# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132.978 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.006 0.003 0.003 0.130 0.843 2 A 0.047 0.041 0.007 0.006 0.208 0.691 3 F 0.040 0.133 0.006 0.003 0.195 0.624 4 D 0.031 0.047 0.013 0.006 0.500 0.404 5 P 0.025 0.017 0.018 0.013 0.597 0.330 6 N 0.024 0.020 0.020 0.010 0.640 0.287 7 L 0.075 0.105 0.011 0.034 0.550 0.225 8 V 0.097 0.079 0.014 0.038 0.448 0.324 9 G 0.089 0.043 0.015 0.026 0.407 0.420 10 P 0.101 0.053 0.029 0.040 0.322 0.456 11 T 0.072 0.087 0.035 0.045 0.249 0.513 12 L 0.031 0.018 0.007 0.002 0.145 0.797 13 P 0.080 0.038 0.016 0.006 0.213 0.648 14 P 0.071 0.069 0.023 0.005 0.277 0.555 15 I 0.044 0.047 0.014 0.004 0.303 0.588 16 P 0.046 0.041 0.012 0.007 0.418 0.475 17 P 0.031 0.034 0.019 0.008 0.506 0.402 18 F 0.051 0.037 0.016 0.014 0.477 0.405 19 T 0.088 0.080 0.022 0.018 0.511 0.282 20 L 0.068 0.050 0.016 0.013 0.553 0.300 21 P 0.069 0.050 0.017 0.030 0.480 0.354 22 T 0.058 0.067 0.020 0.038 0.521 0.295 23 G 0.044 0.041 0.015 0.022 0.554 0.324 24 P 0.051 0.036 0.026 0.064 0.451 0.372 25 T 0.044 0.065 0.032 0.079 0.457 0.323 26 G 0.034 0.030 0.018 0.040 0.485 0.393 27 P 0.040 0.029 0.022 0.119 0.395 0.395 28 T 0.038 0.063 0.031 0.122 0.411 0.335 29 G 0.041 0.041 0.020 0.052 0.437 0.408 30 P 0.044 0.027 0.033 0.107 0.381 0.406 31 T 0.038 0.056 0.045 0.109 0.410 0.342 32 G 0.043 0.039 0.020 0.044 0.495 0.359 33 P 0.039 0.026 0.020 0.085 0.450 0.379 34 T 0.034 0.045 0.029 0.094 0.458 0.341 35 G 0.042 0.038 0.013 0.023 0.433 0.450 36 P 0.056 0.029 0.028 0.069 0.364 0.454 37 T 0.056 0.068 0.041 0.077 0.401 0.358 38 G 0.064 0.042 0.019 0.032 0.427 0.415 39 P 0.067 0.034 0.020 0.077 0.390 0.412 40 T 0.056 0.049 0.031 0.088 0.423 0.352 41 G 0.055 0.035 0.031 0.078 0.468 0.334 42 P 0.057 0.024 0.066 0.165 0.424 0.263 43 T 0.046 0.055 0.076 0.150 0.449 0.224 44 G 0.055 0.038 0.055 0.108 0.541 0.203 45 D 0.047 0.016 0.058 0.133 0.503 0.242 46 T 0.038 0.030 0.069 0.132 0.511 0.219 47 G 0.070 0.038 0.031 0.038 0.542 0.281 48 T 0.083 0.033 0.028 0.078 0.416 0.362 49 T 0.087 0.064 0.033 0.078 0.444 0.295 50 G 0.094 0.050 0.017 0.032 0.487 0.319 51 P 0.088 0.034 0.023 0.056 0.443 0.356 52 T 0.072 0.059 0.031 0.060 0.481 0.296 53 G 0.063 0.044 0.018 0.035 0.503 0.337 54 P 0.058 0.034 0.022 0.074 0.422 0.389 55 T 0.042 0.065 0.029 0.086 0.412 0.366 56 G 0.038 0.039 0.016 0.035 0.406 0.466 57 P 0.049 0.030 0.028 0.109 0.357 0.426 58 T 0.044 0.068 0.038 0.112 0.394 0.344 59 G 0.048 0.037 0.024 0.059 0.464 0.368 60 P 0.044 0.029 0.025 0.128 0.420 0.355 61 T 0.037 0.044 0.035 0.135 0.433 0.316 62 G 0.042 0.033 0.031 0.079 0.486 0.329 63 P 0.039 0.024 0.064 0.155 0.444 0.273 64 T 0.034 0.049 0.087 0.156 0.457 0.217 65 G 0.051 0.046 0.053 0.075 0.489 0.285 66 A 0.049 0.024 0.060 0.112 0.429 0.325 67 T 0.042 0.041 0.076 0.120 0.443 0.277 68 G 0.054 0.042 0.026 0.028 0.470 0.380 69 L 0.066 0.043 0.022 0.056 0.412 0.402 70 T 0.067 0.068 0.026 0.055 0.456 0.328 71 G 0.054 0.045 0.014 0.026 0.516 0.344 72 P 0.050 0.035 0.019 0.047 0.486 0.363 73 T 0.048 0.055 0.029 0.058 0.482 0.328 74 G 0.050 0.033 0.020 0.036 0.480 0.381 75 P 0.063 0.035 0.032 0.074 0.415 0.382 76 T 0.055 0.068 0.038 0.066 0.406 0.366 77 G 0.057 0.043 0.021 0.021 0.384 0.473 78 P 0.059 0.030 0.039 0.063 0.362 0.447 79 S 0.050 0.039 0.066 0.080 0.383 0.383 80 G 0.061 0.039 0.027 0.023 0.335 0.515 81 L 0.099 0.047 0.025 0.043 0.275 0.512 82 G 0.094 0.049 0.026 0.046 0.309 0.476 83 L 0.058 0.025 0.017 0.020 0.380 0.502 84 P 0.056 0.025 0.021 0.025 0.506 0.367 85 A 0.059 0.025 0.038 0.026 0.524 0.328 86 G 0.108 0.022 0.039 0.020 0.430 0.381 87 L 0.233 0.034 0.084 0.037 0.294 0.317 88 Y 0.324 0.077 0.080 0.045 0.234 0.240 89 A 0.329 0.055 0.037 0.046 0.268 0.265 90 F 0.227 0.043 0.020 0.028 0.335 0.346 91 N 0.151 0.017 0.027 0.020 0.513 0.272 92 S 0.148 0.021 0.031 0.035 0.519 0.245 93 G 0.148 0.029 0.027 0.027 0.510 0.259 94 G 0.235 0.028 0.023 0.011 0.413 0.289 95 I 0.355 0.042 0.021 0.017 0.200 0.366 96 S 0.344 0.059 0.024 0.020 0.227 0.327 97 L 0.307 0.056 0.023 0.011 0.192 0.410 98 D 0.200 0.051 0.023 0.010 0.350 0.367 99 L 0.128 0.064 0.027 0.012 0.400 0.369 100 G 0.060 0.030 0.013 0.005 0.622 0.270 101 I 0.066 0.028 0.013 0.005 0.611 0.276 102 N 0.047 0.024 0.011 0.004 0.547 0.367 103 D 0.047 0.025 0.007 0.003 0.518 0.400 104 P 0.053 0.026 0.012 0.004 0.379 0.526 105 V 0.076 0.065 0.019 0.008 0.310 0.523 106 P 0.127 0.046 0.033 0.013 0.346 0.435 107 F 0.158 0.067 0.040 0.020 0.280 0.435 108 N 0.179 0.051 0.028 0.022 0.347 0.373 109 T 0.199 0.031 0.045 0.051 0.481 0.192 110 V 0.153 0.019 0.028 0.045 0.565 0.190 111 G 0.103 0.011 0.026 0.048 0.597 0.215 112 S 0.168 0.015 0.031 0.051 0.461 0.273 113 Q 0.263 0.051 0.031 0.068 0.266 0.322 114 F 0.304 0.054 0.032 0.057 0.287 0.265 115 G 0.240 0.023 0.037 0.051 0.289 0.361 116 T 0.225 0.022 0.050 0.046 0.327 0.331 117 A 0.277 0.021 0.040 0.027 0.306 0.330 118 I 0.296 0.027 0.049 0.040 0.274 0.314 119 S 0.262 0.038 0.042 0.032 0.309 0.317 120 Q 0.202 0.030 0.037 0.022 0.403 0.306 121 L 0.153 0.037 0.026 0.015 0.344 0.425 122 D 0.142 0.044 0.016 0.007 0.451 0.340 123 A 0.090 0.018 0.023 0.005 0.617 0.247 124 D 0.129 0.005 0.018 0.003 0.519 0.325 125 T 0.422 0.022 0.023 0.005 0.361 0.166 126 F 0.633 0.018 0.007 0.004 0.175 0.163 127 V 0.785 0.023 0.005 0.004 0.060 0.123 128 I 0.706 0.058 0.003 0.004 0.060 0.169 129 S 0.464 0.024 0.009 0.004 0.410 0.089 130 E 0.194 0.007 0.019 0.006 0.669 0.106 131 T 0.064 0.005 0.027 0.005 0.805 0.093 132 G 0.345 0.017 0.011 0.003 0.529 0.095 133 F 0.660 0.012 0.004 0.004 0.073 0.247 134 Y 0.875 0.012 0.002 0.003 0.031 0.077 135 K 0.890 0.003 0.002 0.004 0.025 0.076 136 I 0.893 0.002 0.002 0.007 0.024 0.072 137 T 0.909 0.001 0.002 0.008 0.026 0.053 138 V 0.927 0.002 0.003 0.015 0.018 0.034 139 I 0.913 0.003 0.003 0.014 0.027 0.040 140 A 0.854 0.004 0.006 0.020 0.054 0.063 141 N 0.730 0.004 0.010 0.029 0.118 0.109 142 T 0.566 0.008 0.021 0.047 0.195 0.163 143 A 0.510 0.017 0.027 0.048 0.209 0.189 144 T 0.409 0.018 0.037 0.061 0.253 0.222 145 A 0.391 0.016 0.057 0.054 0.260 0.222 146 S 0.382 0.011 0.061 0.039 0.281 0.226 147 V 0.553 0.011 0.059 0.030 0.204 0.142 148 L 0.640 0.008 0.029 0.014 0.153 0.156 149 G 0.766 0.004 0.012 0.007 0.097 0.114 150 G 0.842 0.003 0.005 0.005 0.053 0.093 151 L 0.900 0.003 0.003 0.004 0.029 0.061 152 T 0.954 0.002 0.001 0.003 0.011 0.030 153 I 0.966 0.002 0.001 0.002 0.005 0.024 154 Q 0.963 0.003 0.001 0.001 0.020 0.013 155 V 0.889 0.005 0.001 0.001 0.087 0.017 156 N 0.319 0.007 0.006 0.003 0.594 0.073 157 G 0.256 0.016 0.003 0.001 0.615 0.108 158 V 0.428 0.041 0.003 0.001 0.248 0.279 159 P 0.348 0.116 0.005 0.002 0.124 0.406 160 V 0.189 0.052 0.008 0.003 0.464 0.284 161 P 0.073 0.014 0.017 0.006 0.608 0.283 162 G 0.036 0.008 0.018 0.006 0.686 0.246 163 T 0.081 0.037 0.017 0.012 0.663 0.190 164 G 0.107 0.025 0.019 0.024 0.430 0.395 165 S 0.112 0.032 0.028 0.063 0.435 0.329 166 S 0.163 0.031 0.036 0.075 0.395 0.300 167 L 0.290 0.035 0.046 0.075 0.250 0.304 168 I 0.484 0.040 0.075 0.085 0.139 0.177 169 S 0.389 0.036 0.088 0.125 0.204 0.158 170 L 0.294 0.025 0.067 0.111 0.245 0.259 171 G 0.171 0.014 0.018 0.029 0.291 0.476 172 A 0.241 0.008 0.019 0.061 0.352 0.320 173 P 0.359 0.005 0.023 0.064 0.235 0.314 174 I 0.829 0.009 0.012 0.040 0.059 0.051 175 V 0.932 0.003 0.003 0.028 0.017 0.017 176 I 0.919 0.002 0.003 0.049 0.010 0.017 177 Q 0.842 0.003 0.003 0.086 0.020 0.046 178 A 0.662 0.004 0.010 0.106 0.070 0.148 179 I 0.411 0.009 0.026 0.115 0.193 0.246 180 T 0.320 0.023 0.061 0.114 0.289 0.193 181 Q 0.215 0.016 0.063 0.098 0.379 0.229 182 I 0.170 0.006 0.065 0.088 0.395 0.275 183 T 0.169 0.019 0.049 0.126 0.366 0.271 184 T 0.135 0.035 0.024 0.237 0.239 0.330 185 T 0.091 0.013 0.013 0.250 0.172 0.462 186 P 0.023 0.001 0.016 0.869 0.037 0.053 187 S 0.056 0.003 0.016 0.873 0.023 0.029 188 L 0.063 0.002 0.011 0.899 0.014 0.010 189 V 0.082 0.001 0.006 0.889 0.012 0.010 190 E 0.078 0.001 0.007 0.891 0.016 0.008 191 V 0.105 0.001 0.008 0.852 0.024 0.011 192 I 0.089 0.002 0.009 0.857 0.026 0.017 193 V 0.075 0.004 0.020 0.820 0.046 0.035 194 T 0.060 0.003 0.031 0.786 0.068 0.052 195 G 0.119 0.004 0.058 0.471 0.147 0.201 196 L 0.162 0.014 0.053 0.418 0.139 0.216 197 G 0.217 0.025 0.048 0.178 0.208 0.323 198 L 0.174 0.033 0.052 0.152 0.253 0.336 199 S 0.102 0.025 0.050 0.108 0.386 0.328 200 L 0.041 0.015 0.120 0.163 0.436 0.225 201 A 0.029 0.023 0.082 0.160 0.535 0.171 202 L 0.031 0.015 0.078 0.180 0.546 0.149 203 G 0.019 0.011 0.045 0.214 0.453 0.259 204 T 0.019 0.020 0.056 0.561 0.196 0.147 205 S 0.020 0.012 0.061 0.700 0.066 0.141 206 A 0.012 0.003 0.026 0.921 0.013 0.024 207 S 0.014 0.001 0.012 0.938 0.015 0.020 208 I 0.022 0.001 0.013 0.945 0.012 0.007 209 I 0.028 0.001 0.010 0.942 0.015 0.005 210 I 0.021 0.001 0.016 0.942 0.018 0.003 211 E 0.020 0.001 0.015 0.945 0.018 0.003 212 K 0.012 0.001 0.008 0.964 0.010 0.006 213 V 0.007 0.001 0.010 0.936 0.014 0.032 214 A 0.016 0.003 0.031 0.842 0.040 0.068 215 H 0.022 0.004 0.030 0.844 0.039 0.061 216 H 0.032 0.005 0.039 0.746 0.082 0.096 217 H 0.046 0.014 0.035 0.502 0.195 0.207 218 H 0.025 0.012 0.020 0.361 0.210 0.372 219 H 0.013 0.007 0.003 0.082 0.150 0.745 220 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.969