# TARGET T0207 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 A 0.705 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.275 3 L 0.904 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 4 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 5 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 6 Y 0.874 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.115 7 Q 0.401 0.008 0.002 0.002 0.130 0.010 0.447 8 R 0.029 0.002 0.005 0.001 0.229 0.038 0.696 9 D 0.001 0.001 0.015 0.002 0.346 0.569 0.065 10 D 0.002 0.004 0.029 0.007 0.312 0.571 0.075 11 C 0.008 0.015 0.038 0.049 0.287 0.045 0.560 12 H 0.013 0.035 0.099 0.417 0.080 0.107 0.250 13 L 0.005 0.007 0.052 0.660 0.075 0.077 0.123 14 C 0.004 0.002 0.009 0.866 0.034 0.020 0.065 15 D 0.001 0.001 0.001 0.973 0.007 0.008 0.010 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.011 0.006 17 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.002 18 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.003 19 E 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.020 0.003 20 A 0.001 0.001 0.003 0.922 0.004 0.063 0.007 21 L 0.003 0.002 0.012 0.894 0.016 0.045 0.028 22 A 0.006 0.001 0.048 0.827 0.023 0.070 0.025 23 Q 0.008 0.002 0.085 0.646 0.025 0.206 0.028 24 A 0.019 0.004 0.071 0.409 0.128 0.174 0.196 25 R 0.050 0.013 0.097 0.288 0.108 0.281 0.165 26 A 0.112 0.007 0.043 0.066 0.062 0.243 0.466 27 G 0.126 0.005 0.005 0.009 0.076 0.013 0.766 28 A 0.537 0.003 0.001 0.002 0.085 0.004 0.366 29 F 0.864 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.125 30 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 31 S 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 32 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 33 F 0.831 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.145 34 I 0.352 0.003 0.016 0.005 0.100 0.044 0.481 35 D 0.102 0.021 0.027 0.005 0.307 0.111 0.427 36 D 0.019 0.018 0.013 0.006 0.596 0.044 0.303 37 D 0.005 0.005 0.004 0.014 0.187 0.011 0.774 38 A 0.001 0.001 0.066 0.882 0.013 0.033 0.006 39 A 0.001 0.001 0.040 0.929 0.005 0.023 0.003 40 L 0.001 0.001 0.029 0.953 0.002 0.013 0.002 41 E 0.001 0.001 0.013 0.973 0.002 0.007 0.004 42 S 0.001 0.001 0.028 0.928 0.003 0.035 0.005 43 A 0.001 0.001 0.051 0.828 0.008 0.105 0.006 44 Y 0.002 0.004 0.095 0.500 0.028 0.336 0.035 45 G 0.005 0.003 0.073 0.138 0.059 0.655 0.067 46 L 0.023 0.003 0.095 0.112 0.277 0.273 0.216 47 R 0.108 0.025 0.060 0.075 0.195 0.104 0.433 48 V 0.357 0.008 0.007 0.016 0.120 0.018 0.473 49 P 0.567 0.004 0.002 0.003 0.058 0.005 0.361 50 V 0.872 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.105 51 L 0.907 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.077 52 R 0.777 0.012 0.002 0.002 0.017 0.006 0.184 53 D 0.434 0.014 0.005 0.002 0.069 0.045 0.431 54 P 0.021 0.002 0.010 0.002 0.205 0.703 0.058 55 M 0.005 0.001 0.018 0.003 0.154 0.802 0.018 56 G 0.175 0.009 0.042 0.013 0.219 0.188 0.354 57 R 0.662 0.080 0.013 0.008 0.031 0.023 0.182 58 E 0.799 0.047 0.012 0.009 0.024 0.013 0.096 59 L 0.701 0.015 0.024 0.018 0.035 0.051 0.156 60 D 0.477 0.012 0.028 0.012 0.131 0.088 0.252 61 W 0.383 0.008 0.016 0.008 0.171 0.031 0.383 62 P 0.271 0.025 0.011 0.006 0.128 0.032 0.526 63 F 0.188 0.112 0.005 0.007 0.163 0.012 0.513 64 D 0.039 0.007 0.001 0.006 0.056 0.008 0.882 65 A 0.001 0.001 0.055 0.858 0.019 0.051 0.015 66 P 0.001 0.001 0.032 0.938 0.008 0.018 0.003 67 R 0.001 0.001 0.034 0.943 0.005 0.013 0.004 68 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.006 0.004 69 R 0.001 0.001 0.007 0.977 0.003 0.009 0.003 70 A 0.001 0.001 0.011 0.965 0.003 0.018 0.003 71 W 0.001 0.001 0.014 0.946 0.004 0.029 0.006 72 L 0.001 0.002 0.036 0.855 0.014 0.074 0.018 73 D 0.001 0.001 0.041 0.578 0.018 0.342 0.020 74 A 0.001 0.001 0.034 0.472 0.051 0.378 0.064 75 A 0.001 0.006 0.030 0.144 0.275 0.203 0.340 76 P 0.003 0.009 0.027 0.057 0.167 0.333 0.404 77 H 0.003 0.018 0.024 0.033 0.016 0.116 0.790 78 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996