# TARGET T0207 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.756 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.135 0.055 0.001 0.028 0.015 2 A 0.003 0.005 0.162 0.003 0.001 0.001 0.023 0.021 0.709 0.013 0.001 0.011 0.051 3 L 0.013 0.002 0.027 0.010 0.001 0.001 0.128 0.336 0.455 0.001 0.001 0.014 0.014 4 T 0.027 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.197 0.567 0.186 0.001 0.001 0.007 0.006 5 L 0.031 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.244 0.518 0.178 0.001 0.001 0.006 0.010 6 Y 0.027 0.001 0.055 0.005 0.001 0.001 0.110 0.271 0.480 0.004 0.001 0.025 0.020 7 Q 0.007 0.005 0.309 0.009 0.001 0.001 0.014 0.050 0.514 0.039 0.003 0.013 0.036 8 R 0.001 0.012 0.573 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.162 0.196 0.017 0.011 0.014 9 D 0.001 0.007 0.329 0.002 0.034 0.007 0.001 0.001 0.014 0.342 0.260 0.001 0.005 10 D 0.001 0.015 0.312 0.001 0.034 0.015 0.001 0.001 0.006 0.316 0.298 0.001 0.002 11 C 0.001 0.015 0.333 0.001 0.033 0.062 0.001 0.001 0.002 0.450 0.103 0.001 0.002 12 H 0.001 0.018 0.245 0.001 0.071 0.364 0.001 0.001 0.001 0.161 0.136 0.001 0.003 13 L 0.001 0.006 0.114 0.001 0.050 0.718 0.001 0.001 0.001 0.039 0.070 0.001 0.002 14 C 0.001 0.001 0.025 0.001 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 15 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.152 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.034 0.001 0.018 0.496 0.001 0.001 0.001 0.026 0.425 0.001 0.001 25 R 0.001 0.004 0.133 0.001 0.036 0.059 0.001 0.001 0.001 0.054 0.712 0.001 0.001 26 A 0.001 0.004 0.705 0.002 0.018 0.016 0.001 0.001 0.005 0.192 0.049 0.003 0.006 27 G 0.001 0.006 0.277 0.058 0.037 0.004 0.001 0.001 0.022 0.435 0.132 0.017 0.009 28 A 0.009 0.011 0.231 0.016 0.015 0.002 0.022 0.008 0.326 0.099 0.052 0.068 0.139 29 F 0.032 0.006 0.125 0.023 0.002 0.001 0.070 0.038 0.518 0.015 0.003 0.022 0.145 30 F 0.031 0.001 0.032 0.005 0.001 0.001 0.067 0.063 0.625 0.009 0.001 0.152 0.012 31 S 0.106 0.003 0.031 0.003 0.001 0.001 0.153 0.113 0.368 0.004 0.001 0.008 0.210 32 V 0.072 0.004 0.076 0.006 0.001 0.001 0.161 0.122 0.362 0.004 0.001 0.169 0.022 33 F 0.029 0.003 0.192 0.003 0.001 0.001 0.045 0.063 0.477 0.009 0.003 0.023 0.151 34 I 0.022 0.011 0.333 0.010 0.061 0.010 0.019 0.017 0.113 0.082 0.215 0.040 0.067 35 D 0.004 0.019 0.326 0.004 0.066 0.007 0.003 0.002 0.024 0.242 0.268 0.014 0.021 36 D 0.001 0.009 0.203 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.006 0.616 0.126 0.003 0.005 37 D 0.001 0.008 0.459 0.001 0.009 0.040 0.001 0.001 0.002 0.461 0.016 0.001 0.004 38 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 0.898 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.039 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.070 0.891 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.076 0.819 0.001 0.001 0.001 0.009 0.077 0.001 0.001 43 A 0.001 0.003 0.015 0.001 0.052 0.622 0.001 0.001 0.001 0.009 0.295 0.001 0.002 44 Y 0.001 0.002 0.031 0.001 0.010 0.164 0.001 0.001 0.001 0.034 0.754 0.001 0.001 45 G 0.001 0.015 0.236 0.016 0.016 0.016 0.001 0.001 0.004 0.135 0.546 0.004 0.008 46 L 0.008 0.017 0.544 0.002 0.010 0.006 0.004 0.004 0.076 0.079 0.037 0.140 0.072 47 R 0.020 0.023 0.396 0.039 0.009 0.003 0.016 0.006 0.136 0.128 0.031 0.019 0.174 48 V 0.007 0.004 0.275 0.039 0.003 0.001 0.007 0.004 0.166 0.249 0.006 0.222 0.018 49 P 0.016 0.003 0.386 0.121 0.005 0.001 0.020 0.016 0.182 0.058 0.010 0.009 0.174 50 V 0.098 0.009 0.050 0.005 0.003 0.001 0.116 0.079 0.331 0.010 0.003 0.233 0.062 51 L 0.184 0.009 0.058 0.007 0.001 0.001 0.133 0.089 0.245 0.005 0.002 0.064 0.201 52 R 0.141 0.021 0.205 0.006 0.001 0.001 0.075 0.053 0.224 0.008 0.003 0.079 0.184 53 D 0.026 0.019 0.455 0.019 0.004 0.003 0.011 0.005 0.086 0.066 0.035 0.142 0.129 54 P 0.002 0.004 0.186 0.013 0.020 0.005 0.001 0.001 0.015 0.185 0.506 0.015 0.047 55 M 0.001 0.005 0.088 0.014 0.027 0.007 0.001 0.001 0.003 0.202 0.625 0.016 0.013 56 G 0.005 0.021 0.282 0.006 0.027 0.011 0.001 0.001 0.008 0.394 0.148 0.054 0.042 57 R 0.017 0.057 0.399 0.004 0.027 0.017 0.006 0.001 0.017 0.141 0.045 0.057 0.213 58 E 0.061 0.132 0.237 0.024 0.022 0.019 0.029 0.003 0.017 0.043 0.031 0.090 0.291 59 L 0.048 0.077 0.292 0.035 0.037 0.033 0.019 0.003 0.017 0.073 0.103 0.121 0.141 60 D 0.028 0.024 0.392 0.016 0.026 0.020 0.007 0.001 0.010 0.201 0.123 0.051 0.101 61 W 0.009 0.013 0.372 0.005 0.024 0.010 0.001 0.001 0.005 0.380 0.074 0.051 0.056 62 P 0.001 0.020 0.633 0.001 0.028 0.008 0.001 0.001 0.002 0.142 0.123 0.010 0.032 63 F 0.001 0.061 0.594 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.225 0.086 0.007 0.007 64 D 0.001 0.009 0.753 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.210 0.011 0.001 0.004 65 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 73 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.877 0.001 0.001 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.018 0.676 0.001 0.001 0.001 0.013 0.275 0.001 0.001 75 A 0.001 0.004 0.443 0.001 0.033 0.239 0.001 0.001 0.001 0.160 0.120 0.001 0.001 76 P 0.001 0.005 0.482 0.001 0.084 0.076 0.001 0.001 0.001 0.078 0.272 0.001 0.002 77 H 0.001 0.008 0.602 0.001 0.048 0.042 0.001 0.001 0.001 0.141 0.155 0.001 0.002 78 A 0.001 0.004 0.864 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.094 0.014 0.001 0.001