# TARGET T0207 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.007 0.602 0.024 0.002 0.002 0.004 0.002 0.028 0.170 0.013 0.098 0.040 2 A 0.057 0.015 0.425 0.011 0.001 0.001 0.025 0.004 0.110 0.037 0.003 0.056 0.253 3 L 0.158 0.006 0.079 0.026 0.001 0.002 0.201 0.056 0.164 0.007 0.001 0.091 0.208 4 T 0.247 0.002 0.039 0.068 0.001 0.003 0.230 0.146 0.062 0.005 0.001 0.109 0.088 5 L 0.212 0.003 0.030 0.003 0.001 0.002 0.333 0.140 0.075 0.003 0.001 0.090 0.109 6 Y 0.225 0.005 0.091 0.007 0.001 0.004 0.272 0.055 0.096 0.011 0.003 0.055 0.175 7 Q 0.097 0.024 0.301 0.030 0.003 0.006 0.056 0.018 0.114 0.055 0.017 0.150 0.129 8 R 0.004 0.007 0.539 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.022 0.306 0.038 0.030 0.040 9 D 0.001 0.006 0.101 0.003 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.204 0.622 0.001 0.012 10 D 0.001 0.006 0.151 0.001 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.284 0.472 0.012 0.004 11 C 0.001 0.038 0.450 0.001 0.055 0.014 0.001 0.001 0.004 0.330 0.087 0.002 0.017 12 H 0.001 0.030 0.449 0.001 0.048 0.104 0.001 0.001 0.003 0.232 0.114 0.008 0.010 13 L 0.001 0.005 0.116 0.001 0.052 0.562 0.001 0.001 0.001 0.108 0.151 0.001 0.004 14 C 0.001 0.001 0.032 0.001 0.019 0.909 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 21 L 0.001 0.002 0.009 0.001 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.052 0.001 0.024 0.814 0.001 0.001 0.001 0.047 0.054 0.005 0.001 23 Q 0.001 0.003 0.041 0.001 0.078 0.660 0.001 0.001 0.001 0.023 0.187 0.001 0.005 24 A 0.001 0.002 0.067 0.001 0.119 0.347 0.001 0.001 0.001 0.089 0.367 0.002 0.004 25 R 0.001 0.009 0.124 0.002 0.107 0.128 0.001 0.001 0.006 0.118 0.486 0.008 0.009 26 A 0.001 0.006 0.327 0.013 0.089 0.046 0.001 0.001 0.007 0.184 0.302 0.004 0.021 27 G 0.001 0.007 0.368 0.010 0.017 0.020 0.001 0.001 0.032 0.396 0.086 0.040 0.022 28 A 0.001 0.010 0.595 0.009 0.004 0.005 0.002 0.001 0.183 0.065 0.020 0.040 0.064 29 F 0.009 0.012 0.282 0.015 0.001 0.004 0.016 0.006 0.388 0.027 0.003 0.021 0.215 30 F 0.012 0.005 0.094 0.049 0.001 0.003 0.015 0.024 0.474 0.021 0.001 0.264 0.037 31 S 0.031 0.008 0.044 0.006 0.001 0.003 0.063 0.041 0.466 0.010 0.002 0.022 0.304 32 V 0.021 0.007 0.166 0.011 0.002 0.003 0.067 0.027 0.403 0.014 0.001 0.219 0.058 33 F 0.009 0.013 0.368 0.008 0.006 0.004 0.017 0.008 0.285 0.034 0.009 0.028 0.212 34 I 0.005 0.028 0.277 0.013 0.095 0.031 0.005 0.002 0.045 0.241 0.183 0.017 0.059 35 D 0.001 0.010 0.316 0.004 0.074 0.031 0.001 0.001 0.007 0.229 0.306 0.009 0.011 36 D 0.001 0.017 0.240 0.001 0.025 0.043 0.001 0.001 0.002 0.482 0.180 0.002 0.008 37 D 0.001 0.006 0.680 0.001 0.004 0.085 0.001 0.001 0.001 0.202 0.020 0.001 0.002 38 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.841 0.001 0.001 0.001 0.009 0.121 0.001 0.001 44 Y 0.001 0.002 0.045 0.001 0.026 0.529 0.001 0.001 0.001 0.052 0.338 0.001 0.005 45 G 0.001 0.005 0.215 0.001 0.056 0.090 0.001 0.001 0.002 0.087 0.529 0.004 0.010 46 L 0.001 0.007 0.319 0.004 0.081 0.053 0.001 0.001 0.003 0.270 0.176 0.045 0.038 47 R 0.001 0.019 0.631 0.005 0.021 0.010 0.001 0.001 0.009 0.090 0.055 0.014 0.144 48 V 0.004 0.015 0.436 0.037 0.004 0.007 0.002 0.001 0.029 0.097 0.018 0.291 0.059 49 P 0.011 0.003 0.511 0.035 0.002 0.003 0.004 0.001 0.030 0.028 0.008 0.025 0.341 50 V 0.198 0.006 0.112 0.010 0.002 0.004 0.029 0.005 0.039 0.006 0.003 0.398 0.188 51 L 0.500 0.006 0.025 0.005 0.002 0.005 0.050 0.006 0.016 0.003 0.001 0.056 0.325 52 R 0.507 0.004 0.036 0.005 0.001 0.004 0.048 0.003 0.019 0.004 0.003 0.173 0.193 53 D 0.103 0.005 0.200 0.004 0.001 0.004 0.013 0.001 0.015 0.024 0.017 0.107 0.507 54 P 0.005 0.005 0.154 0.014 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.228 0.495 0.049 0.034 55 M 0.001 0.001 0.026 0.007 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.143 0.798 0.003 0.008 56 G 0.040 0.010 0.234 0.004 0.020 0.022 0.006 0.001 0.004 0.198 0.163 0.212 0.086 57 R 0.070 0.033 0.164 0.003 0.008 0.016 0.025 0.006 0.017 0.024 0.011 0.025 0.598 58 E 0.161 0.030 0.172 0.095 0.030 0.043 0.042 0.010 0.035 0.035 0.038 0.147 0.161 59 L 0.114 0.011 0.177 0.034 0.075 0.050 0.026 0.004 0.027 0.080 0.078 0.142 0.182 60 D 0.051 0.032 0.203 0.029 0.087 0.039 0.014 0.001 0.020 0.074 0.140 0.062 0.246 61 W 0.021 0.025 0.364 0.018 0.025 0.016 0.006 0.001 0.023 0.204 0.068 0.108 0.121 62 P 0.012 0.043 0.418 0.013 0.009 0.011 0.005 0.001 0.024 0.121 0.078 0.040 0.226 63 F 0.005 0.070 0.579 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.014 0.171 0.036 0.078 0.030 64 D 0.001 0.043 0.738 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.008 0.120 0.007 0.001 0.067 65 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 67 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 71 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.017 0.887 0.001 0.001 0.001 0.018 0.056 0.001 0.001 73 D 0.001 0.002 0.071 0.001 0.046 0.567 0.001 0.001 0.001 0.040 0.271 0.001 0.001 74 A 0.001 0.005 0.081 0.001 0.058 0.410 0.001 0.001 0.001 0.170 0.274 0.001 0.002 75 A 0.001 0.008 0.435 0.001 0.032 0.159 0.001 0.001 0.002 0.275 0.085 0.002 0.002 76 P 0.001 0.014 0.299 0.001 0.051 0.155 0.001 0.001 0.002 0.139 0.331 0.001 0.007 77 H 0.001 0.012 0.558 0.001 0.031 0.133 0.001 0.001 0.004 0.047 0.208 0.002 0.004 78 A 0.001 0.001 0.971 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001