# TARGET T0207 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.2683 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.475 0.276 0.009 0.161 0.009 0.020 0.003 0.038 0.002 0.001 2 A 0.006 0.226 0.684 0.002 0.006 0.065 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 3 L 0.002 0.817 0.133 0.002 0.023 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 T 0.002 0.845 0.084 0.001 0.025 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 5 L 0.005 0.560 0.349 0.002 0.008 0.063 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 Y 0.012 0.655 0.120 0.018 0.083 0.061 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 7 Q 0.024 0.448 0.256 0.033 0.183 0.027 0.004 0.002 0.014 0.009 0.001 8 R 0.057 0.360 0.288 0.015 0.130 0.019 0.007 0.002 0.110 0.010 0.001 9 D 0.643 0.005 0.214 0.085 0.004 0.012 0.008 0.005 0.001 0.012 0.011 10 D 0.142 0.023 0.031 0.455 0.022 0.027 0.193 0.081 0.022 0.004 0.001 11 C 0.156 0.207 0.346 0.140 0.046 0.039 0.022 0.008 0.026 0.009 0.001 12 H 0.353 0.082 0.263 0.084 0.044 0.041 0.089 0.014 0.016 0.013 0.002 13 L 0.238 0.063 0.310 0.135 0.023 0.168 0.013 0.004 0.036 0.008 0.002 14 C 0.920 0.007 0.032 0.022 0.002 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.819 0.008 0.018 0.147 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 R 0.600 0.043 0.060 0.208 0.012 0.021 0.030 0.005 0.017 0.002 0.001 26 A 0.355 0.081 0.164 0.286 0.034 0.015 0.036 0.014 0.010 0.005 0.001 27 G 0.144 0.056 0.132 0.070 0.230 0.003 0.044 0.170 0.006 0.144 0.001 28 A 0.148 0.221 0.420 0.070 0.065 0.052 0.007 0.002 0.010 0.002 0.003 29 F 0.048 0.643 0.173 0.034 0.057 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 30 F 0.027 0.678 0.139 0.037 0.062 0.026 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 31 S 0.008 0.639 0.256 0.003 0.063 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 32 V 0.017 0.835 0.064 0.005 0.016 0.018 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 33 F 0.014 0.191 0.548 0.004 0.009 0.189 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 34 I 0.214 0.402 0.099 0.111 0.021 0.068 0.006 0.001 0.077 0.001 0.001 35 D 0.269 0.103 0.172 0.170 0.162 0.024 0.030 0.009 0.008 0.053 0.001 36 D 0.109 0.121 0.156 0.300 0.173 0.055 0.038 0.012 0.023 0.010 0.001 37 D 0.154 0.081 0.432 0.049 0.044 0.113 0.007 0.001 0.113 0.005 0.001 38 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.957 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.193 0.003 0.013 0.778 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 45 G 0.017 0.001 0.008 0.014 0.004 0.001 0.395 0.520 0.001 0.039 0.001 46 L 0.025 0.332 0.539 0.029 0.034 0.033 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 47 R 0.020 0.448 0.404 0.027 0.023 0.047 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 48 V 0.001 0.559 0.310 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 49 P 0.002 0.089 0.862 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 50 V 0.005 0.730 0.180 0.001 0.005 0.047 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 51 L 0.010 0.715 0.205 0.002 0.011 0.039 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 R 0.022 0.504 0.278 0.029 0.023 0.106 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 53 D 0.010 0.269 0.286 0.001 0.112 0.037 0.018 0.001 0.261 0.006 0.001 54 P 0.730 0.002 0.076 0.070 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 55 M 0.125 0.060 0.127 0.457 0.050 0.018 0.118 0.022 0.016 0.005 0.001 56 G 0.066 0.020 0.066 0.054 0.044 0.006 0.165 0.490 0.005 0.083 0.001 57 R 0.142 0.342 0.363 0.037 0.040 0.026 0.017 0.003 0.025 0.002 0.001 58 E 0.151 0.339 0.354 0.046 0.019 0.052 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 59 L 0.147 0.301 0.289 0.147 0.042 0.045 0.011 0.002 0.013 0.002 0.001 60 D 0.116 0.217 0.148 0.150 0.072 0.085 0.120 0.009 0.077 0.005 0.001 61 W 0.045 0.382 0.308 0.006 0.095 0.024 0.014 0.001 0.122 0.003 0.001 62 P 0.180 0.019 0.622 0.037 0.001 0.074 0.002 0.001 0.004 0.001 0.062 63 F 0.111 0.315 0.324 0.093 0.094 0.040 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 64 D 0.016 0.076 0.356 0.028 0.050 0.342 0.010 0.001 0.113 0.006 0.001 65 A 0.925 0.006 0.025 0.022 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 66 P 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 W 0.905 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.637 0.024 0.064 0.247 0.002 0.011 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 73 D 0.580 0.019 0.091 0.214 0.004 0.025 0.058 0.002 0.003 0.002 0.001 74 A 0.210 0.036 0.075 0.576 0.010 0.022 0.025 0.027 0.016 0.001 0.001 75 A 0.027 0.116 0.599 0.004 0.019 0.023 0.030 0.001 0.177 0.003 0.001 76 P 0.423 0.007 0.459 0.031 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 77 H 0.219 0.147 0.205 0.282 0.030 0.052 0.022 0.013 0.027 0.003 0.001 78 A 0.270 0.130 0.314 0.108 0.055 0.026 0.025 0.023 0.020 0.029 0.001