# TARGET T0207 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.110 0.384 0.065 0.004 0.386 0.002 0.003 0.005 0.004 0.013 0.025 2 A 0.212 0.143 0.017 0.002 0.596 0.002 0.005 0.002 0.002 0.004 0.016 3 L 0.213 0.084 0.005 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 4 T 0.169 0.081 0.005 0.001 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 5 L 0.358 0.066 0.013 0.002 0.461 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.084 6 Y 0.167 0.198 0.052 0.020 0.317 0.024 0.047 0.022 0.013 0.057 0.080 7 Q 0.108 0.379 0.146 0.016 0.214 0.004 0.005 0.012 0.011 0.041 0.063 8 R 0.022 0.191 0.231 0.122 0.088 0.042 0.013 0.079 0.131 0.061 0.021 9 D 0.009 0.039 0.038 0.040 0.018 0.104 0.258 0.337 0.138 0.013 0.005 10 D 0.016 0.023 0.011 0.008 0.021 0.006 0.022 0.089 0.132 0.625 0.047 11 C 0.036 0.465 0.158 0.007 0.158 0.004 0.013 0.051 0.035 0.053 0.021 12 H 0.024 0.176 0.167 0.017 0.067 0.020 0.040 0.278 0.126 0.053 0.033 13 L 0.034 0.194 0.085 0.009 0.064 0.005 0.018 0.384 0.104 0.078 0.024 14 C 0.004 0.034 0.013 0.002 0.011 0.002 0.004 0.780 0.130 0.017 0.002 15 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.915 0.076 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.043 0.015 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.060 0.014 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.003 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.089 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.887 0.051 0.009 0.001 24 A 0.007 0.290 0.183 0.010 0.045 0.015 0.121 0.261 0.049 0.017 0.003 25 R 0.078 0.014 0.008 0.013 0.018 0.015 0.053 0.200 0.093 0.369 0.139 26 A 0.060 0.323 0.098 0.058 0.149 0.054 0.070 0.072 0.043 0.047 0.025 27 G 0.068 0.100 0.066 0.124 0.094 0.086 0.054 0.075 0.067 0.169 0.098 28 A 0.190 0.208 0.043 0.014 0.416 0.008 0.020 0.014 0.014 0.044 0.029 29 F 0.400 0.068 0.007 0.004 0.412 0.007 0.011 0.004 0.004 0.016 0.067 30 F 0.193 0.102 0.014 0.009 0.633 0.011 0.009 0.002 0.001 0.004 0.021 31 S 0.283 0.059 0.007 0.001 0.624 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 32 V 0.209 0.165 0.009 0.003 0.574 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.028 33 F 0.344 0.050 0.007 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 34 I 0.145 0.139 0.026 0.013 0.202 0.026 0.023 0.055 0.078 0.193 0.099 35 D 0.055 0.356 0.208 0.032 0.247 0.014 0.022 0.031 0.014 0.013 0.008 36 D 0.022 0.020 0.020 0.017 0.027 0.040 0.076 0.192 0.149 0.386 0.050 37 D 0.169 0.137 0.044 0.002 0.566 0.001 0.006 0.028 0.007 0.007 0.033 38 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.581 0.378 0.027 0.004 39 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.894 0.066 0.023 0.001 40 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.852 0.114 0.022 0.001 41 E 0.002 0.007 0.003 0.001 0.007 0.004 0.015 0.836 0.111 0.011 0.001 42 S 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.065 0.756 0.145 0.013 0.004 43 A 0.002 0.007 0.009 0.005 0.004 0.050 0.323 0.493 0.080 0.026 0.001 44 Y 0.019 0.685 0.127 0.009 0.119 0.001 0.002 0.005 0.003 0.018 0.012 45 G 0.058 0.013 0.027 0.045 0.017 0.033 0.007 0.025 0.053 0.524 0.200 46 L 0.054 0.384 0.197 0.006 0.275 0.002 0.005 0.021 0.017 0.024 0.015 47 R 0.156 0.136 0.094 0.016 0.255 0.023 0.075 0.050 0.043 0.070 0.081 48 V 0.042 0.494 0.202 0.002 0.248 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 49 P 0.174 0.201 0.035 0.001 0.561 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 50 V 0.188 0.195 0.032 0.001 0.549 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.019 51 L 0.138 0.265 0.041 0.003 0.514 0.003 0.005 0.004 0.002 0.005 0.020 52 R 0.147 0.202 0.081 0.057 0.303 0.039 0.042 0.024 0.014 0.045 0.046 53 D 0.035 0.223 0.435 0.093 0.109 0.020 0.018 0.029 0.014 0.012 0.013 54 P 0.025 0.069 0.050 0.080 0.045 0.102 0.147 0.250 0.128 0.078 0.024 55 M 0.017 0.237 0.184 0.135 0.063 0.040 0.064 0.041 0.053 0.142 0.025 56 G 0.071 0.091 0.097 0.097 0.092 0.049 0.027 0.038 0.056 0.263 0.120 57 R 0.141 0.247 0.075 0.010 0.295 0.008 0.022 0.045 0.045 0.061 0.052 58 E 0.153 0.233 0.076 0.011 0.360 0.014 0.026 0.040 0.023 0.026 0.038 59 L 0.193 0.147 0.045 0.024 0.269 0.029 0.058 0.067 0.050 0.054 0.062 60 D 0.108 0.094 0.110 0.075 0.137 0.040 0.043 0.057 0.077 0.169 0.090 61 W 0.034 0.279 0.274 0.066 0.117 0.021 0.020 0.070 0.046 0.056 0.018 62 P 0.085 0.279 0.082 0.009 0.220 0.013 0.031 0.090 0.052 0.093 0.045 63 F 0.054 0.282 0.164 0.025 0.149 0.036 0.057 0.042 0.037 0.110 0.044 64 D 0.158 0.308 0.162 0.003 0.305 0.001 0.001 0.006 0.003 0.016 0.038 65 A 0.001 0.014 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.722 0.245 0.007 0.001 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.088 0.001 0.001 67 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.037 0.009 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.053 0.012 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.083 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.942 0.044 0.005 0.001 71 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.871 0.086 0.023 0.001 72 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.712 0.227 0.033 0.004 73 D 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.012 0.093 0.713 0.154 0.017 0.001 74 A 0.004 0.026 0.028 0.009 0.015 0.015 0.131 0.306 0.177 0.279 0.009 75 A 0.173 0.150 0.056 0.006 0.218 0.005 0.028 0.135 0.073 0.075 0.082 76 P 0.028 0.099 0.035 0.014 0.057 0.020 0.049 0.310 0.266 0.100 0.020 77 H 0.033 0.092 0.044 0.017 0.065 0.019 0.067 0.244 0.208 0.178 0.033 78 A 0.052 0.167 0.068 0.020 0.121 0.024 0.064 0.221 0.134 0.096 0.033