# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132.978 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.554 0.239 0.104 0.061 0.029 0.011 0.001 2 A 0.446 0.228 0.150 0.107 0.051 0.016 0.002 3 F 0.424 0.274 0.161 0.092 0.036 0.011 0.001 4 D 0.441 0.279 0.153 0.083 0.033 0.009 0.001 5 P 0.351 0.245 0.186 0.131 0.064 0.020 0.003 6 N 0.400 0.323 0.174 0.071 0.025 0.006 0.001 7 L 0.142 0.163 0.223 0.252 0.168 0.046 0.006 8 V 0.254 0.393 0.226 0.091 0.027 0.007 0.001 9 G 0.155 0.196 0.204 0.229 0.157 0.051 0.007 10 P 0.148 0.233 0.246 0.220 0.112 0.035 0.006 11 T 0.120 0.285 0.277 0.202 0.087 0.025 0.004 12 L 0.099 0.134 0.190 0.274 0.204 0.086 0.013 13 P 0.186 0.303 0.248 0.168 0.072 0.020 0.003 14 P 0.228 0.348 0.242 0.122 0.044 0.014 0.002 15 I 0.153 0.225 0.252 0.219 0.114 0.032 0.004 16 P 0.255 0.288 0.221 0.142 0.067 0.023 0.004 17 P 0.275 0.341 0.218 0.107 0.042 0.014 0.003 18 F 0.104 0.161 0.204 0.245 0.192 0.080 0.013 19 T 0.168 0.331 0.271 0.148 0.057 0.020 0.005 20 L 0.101 0.180 0.210 0.243 0.173 0.079 0.015 21 P 0.086 0.170 0.233 0.253 0.176 0.070 0.013 22 T 0.118 0.290 0.286 0.191 0.084 0.027 0.005 23 G 0.110 0.178 0.231 0.249 0.162 0.061 0.009 24 P 0.156 0.236 0.241 0.204 0.118 0.039 0.006 25 T 0.232 0.367 0.243 0.112 0.035 0.010 0.002 26 G 0.167 0.185 0.207 0.239 0.151 0.046 0.004 27 P 0.249 0.320 0.240 0.127 0.048 0.013 0.002 28 T 0.232 0.362 0.241 0.117 0.037 0.010 0.002 29 G 0.179 0.191 0.195 0.213 0.153 0.061 0.007 30 P 0.163 0.254 0.255 0.188 0.098 0.034 0.007 31 T 0.155 0.275 0.255 0.186 0.088 0.035 0.007 32 G 0.181 0.227 0.207 0.193 0.127 0.055 0.010 33 P 0.116 0.183 0.232 0.237 0.157 0.063 0.014 34 T 0.168 0.318 0.263 0.157 0.065 0.024 0.005 35 G 0.147 0.199 0.214 0.218 0.151 0.060 0.011 36 P 0.133 0.195 0.224 0.220 0.152 0.063 0.013 37 T 0.153 0.325 0.281 0.157 0.060 0.020 0.004 38 G 0.098 0.130 0.175 0.258 0.225 0.101 0.013 39 P 0.155 0.256 0.265 0.191 0.095 0.032 0.006 40 T 0.160 0.301 0.266 0.172 0.073 0.024 0.004 41 G 0.153 0.182 0.201 0.228 0.163 0.066 0.008 42 P 0.161 0.220 0.239 0.212 0.122 0.040 0.006 43 T 0.255 0.369 0.232 0.103 0.030 0.009 0.001 44 G 0.161 0.178 0.196 0.238 0.168 0.055 0.005 45 D 0.202 0.283 0.255 0.166 0.071 0.020 0.003 46 T 0.197 0.335 0.252 0.142 0.055 0.016 0.002 47 G 0.144 0.172 0.196 0.231 0.178 0.071 0.008 48 T 0.146 0.239 0.262 0.204 0.107 0.036 0.006 49 T 0.185 0.339 0.260 0.144 0.052 0.017 0.003 50 G 0.131 0.170 0.185 0.236 0.189 0.079 0.011 51 P 0.135 0.227 0.252 0.211 0.120 0.045 0.009 52 T 0.184 0.331 0.257 0.149 0.056 0.019 0.004 53 G 0.150 0.179 0.197 0.229 0.169 0.066 0.010 54 P 0.173 0.275 0.262 0.178 0.081 0.026 0.005 55 T 0.189 0.325 0.255 0.152 0.058 0.018 0.003 56 G 0.183 0.218 0.213 0.202 0.128 0.048 0.007 57 P 0.137 0.229 0.260 0.212 0.115 0.039 0.008 58 T 0.156 0.304 0.263 0.170 0.074 0.028 0.005 59 G 0.157 0.216 0.213 0.211 0.138 0.055 0.010 60 P 0.118 0.188 0.228 0.232 0.157 0.065 0.013 61 T 0.170 0.330 0.268 0.151 0.057 0.020 0.004 62 G 0.152 0.177 0.197 0.236 0.166 0.063 0.010 63 P 0.178 0.263 0.252 0.182 0.090 0.030 0.006 64 T 0.201 0.340 0.255 0.136 0.049 0.016 0.003 65 G 0.142 0.177 0.192 0.218 0.170 0.087 0.014 66 A 0.104 0.187 0.231 0.223 0.161 0.076 0.018 67 T 0.117 0.210 0.233 0.212 0.137 0.073 0.018 68 G 0.137 0.203 0.196 0.192 0.149 0.096 0.026 69 L 0.060 0.097 0.145 0.229 0.255 0.166 0.048 70 T 0.153 0.308 0.272 0.158 0.067 0.031 0.011 71 G 0.121 0.159 0.175 0.221 0.191 0.108 0.026 72 P 0.137 0.190 0.220 0.210 0.149 0.073 0.021 73 T 0.146 0.260 0.253 0.189 0.098 0.043 0.011 74 G 0.162 0.182 0.186 0.207 0.157 0.088 0.018 75 P 0.137 0.203 0.219 0.214 0.149 0.064 0.014 76 T 0.185 0.313 0.254 0.152 0.066 0.025 0.005 77 G 0.147 0.198 0.218 0.223 0.147 0.057 0.009 78 P 0.168 0.231 0.251 0.199 0.108 0.037 0.007 79 S 0.180 0.315 0.262 0.153 0.063 0.023 0.004 80 G 0.122 0.159 0.179 0.230 0.193 0.100 0.017 81 L 0.081 0.138 0.191 0.239 0.205 0.117 0.029 82 G 0.100 0.216 0.244 0.211 0.129 0.078 0.022 83 L 0.058 0.074 0.107 0.213 0.267 0.220 0.062 84 P 0.146 0.244 0.246 0.194 0.105 0.049 0.015 85 A 0.133 0.212 0.228 0.203 0.131 0.074 0.020 86 G 0.155 0.169 0.176 0.188 0.157 0.115 0.040 87 L 0.098 0.119 0.157 0.198 0.199 0.165 0.065 88 Y 0.116 0.126 0.135 0.164 0.176 0.194 0.089 89 A 0.097 0.115 0.128 0.174 0.188 0.198 0.099 90 F 0.125 0.139 0.151 0.185 0.176 0.154 0.070 91 N 0.193 0.180 0.168 0.168 0.135 0.108 0.048 92 S 0.160 0.166 0.170 0.181 0.160 0.115 0.049 93 G 0.115 0.145 0.166 0.185 0.174 0.144 0.071 94 G 0.114 0.124 0.132 0.170 0.188 0.184 0.088 95 I 0.065 0.088 0.118 0.182 0.218 0.225 0.103 96 S 0.092 0.152 0.187 0.205 0.169 0.135 0.059 97 L 0.070 0.097 0.126 0.185 0.220 0.210 0.091 98 D 0.087 0.155 0.190 0.203 0.173 0.131 0.060 99 L 0.070 0.108 0.147 0.192 0.209 0.192 0.083 100 G 0.119 0.149 0.160 0.180 0.171 0.154 0.066 101 I 0.087 0.115 0.155 0.210 0.213 0.167 0.054 102 N 0.133 0.176 0.196 0.205 0.156 0.103 0.031 103 D 0.144 0.176 0.183 0.199 0.164 0.101 0.034 104 P 0.209 0.229 0.191 0.161 0.112 0.072 0.025 105 V 0.096 0.106 0.146 0.214 0.226 0.165 0.046 106 P 0.175 0.229 0.220 0.181 0.107 0.065 0.022 107 F 0.154 0.161 0.172 0.197 0.168 0.114 0.034 108 N 0.193 0.174 0.157 0.168 0.152 0.114 0.042 109 T 0.123 0.116 0.138 0.174 0.183 0.173 0.093 110 V 0.144 0.140 0.144 0.171 0.161 0.161 0.079 111 G 0.142 0.146 0.148 0.171 0.157 0.149 0.089 112 S 0.168 0.170 0.160 0.172 0.143 0.119 0.067 113 Q 0.132 0.131 0.138 0.158 0.168 0.171 0.103 114 F 0.058 0.051 0.070 0.121 0.184 0.283 0.232 115 G 0.067 0.083 0.109 0.154 0.184 0.236 0.167 116 T 0.097 0.105 0.119 0.158 0.182 0.211 0.128 117 A 0.103 0.091 0.094 0.134 0.180 0.237 0.161 118 I 0.070 0.076 0.106 0.165 0.218 0.231 0.135 119 S 0.080 0.117 0.143 0.182 0.183 0.192 0.102 120 Q 0.084 0.086 0.092 0.138 0.202 0.250 0.149 121 L 0.070 0.094 0.133 0.194 0.232 0.191 0.087 122 D 0.135 0.201 0.211 0.187 0.128 0.094 0.044 123 A 0.095 0.110 0.130 0.183 0.200 0.188 0.093 124 D 0.097 0.145 0.161 0.180 0.176 0.162 0.079 125 T 0.050 0.074 0.117 0.180 0.212 0.236 0.130 126 F 0.048 0.058 0.068 0.113 0.184 0.315 0.215 127 V 0.035 0.061 0.083 0.136 0.199 0.286 0.200 128 I 0.045 0.066 0.098 0.168 0.220 0.258 0.144 129 S 0.105 0.164 0.187 0.203 0.170 0.117 0.053 130 E 0.160 0.223 0.212 0.182 0.123 0.071 0.030 131 T 0.104 0.151 0.164 0.190 0.187 0.144 0.060 132 G 0.067 0.087 0.128 0.185 0.215 0.213 0.104 133 F 0.051 0.101 0.138 0.186 0.202 0.219 0.104 134 Y 0.025 0.044 0.080 0.151 0.224 0.297 0.178 135 K 0.043 0.074 0.112 0.182 0.221 0.234 0.135 136 I 0.023 0.023 0.031 0.062 0.141 0.369 0.351 137 T 0.033 0.051 0.071 0.129 0.187 0.288 0.241 138 V 0.031 0.052 0.080 0.120 0.173 0.271 0.273 139 I 0.035 0.054 0.071 0.124 0.187 0.275 0.254 140 A 0.057 0.066 0.086 0.132 0.183 0.266 0.210 141 N 0.100 0.118 0.126 0.156 0.165 0.188 0.148 142 T 0.117 0.131 0.144 0.179 0.161 0.159 0.110 143 A 0.119 0.098 0.095 0.136 0.177 0.215 0.161 144 T 0.153 0.155 0.135 0.154 0.148 0.148 0.108 145 A 0.172 0.154 0.142 0.148 0.135 0.139 0.110 146 S 0.173 0.188 0.156 0.153 0.122 0.118 0.089 147 V 0.127 0.137 0.147 0.162 0.160 0.157 0.111 148 L 0.104 0.104 0.114 0.159 0.198 0.201 0.121 149 G 0.066 0.079 0.117 0.152 0.171 0.223 0.192 150 G 0.050 0.062 0.074 0.118 0.171 0.270 0.254 151 L 0.028 0.036 0.054 0.096 0.163 0.292 0.331 152 T 0.023 0.048 0.082 0.152 0.218 0.279 0.197 153 I 0.014 0.020 0.035 0.073 0.172 0.366 0.320 154 Q 0.030 0.078 0.118 0.187 0.239 0.247 0.102 155 V 0.034 0.065 0.121 0.199 0.251 0.234 0.096 156 N 0.095 0.167 0.182 0.197 0.170 0.135 0.054 157 G 0.120 0.161 0.184 0.195 0.169 0.126 0.045 158 V 0.063 0.064 0.091 0.167 0.256 0.263 0.096 159 P 0.120 0.160 0.180 0.195 0.164 0.132 0.048 160 V 0.133 0.137 0.142 0.186 0.187 0.157 0.058 161 P 0.231 0.209 0.182 0.169 0.117 0.068 0.023 162 G 0.289 0.221 0.170 0.137 0.098 0.059 0.024 163 T 0.188 0.140 0.139 0.165 0.157 0.141 0.071 164 G 0.163 0.161 0.165 0.185 0.160 0.120 0.046 165 S 0.184 0.209 0.188 0.168 0.122 0.089 0.040 166 S 0.139 0.135 0.138 0.166 0.170 0.169 0.083 167 L 0.062 0.051 0.067 0.119 0.195 0.296 0.210 168 I 0.065 0.076 0.104 0.157 0.174 0.242 0.182 169 S 0.075 0.086 0.091 0.119 0.165 0.259 0.205 170 L 0.049 0.056 0.072 0.117 0.191 0.255 0.261 171 G 0.031 0.056 0.088 0.133 0.185 0.268 0.240 172 A 0.018 0.029 0.052 0.109 0.185 0.328 0.280 173 P 0.038 0.090 0.149 0.215 0.218 0.188 0.102 174 I 0.013 0.029 0.061 0.123 0.214 0.371 0.190 175 V 0.013 0.021 0.034 0.085 0.190 0.402 0.255 176 I 0.013 0.025 0.044 0.104 0.212 0.411 0.190 177 Q 0.027 0.072 0.125 0.218 0.248 0.231 0.078 178 A 0.023 0.045 0.082 0.173 0.286 0.310 0.082 179 I 0.060 0.117 0.165 0.241 0.233 0.153 0.032 180 T 0.180 0.230 0.209 0.185 0.121 0.061 0.014 181 Q 0.315 0.291 0.186 0.117 0.058 0.027 0.006 182 I 0.221 0.181 0.195 0.194 0.137 0.062 0.011 183 T 0.312 0.258 0.178 0.125 0.075 0.042 0.011 184 T 0.191 0.148 0.156 0.188 0.170 0.118 0.029 185 T 0.156 0.154 0.151 0.188 0.178 0.130 0.042 186 P 0.106 0.146 0.179 0.207 0.178 0.135 0.049 187 S 0.100 0.151 0.185 0.213 0.182 0.128 0.042 188 L 0.043 0.043 0.061 0.113 0.209 0.335 0.196 189 V 0.057 0.081 0.106 0.168 0.209 0.250 0.129 190 E 0.103 0.193 0.204 0.197 0.142 0.107 0.053 191 V 0.049 0.076 0.108 0.181 0.237 0.234 0.114 192 I 0.052 0.105 0.140 0.186 0.214 0.216 0.087 193 V 0.070 0.077 0.098 0.160 0.227 0.257 0.112 194 T 0.155 0.186 0.192 0.192 0.134 0.097 0.044 195 G 0.162 0.166 0.152 0.166 0.148 0.137 0.070 196 L 0.087 0.076 0.098 0.160 0.207 0.239 0.133 197 G 0.153 0.135 0.131 0.154 0.159 0.163 0.105 198 L 0.121 0.101 0.107 0.154 0.191 0.208 0.119 199 S 0.141 0.167 0.151 0.161 0.163 0.147 0.071 200 L 0.100 0.134 0.167 0.192 0.183 0.145 0.078 201 A 0.070 0.112 0.122 0.166 0.209 0.217 0.104 202 L 0.028 0.060 0.107 0.172 0.235 0.252 0.146 203 G 0.023 0.052 0.097 0.178 0.218 0.254 0.179 204 T 0.008 0.011 0.019 0.042 0.122 0.379 0.420 205 S 0.006 0.011 0.024 0.066 0.148 0.312 0.434 206 A 0.002 0.002 0.004 0.011 0.040 0.248 0.693 207 S 0.004 0.011 0.020 0.055 0.129 0.281 0.499 208 I 0.004 0.012 0.026 0.053 0.102 0.263 0.539 209 I 0.003 0.006 0.013 0.039 0.099 0.299 0.541 210 I 0.012 0.024 0.039 0.078 0.121 0.312 0.414 211 E 0.019 0.051 0.103 0.202 0.242 0.262 0.121 212 K 0.032 0.065 0.117 0.231 0.259 0.235 0.061 213 V 0.045 0.036 0.036 0.080 0.194 0.452 0.157 214 A 0.099 0.125 0.131 0.202 0.230 0.188 0.026 215 H 0.209 0.247 0.220 0.179 0.099 0.040 0.005 216 H 0.213 0.245 0.216 0.182 0.097 0.042 0.005 217 H 0.216 0.181 0.199 0.206 0.146 0.048 0.003 218 H 0.401 0.255 0.173 0.104 0.050 0.016 0.002 219 H 0.633 0.207 0.096 0.046 0.016 0.003 0.001 220 H 0.728 0.166 0.068 0.027 0.009 0.002 0.001