# TARGET T0206 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 234 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.002 0.005 0.085 0.891 2 A 0.040 0.034 0.006 0.011 0.149 0.760 3 F 0.047 0.034 0.017 0.012 0.298 0.591 4 D 0.057 0.052 0.029 0.012 0.401 0.448 5 P 0.062 0.039 0.033 0.015 0.349 0.502 6 N 0.040 0.046 0.034 0.008 0.444 0.427 7 L 0.053 0.105 0.023 0.006 0.493 0.321 8 V 0.069 0.069 0.017 0.007 0.381 0.456 9 G 0.043 0.054 0.028 0.008 0.470 0.397 10 P 0.040 0.054 0.025 0.007 0.514 0.360 11 T 0.054 0.054 0.031 0.009 0.406 0.446 12 L 0.041 0.043 0.034 0.007 0.481 0.393 13 P 0.053 0.030 0.023 0.007 0.448 0.438 14 P 0.084 0.086 0.028 0.009 0.332 0.461 15 I 0.063 0.069 0.024 0.009 0.425 0.411 16 P 0.073 0.029 0.019 0.009 0.341 0.529 17 P 0.087 0.052 0.015 0.008 0.321 0.516 18 F 0.101 0.082 0.015 0.007 0.398 0.397 19 T 0.111 0.051 0.012 0.010 0.283 0.533 20 L 0.075 0.053 0.018 0.008 0.359 0.487 21 P 0.070 0.076 0.017 0.007 0.456 0.374 22 T 0.064 0.049 0.018 0.009 0.398 0.462 23 G 0.028 0.036 0.020 0.006 0.521 0.390 24 P 0.032 0.068 0.022 0.006 0.563 0.308 25 T 0.043 0.054 0.025 0.009 0.444 0.424 26 G 0.033 0.061 0.029 0.007 0.502 0.367 27 P 0.037 0.075 0.021 0.008 0.505 0.355 28 T 0.059 0.074 0.022 0.011 0.380 0.455 29 G 0.042 0.061 0.026 0.010 0.477 0.384 30 P 0.045 0.079 0.021 0.010 0.541 0.303 31 T 0.060 0.057 0.020 0.012 0.422 0.429 32 G 0.038 0.052 0.026 0.010 0.511 0.363 33 P 0.039 0.064 0.021 0.010 0.549 0.318 34 T 0.056 0.066 0.022 0.012 0.400 0.445 35 G 0.032 0.052 0.026 0.009 0.499 0.381 36 P 0.034 0.063 0.024 0.008 0.545 0.325 37 T 0.052 0.062 0.023 0.011 0.407 0.445 38 G 0.033 0.065 0.025 0.008 0.473 0.396 39 P 0.034 0.079 0.016 0.008 0.519 0.343 40 T 0.057 0.078 0.017 0.010 0.406 0.432 41 G 0.029 0.050 0.018 0.008 0.536 0.359 42 P 0.033 0.095 0.014 0.006 0.634 0.218 43 T 0.057 0.067 0.015 0.008 0.504 0.349 44 G 0.033 0.047 0.020 0.007 0.591 0.303 45 D 0.042 0.100 0.013 0.005 0.593 0.247 46 T 0.074 0.086 0.015 0.008 0.413 0.404 47 G 0.041 0.053 0.021 0.007 0.524 0.354 48 T 0.049 0.106 0.017 0.006 0.558 0.264 49 T 0.072 0.076 0.015 0.008 0.389 0.440 50 G 0.042 0.057 0.020 0.007 0.464 0.410 51 P 0.039 0.094 0.013 0.006 0.550 0.298 52 T 0.055 0.066 0.015 0.008 0.433 0.424 53 G 0.030 0.043 0.021 0.007 0.543 0.357 54 P 0.039 0.074 0.018 0.006 0.588 0.276 55 T 0.066 0.078 0.019 0.008 0.406 0.423 56 G 0.042 0.061 0.026 0.008 0.491 0.373 57 P 0.045 0.073 0.021 0.007 0.517 0.337 58 T 0.070 0.071 0.021 0.010 0.368 0.460 59 G 0.048 0.064 0.027 0.008 0.459 0.394 60 P 0.049 0.080 0.020 0.009 0.513 0.329 61 T 0.069 0.061 0.021 0.011 0.401 0.437 62 G 0.043 0.058 0.026 0.010 0.487 0.376 63 P 0.044 0.074 0.023 0.010 0.559 0.291 64 T 0.058 0.057 0.024 0.012 0.433 0.416 65 G 0.033 0.049 0.030 0.010 0.517 0.361 66 A 0.034 0.081 0.023 0.009 0.570 0.283 67 T 0.049 0.062 0.021 0.012 0.435 0.422 68 G 0.028 0.059 0.023 0.009 0.510 0.370 69 L 0.027 0.084 0.016 0.008 0.603 0.261 70 T 0.044 0.072 0.018 0.011 0.495 0.361 71 G 0.023 0.039 0.019 0.010 0.611 0.297 72 P 0.031 0.075 0.017 0.008 0.645 0.225 73 T 0.056 0.076 0.021 0.013 0.456 0.377 74 G 0.033 0.041 0.030 0.010 0.543 0.342 75 P 0.036 0.076 0.024 0.009 0.558 0.297 76 T 0.048 0.073 0.028 0.012 0.397 0.444 77 G 0.031 0.041 0.040 0.011 0.468 0.408 78 P 0.033 0.054 0.035 0.010 0.520 0.347 79 S 0.046 0.058 0.040 0.013 0.428 0.416 80 G 0.037 0.047 0.052 0.014 0.499 0.350 81 L 0.041 0.029 0.036 0.016 0.470 0.407 82 G 0.065 0.067 0.042 0.018 0.377 0.430 83 L 0.051 0.035 0.046 0.018 0.472 0.379 84 P 0.064 0.035 0.075 0.020 0.481 0.324 85 A 0.086 0.024 0.065 0.019 0.442 0.364 86 G 0.131 0.027 0.051 0.016 0.401 0.373 87 L 0.192 0.067 0.035 0.018 0.293 0.396 88 Y 0.183 0.035 0.026 0.018 0.270 0.468 89 A 0.231 0.032 0.032 0.026 0.246 0.433 90 F 0.262 0.056 0.032 0.021 0.271 0.358 91 N 0.271 0.038 0.027 0.023 0.287 0.352 92 S 0.203 0.025 0.029 0.019 0.303 0.422 93 G 0.135 0.039 0.025 0.013 0.355 0.432 94 G 0.123 0.035 0.029 0.018 0.399 0.395 95 I 0.083 0.042 0.036 0.018 0.374 0.447 96 S 0.057 0.039 0.027 0.013 0.454 0.410 97 L 0.067 0.040 0.026 0.012 0.430 0.424 98 D 0.046 0.042 0.025 0.012 0.370 0.504 99 L 0.036 0.036 0.047 0.015 0.457 0.409 100 G 0.038 0.024 0.066 0.017 0.492 0.363 101 I 0.053 0.020 0.087 0.024 0.516 0.301 102 N 0.065 0.027 0.043 0.017 0.512 0.336 103 D 0.125 0.030 0.027 0.023 0.395 0.400 104 P 0.222 0.063 0.028 0.029 0.290 0.367 105 V 0.242 0.045 0.032 0.038 0.352 0.293 106 P 0.257 0.021 0.045 0.052 0.355 0.271 107 F 0.298 0.023 0.053 0.040 0.335 0.252 108 N 0.265 0.009 0.040 0.029 0.432 0.225 109 T 0.402 0.010 0.047 0.033 0.290 0.219 110 V 0.657 0.027 0.019 0.021 0.134 0.143 111 G 0.704 0.019 0.015 0.023 0.105 0.133 112 S 0.691 0.026 0.010 0.017 0.108 0.148 113 Q 0.544 0.036 0.016 0.018 0.205 0.181 114 F 0.198 0.014 0.049 0.024 0.558 0.156 115 G 0.104 0.007 0.078 0.021 0.637 0.153 116 T 0.129 0.013 0.097 0.012 0.611 0.139 117 A 0.294 0.028 0.042 0.010 0.401 0.224 118 I 0.486 0.037 0.021 0.008 0.193 0.256 119 S 0.553 0.090 0.018 0.007 0.147 0.185 120 Q 0.325 0.026 0.050 0.010 0.407 0.182 121 L 0.086 0.009 0.208 0.018 0.610 0.069 122 D 0.074 0.007 0.203 0.013 0.646 0.057 123 A 0.106 0.012 0.073 0.006 0.763 0.040 124 D 0.120 0.003 0.029 0.005 0.683 0.160 125 T 0.670 0.012 0.006 0.003 0.158 0.150 126 F 0.913 0.012 0.002 0.002 0.037 0.035 127 V 0.920 0.006 0.001 0.002 0.019 0.052 128 I 0.918 0.009 0.001 0.001 0.029 0.042 129 S 0.745 0.005 0.003 0.002 0.145 0.100 130 E 0.420 0.012 0.006 0.002 0.431 0.129 131 T 0.115 0.003 0.008 0.002 0.715 0.157 132 G 0.185 0.006 0.011 0.002 0.638 0.159 133 F 0.685 0.008 0.002 0.001 0.140 0.163 134 Y 0.946 0.002 0.001 0.001 0.014 0.037 135 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 136 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 137 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 138 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 139 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 140 A 0.950 0.003 0.001 0.001 0.016 0.029 141 N 0.874 0.005 0.003 0.002 0.060 0.058 142 T 0.752 0.012 0.008 0.005 0.142 0.081 143 A 0.501 0.008 0.014 0.013 0.322 0.142 144 T 0.289 0.012 0.024 0.028 0.504 0.142 145 A 0.214 0.007 0.024 0.034 0.566 0.155 146 S 0.344 0.013 0.028 0.026 0.417 0.172 147 V 0.708 0.008 0.015 0.029 0.138 0.103 148 L 0.881 0.005 0.007 0.013 0.043 0.051 149 G 0.946 0.001 0.004 0.007 0.018 0.023 150 G 0.963 0.001 0.003 0.007 0.013 0.013 151 L 0.965 0.001 0.001 0.008 0.009 0.016 152 T 0.968 0.002 0.001 0.010 0.008 0.011 153 I 0.958 0.002 0.002 0.012 0.015 0.011 154 Q 0.894 0.006 0.003 0.016 0.067 0.014 155 V 0.705 0.007 0.004 0.017 0.242 0.025 156 N 0.177 0.003 0.005 0.009 0.749 0.058 157 G 0.168 0.004 0.002 0.003 0.687 0.137 158 V 0.824 0.009 0.001 0.001 0.068 0.097 159 P 0.927 0.007 0.001 0.001 0.015 0.050 160 V 0.920 0.006 0.001 0.001 0.015 0.058 161 P 0.892 0.015 0.002 0.002 0.027 0.063 162 G 0.746 0.005 0.007 0.006 0.074 0.163 163 T 0.712 0.009 0.010 0.007 0.101 0.162 164 G 0.481 0.015 0.038 0.020 0.210 0.236 165 S 0.336 0.021 0.090 0.035 0.298 0.221 166 S 0.206 0.026 0.114 0.047 0.360 0.247 167 L 0.180 0.023 0.094 0.048 0.392 0.262 168 I 0.129 0.027 0.057 0.063 0.427 0.297 169 S 0.114 0.024 0.043 0.045 0.474 0.301 170 L 0.113 0.021 0.029 0.040 0.470 0.326 171 G 0.104 0.020 0.020 0.027 0.392 0.436 172 A 0.173 0.019 0.024 0.023 0.412 0.350 173 P 0.277 0.012 0.061 0.062 0.319 0.268 174 I 0.404 0.024 0.067 0.062 0.276 0.166 175 V 0.521 0.029 0.038 0.044 0.215 0.152 176 I 0.375 0.017 0.043 0.051 0.279 0.235 177 Q 0.249 0.013 0.060 0.065 0.337 0.275 178 A 0.202 0.010 0.138 0.093 0.375 0.181 179 I 0.221 0.010 0.110 0.090 0.358 0.211 180 T 0.338 0.015 0.066 0.057 0.271 0.252 181 Q 0.555 0.017 0.025 0.044 0.152 0.207 182 I 0.662 0.014 0.014 0.026 0.127 0.158 183 T 0.675 0.019 0.009 0.028 0.123 0.146 184 T 0.659 0.016 0.008 0.020 0.154 0.142 185 T 0.488 0.010 0.011 0.015 0.322 0.154 186 P 0.376 0.006 0.019 0.008 0.446 0.146 187 S 0.729 0.005 0.007 0.002 0.164 0.093 188 L 0.953 0.001 0.001 0.001 0.020 0.023 189 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 190 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 191 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 192 I 0.917 0.003 0.001 0.001 0.028 0.051 193 V 0.596 0.012 0.002 0.001 0.363 0.026 194 T 0.190 0.010 0.005 0.001 0.760 0.035 195 G 0.060 0.001 0.002 0.001 0.914 0.022 196 L 0.409 0.009 0.003 0.001 0.543 0.035 197 G 0.921 0.007 0.001 0.001 0.024 0.047 198 L 0.984 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 199 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 200 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 201 A 0.968 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 202 L 0.902 0.002 0.003 0.004 0.047 0.041 203 G 0.353 0.009 0.019 0.030 0.378 0.212 204 T 0.068 0.013 0.018 0.071 0.513 0.317 205 S 0.059 0.020 0.024 0.146 0.378 0.372 206 A 0.019 0.004 0.007 0.854 0.065 0.051 207 S 0.017 0.002 0.005 0.929 0.030 0.018 208 I 0.015 0.002 0.002 0.958 0.011 0.013 209 I 0.015 0.001 0.001 0.975 0.003 0.005 210 I 0.003 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 211 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 212 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 213 V 0.002 0.001 0.001 0.988 0.006 0.002 214 A 0.004 0.001 0.003 0.940 0.034 0.017 215 H 0.004 0.001 0.009 0.821 0.095 0.071 216 H 0.017 0.020 0.026 0.471 0.307 0.160 217 H 0.014 0.016 0.030 0.300 0.360 0.279 218 H 0.009 0.025 0.023 0.216 0.284 0.443 219 H 0.003 0.005 0.008 0.090 0.165 0.730 220 H 0.001 0.002 0.001 0.011 0.040 0.946