# TARGET T0207 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0207.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.403 0.271 0.172 0.102 0.041 0.010 0.001 2 A 0.210 0.335 0.266 0.129 0.046 0.013 0.001 3 L 0.024 0.049 0.108 0.238 0.344 0.221 0.017 4 T 0.029 0.090 0.165 0.259 0.271 0.167 0.020 5 L 0.013 0.023 0.048 0.121 0.272 0.428 0.095 6 Y 0.021 0.063 0.113 0.244 0.326 0.209 0.025 7 Q 0.086 0.262 0.324 0.222 0.085 0.020 0.002 8 R 0.250 0.309 0.240 0.139 0.051 0.010 0.001 9 D 0.699 0.233 0.051 0.013 0.003 0.001 0.001 10 D 0.493 0.255 0.136 0.077 0.031 0.007 0.001 11 C 0.128 0.212 0.289 0.237 0.105 0.028 0.002 12 H 0.304 0.344 0.181 0.100 0.051 0.017 0.002 13 L 0.045 0.147 0.207 0.259 0.222 0.108 0.012 14 C 0.010 0.038 0.092 0.293 0.389 0.163 0.015 15 D 0.126 0.414 0.310 0.119 0.026 0.005 0.001 16 Q 0.046 0.242 0.388 0.249 0.066 0.009 0.001 17 A 0.002 0.005 0.015 0.088 0.381 0.474 0.034 18 V 0.007 0.063 0.258 0.438 0.203 0.030 0.001 19 E 0.126 0.616 0.201 0.047 0.008 0.002 0.001 20 A 0.005 0.055 0.256 0.466 0.190 0.027 0.001 21 L 0.002 0.006 0.026 0.168 0.487 0.294 0.016 22 A 0.161 0.478 0.276 0.074 0.010 0.001 0.001 23 Q 0.451 0.433 0.092 0.020 0.003 0.001 0.001 24 A 0.111 0.218 0.304 0.254 0.095 0.018 0.001 25 R 0.317 0.338 0.194 0.108 0.035 0.008 0.001 26 A 0.292 0.223 0.193 0.169 0.095 0.026 0.002 27 G 0.327 0.316 0.179 0.108 0.048 0.019 0.003 28 A 0.089 0.127 0.190 0.267 0.199 0.110 0.017 29 F 0.112 0.154 0.185 0.206 0.191 0.124 0.028 30 F 0.033 0.052 0.110 0.198 0.275 0.259 0.074 31 S 0.038 0.093 0.154 0.219 0.250 0.198 0.048 32 V 0.019 0.034 0.065 0.137 0.285 0.365 0.095 33 F 0.020 0.076 0.143 0.256 0.284 0.196 0.026 34 I 0.013 0.034 0.095 0.233 0.365 0.232 0.027 35 D 0.173 0.331 0.256 0.161 0.062 0.015 0.002 36 D 0.303 0.384 0.203 0.084 0.022 0.004 0.001 37 D 0.486 0.290 0.137 0.064 0.019 0.004 0.001 38 A 0.645 0.240 0.079 0.027 0.008 0.001 0.001 39 A 0.596 0.254 0.097 0.040 0.011 0.002 0.001 40 L 0.188 0.187 0.228 0.258 0.117 0.021 0.001 41 E 0.305 0.358 0.222 0.089 0.022 0.003 0.001 42 S 0.530 0.314 0.108 0.037 0.009 0.001 0.001 43 A 0.240 0.257 0.240 0.168 0.076 0.017 0.001 44 Y 0.133 0.162 0.211 0.267 0.171 0.052 0.004 45 G 0.261 0.308 0.217 0.134 0.057 0.019 0.003 46 L 0.050 0.105 0.175 0.258 0.250 0.138 0.025 47 R 0.047 0.145 0.211 0.229 0.191 0.136 0.041 48 V 0.004 0.013 0.033 0.089 0.233 0.430 0.197 49 P 0.005 0.019 0.041 0.094 0.214 0.384 0.244 50 V 0.002 0.017 0.049 0.119 0.251 0.386 0.176 51 L 0.001 0.004 0.013 0.073 0.279 0.484 0.146 52 R 0.015 0.087 0.215 0.325 0.245 0.101 0.012 53 D 0.084 0.269 0.306 0.222 0.094 0.023 0.002 54 P 0.571 0.269 0.101 0.043 0.013 0.003 0.001 55 M 0.546 0.225 0.131 0.069 0.023 0.005 0.001 56 G 0.540 0.261 0.124 0.054 0.017 0.004 0.001 57 R 0.410 0.289 0.169 0.090 0.034 0.007 0.001 58 E 0.215 0.251 0.243 0.171 0.089 0.027 0.003 59 L 0.057 0.100 0.181 0.265 0.252 0.131 0.014 60 D 0.118 0.222 0.253 0.215 0.130 0.056 0.006 61 W 0.084 0.125 0.186 0.269 0.233 0.094 0.008 62 P 0.142 0.198 0.210 0.226 0.158 0.061 0.005 63 F 0.036 0.082 0.175 0.309 0.289 0.101 0.008 64 D 0.283 0.449 0.185 0.061 0.018 0.004 0.001 65 A 0.068 0.302 0.339 0.221 0.060 0.010 0.001 66 P 0.633 0.269 0.066 0.023 0.008 0.002 0.001 67 R 0.045 0.305 0.413 0.189 0.042 0.006 0.001 68 L 0.002 0.004 0.020 0.196 0.525 0.248 0.005 69 R 0.026 0.233 0.467 0.237 0.034 0.002 0.001 70 A 0.339 0.568 0.085 0.008 0.001 0.001 0.001 71 W 0.013 0.049 0.192 0.457 0.253 0.036 0.001 72 L 0.010 0.018 0.078 0.302 0.469 0.121 0.002 73 D 0.384 0.442 0.144 0.027 0.003 0.001 0.001 74 A 0.511 0.345 0.105 0.033 0.005 0.001 0.001 75 A 0.187 0.251 0.264 0.193 0.086 0.018 0.001 76 P 0.501 0.255 0.140 0.075 0.025 0.004 0.001 77 H 0.780 0.149 0.047 0.018 0.006 0.001 0.001 78 A 0.767 0.151 0.055 0.020 0.006 0.001 0.001