# TARGET T0207 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.437 0.351 0.014 0.149 0.010 0.012 0.003 0.015 0.003 0.001 2 A 0.002 0.561 0.376 0.002 0.018 0.029 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 3 L 0.001 0.755 0.202 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 T 0.001 0.868 0.074 0.001 0.016 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 5 L 0.003 0.541 0.364 0.001 0.006 0.071 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 6 Y 0.010 0.694 0.100 0.015 0.080 0.052 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 7 Q 0.018 0.507 0.238 0.023 0.162 0.026 0.004 0.001 0.015 0.005 0.001 8 R 0.057 0.394 0.290 0.021 0.112 0.021 0.007 0.002 0.087 0.009 0.001 9 D 0.463 0.016 0.354 0.091 0.008 0.022 0.016 0.006 0.003 0.014 0.008 10 D 0.114 0.029 0.041 0.361 0.033 0.030 0.257 0.110 0.018 0.006 0.001 11 C 0.111 0.231 0.412 0.097 0.052 0.034 0.015 0.004 0.037 0.007 0.001 12 H 0.340 0.060 0.363 0.055 0.055 0.028 0.048 0.018 0.008 0.021 0.004 13 L 0.207 0.047 0.385 0.115 0.013 0.184 0.007 0.002 0.031 0.006 0.003 14 C 0.914 0.008 0.038 0.024 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 D 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.549 0.003 0.011 0.432 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.167 0.010 0.026 0.121 0.007 0.022 0.539 0.075 0.029 0.005 0.001 26 A 0.222 0.137 0.378 0.163 0.038 0.022 0.019 0.004 0.008 0.009 0.001 27 G 0.179 0.042 0.176 0.140 0.165 0.012 0.062 0.160 0.006 0.056 0.001 28 A 0.104 0.300 0.309 0.094 0.129 0.030 0.008 0.005 0.016 0.004 0.001 29 F 0.041 0.624 0.205 0.030 0.048 0.029 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 30 F 0.026 0.681 0.128 0.038 0.065 0.026 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 31 S 0.007 0.660 0.228 0.003 0.053 0.022 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 32 V 0.017 0.783 0.117 0.003 0.014 0.028 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 33 F 0.019 0.259 0.348 0.008 0.010 0.268 0.006 0.001 0.081 0.001 0.002 34 I 0.128 0.470 0.111 0.114 0.028 0.067 0.005 0.001 0.075 0.001 0.001 35 D 0.162 0.150 0.208 0.138 0.208 0.045 0.024 0.007 0.014 0.042 0.001 36 D 0.145 0.099 0.133 0.342 0.127 0.064 0.044 0.011 0.022 0.011 0.001 37 D 0.103 0.091 0.369 0.051 0.058 0.156 0.008 0.001 0.156 0.005 0.002 38 A 0.984 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.182 0.003 0.010 0.802 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.009 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.323 0.626 0.001 0.026 0.001 46 L 0.029 0.363 0.488 0.043 0.028 0.040 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 47 R 0.026 0.483 0.345 0.036 0.036 0.041 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 48 V 0.001 0.575 0.260 0.001 0.024 0.019 0.002 0.001 0.118 0.001 0.001 49 P 0.004 0.031 0.924 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 50 V 0.006 0.759 0.165 0.001 0.012 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 51 L 0.009 0.739 0.195 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 52 R 0.017 0.586 0.260 0.017 0.023 0.065 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 53 D 0.017 0.377 0.257 0.002 0.075 0.029 0.015 0.001 0.222 0.005 0.001 54 P 0.531 0.006 0.185 0.080 0.002 0.036 0.003 0.001 0.002 0.003 0.151 55 M 0.068 0.036 0.079 0.362 0.038 0.020 0.325 0.046 0.018 0.007 0.001 56 G 0.044 0.022 0.102 0.037 0.057 0.006 0.127 0.469 0.004 0.132 0.002 57 R 0.119 0.351 0.409 0.034 0.038 0.022 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 58 E 0.075 0.430 0.334 0.032 0.028 0.055 0.009 0.001 0.035 0.001 0.001 59 L 0.128 0.285 0.375 0.122 0.025 0.042 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 60 D 0.118 0.109 0.148 0.182 0.170 0.048 0.106 0.056 0.038 0.024 0.001 61 W 0.077 0.226 0.370 0.015 0.184 0.014 0.014 0.006 0.065 0.026 0.001 62 P 0.298 0.020 0.492 0.082 0.003 0.040 0.003 0.001 0.004 0.001 0.056 63 F 0.167 0.182 0.342 0.181 0.063 0.040 0.009 0.003 0.010 0.002 0.001 64 D 0.012 0.070 0.403 0.028 0.045 0.309 0.008 0.001 0.118 0.005 0.001 65 A 0.926 0.005 0.027 0.022 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 66 P 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.964 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 W 0.947 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.883 0.009 0.028 0.067 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 73 D 0.900 0.006 0.026 0.058 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.543 0.012 0.034 0.387 0.003 0.005 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 75 A 0.116 0.070 0.590 0.016 0.012 0.019 0.030 0.002 0.142 0.003 0.001 76 P 0.459 0.007 0.440 0.045 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 77 H 0.205 0.151 0.289 0.214 0.041 0.036 0.018 0.017 0.020 0.009 0.001 78 A 0.304 0.093 0.308 0.103 0.053 0.020 0.028 0.034 0.016 0.042 0.001