# TARGET T0207 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.269 0.055 0.010 0.485 0.003 0.002 0.004 0.003 0.020 0.021 2 A 0.258 0.075 0.006 0.001 0.628 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.024 3 L 0.323 0.047 0.002 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 4 T 0.128 0.115 0.006 0.002 0.736 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 5 L 0.366 0.034 0.002 0.001 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 6 Y 0.325 0.052 0.005 0.006 0.339 0.009 0.012 0.007 0.005 0.065 0.175 7 Q 0.075 0.333 0.193 0.029 0.311 0.004 0.005 0.005 0.002 0.014 0.028 8 R 0.033 0.233 0.470 0.124 0.058 0.020 0.008 0.015 0.010 0.012 0.017 9 D 0.002 0.016 0.011 0.031 0.006 0.150 0.443 0.218 0.110 0.010 0.002 10 D 0.017 0.019 0.028 0.038 0.014 0.042 0.041 0.060 0.102 0.560 0.080 11 C 0.063 0.321 0.141 0.022 0.214 0.010 0.010 0.050 0.058 0.074 0.036 12 H 0.031 0.118 0.081 0.023 0.074 0.021 0.028 0.319 0.180 0.084 0.043 13 L 0.024 0.117 0.050 0.007 0.049 0.004 0.013 0.416 0.164 0.138 0.018 14 C 0.012 0.029 0.011 0.003 0.019 0.004 0.007 0.776 0.113 0.019 0.007 15 D 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.871 0.098 0.007 0.002 16 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.908 0.062 0.012 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.058 0.009 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.927 0.061 0.004 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.922 0.053 0.004 0.001 20 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.887 0.072 0.015 0.001 21 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.662 0.191 0.112 0.009 22 A 0.003 0.013 0.004 0.002 0.006 0.005 0.027 0.748 0.180 0.010 0.002 23 Q 0.004 0.009 0.003 0.003 0.010 0.005 0.069 0.716 0.146 0.032 0.002 24 A 0.022 0.058 0.028 0.012 0.070 0.038 0.141 0.358 0.166 0.097 0.011 25 R 0.096 0.060 0.018 0.009 0.109 0.012 0.047 0.227 0.175 0.186 0.061 26 A 0.088 0.063 0.023 0.017 0.118 0.025 0.044 0.151 0.172 0.243 0.054 27 G 0.069 0.330 0.067 0.009 0.439 0.004 0.004 0.013 0.011 0.035 0.019 28 A 0.308 0.079 0.018 0.004 0.480 0.004 0.015 0.013 0.010 0.022 0.047 29 F 0.301 0.111 0.008 0.003 0.529 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.034 30 F 0.090 0.220 0.024 0.007 0.618 0.008 0.007 0.005 0.001 0.005 0.014 31 S 0.507 0.024 0.002 0.001 0.411 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.048 32 V 0.070 0.256 0.037 0.035 0.430 0.081 0.041 0.015 0.006 0.010 0.019 33 F 0.289 0.088 0.024 0.002 0.514 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.067 34 I 0.049 0.015 0.007 0.008 0.040 0.013 0.025 0.107 0.309 0.340 0.087 35 D 0.023 0.296 0.093 0.025 0.130 0.023 0.120 0.138 0.104 0.041 0.007 36 D 0.023 0.202 0.083 0.026 0.083 0.028 0.030 0.059 0.091 0.322 0.054 37 D 0.169 0.130 0.055 0.001 0.598 0.001 0.001 0.012 0.009 0.004 0.021 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.506 0.473 0.012 0.001 39 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.864 0.100 0.007 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.837 0.124 0.030 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.797 0.169 0.018 0.001 42 S 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.045 0.765 0.162 0.008 0.002 43 A 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.009 0.134 0.530 0.211 0.096 0.002 44 Y 0.070 0.238 0.048 0.010 0.160 0.006 0.027 0.137 0.122 0.127 0.055 45 G 0.047 0.030 0.010 0.011 0.037 0.022 0.044 0.218 0.209 0.302 0.069 46 L 0.046 0.103 0.032 0.017 0.131 0.014 0.041 0.183 0.132 0.270 0.030 47 R 0.103 0.059 0.048 0.047 0.145 0.041 0.152 0.127 0.097 0.138 0.043 48 V 0.057 0.398 0.229 0.030 0.239 0.004 0.004 0.010 0.006 0.010 0.014 49 P 0.092 0.233 0.029 0.002 0.619 0.001 0.003 0.007 0.002 0.003 0.011 50 V 0.223 0.066 0.005 0.001 0.674 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.016 51 L 0.179 0.095 0.005 0.001 0.682 0.003 0.006 0.005 0.001 0.004 0.020 52 R 0.345 0.079 0.010 0.002 0.405 0.003 0.003 0.006 0.003 0.033 0.112 53 D 0.075 0.199 0.255 0.165 0.136 0.032 0.015 0.029 0.019 0.039 0.035 54 P 0.015 0.115 0.134 0.326 0.034 0.074 0.077 0.095 0.059 0.055 0.016 55 M 0.013 0.063 0.067 0.125 0.021 0.051 0.079 0.150 0.178 0.214 0.038 56 G 0.038 0.161 0.085 0.022 0.090 0.024 0.050 0.150 0.175 0.157 0.047 57 R 0.194 0.159 0.036 0.006 0.304 0.011 0.027 0.090 0.080 0.047 0.045 58 E 0.201 0.103 0.031 0.023 0.262 0.032 0.041 0.080 0.068 0.070 0.089 59 L 0.134 0.092 0.035 0.025 0.261 0.029 0.064 0.108 0.097 0.101 0.055 60 D 0.133 0.125 0.067 0.030 0.216 0.020 0.031 0.060 0.105 0.151 0.062 61 W 0.054 0.290 0.176 0.053 0.201 0.021 0.032 0.053 0.043 0.045 0.032 62 P 0.136 0.271 0.103 0.006 0.250 0.004 0.015 0.044 0.044 0.064 0.062 63 F 0.031 0.415 0.173 0.013 0.161 0.021 0.029 0.058 0.029 0.040 0.028 64 D 0.165 0.320 0.120 0.005 0.288 0.001 0.001 0.017 0.009 0.023 0.051 65 A 0.002 0.007 0.004 0.001 0.006 0.002 0.003 0.639 0.318 0.017 0.002 66 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.907 0.073 0.005 0.001 67 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.053 0.006 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.056 0.005 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.881 0.109 0.003 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.908 0.069 0.002 0.001 71 W 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.039 0.682 0.189 0.076 0.001 72 L 0.038 0.063 0.006 0.002 0.055 0.002 0.021 0.431 0.246 0.112 0.026 73 D 0.003 0.015 0.008 0.015 0.006 0.025 0.134 0.491 0.239 0.060 0.003 74 A 0.013 0.056 0.050 0.034 0.030 0.045 0.147 0.207 0.113 0.271 0.034 75 A 0.133 0.221 0.097 0.015 0.248 0.007 0.009 0.039 0.044 0.097 0.090 76 P 0.042 0.077 0.042 0.049 0.073 0.050 0.070 0.201 0.196 0.141 0.060 77 H 0.079 0.086 0.044 0.019 0.160 0.015 0.023 0.140 0.127 0.251 0.055 78 A 0.064 0.124 0.078 0.027 0.121 0.021 0.037 0.168 0.128 0.178 0.053