# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132.978 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.009 0.006 0.012 0.037 0.023 0.869 2 A 0.106 0.053 0.012 0.013 0.056 0.059 0.701 3 F 0.088 0.096 0.013 0.009 0.206 0.085 0.503 4 D 0.048 0.020 0.007 0.003 0.202 0.061 0.659 5 P 0.036 0.031 0.024 0.006 0.195 0.221 0.487 6 N 0.042 0.058 0.021 0.004 0.249 0.128 0.497 7 L 0.063 0.049 0.016 0.004 0.232 0.127 0.509 8 V 0.053 0.160 0.009 0.003 0.246 0.068 0.462 9 G 0.048 0.052 0.006 0.001 0.357 0.038 0.498 10 P 0.038 0.047 0.011 0.002 0.193 0.226 0.483 11 T 0.044 0.174 0.013 0.001 0.226 0.155 0.387 12 L 0.041 0.039 0.019 0.003 0.354 0.108 0.436 13 P 0.034 0.049 0.023 0.002 0.248 0.127 0.517 14 P 0.036 0.138 0.020 0.002 0.288 0.157 0.360 15 I 0.027 0.036 0.009 0.001 0.424 0.118 0.384 16 P 0.029 0.049 0.012 0.002 0.339 0.053 0.517 17 P 0.037 0.061 0.018 0.002 0.173 0.048 0.661 18 F 0.066 0.061 0.018 0.002 0.179 0.190 0.484 19 T 0.081 0.138 0.015 0.002 0.272 0.082 0.411 20 L 0.073 0.044 0.004 0.001 0.429 0.018 0.432 21 P 0.077 0.035 0.007 0.001 0.190 0.160 0.530 22 T 0.079 0.246 0.007 0.001 0.209 0.087 0.372 23 G 0.072 0.063 0.004 0.001 0.310 0.056 0.495 24 P 0.049 0.030 0.006 0.001 0.218 0.229 0.466 25 T 0.056 0.187 0.008 0.001 0.294 0.106 0.347 26 G 0.045 0.067 0.005 0.001 0.331 0.050 0.501 27 P 0.049 0.051 0.008 0.001 0.201 0.251 0.439 28 T 0.059 0.166 0.010 0.002 0.254 0.126 0.385 29 G 0.049 0.073 0.008 0.003 0.344 0.074 0.449 30 P 0.054 0.050 0.011 0.003 0.218 0.218 0.446 31 T 0.069 0.165 0.016 0.003 0.225 0.130 0.393 32 G 0.061 0.085 0.012 0.004 0.276 0.099 0.462 33 P 0.059 0.049 0.016 0.004 0.226 0.250 0.395 34 T 0.067 0.149 0.017 0.004 0.257 0.124 0.384 35 G 0.052 0.074 0.013 0.004 0.312 0.090 0.455 36 P 0.058 0.048 0.014 0.003 0.214 0.230 0.433 37 T 0.062 0.161 0.013 0.002 0.252 0.103 0.407 38 G 0.048 0.063 0.008 0.003 0.342 0.075 0.461 39 P 0.050 0.044 0.010 0.003 0.230 0.205 0.459 40 T 0.056 0.199 0.010 0.002 0.233 0.096 0.404 41 G 0.046 0.067 0.007 0.002 0.259 0.084 0.535 42 P 0.041 0.050 0.011 0.002 0.222 0.290 0.384 43 T 0.047 0.136 0.012 0.002 0.292 0.136 0.374 44 G 0.035 0.047 0.012 0.003 0.397 0.113 0.392 45 D 0.043 0.051 0.020 0.004 0.241 0.276 0.365 46 T 0.063 0.122 0.031 0.005 0.258 0.178 0.343 47 G 0.058 0.079 0.026 0.008 0.301 0.139 0.390 48 T 0.075 0.060 0.023 0.006 0.245 0.223 0.368 49 T 0.087 0.151 0.023 0.005 0.241 0.133 0.361 50 G 0.071 0.097 0.013 0.004 0.265 0.078 0.474 51 P 0.073 0.042 0.013 0.003 0.218 0.220 0.431 52 T 0.068 0.137 0.012 0.002 0.261 0.118 0.402 53 G 0.056 0.070 0.007 0.002 0.355 0.059 0.450 54 P 0.055 0.041 0.010 0.002 0.208 0.244 0.439 55 T 0.062 0.166 0.012 0.002 0.239 0.135 0.383 56 G 0.055 0.075 0.010 0.003 0.321 0.085 0.451 57 P 0.057 0.051 0.012 0.003 0.209 0.216 0.453 58 T 0.066 0.182 0.013 0.003 0.220 0.109 0.408 59 G 0.053 0.076 0.009 0.004 0.294 0.094 0.470 60 P 0.050 0.045 0.012 0.004 0.237 0.231 0.420 61 T 0.056 0.157 0.014 0.003 0.245 0.115 0.409 62 G 0.046 0.069 0.011 0.004 0.278 0.097 0.495 63 P 0.042 0.048 0.017 0.005 0.197 0.338 0.353 64 T 0.050 0.093 0.021 0.005 0.265 0.200 0.365 65 G 0.043 0.053 0.020 0.009 0.383 0.113 0.378 66 A 0.059 0.058 0.029 0.011 0.235 0.208 0.401 67 T 0.079 0.137 0.039 0.008 0.218 0.183 0.335 68 G 0.069 0.088 0.024 0.007 0.236 0.142 0.434 69 L 0.072 0.057 0.018 0.005 0.225 0.232 0.391 70 T 0.063 0.116 0.013 0.003 0.282 0.127 0.395 71 G 0.047 0.063 0.011 0.003 0.364 0.082 0.431 72 P 0.050 0.043 0.016 0.004 0.206 0.245 0.436 73 T 0.056 0.147 0.020 0.004 0.215 0.164 0.395 74 G 0.051 0.064 0.016 0.005 0.315 0.149 0.400 75 P 0.048 0.047 0.018 0.006 0.239 0.254 0.389 76 T 0.056 0.151 0.020 0.006 0.265 0.129 0.372 77 G 0.041 0.055 0.015 0.006 0.274 0.081 0.529 78 P 0.041 0.036 0.039 0.011 0.199 0.294 0.381 79 S 0.053 0.069 0.046 0.015 0.231 0.302 0.285 80 G 0.045 0.041 0.037 0.016 0.321 0.196 0.343 81 L 0.075 0.054 0.027 0.015 0.223 0.199 0.407 82 G 0.104 0.117 0.033 0.015 0.229 0.149 0.354 83 L 0.083 0.029 0.030 0.016 0.246 0.055 0.541 84 P 0.098 0.031 0.077 0.030 0.155 0.185 0.424 85 A 0.082 0.052 0.078 0.025 0.174 0.378 0.211 86 G 0.114 0.023 0.043 0.017 0.264 0.253 0.287 87 L 0.199 0.035 0.037 0.019 0.138 0.056 0.517 88 Y 0.382 0.093 0.031 0.016 0.122 0.053 0.303 89 A 0.392 0.065 0.031 0.014 0.111 0.096 0.292 90 F 0.270 0.061 0.022 0.012 0.182 0.092 0.361 91 N 0.138 0.028 0.029 0.017 0.262 0.142 0.384 92 S 0.084 0.020 0.042 0.029 0.204 0.348 0.274 93 G 0.106 0.044 0.046 0.033 0.226 0.260 0.286 94 G 0.141 0.034 0.040 0.034 0.253 0.189 0.308 95 I 0.215 0.067 0.028 0.026 0.172 0.138 0.353 96 S 0.283 0.084 0.028 0.021 0.144 0.067 0.373 97 L 0.226 0.033 0.045 0.042 0.275 0.074 0.306 98 D 0.212 0.025 0.076 0.043 0.158 0.143 0.344 99 L 0.146 0.053 0.099 0.042 0.148 0.298 0.214 100 G 0.107 0.039 0.046 0.016 0.125 0.315 0.352 101 I 0.111 0.044 0.030 0.007 0.161 0.229 0.418 102 N 0.095 0.045 0.019 0.004 0.332 0.180 0.325 103 D 0.102 0.024 0.003 0.001 0.475 0.029 0.365 104 P 0.111 0.025 0.005 0.001 0.202 0.042 0.614 105 V 0.152 0.085 0.003 0.001 0.181 0.016 0.561 106 P 0.222 0.051 0.006 0.003 0.101 0.042 0.576 107 F 0.196 0.094 0.018 0.005 0.142 0.083 0.462 108 N 0.162 0.030 0.026 0.007 0.257 0.145 0.372 109 T 0.119 0.031 0.034 0.011 0.227 0.220 0.358 110 V 0.155 0.068 0.032 0.019 0.244 0.182 0.300 111 G 0.092 0.023 0.056 0.038 0.321 0.218 0.253 112 S 0.095 0.017 0.114 0.075 0.168 0.252 0.278 113 Q 0.163 0.081 0.129 0.083 0.137 0.192 0.214 114 F 0.192 0.050 0.072 0.080 0.148 0.172 0.286 115 G 0.187 0.028 0.048 0.053 0.154 0.187 0.343 116 T 0.223 0.035 0.043 0.048 0.193 0.120 0.338 117 A 0.237 0.043 0.052 0.077 0.202 0.106 0.284 118 I 0.249 0.025 0.082 0.076 0.149 0.113 0.306 119 S 0.266 0.043 0.094 0.061 0.159 0.130 0.247 120 Q 0.189 0.036 0.081 0.044 0.153 0.139 0.357 121 L 0.166 0.060 0.039 0.024 0.202 0.191 0.319 122 D 0.110 0.029 0.022 0.008 0.271 0.102 0.458 123 A 0.077 0.015 0.052 0.021 0.401 0.256 0.178 124 D 0.122 0.013 0.065 0.020 0.170 0.319 0.291 125 T 0.375 0.056 0.059 0.017 0.124 0.101 0.269 126 F 0.567 0.065 0.019 0.015 0.077 0.043 0.213 127 V 0.681 0.035 0.012 0.010 0.060 0.029 0.173 128 I 0.603 0.059 0.015 0.009 0.068 0.037 0.209 129 S 0.386 0.035 0.023 0.014 0.128 0.058 0.356 130 E 0.195 0.011 0.060 0.024 0.191 0.263 0.255 131 T 0.116 0.019 0.053 0.027 0.224 0.329 0.233 132 G 0.163 0.019 0.029 0.032 0.314 0.156 0.288 133 F 0.311 0.021 0.017 0.051 0.117 0.064 0.419 134 Y 0.616 0.033 0.011 0.027 0.079 0.033 0.201 135 K 0.733 0.012 0.010 0.042 0.054 0.021 0.128 136 I 0.765 0.006 0.010 0.059 0.034 0.013 0.112 137 T 0.812 0.007 0.010 0.061 0.023 0.013 0.074 138 V 0.808 0.005 0.011 0.081 0.024 0.024 0.047 139 I 0.788 0.011 0.010 0.081 0.017 0.028 0.066 140 A 0.662 0.010 0.016 0.095 0.033 0.064 0.121 141 N 0.488 0.008 0.022 0.084 0.098 0.146 0.153 142 T 0.471 0.012 0.022 0.098 0.110 0.092 0.196 143 A 0.431 0.017 0.020 0.104 0.132 0.061 0.234 144 T 0.398 0.015 0.026 0.121 0.080 0.098 0.262 145 A 0.323 0.013 0.040 0.140 0.124 0.120 0.240 146 S 0.367 0.009 0.027 0.117 0.131 0.084 0.265 147 V 0.467 0.014 0.022 0.140 0.116 0.052 0.189 148 L 0.580 0.011 0.012 0.097 0.063 0.061 0.175 149 G 0.655 0.010 0.009 0.052 0.078 0.057 0.138 150 G 0.739 0.004 0.007 0.022 0.068 0.039 0.122 151 L 0.858 0.006 0.006 0.016 0.023 0.014 0.078 152 T 0.898 0.003 0.004 0.029 0.020 0.007 0.038 153 I 0.930 0.005 0.004 0.025 0.008 0.005 0.022 154 Q 0.890 0.003 0.004 0.037 0.005 0.012 0.049 155 V 0.830 0.022 0.006 0.031 0.014 0.034 0.062 156 N 0.197 0.007 0.007 0.009 0.053 0.656 0.072 157 G 0.039 0.001 0.003 0.001 0.168 0.733 0.056 158 V 0.259 0.027 0.001 0.001 0.197 0.022 0.492 159 P 0.382 0.215 0.001 0.001 0.049 0.005 0.346 160 V 0.192 0.057 0.005 0.001 0.060 0.008 0.677 161 P 0.062 0.010 0.027 0.003 0.117 0.596 0.185 162 G 0.030 0.012 0.038 0.005 0.177 0.495 0.243 163 T 0.063 0.035 0.037 0.009 0.284 0.107 0.465 164 G 0.064 0.030 0.027 0.010 0.281 0.172 0.416 165 S 0.103 0.021 0.050 0.016 0.354 0.148 0.309 166 S 0.216 0.027 0.071 0.034 0.211 0.096 0.345 167 L 0.425 0.042 0.062 0.052 0.108 0.072 0.240 168 I 0.627 0.034 0.043 0.042 0.060 0.046 0.149 169 S 0.615 0.035 0.031 0.045 0.039 0.057 0.179 170 L 0.419 0.018 0.022 0.030 0.104 0.200 0.206 171 G 0.215 0.011 0.015 0.025 0.200 0.222 0.313 172 A 0.224 0.010 0.010 0.033 0.251 0.065 0.408 173 P 0.282 0.007 0.014 0.071 0.152 0.065 0.410 174 I 0.776 0.010 0.010 0.052 0.041 0.024 0.088 175 V 0.915 0.009 0.003 0.033 0.006 0.005 0.029 176 I 0.934 0.003 0.002 0.027 0.008 0.004 0.020 177 Q 0.865 0.004 0.004 0.035 0.020 0.009 0.062 178 A 0.679 0.004 0.014 0.075 0.035 0.026 0.167 179 I 0.557 0.008 0.042 0.075 0.073 0.065 0.180 180 T 0.486 0.019 0.060 0.071 0.086 0.104 0.174 181 Q 0.394 0.007 0.044 0.076 0.136 0.172 0.171 182 I 0.421 0.015 0.021 0.058 0.116 0.073 0.296 183 T 0.539 0.015 0.011 0.041 0.070 0.080 0.243 184 T 0.532 0.025 0.008 0.035 0.122 0.058 0.220 185 T 0.410 0.009 0.002 0.025 0.093 0.013 0.449 186 P 0.285 0.003 0.012 0.068 0.105 0.059 0.468 187 S 0.692 0.013 0.009 0.078 0.062 0.038 0.107 188 L 0.812 0.007 0.005 0.074 0.014 0.009 0.079 189 V 0.868 0.003 0.003 0.056 0.011 0.008 0.051 190 E 0.838 0.002 0.003 0.083 0.019 0.008 0.047 191 V 0.811 0.003 0.004 0.084 0.030 0.009 0.059 192 I 0.808 0.004 0.004 0.109 0.016 0.012 0.048 193 V 0.686 0.013 0.012 0.174 0.023 0.034 0.058 194 T 0.418 0.006 0.018 0.271 0.036 0.174 0.076 195 G 0.181 0.003 0.037 0.134 0.089 0.431 0.125 196 L 0.221 0.013 0.041 0.116 0.085 0.305 0.219 197 G 0.358 0.034 0.036 0.060 0.103 0.170 0.239 198 L 0.322 0.024 0.033 0.039 0.130 0.063 0.390 199 S 0.217 0.018 0.052 0.044 0.136 0.086 0.446 200 L 0.057 0.008 0.197 0.168 0.170 0.270 0.129 201 A 0.047 0.008 0.160 0.187 0.088 0.312 0.198 202 L 0.033 0.012 0.106 0.196 0.084 0.462 0.108 203 G 0.041 0.008 0.020 0.211 0.103 0.459 0.158 204 T 0.099 0.022 0.012 0.242 0.088 0.048 0.490 205 S 0.160 0.017 0.009 0.580 0.059 0.043 0.131 206 A 0.063 0.001 0.007 0.889 0.007 0.014 0.019 207 S 0.071 0.002 0.003 0.899 0.005 0.003 0.017 208 I 0.033 0.001 0.003 0.954 0.003 0.002 0.004 209 I 0.034 0.001 0.004 0.950 0.002 0.005 0.005 210 I 0.013 0.001 0.004 0.974 0.001 0.005 0.002 211 E 0.005 0.001 0.008 0.972 0.002 0.010 0.002 212 K 0.004 0.001 0.009 0.941 0.002 0.041 0.003 213 V 0.006 0.002 0.014 0.908 0.006 0.043 0.021 214 A 0.009 0.002 0.037 0.792 0.018 0.067 0.075 215 H 0.012 0.003 0.074 0.690 0.024 0.139 0.059 216 H 0.018 0.004 0.064 0.603 0.048 0.179 0.083 217 H 0.035 0.010 0.065 0.339 0.143 0.217 0.191 218 H 0.028 0.011 0.032 0.156 0.191 0.369 0.214 219 H 0.016 0.008 0.012 0.051 0.129 0.180 0.604 220 H 0.006 0.002 0.008 0.013 0.036 0.035 0.901