# TARGET T0206 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 234 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.661 0.212 0.084 0.036 0.007 0.001 0.001 2 A 0.696 0.228 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 3 F 0.410 0.257 0.174 0.115 0.038 0.006 0.001 4 D 0.457 0.299 0.140 0.075 0.025 0.005 0.001 5 P 0.320 0.291 0.200 0.124 0.051 0.013 0.001 6 N 0.221 0.227 0.215 0.207 0.100 0.028 0.002 7 L 0.177 0.204 0.229 0.237 0.123 0.028 0.002 8 V 0.311 0.309 0.194 0.121 0.052 0.011 0.001 9 G 0.182 0.238 0.240 0.209 0.106 0.024 0.001 10 P 0.172 0.209 0.223 0.248 0.120 0.026 0.002 11 T 0.393 0.333 0.156 0.081 0.030 0.007 0.001 12 L 0.215 0.228 0.218 0.200 0.110 0.029 0.001 13 P 0.308 0.261 0.193 0.150 0.070 0.017 0.001 14 P 0.462 0.307 0.145 0.063 0.019 0.004 0.001 15 I 0.333 0.242 0.176 0.158 0.073 0.016 0.001 16 P 0.354 0.315 0.186 0.102 0.035 0.007 0.001 17 P 0.362 0.321 0.186 0.097 0.028 0.006 0.001 18 F 0.225 0.228 0.207 0.212 0.103 0.022 0.001 19 T 0.384 0.335 0.165 0.081 0.029 0.006 0.001 20 L 0.214 0.259 0.244 0.192 0.075 0.015 0.001 21 P 0.273 0.292 0.204 0.155 0.061 0.013 0.001 22 T 0.358 0.355 0.172 0.081 0.028 0.006 0.001 23 G 0.183 0.241 0.248 0.220 0.090 0.018 0.001 24 P 0.277 0.270 0.206 0.164 0.067 0.014 0.001 25 T 0.485 0.322 0.125 0.050 0.015 0.003 0.001 26 G 0.295 0.274 0.208 0.152 0.058 0.012 0.001 27 P 0.257 0.262 0.203 0.177 0.081 0.020 0.001 28 T 0.383 0.335 0.168 0.080 0.028 0.006 0.001 29 G 0.228 0.238 0.228 0.201 0.086 0.018 0.001 30 P 0.266 0.294 0.209 0.154 0.064 0.013 0.001 31 T 0.358 0.343 0.178 0.088 0.028 0.005 0.001 32 G 0.280 0.265 0.214 0.170 0.061 0.010 0.001 33 P 0.407 0.336 0.155 0.076 0.022 0.004 0.001 34 T 0.449 0.305 0.148 0.073 0.022 0.003 0.001 35 G 0.367 0.290 0.184 0.115 0.036 0.006 0.001 36 P 0.354 0.296 0.183 0.118 0.042 0.008 0.001 37 T 0.443 0.328 0.144 0.063 0.018 0.003 0.001 38 G 0.255 0.273 0.232 0.167 0.062 0.011 0.001 39 P 0.235 0.293 0.223 0.171 0.066 0.012 0.001 40 T 0.363 0.377 0.168 0.070 0.018 0.003 0.001 41 G 0.163 0.227 0.259 0.242 0.094 0.014 0.001 42 P 0.311 0.346 0.195 0.110 0.034 0.005 0.001 43 T 0.441 0.358 0.136 0.051 0.012 0.001 0.001 44 G 0.253 0.253 0.227 0.194 0.064 0.009 0.001 45 D 0.430 0.356 0.140 0.057 0.015 0.002 0.001 46 T 0.378 0.347 0.170 0.080 0.021 0.003 0.001 47 G 0.262 0.292 0.231 0.156 0.050 0.008 0.001 48 T 0.240 0.286 0.223 0.172 0.067 0.011 0.001 49 T 0.386 0.365 0.160 0.069 0.018 0.003 0.001 50 G 0.218 0.267 0.244 0.191 0.069 0.011 0.001 51 P 0.260 0.307 0.215 0.154 0.054 0.008 0.001 52 T 0.446 0.352 0.134 0.052 0.013 0.002 0.001 53 G 0.249 0.249 0.231 0.195 0.067 0.009 0.001 54 P 0.418 0.355 0.144 0.063 0.017 0.003 0.001 55 T 0.363 0.345 0.178 0.086 0.024 0.003 0.001 56 G 0.261 0.270 0.225 0.175 0.060 0.009 0.001 57 P 0.325 0.331 0.190 0.110 0.037 0.006 0.001 58 T 0.369 0.346 0.174 0.083 0.024 0.004 0.001 59 G 0.238 0.266 0.230 0.183 0.070 0.013 0.001 60 P 0.225 0.289 0.222 0.174 0.073 0.015 0.001 61 T 0.346 0.351 0.181 0.088 0.029 0.006 0.001 62 G 0.189 0.234 0.237 0.221 0.097 0.021 0.001 63 P 0.193 0.264 0.226 0.199 0.094 0.022 0.001 64 T 0.349 0.337 0.181 0.094 0.032 0.006 0.001 65 G 0.217 0.242 0.224 0.202 0.092 0.021 0.001 66 A 0.238 0.273 0.215 0.175 0.080 0.019 0.001 67 T 0.423 0.328 0.148 0.072 0.024 0.005 0.001 68 G 0.268 0.276 0.221 0.162 0.062 0.013 0.001 69 L 0.262 0.271 0.209 0.168 0.073 0.016 0.001 70 T 0.446 0.341 0.137 0.057 0.016 0.003 0.001 71 G 0.256 0.249 0.226 0.187 0.069 0.012 0.001 72 P 0.319 0.301 0.192 0.130 0.048 0.009 0.001 73 T 0.420 0.349 0.149 0.061 0.018 0.003 0.001 74 G 0.190 0.241 0.246 0.217 0.088 0.017 0.001 75 P 0.163 0.250 0.236 0.216 0.107 0.027 0.002 76 T 0.263 0.346 0.212 0.120 0.047 0.011 0.001 77 G 0.124 0.179 0.236 0.270 0.150 0.041 0.002 78 P 0.130 0.205 0.223 0.242 0.150 0.046 0.004 79 S 0.257 0.300 0.213 0.142 0.068 0.020 0.002 80 G 0.209 0.214 0.208 0.213 0.118 0.034 0.003 81 L 0.282 0.280 0.194 0.143 0.073 0.026 0.003 82 G 0.289 0.257 0.188 0.151 0.082 0.029 0.004 83 L 0.258 0.220 0.189 0.183 0.108 0.038 0.004 84 P 0.318 0.227 0.173 0.149 0.090 0.036 0.006 85 A 0.400 0.254 0.156 0.109 0.055 0.021 0.005 86 G 0.329 0.254 0.166 0.136 0.077 0.031 0.007 87 L 0.152 0.208 0.209 0.209 0.138 0.065 0.019 88 Y 0.113 0.150 0.165 0.209 0.186 0.132 0.045 89 A 0.072 0.074 0.098 0.159 0.216 0.260 0.121 90 F 0.061 0.080 0.106 0.171 0.214 0.245 0.123 91 N 0.079 0.118 0.154 0.186 0.177 0.184 0.101 92 S 0.063 0.091 0.111 0.180 0.237 0.225 0.093 93 G 0.087 0.179 0.210 0.221 0.162 0.104 0.037 94 G 0.084 0.127 0.168 0.236 0.220 0.131 0.034 95 I 0.187 0.276 0.227 0.169 0.095 0.038 0.007 96 S 0.240 0.289 0.219 0.151 0.070 0.027 0.004 97 L 0.161 0.188 0.199 0.224 0.153 0.066 0.009 98 D 0.184 0.241 0.216 0.188 0.117 0.049 0.006 99 L 0.208 0.222 0.213 0.193 0.110 0.046 0.008 100 G 0.290 0.227 0.182 0.161 0.095 0.038 0.007 101 I 0.319 0.262 0.174 0.131 0.075 0.032 0.007 102 N 0.224 0.237 0.208 0.172 0.105 0.045 0.009 103 D 0.133 0.203 0.202 0.223 0.144 0.078 0.017 104 P 0.082 0.162 0.197 0.227 0.184 0.121 0.028 105 V 0.019 0.028 0.057 0.150 0.313 0.337 0.096 106 P 0.051 0.153 0.230 0.255 0.190 0.098 0.023 107 F 0.034 0.072 0.139 0.261 0.279 0.170 0.046 108 N 0.138 0.243 0.202 0.182 0.130 0.080 0.025 109 T 0.085 0.172 0.201 0.221 0.174 0.109 0.038 110 V 0.033 0.053 0.084 0.164 0.235 0.303 0.129 111 G 0.031 0.035 0.052 0.110 0.196 0.359 0.217 112 S 0.068 0.086 0.107 0.145 0.196 0.234 0.165 113 Q 0.104 0.133 0.150 0.180 0.175 0.166 0.092 114 F 0.095 0.114 0.136 0.187 0.202 0.176 0.089 115 G 0.214 0.221 0.182 0.166 0.109 0.073 0.036 116 T 0.237 0.225 0.175 0.150 0.110 0.072 0.031 117 A 0.210 0.186 0.161 0.161 0.148 0.102 0.032 118 I 0.177 0.208 0.174 0.187 0.128 0.088 0.037 119 S 0.157 0.122 0.115 0.171 0.195 0.177 0.063 120 Q 0.188 0.226 0.208 0.176 0.117 0.062 0.024 121 L 0.177 0.170 0.161 0.185 0.153 0.110 0.043 122 D 0.172 0.224 0.203 0.181 0.127 0.071 0.023 123 A 0.127 0.214 0.193 0.210 0.140 0.089 0.028 124 D 0.047 0.129 0.151 0.215 0.237 0.158 0.063 125 T 0.047 0.174 0.262 0.249 0.150 0.089 0.028 126 F 0.010 0.019 0.038 0.099 0.232 0.459 0.144 127 V 0.018 0.084 0.199 0.333 0.255 0.099 0.013 128 I 0.032 0.065 0.097 0.181 0.305 0.282 0.038 129 S 0.079 0.275 0.282 0.260 0.085 0.017 0.002 130 E 0.189 0.299 0.239 0.168 0.079 0.023 0.003 131 T 0.237 0.440 0.180 0.102 0.030 0.010 0.001 132 G 0.106 0.176 0.195 0.237 0.192 0.082 0.012 133 F 0.053 0.164 0.219 0.263 0.181 0.101 0.019 134 Y 0.018 0.059 0.110 0.169 0.284 0.285 0.076 135 K 0.013 0.052 0.139 0.305 0.285 0.153 0.054 136 I 0.004 0.016 0.036 0.063 0.159 0.441 0.282 137 T 0.006 0.033 0.118 0.343 0.260 0.160 0.081 138 V 0.005 0.014 0.028 0.057 0.165 0.435 0.297 139 I 0.010 0.042 0.089 0.224 0.261 0.250 0.124 140 A 0.014 0.020 0.034 0.077 0.183 0.440 0.231 141 N 0.036 0.100 0.132 0.236 0.251 0.199 0.048 142 T 0.067 0.107 0.140 0.199 0.243 0.187 0.058 143 A 0.140 0.188 0.163 0.203 0.181 0.106 0.020 144 T 0.195 0.217 0.200 0.190 0.122 0.060 0.016 145 A 0.314 0.240 0.150 0.134 0.090 0.055 0.017 146 S 0.185 0.213 0.183 0.181 0.137 0.073 0.029 147 V 0.143 0.131 0.154 0.182 0.183 0.155 0.052 148 L 0.056 0.056 0.073 0.132 0.201 0.294 0.188 149 G 0.041 0.056 0.085 0.151 0.209 0.290 0.168 150 G 0.021 0.033 0.055 0.103 0.186 0.349 0.252 151 L 0.007 0.008 0.017 0.044 0.108 0.358 0.457 152 T 0.009 0.018 0.040 0.096 0.194 0.370 0.273 153 I 0.010 0.016 0.033 0.074 0.168 0.417 0.282 154 Q 0.017 0.038 0.072 0.166 0.294 0.307 0.105 155 V 0.072 0.148 0.215 0.246 0.179 0.106 0.032 156 N 0.202 0.209 0.168 0.173 0.142 0.084 0.024 157 G 0.314 0.246 0.165 0.130 0.081 0.050 0.015 158 V 0.282 0.214 0.161 0.149 0.103 0.071 0.021 159 P 0.189 0.169 0.178 0.178 0.148 0.107 0.032 160 V 0.075 0.087 0.116 0.183 0.236 0.228 0.074 161 P 0.060 0.068 0.096 0.151 0.206 0.275 0.144 162 G 0.062 0.076 0.106 0.162 0.209 0.259 0.126 163 T 0.051 0.063 0.079 0.138 0.203 0.299 0.166 164 G 0.061 0.071 0.097 0.159 0.227 0.270 0.116 165 S 0.115 0.120 0.132 0.173 0.195 0.192 0.072 166 S 0.161 0.166 0.154 0.170 0.167 0.144 0.039 167 L 0.155 0.160 0.157 0.196 0.175 0.126 0.031 168 I 0.213 0.191 0.167 0.175 0.147 0.088 0.019 169 S 0.320 0.228 0.170 0.138 0.085 0.048 0.012 170 L 0.425 0.207 0.133 0.113 0.074 0.039 0.009 171 G 0.495 0.239 0.127 0.077 0.039 0.019 0.004 172 A 0.340 0.183 0.150 0.149 0.109 0.057 0.012 173 P 0.382 0.236 0.149 0.115 0.069 0.038 0.011 174 I 0.282 0.201 0.173 0.159 0.109 0.061 0.015 175 V 0.197 0.158 0.152 0.187 0.169 0.109 0.027 176 I 0.187 0.181 0.179 0.186 0.156 0.088 0.023 177 Q 0.184 0.185 0.180 0.197 0.140 0.084 0.031 178 A 0.230 0.209 0.157 0.154 0.128 0.084 0.038 179 I 0.164 0.174 0.157 0.167 0.160 0.116 0.061 180 T 0.122 0.155 0.150 0.183 0.178 0.139 0.074 181 Q 0.101 0.122 0.131 0.172 0.181 0.180 0.114 182 I 0.103 0.108 0.104 0.147 0.181 0.211 0.146 183 T 0.061 0.069 0.083 0.122 0.178 0.269 0.217 184 T 0.027 0.035 0.048 0.100 0.178 0.294 0.317 185 T 0.026 0.050 0.070 0.105 0.139 0.263 0.349 186 P 0.023 0.050 0.067 0.128 0.181 0.256 0.295 187 S 0.021 0.042 0.070 0.124 0.187 0.250 0.304 188 L 0.008 0.015 0.023 0.054 0.128 0.348 0.423 189 V 0.014 0.019 0.036 0.075 0.148 0.382 0.325 190 E 0.016 0.047 0.077 0.170 0.237 0.326 0.128 191 V 0.027 0.111 0.209 0.287 0.224 0.119 0.022 192 I 0.011 0.032 0.078 0.228 0.384 0.230 0.037 193 V 0.118 0.345 0.278 0.174 0.066 0.017 0.002 194 T 0.230 0.354 0.235 0.135 0.037 0.008 0.001 195 G 0.293 0.381 0.176 0.091 0.042 0.015 0.002 196 L 0.038 0.148 0.233 0.306 0.213 0.058 0.004 197 G 0.029 0.167 0.283 0.293 0.160 0.062 0.006 198 L 0.002 0.009 0.026 0.098 0.282 0.460 0.123 199 S 0.004 0.033 0.109 0.260 0.324 0.221 0.049 200 L 0.002 0.006 0.014 0.051 0.177 0.524 0.226 201 A 0.003 0.031 0.129 0.326 0.310 0.165 0.036 202 L 0.004 0.014 0.025 0.065 0.222 0.519 0.151 203 G 0.007 0.040 0.114 0.263 0.307 0.230 0.040 204 T 0.035 0.158 0.206 0.255 0.214 0.115 0.017 205 S 0.021 0.116 0.220 0.279 0.222 0.122 0.019 206 A 0.018 0.063 0.096 0.200 0.293 0.279 0.051 207 S 0.025 0.064 0.102 0.188 0.293 0.265 0.063 208 I 0.021 0.025 0.035 0.080 0.182 0.426 0.230 209 I 0.028 0.033 0.043 0.099 0.194 0.346 0.257 210 I 0.058 0.081 0.092 0.138 0.147 0.231 0.254 211 E 0.073 0.098 0.097 0.139 0.177 0.238 0.178 212 K 0.036 0.065 0.097 0.172 0.263 0.260 0.106 213 V 0.053 0.093 0.125 0.173 0.203 0.245 0.108 214 A 0.092 0.091 0.111 0.174 0.244 0.209 0.080 215 H 0.137 0.157 0.174 0.198 0.178 0.124 0.031 216 H 0.155 0.189 0.178 0.170 0.155 0.129 0.024 217 H 0.188 0.248 0.235 0.187 0.100 0.037 0.005 218 H 0.219 0.237 0.211 0.189 0.105 0.034 0.006 219 H 0.473 0.274 0.142 0.075 0.028 0.008 0.001 220 H 0.468 0.264 0.130 0.096 0.035 0.006 0.001