0.37315
99 318 0 8 0.37315
298 316 0 8 0.3706
255 317 0 8 0.3706
189 245 0 8 0.3706
242 270 0 8 0.36805
240 270 0 8 0.36805
235 245 0 8 0.36805
245 260 0 8 0.3655
240 316 0 8 0.3655
208 242 0 8 0.3655
194 318 0 8 0.3655
274 319 0 8 0.36295
222 248 0 8 0.3604
103 208 0 8 0.3604
298 310 0 8 0.35785
243 298 0 8 0.35785
208 315 0 8 0.35785
248 315 0 8 0.3553
189 298 0 8 0.3553
101 313 0 8 0.3553
232 289 0 8 0.35275
143 228 0 8 0.35275
232 319 0 8 0.3502
222 243 0 8 0.3502
99 243 0 8 0.3502
228 243 0 8 0.34765
220 316 0 8 0.34765
189 247 0 8 0.34765
189 221 0 8 0.34765
86 254 0 8 0.34765
260 313 0 8 0.34595
243 270 0 8 0.34595
208 240 0 8 0.34595
193 257 0 8 0.34595
170 190 0 8 0.34595
103 270 0 8 0.34595
257 298 0 8 0.3434
245 270 0 8 0.3434
206 315 0 8 0.3434
264 315 0 8 0.34085
240 260 0 8 0.34085
209 276 0 8 0.34085
220 273 0 8 0.3383
235 313 0 8 0.33575
209 274 0 8 0.33575
209 246 0 8 0.33575
245 257 0 8 0.3332
190 249 0 8 0.3332
183 276 0 8 0.3332
251 296 0 8 0.33065
247 284 0 8 0.33065
186 243 0 8 0.33065
275 288 0 8 0.3281
235 270 0 8 0.3281
189 242 0 8 0.3281
274 287 0 8 0.3264
177 209 0 8 0.3264
99 189 0 8 0.3264
90 220 0 8 0.3264
257 270 0 8 0.32385
248 316 0 8 0.32385
207 250 0 8 0.32385
154 228 0 8 0.32385
275 289 0 8 0.3213
220 315 0 8 0.31875
220 247 0 8 0.31875
195 220 0 8 0.31875
216 243 0 8 0.3162
102 316 0 8 0.3162
221 315 0 8 0.3145
298 318 0 8 0.31195
271 310 0 8 0.31195
189 255 0 8 0.31195
248 260 0 8 0.3094
209 319 0 8 0.3094
208 245 0 8 0.3094
193 208 0 8 0.3094
240 313 0 8 0.30685
193 315 0 8 0.30685
276 315 0 8 0.3043
208 264 0 8 0.3043
189 274 0 8 0.3043
298 317 0 8 0.3026
221 274 0 8 0.3026
189 235 0 8 0.3026
252 317 0 8 0.30005
206 235 0 8 0.30005
274 317 0 8 0.2975
222 313 0 8 0.2975
87 260 0 8 0.2975
248 270 0 8 0.29495
275 316 0 8 0.29325
146 193 0 8 0.29325
254 318 0 8 0.2907
248 274 0 8 0.2907
189 204 0 8 0.2907
221 243 0 8 0.28815
220 235 0 8 0.28815
249 315 0 8 0.28645
209 220 0 8 0.28645
207 260 0 8 0.28645
174 209 0 8 0.28645
101 318 0 8 0.28645
274 290 0 8 0.2839
207 216 0 8 0.2839
193 318 0 8 0.2839
275 292 0 8 0.28135
257 317 0 8 0.28135
208 298 0 8 0.28135
135 159 0 8 0.28135
101 248 0 8 0.28135
87 189 0 8 0.28135
270 298 0 8 0.27965
221 312 0 8 0.27965
209 221 0 8 0.27965
207 315 0 8 0.27965
186 235 0 8 0.27965
227 252 0 8 0.2771
102 128 0 8 0.2771
87 130 0 8 0.2771
240 298 0 8 0.27455
147 248 0 8 0.27455
260 298 0 8 0.27285
249 318 0 8 0.27285
240 274 0 8 0.27285
220 318 0 8 0.27285
220 314 0 8 0.27285
249 296 0 8 0.2703
240 318 0 8 0.2703
235 315 0 8 0.2703
91 232 0 8 0.2703
248 318 0 8 0.2686
209 318 0 8 0.2686
170 189 0 8 0.2686
130 318 0 8 0.2686
269 315 0 8 0.26605
220 319 0 8 0.26605
209 317 0 8 0.26605
183 277 0 8 0.26605
159 242 0 8 0.26605
87 222 0 8 0.26605
208 260 0 8 0.2635
103 245 0 8 0.2635
87 243 0 8 0.2635
249 305 0 8 0.2618
207 220 0 8 0.2618
190 298 0 8 0.2618
189 228 0 8 0.2618
106 308 0 8 0.2618
221 318 0 8 0.25925
221 270 0 8 0.25925
189 319 0 8 0.25925
189 260 0 8 0.25925
103 315 0 8 0.25925
87 245 0 8 0.25925
250 270 0 8 0.25755
102 270 0 8 0.25755
102 208 0 8 0.25755
101 209 0 8 0.25755
87 240 0 8 0.25755
270 290 0 8 0.255
220 317 0 8 0.255
193 317 0 8 0.255
87 101 0 8 0.255
298 319 0 8 0.2533
235 317 0 8 0.2533
232 251 0 8 0.2533
209 254 0 8 0.2533
207 245 0 8 0.2533
189 315 0 8 0.2533
189 270 0 8 0.2533
112 243 0 8 0.2533
222 270 0 8 0.25075
209 270 0 8 0.25075
130 240 0 8 0.25075
103 264 0 8 0.25075
87 315 0 8 0.25075
209 264 0 8 0.24905
102 318 0 8 0.24905
240 257 0 8 0.2465
194 240 0 8 0.2465
189 216 0 8 0.2465
250 274 0 8 0.2448
240 317 0 8 0.2448
189 249 0 8 0.2448
130 270 0 8 0.2448
186 270 0 8 0.24225
103 258 0 8 0.24225
103 207 0 8 0.24225
103 128 0 8 0.24225
275 319 0 8 0.24055
240 315 0 8 0.24055
228 267 0 8 0.24055
209 255 0 8 0.24055
270 289 0 8 0.238
235 246 0 8 0.238
87 317 0 8 0.238
289 319 0 8 0.2363
240 250 0 8 0.2363
154 207 0 8 0.2363
130 216 0 8 0.2363
277 319 0 8 0.2346
252 320 0 8 0.2346
240 264 0 8 0.2346
189 257 0 8 0.2346
189 206 0 8 0.2346
260 270 0 8 0.23205
208 270 0 8 0.23205
102 209 0 8 0.23205
101 319 0 8 0.23205
260 316 0 8 0.23035
103 240 0 8 0.23035
308 317 0 8 0.2278
275 317 0 8 0.2278
270 288 0 8 0.2278
248 317 0 8 0.2278
220 254 0 8 0.2278
209 235 0 8 0.2278
194 268 0 8 0.2278
106 316 0 8 0.2278
90 305 0 8 0.2278
87 270 0 8 0.2278
87 209 0 8 0.2278
247 302 0 8 0.2261
228 257 0 8 0.2261
216 235 0 8 0.2261
208 320 0 8 0.2261
296 320 0 8 0.2244
275 315 0 8 0.2244
102 235 0 8 0.2244
260 315 0 8 0.22185
209 277 0 8 0.22185
209 248 0 8 0.22185
298 315 0 8 0.22015
206 274 0 8 0.22015
156 318 0 8 0.22015
156 189 0 8 0.22015
104 207 0 8 0.22015
260 318 0 8 0.21675
243 258 0 8 0.21675
209 320 0 8 0.21675
103 274 0 8 0.21675
289 320 0 8 0.2142
288 316 0 8 0.2142
250 275 0 8 0.2142
249 312 0 8 0.2142
209 316 0 8 0.2142
146 194 0 8 0.2142
128 174 0 8 0.2142
103 276 0 8 0.2142
289 317 0 8 0.2125
288 317 0 8 0.2125
270 318 0 8 0.2125
248 320 0 8 0.2125
243 288 0 8 0.2125
209 240 0 8 0.2125
194 208 0 8 0.2125
185 198 0 8 0.2125
221 317 0 8 0.2108
157 318 0 8 0.2108
138 243 0 8 0.2108
101 270 0 8 0.2108
87 102 0 8 0.2108
264 274 0 8 0.2091
245 308 0 8 0.2091
207 274 0 8 0.2091
157 209 0 8 0.2091
128 274 0 8 0.2091
90 101 0 8 0.2091
87 274 0 8 0.2091
256 274 0 8 0.20655
216 270 0 8 0.20655
216 240 0 8 0.20655
87 103 0 8 0.20655
245 275 0 8 0.20485
189 208 0 8 0.20485
158 200 0 8 0.20485
93 274 0 8 0.20485
289 316 0 8 0.20315
250 315 0 8 0.20315
250 260 0 8 0.20315
249 319 0 8 0.20315
102 221 0 8 0.20315
90 243 0 8 0.20315
232 320 0 8 0.20145
216 228 0 8 0.20145
114 194 0 8 0.20145
103 209 0 8 0.20145
90 209 0 8 0.20145
216 245 0 8 0.19975
200 264 0 8 0.19975
189 207 0 8 0.19975
156 248 0 8 0.19975
130 208 0 8 0.19975
216 315 0 8 0.1972
207 270 0 8 0.1972
129 273 0 8 0.1972
119 318 0 8 0.1972
103 157 0 8 0.1955
87 112 0 8 0.1955
288 318 0 8 0.1938
128 289 0 8 0.1938
90 270 0 8 0.1938
270 305 0 8 0.1921
250 317 0 8 0.1921
228 276 0 8 0.1921
220 240 0 8 0.1921
207 275 0 8 0.1921
189 275 0 8 0.1921
170 315 0 8 0.1921
112 274 0 8 0.1921
109 267 0 8 0.1921
90 245 0 8 0.1921
90 240 0 8 0.1921
87 128 0 8 0.1921
251 320 0 8 0.1904
243 274 0 8 0.1904
216 298 0 8 0.1904
209 314 0 8 0.1904
193 209 0 8 0.1904
111 157 0 8 0.1904
106 317 0 8 0.1904
102 313 0 8 0.1904
90 315 0 8 0.1904
270 319 0 8 0.1887
254 320 0 8 0.1887
235 274 0 8 0.1887
170 197 0 8 0.1887
156 319 0 8 0.1887
112 248 0 8 0.1887
105 157 0 8 0.1887
88 157 0 8 0.1887
253 320 0 8 0.187
216 248 0 8 0.187
189 209 0 8 0.187
250 316 0 8 0.1853
223 254 0 8 0.1853
220 255 0 8 0.1853
274 291 0 8 0.1836
257 312 0 8 0.1836
254 289 0 8 0.1836
216 274 0 8 0.1836
209 289 0 8 0.1836
128 270 0 8 0.1836
102 157 0 8 0.1836
90 248 0 8 0.1836
223 289 0 8 0.1819
220 276 0 8 0.1819
216 318 0 8 0.1819
209 315 0 8 0.1819
194 209 0 8 0.1819
138 190 0 8 0.1819
106 270 0 8 0.1819
90 298 0 8 0.1819
277 317 0 8 0.1802
194 320 0 8 0.1802
194 248 0 8 0.1802
190 227 0 8 0.1802
174 220 0 8 0.1802
170 243 0 8 0.1802
157 270 0 8 0.1802
114 209 0 8 0.1802
112 315 0 8 0.1802
112 270 0 8 0.1802
103 220 0 8 0.1802
90 318 0 8 0.1802
90 157 0 8 0.1802
269 289 0 8 0.1785
239 270 0 8 0.1785
235 319 0 8 0.1785
157 317 0 8 0.1785
113 157 0 8 0.1785
103 112 0 8 0.1785
255 289 0 8 0.1768
255 274 0 8 0.1768
220 246 0 8 0.1768
157 220 0 8 0.1768
103 189 0 8 0.1768
102 315 0 8 0.1768
240 255 0 8 0.1751
156 250 0 8 0.1751
112 209 0 8 0.1751
112 157 0 8 0.1751
106 318 0 8 0.1751
88 101 0 8 0.1751
247 320 0 8 0.1734
163 260 0 8 0.1734
112 240 0 8 0.1734
106 255 0 8 0.1734
270 313 0 8 0.1717
240 319 0 8 0.1717
189 250 0 8 0.1717
185 235 0 8 0.1717
135 243 0 8 0.1717
128 318 0 8 0.1717
128 220 0 8 0.1717
270 317 0 8 0.17
216 317 0 8 0.17
164 271 0 8 0.17
119 194 0 8 0.17
END